# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj00071.fasta.huge -Q ../query/KIAA1339.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1339, 409 aa vs ./tmplib.24314 library 1987096 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1249+/-0.00699; mu= 17.3418+/- 0.478 mean_var=189.6009+/-46.859, 0's: 0 Z-trim: 77 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.093144 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0326 ( 927 res) hg00579 ( 927) 883 131.0 2.9e-31 KIAA1956 ( 680 res) fk08713 ( 680) 868 128.7 1e-30 KIAA1710 ( 515 res) fj18457 ( 515) 855 126.8 2.9e-30 KIAA1508 ( 573 res) hk06576 ( 573) 831 123.6 2.9e-29 KIAA1852 ( 948 res) fj01514 ( 948) 833 124.3 3.1e-29 KIAA1431 ( 891 res) fj00022 ( 891) 828 123.6 4.7e-29 KIAA2003 ( 460 res) ah02593 ( 460) 813 121.1 1.4e-28 KIAA1396 ( 551 res) hj08221 ( 551) 812 121.1 1.7e-28 KIAA0628 ( 540 res) hh01433 ( 540) 805 120.1 3.2e-28 KIAA0412 ( 720 res) hg03242 ( 720) 801 119.8 5.3e-28 KIAA1874 ( 579 res) hk07257s1 ( 579) 790 118.1 1.3e-27 KIAA0972 ( 702 res) hj06859 ( 702) 790 118.3 1.5e-27 KIAA2033 ( 766 res) ej00602s1 ( 766) 787 117.9 2e-27 KIAA1969 ( 595 res) fk06944 ( 595) 782 117.1 2.8e-27 KIAA1827 ( 469 res) fk01409 ( 469) 773 115.7 5.8e-27 KIAA1473 ( 574 res) fj03262 ( 574) 774 116.0 5.8e-27 KIAA1349 ( 752 res) fj00940 ( 752) 773 116.0 7.3e-27 KIAA1559 ( 544 res) fh19195 ( 544) 754 113.2 3.7e-26 KIAA2007 ( 580 res) fj01689 ( 580) 747 112.4 7.3e-26 KIAA1947 ( 608 res) fh23660 ( 608) 747 112.4 7.4e-26 KIAA0961 ( 530 res) hj05830 ( 530) 746 112.2 7.6e-26 KIAA1141 ( 914 res) hk01833 ( 914) 743 112.2 1.3e-25 KIAA1948 ( 487 res) fh24556 ( 487) 738 111.0 1.5e-25 KIAA1198 ( 553 res) fg01911 ( 553) 720 108.7 8.8e-25 KIAA0065 ( 848 res) ha00946 ( 848) 722 109.3 8.9e-25 KIAA0798 ( 682 res) hk06584 ( 682) 698 105.9 7.5e-24 KIAA1806 ( 481 res) fk00438 ( 481) 694 105.1 9.3e-24 KIAA1982 ( 599 res) fk06527(revised) ( 599) 687 104.3 2e-23 KIAA1829 ( 557 res) hj00069 ( 557) 684 103.9 2.5e-23 KIAA1962 ( 746 res) hm00158 ( 746) 682 103.8 3.5e-23 KIAA0924 ( 617 res) hh02883 ( 617) 651 99.5 5.7e-22 KIAA1611 ( 813 res) fj12627 ( 813) 647 99.2 9.5e-22 KIAA1588 ( 613 res) fj08823 ( 613) 630 96.7 4e-21 KIAA0426 ( 613 res) hh01274 ( 613) 624 95.9 7.1e-21 KIAA1615 ( 484 res) fj13419 ( 484) 597 92.1 7.8e-20 KIAA0441 ( 702 res) hh00601s1 ( 702) 585 90.7 2.8e-19 KIAA1954 ( 468 res) fk02322 ( 468) 579 89.6 4.1e-19 KIAA0557 ( 493 res) hh01334 ( 493) 571 88.6 8.9e-19 KIAA1871 ( 821 res) hj05256s1 ( 821) 573 89.2 9.4e-19 KIAA1015 ( 841 res) hk03609(revised) ( 841) 543 85.2 1.6e-17 KIAA1979 ( 309 res) fj09511 ( 309) 535 83.4 2e-17 KIAA1703 ( 1165 res) fj16891 (1165) 490 78.3 2.5e-15 KIAA0478 ( 1253 res) hh05955 (1253) 478 76.8 8e-15 KIAA1951 ( 679 res) fj05532 ( 679) 467 74.8 1.7e-14 KIAA0296 ( 1838 res) hf00260 (1838) 436 71.4 4.8e-13 KIAA1285 ( 785 res) hh11563(revised) ( 785) 412 67.6 3e-12 KIAA1190 ( 174 res) hg03443a ( 174) 398 64.6 5.4e-12 KIAA1231 ( 1061 res) fh08195s1 (1061) 375 62.8 1.1e-10 KIAA1675 ( 1286 res) ae00102 (1286) 374 62.8 1.3e-10 KIAA1020 ( 638 res) fg00473s1 ( 638) 365 61.1 2.2e-10 >>KIAA0326 ( 927 res) hg00579 (927 aa) initn: 2041 init1: 686 opt: 883 Z-score: 653.2 bits: 131.0 E(): 2.9e-31 Smith-Waterman score: 910; 44.186% identity (66.113% similar) in 301 aa overlap (106-394:344-641) 80 90 100 110 120 130 KIAA13 FGRPATDLPEASEGQVTFTQLGSYPLPPPVGEQVFSCHHCGKNLSQDM-LLTHQCSHATE ::. ..: .::: ..:. :: :: :: : KIAA03 HTGEKPYKCGECRRAFYRSSDLIQHQATHTGEKPYKCPECGKRFGQNHNLLKHQKIHAGE 320 330 340 350 360 370 140 150 160 170 180 190 KIAA13 HPLPCAQCPKHFTPQADLSSTSQDHASETPPTCPHCARTFTHPSRLTYHLRVHNSTERPF .: :..: : : ...:.. .. :..: : : .:...: : : : : :.: : :: KIAA03 KPYRCTECGKSFIQSSELTQHQRTHTGEKPYECLECGKSFGHSSTLIKHQRTH-LREDPF 380 390 400 410 420 430 200 210 220 230 240 250 KIAA13 PCPDCPKRFADQARLTSHRRAHASERPFRCAQCGRSFSLKISLLLHQRGHAQERPFSCPQ :: : : :. .: : :.:.:..:::..: .::.:::.. .:. ::: : :::. : . 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KIAA19 GECGKSFSQNGTLIKHQRVHTGERPYECEECGKCFTQKGNLIQHQRGHTSERPYECEECG 330 340 350 360 370 380 180 190 200 210 220 230 KIAA13 RTFTHPSRLTYHLRVHNSTERPFPCPDCPKRFADQARLTSHRRAHASERPFRCAQCGRSF . :.. . :: : ::: . :::. : .: : :. ...: .:.:.:..:::..:..::.:: KIAA19 KCFSQKGTLTEHHRVH-TRERPYECGECGKSFSRKGHLRNHQRGHTGERPYECGECGKSF 390 400 410 420 430 240 250 260 270 280 290 KIAA13 SLKISLLLHQRGHAQERPFSCPQCGIDFNGHSALIRHQMIHTGERPYPCTDCSKSFMRKE : : .:. :::.:. :::. : .: : :.: ::.:: .::::::: :..:.:::. . KIAA19 SRKGNLIQHQRSHTGERPYECRECRKLFRGKSHLIEHQRVHTGERPYECNECGKSFQDSS 440 450 460 470 480 490 300 310 320 330 340 350 KIAA13 HLLNHRRLHTGERPFSCPHCGKSFIRKHHLMKHQRIHTGERPYPCSYCGRSFRYKQTLKD . :.:.::::.:: : .::::: .. :..:.:.::::::: :. ::.::. ...: KIAA19 GFRVHQRVHTGEKPFECSECGKSFPQSCSLLRHRRVHTGERPYECGECGKSFHQSSSLLR 500 510 520 530 540 550 360 370 380 390 400 KIAA13 HLRSGHNGGCGGDSDPSGQPPNPPGPLITGLETSGLGVNTEGLETNQWYGEGSGGGVL : .. KIAA19 HQKTHTAERPYECRECGKFFSSLLEHRRVHTGERPYECRECGKTFTRRSAHFKHQRLHTR 560 570 580 590 600 610 >>KIAA1710 ( 515 res) fj18457 (515 aa) initn: 4287 init1: 641 opt: 855 Z-score: 635.1 bits: 126.8 E(): 2.9e-30 Smith-Waterman score: 855; 42.745% identity (73.333% similar) in 255 aa overlap (106-359:207-459) 80 90 100 110 120 130 KIAA13 FGRPATDLPEASEGQVTFTQLGSYPLPPPVGEQVFSCHHCGKNLSQD-MLLTHQCSHATE :.. ..:..:::..:.. :. :: .:. : KIAA17 HTGIRYHICSHCGKAFSQISDLNRHQKTHTGDRPYKCYECGKGFSRSSHLIQHQRTHTGE 180 190 200 210 220 230 140 150 160 170 180 190 KIAA13 HPLPCAQCPKHFTPQADLSSTSQDHASETPPTCPHCARTFTHPSRLTYHLRVHNSTERPF .: : .: : : .. : . . :..: : : .:...: . :.: : :.: : :.:. KIAA17 RPYDCNECGKSFGRSSHLIQHQTIHTGEKPHKCNECGKSFCRLSHLIQHQRTH-SGEKPY 240 250 260 270 280 290 200 210 220 230 240 250 KIAA13 PCPDCPKRFADQARLTSHRRAHASERPFRCAQCGRSFSLKISLLLHQRGHAQERPFSCPQ : .: : :. ...:..:.:.:..:.:..: .:::.:: . .:. : : :. :::..: . KIAA17 ECEECGKSFSRSSHLAQHQRTHTGEKPYECNECGRGFSERSDLIKHYRVHTGERPYKCDE 300 310 320 330 340 350 260 270 280 290 300 310 KIAA13 CGIDFNGHSALIRHQMIHTGERPYPCTDCSKSFMRKEHLLNHRRLHTGERPFSCPHCGKS :: .:. .: :.::. ::::.:: :..:...: : ::..:.: ::::.:. : :::: KIAA17 CGKNFSQNSDLVRHRRAHTGEKPYHCNECGENFSRISHLVQHQRTHTGEKPYECNACGKS 360 370 380 390 400 410 320 330 340 350 360 370 KIAA13 FIRKHHLMKHQRIHTGERPYPCSYCGRSFRYKQTLKDHLRSGHNGGCGGDSDPSGQPPNP : :. ::. ::.:::::.:: :. : ::: .. : : :. :.: KIAA17 FSRSSHLITHQKIHTGEKPYECNECWRSFGERSDLIKHQRT-HTGEKPYECVQCGKGFTQ 420 430 440 450 460 470 380 390 400 KIAA13 PGPLITGLETSGLGVNTEGLETNQWYGEGSGGGVL KIAA17 SSNLITHQRVHTGEKPYECTECEKSFSRSSALIKHKRVHTD 480 490 500 510 >>KIAA1508 ( 573 res) hk06576 (573 aa) initn: 2507 init1: 655 opt: 831 Z-score: 617.3 bits: 123.6 E(): 2.9e-29 Smith-Waterman score: 848; 43.529% identity (69.804% similar) in 255 aa overlap (106-359:265-517) 80 90 100 110 120 130 KIAA13 FGRPATDLPEASEGQVTFTQLGSYPLPPPVGEQVFSCHHCGKNLSQ-DMLLTHQCSHATE ::. ..: .:::.. : ..:. :: :. : KIAA15 HGRTRTHECSECGKSFSRKTHLTQHQRVHTGERPYDCSECGKSFRQVSVLIQHQRVHTGE 240 250 260 270 280 290 140 150 160 170 180 190 KIAA13 HPLPCAQCPKHFTPQADLSSTSQDHASETPPTCPHCARTFTHPSRLTYHLRVHNSTERPF .: :..: : :. ...: . :.: : : .:...:.: . : : :::... ::. KIAA15 RPYECSECGKSFSHSTNLYRHRSAHTSTRPYECSECGKSFSHSTNLFRHWRVHTGV-RPY 300 310 320 330 340 350 200 210 220 230 240 250 KIAA13 PCPDCPKRFADQARLTSHRRAHASERPFRCAQCGRSFSLKISLLLHQRGHAQERPFSCPQ : .: : :. . : :.: :..:::. :..::.::. : :. ::: :. :::. : . KIAA15 ECSECGKAFSCNIYLIHHQRFHTGERPYVCSECGKSFGQKSVLIQHQRVHTGERPYECSE 360 370 380 390 400 410 260 270 280 290 300 310 KIAA13 CGIDFNGHSALIRHQMIHTGERPYPCTDCSKSFMRKEHLLNHRRLHTGERPFSCPHCGKS :: :. :.:.::. :: .:: :..: ::: : :. :. .::::::. : :::: KIAA15 CGKVFSQSSGLFRHRRAHTKTKPYECSECEKSFSCKTDLIRHQTVHTGERPYECSVCGKS 420 430 440 450 460 470 320 330 340 350 360 370 KIAA13 FIRKHHLMKHQRIHTGERPYPCSYCGRSFRYKQTLKDHLRSGHNGGCGGDSDPSGQPPNP :::: ::..:: .::.:::: :. ::.:. ...: .: : :.: KIAA15 FIRKTHLIRHQTVHTNERPYECDECGKSYSQSSALLQHRRV-HTGERPYECRECGKSFTR 480 490 500 510 520 530 380 390 400 KIAA13 PGPLITGLETSGLGVNTEGLETNQWYGEGSGGGVL KIAA15 KNHLIQHKTVHTGERPYECSECGKSFSQSSGLLRHRRVHVQ 540 550 560 570 >>KIAA1852 ( 948 res) fj01514 (948 aa) initn: 1427 init1: 622 opt: 833 Z-score: 616.9 bits: 124.3 E(): 3.1e-29 Smith-Waterman score: 833; 39.928% identity (68.345% similar) in 278 aa overlap (106-382:608-883) 80 90 100 110 120 130 KIAA13 FGRPATDLPEASEGQVTFTQLGSYPLPPPVGEQVFSCHHCGKNLSQD-MLLTHQCSHATE : . . :..::: .: . :..:. :. : KIAA18 HTGEKPYECDKCGKVFRNRSALTKHERTHTGIKPYECNKCGKAFSWNSHLIVHKRIHTGE 580 590 600 610 620 630 140 150 160 170 180 190 KIAA13 HPLPCAQCPKHFTPQADLSSTSQDHASETPPTCPHCARTFTHPSRLTYHLRVHNSTERPF .: : .: : :. .. : . .. :..: : : .:...:. :.: :.:.: . :.:: KIAA18 KPYVCNECGKSFNWNSHLIGHQRTHTGEKPFECTECGKSFSWSSHLIAHMRMH-TGEKPF 640 650 660 670 680 690 200 210 220 230 240 250 KIAA13 PCPDCPKRFADQARLTSHRRAHASERPFRCAQCGRSFSLKISLLLHQRGHAQERPFSCPQ : .: : : : . :..:.:.:.. .:..:..::.::: . :. ::: :. :.:..: . KIAA18 KCDECEKAFRDYSALSKHERTHSGAKPYKCTECGKSFSWSSHLIAHQRTHTGEKPYNCQE 700 710 720 730 740 750 260 270 280 290 300 310 KIAA13 CGIDFNGHSALIRHQMIHTGERPYPCTDCSKSFMRKEHLLNHRRLHTGERPFSCPHCGKS :: : .::: .:..::.: .:: :. :.:: . ::. :.: ::::.:. : .:::: KIAA18 CGKAFRERSALTKHEIIHSGIKPYECNKCGKSCSQMAHLVRHQRTHTGEKPYECNKCGKS 760 770 780 790 800 810 320 330 340 350 360 370 KIAA13 FIRKHHLMKHQRIHTGERPYPCSYCGRSFRYKQTLKDHLRSGHNGGCGGDSDPSGQPPNP : .. ::. :.::::::.:: :. : ::: .. : : :. :.: . :. : KIAA18 FSQSCHLVAHRRIHTGEKPYKCNQCERSFNCSSHLIAHRRT-HTGEKPYRCNECGKAFNE 820 830 840 850 860 870 380 390 400 KIAA13 PGPLITGLETSGLGVNTEGLETNQWYGEGSGGGVL . ::. : KIAA18 SSSLIVHLRNHTGEKPYKCNHCEKAFCKNSSLIIHQRMHSGEKRFICSECGKAFSGHSAL 880 890 900 910 920 930 >>KIAA1431 ( 891 res) fj00022 (891 aa) initn: 3036 init1: 627 opt: 828 Z-score: 613.5 bits: 123.6 E(): 4.7e-29 Smith-Waterman score: 828; 39.735% identity (66.556% similar) in 302 aa overlap (59-359:479-776) 30 40 50 60 70 80 KIAA13 LVIKAEGLARSSLCPEVPVPFSSPPAAAKDAFSDVAFKSQQSTSMTPFGRPATDLPEASE :::: . .... : :. . : .. KIAA14 KKTFTQSSSLTVHQRIHTGEKPYKCNECGKAFSDGSSFARHQRCHT--GKKPYECIECGK 450 460 470 480 490 500 90 100 110 120 130 140 KIAA13 GQVTFTQLGSYPLPPPVGEQVFSCHHCGKNLSQDMLLT-HQCSHATEHPLPCAQCPKHFT . . :.: . .::. :.: ::: .:. . :. :. :. :.: : : : : KIAA14 AFIQNTSLIRHWRYYHTGEKPFDCIDCGKAFSDHIGLNQHRRIHTGEKPYKCDVCHKSFR 510 520 530 540 550 560 150 160 170 180 190 200 KIAA13 PQADLSSTSQDHASETPPTCPHCARTFTHPSRLTYHLRVHNSTERPFPCPDCPKRFADQA ..:. .. :..: : : : ..:.: . :: : ::: : :.:: : .: : : .. KIAA14 YGSSLTVHQRIHTGEKPYECDVCRKAFSHHASLTQHQRVH-SGEKPFKCKECGKAFRQNI 570 580 590 600 610 620 210 220 230 240 250 260 KIAA13 RLTSHRRAHASERPFRCAQCGRSFSLKISLLLHQRGHAQERPFSCPQCGIDFNGHSALIR .:.:: : :..:.::.::.::.:::.. .: ::: :. :.:. : :. :. .. : . KIAA14 HLASHLRIHTGEKPFECAECGKSFSISSQLATHQRIHTGEKPYECKVCSKAFTQKAHLAQ 630 640 650 660 670 680 270 280 290 300 310 320 KIAA13 HQMIHTGERPYPCTDCSKSFMRKEHLLNHRRLHTGERPFSCPHCGKSFIRKHHLMKHQRI :: ::::.:: : .:.:.: . ::..:.:.::::.:..: .:::.: . .:::. KIAA14 HQKTHTGEKPYECKECGKAFSQTTHLIQHQRVHTGEKPYKCMECGKAFGDNSSCTQHQRL 690 700 710 720 730 740 330 340 350 360 370 380 KIAA13 HTGERPYPCSYCGRSFRYKQTLKDHLRSGHNGGCGGDSDPSGQPPNPPGPLITGLETSGL :::.::: : ::..:. :..: : :: :.: KIAA14 HTGQRPYECIECGKAFKTKSSLICHRRS-HTGEKPYECSVCGKAFSHRQSLSVHQRIHSG 750 760 770 780 790 800 390 400 KIAA13 GVNTEGLETNQWYGEGSGGGVL KIAA14 KKPYECKECRKTFIQIGHLNQHKRVHTGERSYNYKKSRKVFRQTAHLAHHQRIHTGESST 810 820 830 840 850 860 >>KIAA2003 ( 460 res) ah02593 (460 aa) initn: 4008 init1: 667 opt: 813 Z-score: 605.0 bits: 121.1 E(): 1.4e-28 Smith-Waterman score: 824; 42.913% identity (70.079% similar) in 254 aa overlap (107-359:181-432) 80 90 100 110 120 130 KIAA13 GRPATDLPEASEGQVTFTQLGSYPLPPPVGEQVFSCHHCGKNLSQDMLLT-HQCSHATEH :. . : .:::..:... :. : :. :. 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KIAA06 IQSSKLLLHQIIHTGEKPYVCSYCGKGFIQRSNFLQHQKIHTEEKLYECSQYGRDFNSTT 450 460 470 480 490 500 380 390 400 KIAA13 GPLITGLETSGLGVNTEGLETNQWYGEGSGGGVL KIAA06 NVKNNQRVHQEGLSLSKAPIHLGERSVDKGEHTGNL 510 520 530 540 >>KIAA0412 ( 720 res) hg03242 (720 aa) initn: 2377 init1: 613 opt: 801 Z-score: 594.6 bits: 119.8 E(): 5.3e-28 Smith-Waterman score: 801; 39.326% identity (67.041% similar) in 267 aa overlap (106-371:404-668) 80 90 100 110 120 130 KIAA13 FGRPATDLPEASEGQVTFTQLGSYPLPPPVGEQVFSCHHCGKNLSQ-DMLLTHQCSHATE ::. : : .::. . . .: : :. : KIAA04 HSGEKPYKCNECGKAFTHRSNFVLHNRRHTGEKSFVCTECGQVFRHRPGFLRHYVVHSGE 380 390 400 410 420 430 140 150 160 170 180 190 KIAA13 HPLPCAQCPKHFTPQADLSSTSQDHASETPPTCPHCARTFTHPSRLTYHLRVHNSTERPF .: : .: : : .. : .: :..: : : .:...: . . : .: .:.. :.:: KIAA04 NPYECLECGKVFKHRSYLMWHQQTHTGEKPYECSECGKVFLESAALIHHYVIHTG-EKPF 440 450 460 470 480 490 200 210 220 230 240 250 KIAA13 PCPDCPKRFADQARLTSHRRAHASERPFRCAQCGRSFSLKISLLLHQRGHAQERPFSCPQ : .: : : .. : :.: :..:.:: :..::..:. ...::.:.:. :.:: : . 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