# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh16948.fasta.huge -Q ../query/KIAA1338.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1338, 1495 aa vs ./tmplib.24314 library 1986010 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.5401+/-0.00683; mu= 4.4972+/- 0.461 mean_var=212.0770+/-50.534, 0's: 0 Z-trim: 29 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.088070 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1369 ( 653 res) fj03222 ( 653) 262 47.2 1.2e-05 KIAA0213 ( 1626 res) ha04841s1 (1626) 211 41.2 0.002 KIAA1995 ( 1011 res) bh00088 (1011) 198 39.3 0.0045 KIAA0999 ( 1371 res) fj10213 (1371) 193 38.8 0.0085 KIAA1101 ( 467 res) hk08029 ( 467) 184 37.2 0.0092 >>KIAA1369 ( 653 res) fj03222 (653 aa) initn: 444 init1: 171 opt: 262 Z-score: 193.3 bits: 47.2 E(): 1.2e-05 Smith-Waterman score: 598; 33.898% identity (60.169% similar) in 472 aa overlap (404-847:160-606) 380 390 400 410 420 430 KIAA13 WSPQQLLKHSFINPQPKMPLVEQSPEDSGGQDYVETVIPSNRLPSAAFFSETQRQFSRYF :: : . ... : :.: :::. 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KIAA09 IRHMLVLDPNKRLSMEQICKHKWMKLGDADPNFDRLIAECQQLKEERQVDPLNEDVLLAM 350 360 370 380 390 400 >>KIAA1101 ( 467 res) hk08029 (467 aa) initn: 307 init1: 157 opt: 184 Z-score: 141.4 bits: 37.2 E(): 0.0092 Smith-Waterman score: 295; 32.323% identity (61.616% similar) in 198 aa overlap (667-854:59-238) 640 650 660 670 680 690 KIAA13 TTEAVHYLYIQMEYCEKSTLRDTIDQGLYRDTVRLWRLFREILDGLAYIHEKGMIHRDLK : . ..::.:.:: :.:..:.::::.: KIAA11 WLVMKLLSGGSVLDIIKHIVAKGEHKSGVLDESTIATILREVLEGLEYLHKNGQIHRDVK 30 40 50 60 70 80 700 710 720 730 740 750 KIAA13 PVNIFLDSDDHVKIGDFGLATDHLAFSADSKQDDQTGDLIKSDPSGHLTGMVGTALYVSP ::.: : :.:.:::.. :: : . ::. .. . ::: ...: KIAA11 AGNILLGEDGSVQIADFGVS----AFLATG------GDITRNKVRKTF---VGTPCWMAP 90 100 110 120 130 760 770 780 790 800 810 KIAA13 EVQGSTKSAYNQKVDLFSLGIIFFEMS-----YHPMVTASERIFVLNQLRDPTSPKFPED ::. .... :. :.:..:.:: .:.. :: . ....:. :: :.. 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