# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh13683.fasta.nr -Q ../query/KIAA1318.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1318, 1418 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7815126 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.1749+/-0.000203; mu= 5.2285+/- 0.011 mean_var=134.2785+/-26.376, 0's: 36 Z-trim: 93 B-trim: 409 in 4/64 Lambda= 0.110680 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|74715429|sp|Q8NET4.1|RGAG1_HUMAN RecName: Full= (1388) 8922 1437.3 0 gi|194379528|dbj|BAG63730.1| unnamed protein produ ( 949) 3719 606.3 3.1e-170 gi|148682790|gb|EDL14737.1| mCG7581 [Mus musculus] (1364) 3697 602.9 4.7e-169 gi|149272302|ref|XP_001474956.1| PREDICTED: simila (1367) 3697 602.9 4.8e-169 gi|123227004|emb|CAM26771.1| retrotransposon gag d (1210) 3462 565.4 8.5e-158 gi|125988415|sp|Q32KG4.1|RGAG1_MOUSE RecName: Full (1339) 2880 472.5 8.7e-130 gi|149268673|ref|XP_001479514.1| PREDICTED: simila (1210) 776 136.5 1.1e-28 gi|134065503|emb|CAM43270.1| proteophosphoglycan p (4324) 735 130.3 2.8e-26 gi|70905642|gb|AAZ14281.1| proteophosphoglycan 5 [ (17392) 738 131.2 6.1e-26 gi|70905643|gb|AAZ14282.1| proteophosphoglycan ppg (2425) 706 125.5 4.4e-25 gi|70905641|gb|AAZ14280.1| proteophosphoglycan ppg (7194) 696 124.2 3.2e-24 gi|134073236|emb|CAM71958.1| proteophosphoglycan p (5967) 681 121.8 1.4e-23 gi|220976661|gb|EED94988.1| predicted protein [Tha (1964) 640 114.9 5.6e-22 gi|149269288|ref|XP_001002195.2| PREDICTED: simila (1134) 627 112.7 1.5e-21 gi|51869311|emb|CAE54436.1| secreted mucin MUC17 [ (4262) 615 111.2 1.6e-20 gi|74708733|sp|Q685J3.1|MUC17_HUMAN RecName: Full= (4493) 615 111.2 1.7e-20 gi|91982772|ref|NP_001035194.1| mucin 17 [Homo sap (4493) 615 111.2 1.7e-20 gi|220977246|gb|EED95573.1| predicted protein [Tha (4505) 593 107.7 2e-19 gi|187020927|emb|CAP39508.1| Hypothetical protein (2035) 573 104.2 9.5e-19 gi|99077761|emb|CAK18547.1| cell surface flocculin (1630) 550 100.5 1e-17 gi|114615083|ref|XP_001142083.1| PREDICTED: mucin (1384) 541 99.0 2.4e-17 gi|126309637|ref|XP_001375816.1| PREDICTED: simila ( 915) 532 97.4 4.7e-17 gi|547937|sp|P15941.2|MUC1_HUMAN RecName: Full=Muc (1255) 512 94.3 5.5e-16 gi|126325975|ref|XP_001373633.1| PREDICTED: simila (3158) 514 94.9 9.3e-16 gi|194041059|ref|XP_001926448.1| PREDICTED: hypoth (2103) 511 94.3 9.3e-16 gi|220674971|emb|CAR69548.1| cell wall surface anc (4433) 516 95.4 9.7e-16 gi|212001255|gb|EEB06915.1| predicted protein [Sch (1678) 500 92.5 2.6e-15 gi|115770339|ref|XP_001176616.1| PREDICTED: simila (1518) 497 92.0 3.4e-15 gi|168996030|gb|ACA36642.1| cell wall surface anch (4765) 500 92.8 6e-15 gi|167736355|ref|NP_060876.4| mucin 4 isoform a [H (5284) 492 91.6 1.6e-14 gi|134065504|emb|CAM43271.1| proteophosphoglycan p (5384) 492 91.6 1.6e-14 gi|182630054|gb|ACB91002.1| cell wall surface anch (4695) 491 91.4 1.6e-14 gi|150843058|gb|EDN18251.1| predicted protein [Bot (1156) 479 89.0 2e-14 gi|6984160|gb|AAF34780.1| srpA [Streptococcus cris (3381) 478 89.2 5.3e-14 gi|220972438|gb|EED90770.1| predicted protein [Tha (1524) 469 87.5 7.6e-14 gi|163775000|gb|EDQ88626.1| predicted protein [Mon (2204) 468 87.5 1.1e-13 gi|167736365|ref|NP_536705.3| mucin 4 [Mus musculu (3470) 470 87.9 1.3e-13 gi|48474505|sp|Q8TFG9.2|YL61_SCHPO RecName: Full=U ( 943) 460 86.0 1.4e-13 gi|77176183|gb|EAO78954.1| cell wall surface ancho (1326) 456 85.4 2.9e-13 gi|160370004|sp|P98088.3|MUC5A_HUMAN RecName: Full (5030) 465 87.2 3e-13 gi|125497591|gb|ABN44257.1| Platelet-binding glyco (1625) 455 85.3 3.7e-13 gi|14973269|gb|AAK75846.1| cell wall surface ancho (4776) 462 86.8 4.1e-13 gi|157075708|gb|ABV10391.1| streptococcal hemagglu (2178) 456 85.6 4.2e-13 gi|38567068|emb|CAE76365.1| related to glucan 1, 4 (1625) 447 84.0 9.1e-13 gi|111060085|gb|EAT81205.1| hypothetical protein S (4977) 455 85.6 9.1e-13 gi|209585698|gb|ACI64383.1| predicted protein [Tha (3283) 450 84.7 1.1e-12 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::..:.::::.:.::.:::: gi|125 PMTETRAEVQILHSQLQLPVVSTSASDLEGTSTQLMTSPGFDSLSTPLMGAPHSGTLSPP 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 KIAA13 LM-------------PASDSGALSPLLMPASDSGALSPLLMPALDSGTLSPLLSTSEYGV :: ::::::.:::::::.::::.:::::::: ::::::::::::.::. gi|125 LMSASDSGTLSPLLMPASDSGTLSPLLMPVSDSGTLSPLLMPASDSGTLSPLLSTSDYGL 100 110 120 130 140 150 170 180 190 200 210 220 KIAA13 MSPGMMTIPDFGTMSATLMVAPDSAEISPLAMPAPSSGVVCTPIMSTSSSEAMSTPLMLA ::::::.:::::::: .::.::::::::::::: ::::. .:::::::::: :::. gi|125 MSPGMMSIPDFGTMS-SLMAAPDSAEISPLAMPIQSSGVISAPIMSTSSSEA---SLMLG 160 170 180 190 200 230 240 250 260 270 280 KIAA13 PDSGELSPILMQDMNPGVMSTQPVPAPSSEAMSPLQITDEDTEAMSKVLMTALASGEISS : ::.::.:. :::::: :: :. ::.:::::::::::::::::::::::::::::::: gi|125 SDPGEISPLLIPDMNPGVTSTPPMTAPGSEAMSPLQITDEDTEAMSKVLMTALASGEISS 210 220 230 240 250 260 290 300 310 320 330 340 KIAA13 LLMSGTDSEAISSLIMSAVASGGTSPQPTSTQNSGGIPTPLMSDLDSGIMSSLLMSSPGS ::::::::::::::::::.::: : :::. .: :::: ::: ::..:::: : :: gi|125 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