# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh12964.fasta.huge -Q ../query/KIAA1316.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1316, 1590 aa vs ./tmplib.24314 library 1985915 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1893+/-0.00478; mu= 15.6550+/- 0.325 mean_var=80.7253+/-18.746, 0's: 0 Z-trim: 3 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.142748 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1414 ( 1586 res) fh14368(revised) (1586) 2645 555.7 2.7e-158 >>KIAA1414 ( 1586 res) fh14368(revised) (1586 aa) initn: 5008 init1: 2642 opt: 2645 Z-score: 2933.9 bits: 555.7 E(): 2.7e-158 Smith-Waterman score: 5764; 56.183% identity (81.670% similar) in 1593 aa overlap (34-1590:1-1586) 10 20 30 40 50 60 KIAA13 HPSISVRLAAAWCLHCIAVALPSYLTPLLDRCLERLTGHKSSPEAVTGFSFAVAALLGAV :: :::.. :.:::::.:.:::.:::::.: KIAA14 RCAERLNNLKTSPEAVSGYSFAMAALLGGV 10 20 30 70 80 90 100 110 120 KIAA13 KHCPLGIPHGKGKIIMTLAEDLLCSAAQNSRLSAQRTQAGWLLISALMTLGPAVVSHHLA ..:::::::.:::.....::::: .:::::::: :::::::::..:::::::.:: .:: KIAA14 HQCPLGIPHAKGKMVVSIAEDLLRTAAQNSRLSLQRTQAGWLLLGALMTLGPSVVRYHLP 40 50 60 70 80 90 130 140 150 160 170 180 KIAA13 RVLLLWKCVFPASPKDLETEKSRGDSFTWQVTLEGRAGALCAIKSFVSHCGDLLTEEVTQ ..::::. ::: : :.::.::.::::::::::::::::::::..:::.:: .::::.: . KIAA14 KMLLLWRNVFPRSLKELEAEKARGDSFTWQVTLEGRAGALCAMRSFVAHCPELLTEDVIR 100 110 120 130 140 150 190 200 210 220 230 240 KIAA13 RLLPPLPCAVDLLTQLSSILKMYGSPLKTPSVVYRQRLYELLILLPPETYEGNLCAILRE .:. :. ::. ..... :..: .:. ::. ... : :::..: ::::.::::.. :.::: KIAA14 KLMTPIECAMTMMSHIPSVMKAHGAHLKASAAMVRLRLYDILALLPPKTYEGSFNALLRE 160 170 180 190 200 210 250 260 270 280 290 300 KIAA13 LAADLTAPDIQVAASTFLLPPLCHQDDLLILSPFLQETDHRFIEEQLLLGNGVACGSLEY :.:..: : .. ..: :: ::: :: ..:. .::::::. ::.:: ... . :.::. KIAA14 LVAEFTLTDNSANTTTSLLRSLCHYDDSVLLGSWLQETDHKSIEDQLQPNSASGSGALEH 220 230 240 250 260 270 310 320 330 340 350 360 KIAA13 DPYSIYEKDVEGDSVPKPLPPALSVISSASKLFGVVCAHVGETQRLLILEQLLDSIKHTK :: ::: . :..:: ::: ..:::... ::::: ::. .:: .:... . .:..: KIAA14 DPSSIYLRIPAGEAVPGPLPLGVSVIDASVALFGVVFPHVSYKHRLQMLDHFAECVKQAK 280 290 300 310 320 330 370 380 390 400 410 420 KIAA13 GARQQVVQLHVVSSVSSFLKYVAGSKGCLGPEEMKRFALTLVMGALESPNPLLRCAAAES :.:::.:::.. ..: : :: .: .:. :::::... ::::::: :..:::.:::::.:. KIAA14 GVRQQAVQLNIFTAVLSALKGLAENKSTLGPEEVRKSALTLVMGPLDNPNPILRCAAGEA 340 350 360 370 380 390 430 440 450 460 470 480 KIAA13 WARLAQMVDDGAFTAGLAQVSFDKLKSARDVVTRTGHSLALGSLHRYLGGISSSQHLNSC .:.::.: ...: : .:: ::::::::::::.::::::::: ::::.:::.:.:::.. KIAA14 LGRMAQVVGEATFIARMAQYSFDKLKSARDVVSRTGHSLALGCLHRYVGGIGSGQHLKTS 400 410 420 430 440 450 490 500 510 520 530 540 KIAA13 IGILYTLAQDSTSPDVQTWALHSLSLIIDSAGPLYYVHVEPTLSLIIMLLLNVPPTHAEV ..:: .::::.:::.::::.::::.::.::.::.: .:::::::.. :::.:::.:.:: KIAA14 VSILLALAQDGTSPEVQTWSLHSLALIVDSSGPMYRGYVEPTLSLVLTLLLTVPPSHTEV 460 470 480 490 500 510 550 560 570 580 590 600 KIAA13 HQSLGRCLNALITTLGPELQGNSTSISTLRTSCLLGCAVMQDNPDCLVQAQAISCLQQLH :: :::::.:.:::.:::::::... ::.:.:::.:::. ::. : :::: ::::::::: KIAA14 HQCLGRCLGAIITTVGPELQGNGATTSTIRSSCLVGCAITQDHSDSLVQAAAISCLQQLH 520 530 540 550 560 570 610 620 630 640 650 KIAA13 MFAPRHVNLSSLVSCLCVNLCSPYLLLRRAVLACLRQLVQREAAEVSEHAVMLAKD---- ::::::::::::: :::.::: .::::::..::::::.::::::: :.:. :::. KIAA14 MFAPRHVNLSSLVPSLCVHLCSSHLLLRRAAVACLRQLAQREAAEVCEYAMSLAKNTGDK 580 590 600 610 620 630 660 670 680 690 700 KIAA13 --SREELTPDA----------------NIREVGLEGALLILLDKETDERLCHDIKETLNY : ...: : :: :.:::: :. .::.:::..:: ::..::.. KIAA14 ESSSANVSPFAPGVSSRTDIHCRHQGVNITETGLEGLLFGMLDRETDRKLCSDIHDTLGH 640 650 660 670 680 690 710 720 730 740 750 KIAA13 MLTSMAVEKLSLWLKLCKDVLAASADFTAVTCVDTMQEEEGDKGD---DASVLTTRRDE- ::.:.:::::: :: :::::::::.:....: ... ..::..: : : ...:: .: KIAA14 MLSSLAVEKLSHWLMLCKDVLAASSDMSTATLLSSGKDEEAEKKDEMDDDTMFTTLGEED 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 KIAA13 KSHPFTNPRWATRVFAAECVCRIINQCENANSAHFDIALAQEMKKRDSRNDFLVLHLADL ::.::. ::::::::::.:.::::: ::::..::::.:::. : :. ::.:::::.:: KIAA14 KSKPFVAPRWATRVFAADCLCRIINLCENADQAHFDLALARSAKLRNPTNDLLVLHLSDL 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 KIAA13 IRMAFMAATDHSDQLRLSGLEMLLVVIRRFATVPEPEFPGHVILEQYQANVGAALRPAFT ::::::::::::.:::..::. : .:..::.:::::::::::::::::::::::::::. KIAA14 IRMAFMAATDHSNQLRMAGLQALEDIIKKFASVPEPEFPGHVILEQYQANVGAALRPAFS 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 KIAA13 SETPPDVTAKACQVCSAWIASGVVSDLNDLRRVHQLLVSSLTKIQAGKEALSHLYNESAS ..:: :. ::::::::.::.::::::::::::::.:::::: :.:::: . :.:: :::. KIAA14 QDTPSDIIAKACQVCSTWIGSGVVSDLNDLRRVHNLLVSSLDKVQAGKGSSSQLYRESAT 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 KIAA13 TMEILAVLKAWAEVYIIAVQ-RHKNHRQPLKTTTCLEDGIRNGSCSS------DGLLDLV ::: :::::::::::..:.. ... . .: .. .: . .:.. :.:. :: KIAA14 TMEKLAVLKAWAEVYVVAMNIKKEAESKPKRAIKNTDDD--DDDCGTIDELPPDSLITLV 940 950 960 970 980 1000 1010 1020 1030 1040 1050 KIAA13 YADLGTLSRLWLAALQDFALLTLPSEFASQLPAEGGAFYTAETSENAKLHYYNSWALILH .: ::::::::::.:.::::::.::.:::: .:::::: :: ..:.::: :::: ::: KIAA14 QPELPTLSRLWLAALKDYALLTLPAEFSSQLPPDGGAFYTPETIDTARLHYRNSWAPILH 990 1000 1010 1020 1030 1040 1060 1070 1080 1090 1100 KIAA13 ATALWLTSTGFVVADPDEGA--SNLSRPVTPTSMCQGSSSGATIKSPEDVYTDRFHLILG :.::::.::::. .. :.: :.:.. : ... :.:.. .. :: .. ::.::::: KIAA14 AVALWLNSTGFTCSESTEAAAISGLQKRSTSVNLNQASGAVGSAKSLPEINKDRMHLILG 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 KIAA13 ISVEFLCSLRSDATMESITACLHALQALLDVPWPRSKIGSDQDLGIELLNVLHRVILTRE .:..:::: : . .: .::::.::..::: :. : .:. :: .:.:::.::::..:: . KIAA14 VSIQFLCSPRPEEPIEHVTACLQALHTLLDSPYARVHIAEDQLIGVELLSVLHRLLLTWN 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 KIAA13 SPSIQLASLEVVRQIICAAQEHVKEKRRSAEVDDGAAEKETLPEFGEGKDTGGLVPGKSL :.:: ::.::. :::....::: . . :: :::. .::: :.:::.::::: KIAA14 PSSVQLLVTGVVQQIVRAAQDYLQEKRNTLNEDD--MEKEACTVLGEGGDSGGLIPGKSL 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 KIAA13 VFATLELCVCILVRQLPELNPKLTGSPGVKATKPQILLEDGSRLVSAALVILSELPAVCS ::::.:: . ::::..:.:. :.. ::. ::: . : :...:::.:...:::.::..:: KIAA14 VFATMELLMFILVRHMPHLSTKVSDSPSHIATKTR-LSEESARLVAATVTILSDLPSLCS 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 KIAA13 PEGSISILPTILYLTIGVLRETAVKLPGGQLSSTVAASLQALKGILSSPMARAEKS-RTA : : ..::::::.: .:..::.: .:. :.:.::..:.:.. ::..: . . KIAA14 PAGCMTILPTILFLIARILKDTAIKSADNQVPPPVSAALQGIKSIVTLSMAKTEAGVQKQ 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 KIAA13 WTDLLRSALTTILDCWDPVDETHQELDEVSLLTAITVFILSTSPEVTTIPCLQKRCIDKF :: :.::.:. ::. .: : . ::::.::::..:. :.: :. . ::. :...: KIAA14 WTALIRSTLACILEYSQPEDSVPTP-DEVSMLTAIALFLWSASNEIIGVQSLQNGCMNRF 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 KIAA13 KATLEIKDPVVQIKTYQLLHSIFQYPNPAVSYPYIYSLASCIMEKLQEIDKRKPENTAEL : .:. :: :: : :::: :.::. : :.: :::.::: ..:::. ... .: .. :: KIAA14 KNALNSCDPWVQAKCYQLLLSVFQHSNRALSTPYIHSLAPIVVEKLKAVERNRPASNIEL 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 KIAA13 EIFQEGIKVLETLVTVAEEHHRAQLVACLLPILISFLLDENSLGSATSIMRNLHDFALQN :::::::::::...::..:.::.: :.: :::.::::::..::.: ..::.::::: KIAA14 LAVQEGIKVLETLVALGEEQNRVQLLALLVPTLISYLLDENSFASASSASKDLHEFALQN 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 KIAA13 LMQIGPQYSSVFKSLVASSPALKARLEAAIKGNQESVKVKIPTSKYTKSPGKNSSIQLKT ::.::: : .::......: ::.:::.:....: : :.: . . . . . .:.::: KIAA14 LMHIGPLYPHAFKTVMGAAPELKVRLETAVRASQAS-KAKAAARQPAPAIHSAPTIKLKT 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 KIAA13 SFL ::. KIAA14 SFF 1590 residues in 1 query sequences 1985915 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:17:29 2008 done: Thu Dec 18 15:17:30 2008 Total Scan time: 0.890 Total Display time: 0.150 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]