# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh08652.fasta.huge -Q ../query/KIAA1308.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1308, 745 aa vs ./tmplib.24314 library 1986760 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.1706+/-0.0101; mu= -6.1241+/- 0.679 mean_var=507.0073+/-123.332, 0's: 0 Z-trim: 7 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.056960 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0959 ( 820 res) hj05718 ( 820) 1254 118.0 3.8e-27 KIAA0351 ( 590 res) hg01609 ( 590) 299 39.3 0.0013 >>KIAA0959 ( 820 res) hj05718 (820 aa) initn: 972 init1: 751 opt: 1254 Z-score: 579.3 bits: 118.0 E(): 3.8e-27 Smith-Waterman score: 1254; 53.619% identity (78.016% similar) in 373 aa overlap (174-539:276-641) 150 160 170 180 190 200 KIAA13 TLELEPAPAPVPSLQPSWPSPVVAENGLSEEKPHLLVFPPDLVAEQFTLMDAELFKKVVP :. .. : ::::::.: :::.::::::: KIAA09 QFQKQEVETDNGLPNTISFSLEEEEELEGGESAEFTCFSEDLVAEQLTYMDAQLFKKVVP 250 260 270 280 290 300 210 220 230 240 250 260 KIAA13 YHCLGSIWSQRDKKGKEHLAPTIRATVTQFNSVANCVITTCLGNRSTKAPDRARVVEHWI .:::: :::.:::: ..:::::::::..:::....::..: ::.. :. .::...:.:: KIAA09 HHCLGCIWSRRDKKENKHLAPTIRATISQFNTLTKCVVSTILGGKELKTQQRAKIIEKWI 310 320 330 340 350 360 270 280 290 300 310 320 KIAA13 EVARECRILKNFSSLYAILSALQSNSIHRLKKTWEDVSRDSFRIFQKLSEIFSDENNYSL ..:.:::.::::::: ::.::::::::.:::::: : :: . .:..::.::::.::. 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