# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh05845.fasta.huge -Q ../query/KIAA1306.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1306, 1154 aa vs ./tmplib.24314 library 1986351 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 16.0352+/-0.0131; mu= -32.7510+/- 0.882 mean_var=941.7958+/-227.250, 0's: 0 Z-trim: 23 B-trim: 13 in 2/38 Lambda= 0.041792 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1139 ( 1124 res) hk00330 (1124) 965 74.5 9.9e-14 KIAA1681 ( 1236 res) fh23697 (1236) 380 39.3 0.0044 KIAA1856 ( 1134 res) fh03203 (1134) 377 39.1 0.0047 >>KIAA1139 ( 1124 res) hk00330 (1124 aa) initn: 1365 init1: 629 opt: 965 Z-score: 338.4 bits: 74.5 E(): 9.9e-14 Smith-Waterman score: 1725; 36.736% identity (53.975% similar) in 1195 aa overlap (2-1154:201-1124) 10 20 30 KIAA13 PEASAALQVRATKDYCNNYDLTSLNVKAGDI :::. :.::: ::. : .: :.:::.:::. 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KIAA11 FGVASATPG--PAAP--LPSPTPGESPPASSL----PQPEPSSLPAQGVPTPLAPSPAMQ 940 950 960 970 980 960 970 980 990 1000 KIAA13 QPVPKLQGSPTPTSKKVPLPGPG--SPEVKRAHG-TPPPVSP----KPPPPPTAPKPVKA ::: : :::: : ..: .: : ::..: : : :::::: . KIAA11 PPVP-------------PCPGPGLESSAASRWNGETEPPAAPAALLKVPGAGTAPKPV-S 990 1000 1010 1020 1010 1020 1030 1040 1050 1060 KIAA13 VAGLPSGSAGPSPAPSPARQPPAALAKPPGTPPSLGASPAKPPSPGAPALHVPAKPPRAA :: . .::. :: :: : : :: ::: KIAA11 VACTQLAFSGPKLAPR------------------LG------PRP------VP--PPR-- 1030 1040 1050 1070 1080 1090 1100 1110 1120 KIAA13 AAAAAAAAAPPAPPEGASPGDSARQKLEETSACLAAALQAVEEKIRQEDAQGPRDSAAEK : ..::. :.:.::.::. :::::.:.:..: .. .: :: KIAA11 ----------PESTGTVGPGQ-AQQRLEQTSSSLAAALRAAEKSIGTKEQEGT-PSA--- 1060 1070 1080 1090 1130 1140 1150 KIAA13 STGSILDDIGSMFDDLADQLDAMLE :: :::::..::: :::::::::. 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KIAA16 PPPPIPAPLPPQAPPKPLVTIPAPTSTKTVAPVVTQAAPPTPTPPVPPAKKQPAFPA--- 760 770 780 790 800 560 570 580 590 600 610 KIAA13 FAYVLPQPVEGEVGPAAPGPAPPPVPTAVPTLCLPPEADAEPGRPKKRAHSLNRYAASDS .:. :.: :. : :.:::. ..: : : : . . :. . ::. KIAA16 -SYIPPSP------PTPPVPVPPPTLPKQQSFCAKP-----PPSPLSPVPSVVKQIASQF 810 820 830 840 850 620 630 640 650 660 670 KIAA13 EPERDELLVPAAAG-PYATVQRRVGRSHSVRAPAGADKNVNRSQSFAVRPRKKGPPPPPP : :: . : : :. . :: : . .:. : : ::::: KIAA16 PPPPTP---PAMESQPLKPVPANVAPQSP---PAVKAKPKWQPSSIPV-PSPDFPPPPPE 860 870 880 890 900 680 690 700 710 720 730 KIAA13 KRSSSALASANLADEPVPDAEPEDGLLGVRAQCRRASDLAGSVDTGSAGSVKSIAAMLEL :.:. ::: : :: . .:: :. : . 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