# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh04045s1.fasta.nr -Q ../query/KIAA1305.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1305, 1819 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7803403 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2480+/-0.0002; mu= 12.3984+/- 0.011 mean_var=132.1579+/-25.123, 0's: 40 Z-trim: 123 B-trim: 0 in 0/67 Lambda= 0.111565 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 42, opt: 30, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|109502418|ref|XP_001056534.1| PREDICTED: simila (1894) 9306 1510.8 0 gi|119586423|gb|EAW66019.1| hCG40187, isoform CRA_ (1351) 9123 1481.2 0 gi|109083032|ref|XP_001104789.1| PREDICTED: simila (1861) 8179 1329.4 0 gi|73962717|ref|XP_547747.2| PREDICTED: similar to (2446) 7838 1274.6 0 gi|149266037|ref|XP_001476349.1| PREDICTED: hypoth (1789) 7063 1149.8 0 gi|148704283|gb|EDL36230.1| RIKEN cDNA 9130227C08R (2203) 7009 1141.2 0 gi|80751087|tpe|CAI99159.1| TPA: pol-like protein ( 968) 5456 890.8 0 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TPKAQAGPAATVSKAPA-ASKAPAAPKVPVTPRVSRAPKTPAAQKVPTDAGPTLDVARLL :::.:.: ..:: . : ::::: ..:.. .: . ::: :: ::::.::..:: gi|109 TPKVQTG---IIAKAESTAPKAPAATQAPAASNASSVSKTPEAQASAI-AGPTMDVTKLL 650 660 670 680 690 630 640 650 660 670 680 KIAA13 SEVQPTSRASVSLLKGQGQAGRQGPQSSGTLALSSKHQFQMEGLLGAWEGAPRQPPRHLQ :: .:. ...:::::. :::: :::.:.: ::::: :::::::.:. : : : : gi|109 SEEVQASKCRATVLKGQGKPGRQGLQSSSTMASRSKHQFLKEGLLGAWDGTQRLSP-HSQ 700 710 720 730 740 750 690 700 710 720 730 740 KIAA13 ANSTVTSFQRYHEALNTPFELNLSGEPGNQGLRRVVIDGSSVAMVHGLQHFFSCRGIAMA ... ::::::..::::::::.::: :::: :::::::::::::::::::::::::::::: gi|109 GTNIVTSFQRFNEALNTPFEMNLSEEPGNPGLRRVVIDGSSVAMVHGLQHFFSCRGIAMA 760 770 780 790 800 810 750 760 770 780 790 800 KIAA13 VQFFWNRGHREVTVFVPTWQLKKNRRVRESHFLTKLHSLKMLSITPSQLENGKKITTYDY ::.::::::::.::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::: gi|109 VQYFWNRGHREITVFVPTWQLKKNRRVRESHFLTKLHRLKMLSITPSQLENGKKITTYDY 820 830 840 850 860 870 810 820 830 840 850 860 KIAA13 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1300 1310 1320 1330 KIAA13 VACGLERFGQSPLPVVFLTHCNWIFSLLWELLPLWRARGFLSSDGAPLPHPSLLSYIISL ::::::::::: :::::.::::::::.:::.::::..::::::::: ::::::::::::: gi|109 VACGLERFGQSQLPVVFVTHCNWIFSVLWEFLPLWKVRGFLSSDGASLPHPSLLSYIISL 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1340 1350 1360 1370 1380 1390 KIAA13 TSGLSSLPFIYRTSYRGSLFAVTVDTLAKQGAQGGGQWWSLPKDVPAPTVSPHAMGKRPN :: .:::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::.: :.::. :..:: gi|109 TSCFSSLPFIYRTSYRGSLFAVTVDTLAKQGAQGGGQWWDLPKDVPVPIVTPHTKGRKPN 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1400 1410 1420 1430 1440 1450 KIAA13 LLALQLSDSTLADIIARLQAGQKLSGSSPFSSAFNSLSLDKESGLLMFKGDKKPRVWVVP :::::.::::::.:::.::::::::: :::::::::::::..:::::::..:.::::::: gi|109 LLALQMSDSTLANIIAKLQAGQKLSGPSPFSSAFNSLSLDQDSGLLMFKAEKHPRVWVVP 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1460 1470 1480 1490 1500 1510 KIAA13 TQLRRDLIFSVHDIPLGAHQRPEETYKKLRLLGWWPGMQEHVKDYCRSCLFCIPRNLIGS :::::::::::: :.: :: ::.::: :::::::::::.:::::::::::::::::::. gi|109 RQLRRDLIFSVHDSPMGDHQGPEDTYKTLRLLGWWPGMQDHVKDYCRSCLFCIPRNLIGG 1540 1550 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:..::.:::. : ::::.:::.:::::: .:. gi|149 TIATAG--------------------SEVPKAPAASAV---AGPTVDVAQLLSEVQ-ASK 580 590 600 630 640 650 660 670 680 KIAA13 ASVSLLKGQGQAGRQGPQSSGTLALSSKHQFQMEGLLGAWEGAPRQPPRHLQANSTVTSF . .:: ::. :::: : :.:. ::::: :::::::::. : : : :... :::: gi|149 NRAIMLKVQGKPGRQGFQPSSTVPSRSKHQFLKEGLLGAWEGSQRLSP-HSQGTNIVTSF 610 620 630 640 650 660 690 700 710 720 730 740 KIAA13 QRYHEALNTPFELNLSGEPGNQGLRRVVIDGSSVAMVHGLQHFFSCRGIAMAVQFFWNRG :::.::::::::.::: :::: ::::::::::::::::::::::::::::::::.::::: gi|149 QRYNEALNTPFEMNLSEEPGNPGLRRVVIDGSSVAMVHGLQHFFSCRGIAMAVQYFWNRG 670 680 690 700 710 720 750 760 770 780 790 800 KIAA13 HREVTVFVPTWQLKKNRRVRESHFLTKLHSLKMLSITPSQLENGKKITTYDYRFMVKLAE :::.::::::::::::::::::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::: gi|149 HREITVFVPTWQLKKNRRVRESHFLTKLHRLKMLSITPSQLENGKKITTYDYRFMVKLAE 730 740 750 760 770 780 810 820 830 840 850 860 KIAA13 ETDGIIVTNEQIHILMNSSKKLMVKDRLLPFTFAGNLFMVPDDPLGRDGPTLDEFLKKPN ::::.::::::::::::.:::::::::::::::::.::::::::::::::::.::::::: 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