# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh11961mrp1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1286.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1286, 1214 aa vs ./tmplib.24314 library 1986291 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.6126+/-0.00916; mu= -14.9671+/- 0.618 mean_var=363.9777+/-85.858, 0's: 0 Z-trim: 11 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.067226 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1807 ( 702 res) fk00712 ( 702) 650 77.6 7.3e-15 KIAA0215 ( 857 res) ha02776 ( 857) 647 77.4 1.1e-14 KIAA0239 ( 849 res) ha06313 ( 849) 623 75.1 5.2e-14 KIAA0876 ( 1119 res) hh03683 (1119) 408 54.3 1.2e-07 KIAA0677 ( 1073 res) hk02635 (1073) 384 52.0 6e-07 KIAA0780 ( 1100 res) hk05362 (1100) 379 51.5 8.5e-07 KIAA0783 ( 899 res) hk05408 ( 899) 290 42.8 0.00029 KIAA1740 ( 1119 res) pj00674 (1119) 240 38.0 0.0099 >>KIAA1807 ( 702 res) fk00712 (702 aa) initn: 706 init1: 228 opt: 650 Z-score: 358.7 bits: 77.6 E(): 7.3e-15 Smith-Waterman score: 747; 33.710% identity (60.633% similar) in 442 aa overlap (163-598:1-389) 140 150 160 170 180 190 KIAA12 SGIQPEAPPLPAAYYRYIEKPPEDLDAEVEYDMDEEDLAWLDMVNEKRRVDGHSLVSADT ::... : :::...::. . : .. : KIAA18 YDLNDMDAAWLELTNEEFKEMGMPELDEYT 10 20 30 200 210 220 230 240 KIAA12 FELLVDRLEKESYLE-SRSSGAQQSL---IDEDAFCCVCLDDECHNSNVILFCDICNLAV .: .....:.. : . ... ....: :::. : :: . . ...: ..::: ::. : KIAA18 MERVLEEFEQRCYDNMNHAIETEEGLGIEYDEDVVCDVCQSPDGEDGNEMVFCDKCNICV 40 50 60 70 80 90 250 260 270 280 290 300 KIAA12 HQECYGVPYIPEGQWLCRCCLQSPSRPVDCILCPNKGGAFKQTSDG-HWAHVVCAIWIPE :: :::. .:::.:::: : . .: :.:::.::::.: : .: .:.:: ::.:::: KIAA18 HQACYGILKVPEGSWLCRTCALG-VQP-KCLLCPKKGGAMKPTRSGTKWVHVSCALWIPE 100 110 120 130 140 310 320 330 340 350 360 KIAA12 VCFANTVFLEPIEGIDNIPPARWKLTCYICKQKGLGAAIQCHKVNCYTAFHVTCAQRAGL : ... .::: ...:: .:: :.: .:..: .::.::: :: :::::::: :: KIAA18 VSIGSPEKMEPITKVSHIPSSRWALVCSLCNEK-FGASIQCSVKNCRTAFHVTCAFDRGL 150 160 170 180 190 200 370 380 390 400 410 420 KIAA12 FMKIEPMRETSLNGTIFTVRKTAYCEAHSPPGAATARRKGDSPRSISETGDEEGLKEGDG :: . :.. :. .:: :: ..:: : ::.: : : KIAA18 EMKT-ILAEND------EVKFKSYCPKHS------SHRK---P--------EESL--GKG 210 220 230 240 430 440 450 460 470 480 KIAA12 EEEEEEEVEEEEQEAQGGVSGSLKGVPKKSKMSL-KQKIKKEPEEAGQDTPSTLPMLAVP .:. : .. .. .. . ..:. :::... .: . . .: : KIAA18 AAQENGAPECSPRNPLEPFASLEQNREEAHRVSVRKQKLQQLEDE----FYTFVNLLDVA 250 260 270 280 290 490 500 510 520 530 540 KIAA12 QIPSYRLNKICSGLSFQRKNQFMQRLHNYWLLKRQARNGVPLIRRLHSHLQSQRNAEQRE . . :: . . .. :..:: :::.. . ::: . . . : .:: KIAA18 R--ALRLPE-----------EVVDFLYQYWKLKRKVNFNKPLIT---PKKDEEDNLAKRE 300 310 320 330 340 550 560 570 580 590 600 KIAA12 QDEKTSAVKEELKYWQKLRHDLERARLLIELIRKREKLKREQVKVQQAAMELELMPFNVL :: .. ..:. . .::.::::.: : .. .:::.:: :::. ..: KIAA18 QD----VLFRRLQLFTHLRQDLERVRNLTYMVTRREKIKRSVCKVQEQIFNLYTKLLEQE 350 360 370 380 390 610 620 630 640 650 660 KIAA12 LRTTLDLLQEKDPAHIFAEPVNLSEVPDYLEFISKPMDFSTMRRKLESHLYRTLEEFEED KIAA18 RVSGVPSSCSSSSLENMLLFNSPSVGPDAPKIEDLKWHSAFFRKQMGTSLVHSLKKPHKR 400 410 420 430 440 450 >>KIAA0215 ( 857 res) ha02776 (857 aa) initn: 740 init1: 227 opt: 647 Z-score: 355.9 bits: 77.4 E(): 1.1e-14 Smith-Waterman score: 740; 31.538% identity (55.000% similar) in 520 aa overlap (123-626:123-571) 100 110 120 130 140 150 KIAA12 PQFPGKSKKPSSKGKKKESCSKHASGTSFHLPQPSFRMVDSGIQPEAPPLPAAYYRYIEK .::::.:.. .. : : . . 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KIAA02 HCHENMNHAIETEEGLGIEYDEDVICDVCRSPDSEEGNDMVFCDKCNVCVHQACYGILKV 220 230 240 250 260 270 260 270 280 290 300 310 KIAA12 PEGQWLCRCCLQSPSRPVDCILCPNKGGAFKQTSDG-HWAHVVCAIWIPEVCFANTVFLE :::.:::: :. . : .:.:::.::::.: :. : .:::: ::.::::: .: .: KIAA02 PEGSWLCRSCVLGI-YP-QCVLCPKKGGALKTTKTGTKWAHVSCALWIPEVSIACPERME 280 290 300 310 320 320 330 340 350 360 370 KIAA12 PIEGIDNIPPARWKLTCYICKQKGLGAAIQCHKVNCYTAFHVTCAQRAGLFMKIEPMRET :: :..:::.:: :.: .:: : :: ::: .: :::::::: . :: :: : KIAA02 PITKISHIPPSRWALVCNLCKLK-TGACIQCSIKSCITAFHVTCAFEHGLEMK------T 330 340 350 360 370 380 380 390 400 410 420 430 KIAA12 SLN-GTIFTVRKTAYCEAHSPPGAATARRKGDSPRSISETGDEEGLKEGDGEEEEEEEVE :. : :. .:: :: :.: :: : .. KIAA02 ILDEGD--EVKFKSYCLKHSQ-----NRQKL-------------------GEAEYPHHRA 390 400 410 440 450 460 470 480 490 KIAA12 EEEQEAQGGVSGSLKGVPKKSKMSLKQKIKKEPEEAGQDTPSTLPMLAVPQIPSYRLNKI .:...: :. : ::. . .: :: . . . : .:. .. : KIAA02 KEQSQA------------KSEKTSLRAQKLRELEEEFYSLVRVEDVAAELGMPTLAVDFI 420 430 440 450 460 500 510 520 530 540 550 KIAA12 CSGLSFQRKNQFMQRLHNYWLLKRQARNGVPLIRRLHSHLQSQRNAEQREQDEKTSAVKE .::: :::.. . :: . ... :. . : ... KIAA02 ----------------YNYWKLKRKSNFNKPL-------FPPKEDEENGLVQPKEESIHT 470 480 490 500 560 570 580 590 600 610 KIAA12 ELKYWQKLRHDLERARLLIELIRKREKLKREQVKVQQAAMELELMPFNVLLRTTLDLLQE .......::.::::.: : .: .::::: . :.:. . :... .: . . : : . KIAA02 RMRMFMHLRQDLERVRNLCYMISRREKLKLSHNKIQEQIFGLQVQLLNQEIDAGLPLTNA 510 520 530 540 550 560 620 630 640 650 660 670 KIAA12 KDPAHIFAEPVNLSEVPDYLEFISKPMDFSTMRRKLESHLYRTLEEFEEDFNLIVTNCMK . . .. : KIAA02 LENSLFYPPPRITLKLKMPKSTPEDHRNSSTETDQQPHSPDSSSSVHSIRNMQVPQESLE 570 580 590 600 610 620 >>KIAA0239 ( 849 res) ha06313 (849 aa) initn: 711 init1: 223 opt: 623 Z-score: 343.3 bits: 75.1 E(): 5.2e-14 Smith-Waterman score: 703; 31.056% identity (54.865% similar) in 483 aa overlap (123-600:157-567) 100 110 120 130 140 150 KIAA12 PQFPGKSKKPSSKGKKKESCSKHASGTSFHLPQPSFRMVDSGIQPEAPPLPAAYYRYIEK .:.: :.. : : :.. . : KIAA02 QLSPDDYYILADPWRQEWEKGVQVPAGAEAIPEPVVRILPPLEGPPAQASPSSTM-LGEG 130 140 150 160 170 180 160 170 180 190 200 210 KIAA12 PPEDLDAEVEYDMDEEDLAWLDMVNEKRRVDGHSLVSADTFELLVDRLEKESYLE-SRSS : . .::.:: : ::...: . . . .. :.: ....:: . . .:. KIAA02 SQPDWPGGSRYDLDEIDAYWLELINSELKEMERPELDELTLERVLEELETLCHQNMARAI 190 200 210 220 230 240 220 230 240 250 260 KIAA12 GAQQSL---IDEDAFCCVCLDDECHNSNVILFCDICNLAVHQECYGVPYIPEGQWLCRCC .:..: :::. : :: . : ...: ..::: ::. ::: :::. .: :.:::: : KIAA02 ETQEGLGIEYDEDVVCDVCRSPEGEDGNEMVFCDKCNVCVHQACYGILKVPTGSWLCRTC 250 260 270 280 290 300 270 280 290 300 310 320 KIAA12 LQSPSRPVDCILCPNKGGAFKQTSDG-HWAHVVCAIWIPEVCFANTVFLEPIEGIDNIPP . .: :.:::..:::.: : .: .:.:: ::.::::: .. .::: :..:: KIAA02 ALG-VQP-KCLLCPKRGGALKPTRSGTKWVHVSCALWIPEVSIGCPEKMEPITKISHIPA 310 320 330 340 350 360 330 340 350 360 370 380 KIAA12 ARWKLTCYICKQKGLGAAIQCHKVNCYTAFHVTCAQRAGLFMKIEPMRETSLNGTIFTVR .:: :.: .::. :. ::: .: ::::::: :: :. : : . :. KIAA02 SRWALSCSLCKEC-TGTCIQCSMPSCVIAFHVTCAFDHGLEMR------TILADND-EVK 370 380 390 400 410 390 400 410 420 430 440 KIAA12 KTAYCEAHSPPGAATARRKGDSPRSISETGDEEGLKEGDGEEEEEEEVEEEEQEAQGGVS ..:. :: : ::. : . : . .:.: KIAA02 FKSFCQEHSDGG----------PRN--------------------EPTSEPTEPSQAGE- 420 430 440 450 460 470 480 490 500 KIAA12 GSLKGVPKKSKMSLKQKIKKEPEEAGQDTPSTLPMLAVPQIPSYRLNKICSGLSFQRKNQ .:. : . ::.... :. . :. : . ::. . ..: KIAA02 -DLEKVTLR-----KQRLQQLEED--------FYELVEPAEVAERLDLAEALVDF----- 450 460 470 480 510 520 530 540 550 560 KIAA12 FMQRLHNYWLLKRQARNGVPLIRRLHSHLQSQRNAEQREQDEKTSAVKEELKYWQKLRHD ...:: :::.: . :: : . . : :.::: .. ..:: . .::.: KIAA02 ----IYQYWKLKRKANANQPL---LTPKTDEVDNLAQQEQD----VLYRRLKLFTHLRQD 490 500 510 520 530 570 580 590 600 610 620 KIAA12 LERARLLIELIRKREKLKREQVKVQQAAMELELMPFNVLLRTTLDLLQEKDPAHIFAEPV :::.: : .. .::. :. :.:. ..:.. KIAA02 LERVRNLCYMVTRRERTKHAICKLQEQIFHLQMKLIEQDLCRGLSTSFPIDGTFFNSWLA 540 550 560 570 580 590 630 640 650 660 670 680 KIAA12 NLSEVPDYLEFISKPMDFSTMRRKLESHLYRTLEEFEEDFNLIVTNCMKYNAKDTIFHRA KIAA02 QSVQITAENMAMSEWPLNNGHREDPAPGLLSEELLQDEETLLSFMRDPSLRPGDPARKAR 600 610 620 630 640 650 >>KIAA0876 ( 1119 res) hh03683 (1119 aa) initn: 438 init1: 194 opt: 408 Z-score: 229.0 bits: 54.3 E(): 1.2e-07 Smith-Waterman score: 408; 36.508% identity (59.259% similar) in 189 aa overlap (238-422:780-956) 210 220 230 240 250 260 KIAA12 SRSSGAQQSLIDEDAFCCVCLDDECHNSNVILFCDICNLAVHQECYGV-PYIPEGQWLCR .. : : : :: :::. : . . : : KIAA08 LIPEMCFTSGGENTEPLPANSYIGDDGTSPLIACGKCCLQVHASCYGIRPELVNEGWTCS 750 760 770 780 790 800 270 280 290 300 310 320 KIAA12 CCLQSPSRPVDCILCPNKGGAFKQTSDGHWAHVVCAIWIPEVCFANTVFLEPIEGIDNIP : . . ..: :: .:::...:.: .: ::.::: .::. : :.. .:.. :. :: KIAA08 RC-AAHAWTAECCLCNLRGGALQMTTDRRWIHVICAIAVPEARFLNVIERHPVD-ISAIP 810 820 830 840 850 860 330 340 350 360 370 380 KIAA12 PARWKLTCYICKQ---KGLGAAIQCHKVNCYTAFHVTCAQRAGLFMKIEPMRETSLNGTI :::: : :.. : :: ::: .: :.::::::. ::..: :: . KIAA08 EQRWKLKCVYCRKRMKKVSGACIQCSYEHCSTSFHVTCAHAAGVLM--EP------DDWP 870 880 890 900 910 390 400 410 420 430 440 KIAA12 FTVRKTAYCEAHSPPGAATARRKGDSPRSISETGDEEGLKEGDGEEEEEEEVEEEEQEAQ ..: : : :. : :. .. : .. : ...:: KIAA08 YVVSIT--CLKHKSGGHAVQLLRAVSLGQVVITKNRNGLYYRCRVIGAASQTCYEVNFDD 920 930 940 950 960 970 450 460 470 480 490 500 KIAA12 GGVSGSLKGVPKKSKMSLKQKIKKEPEEAGQDTPSTLPMLAVPQIPSYRLNKICSGLSFQ KIAA08 GSYSDNLYPESITSRDCVQLGPPSEGELVELRWTDGNLYKAKFISSVTSHIYQVEFEDGS 980 990 1000 1010 1020 1030 >>KIAA0677 ( 1073 res) hk02635 (1073 aa) initn: 339 init1: 198 opt: 384 Z-score: 216.6 bits: 52.0 E(): 6e-07 Smith-Waterman score: 384; 37.500% identity (65.972% similar) in 144 aa overlap (231-370:737-878) 210 220 230 240 250 260 KIAA12 EKESYLESRSSGAQQSLIDEDAFCCVCLDDECHNSNVILFCDICNLAVHQECYGVPYIPE : ...... : :.. :: ::::: KIAA06 QKQRTKPLIPEMCFTSTGCSTDINLSTPYLEEDGTSILVSCKKCSVRVHASCYGVPPAKA 710 720 730 740 750 760 270 280 290 300 310 KIAA12 GQ-WLCRCCLQSPSRPVDCILCPNKGGAFKQTSDGHWAHVVCAIWIPEVCFANTVFLEPI .. :.: : .. . :: :: .:::.....: .:.:: ::. : :. :.: . :. KIAA06 SEDWMCSRC-SANALEEDCCLCSLRGGALQRANDDRWVHVSCAVAILEARFVNIAERSPV 770 780 790 800 810 820 320 330 340 350 360 370 KIAA12 EGIDNIPPARWKLTCYICKQK---GLGAAIQCHKVNCYTAFHVTCAQRAGLFMKIEPMRE . ...:: :.:: : .::.. : .:: . : :::::.::: ::..:. KIAA06 D-VSKIPLPRFKLKCIFCKKRRKRTAGCCVQCSHGRCPTAFHVSCAQAAGVMMQPDDWPF 830 840 850 860 870 880 380 390 400 410 420 430 KIAA12 TSLNGTIFTVRKTAYCEAHSPPGAATARRKGDSPRSISETGDEEGLKEGDGEEEEEEEVE KIAA06 VVFITCFRHKIPNLERAKGALQSITAGQKVISKHKNGRFYQCEVVRLTTETFYEVNFDDG 890 900 910 920 930 940 >>KIAA0780 ( 1100 res) hk05362 (1100 aa) initn: 324 init1: 191 opt: 379 Z-score: 213.9 bits: 51.5 E(): 8.5e-07 Smith-Waterman score: 379; 40.541% identity (64.189% similar) in 148 aa overlap (231-373:761-903) 210 220 230 240 250 KIAA12 EKESYLESRSSGAQQSLIDEDAFCCVCLDDECHNSNVILFCDICNLAVHQECYGVPY--I : ...... : : . :: :::.: : KIAA07 SEGKTKPLIPEMCFIYSEENIEYSPPNAFLEEDGTSLLISCAKCCVRVHASCYGIPSHEI 740 750 760 770 780 790 260 270 280 290 300 310 KIAA12 PEGQWLCRCCLQSPSRPVDCILCPNKGGAFKQTSDGHWAHVVCAIWIPEVCFANTVFLEP .: ::: : . . ..: :: .:::.:::....::::.::. .::: :.:. KIAA07 CDG-WLCARC-KRNAWTAECCLCNLRGGALKQTKNNKWAHVMCAVAVPEVRFTNVPERTQ 800 810 820 830 840 320 330 340 350 360 370 KIAA12 IEGIDNIPPARWKLTCYICK---QKGLGAAIQCHKVNCYTAFHVTCAQRAGLFMKIEPMR :. . :: : :: : .:. .. :: ::: : ..::::::. ::..: :: KIAA07 ID-VGRIPLQRLKLKCIFCRHRVKRVSGACIQCSYGRCPASFHVTCAHAAGVLM--EPDD 850 860 870 880 890 900 380 390 400 410 420 430 KIAA12 ETSLNGTIFTVRKTAYCEAHSPPGAATARRKGDSPRSISETGDEEGLKEGDGEEEEEEEV KIAA07 WPYVVNITCFRHKVNPNVKSKACEKVISVGQTVITKHRNTRYYSCRVMAVTSQTFYEVMF 910 920 930 940 950 960 >>KIAA0783 ( 899 res) hk05408 (899 aa) initn: 333 init1: 151 opt: 290 Z-score: 168.5 bits: 42.8 E(): 0.00029 Smith-Waterman score: 416; 25.547% identity (54.258% similar) in 411 aa overlap (188-569:297-677) 160 170 180 190 200 210 KIAA12 DAEVEYDMDEEDLAWLDMVNEKRRVDGHSLVSADTFELLVDRLEKESYLESRSSGAQQSL .. :.. : .. ...: . .:.. ... 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KIAA07 PFF-----AYCKQHADRLDRKWKRKNYLALQSYCKMSLQEREKQLSPEAQARINARLQQY 510 520 530 540 550 450 460 470 480 490 KIAA12 EAQGGVSGSLKG---VPKK-------SKMSLKQKIKKEPEEAGQDTPSTLPMLAVPQIPS .:.. .. : . ::.. :. : .:. .. : : .: . .: . . KIAA07 RAKAELARSTRPQAWVPREKLPRPLTSSASAIRKLMRKAELMGIST-DIFP------VDN 560 570 580 590 600 500 510 520 530 540 KIAA12 YRLNKICSGLSFQRKNQFMQRLHNYWLLKRQARNGVPLIRRLHSHLQSQRN-AEQREQDE .. .: ... . . ::.. .:. : .: :.: :::.. . 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