# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh04108s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1281.ptfa ./tmplib.24314 2
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
KIAA1281, 1534 aa
vs ./tmplib.24314 library
1985971 residues in 2037 sequences
Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.9304+/-0.00875; mu= -4.9086+/- 0.594
mean_var=307.0204+/-72.129, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 7 in 1/39
Lambda= 0.073197
FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16
The best scores are: opt bits E(2037)
KIAA0295 ( 981 res) hf00226 ( 981) 495 66.9 2.2e-11
>>KIAA0295 ( 981 res) hf00226 (981 aa)
initn: 1353 init1: 324 opt: 495 Z-score: 296.3 bits: 66.9 E(): 2.2e-11
Smith-Waterman score: 2215; 43.373% identity (65.153% similar) in 1079 aa overlap (513-1533:1-981)
490 500 510 520 530 540
KIAA12 NRGGANGKGRRGSLNASGRRTPPNCAAEDIKASPSSTNKRKNKPPMELDLNSSSEDNKPG
::::::.::::::: ...:::::::.: .
KIAA02 KASPSSANKRKNKPLSDMELNSSSEDSKGS
10 20 30
550 560 570 580 590 600
KIAA12 KRVRTNSRSTPTTP-QG-KPETTFLDQGCSSPVLIDCPHPNCNKKYKHINGLRYHQAHAH
::::::: .. : : : : : : ::..: ::::::::::::::::::::::.:::::::
KIAA02 KRVRTNSMGSATGPLPGTKVEPTVLDRNCPSPVLIDCPHPNCNKKYKHINGLKYHQAHAH
40 50 60 70 80 90
610 620 630 640 650
KIAA12 LDPENKLEFEPDSEDKISDCEEGLSNVAL-ECSEPSTSVSAYDQLKAPASPGAGNPPGTP
: ..: : . ::: :: . .. : :. ..::: .: .:: . ::
KIAA02 TDDDSKPEADGDSEYG----EEPILHADLGSCN--GASVSQKGSL-SPARSA------TP
100 110 120 130
660 670 680 690 700 710
KIAA12 KGKR-ELMSNGPGSIIGAKAGKNSGKKKGLNNELNNLPVISNMTAALDSCSAADGSLAAE
: . : : .:.: ...: : . : .: .. ..: ..:: :. . :: . .
KIAA02 KVRLVEPHSPSPSSKFSTK-GLCKKKLSGEGD--TDLGALSN-----DGSD--DGPSVMD
140 150 160 170 180
720 730 740 750 760 770
KIAA12 MPKLEAEGLIDKKNLGDKEKGKKANNCKTDKNLSK-LKSARPIAPAPAPTPPQLIAIPTA
. .: ...: . .::: :: .. : .: :: :::::::::: : : :. .. ::
KIAA02 ETSNDAFDSLERKCM-EKEKCKKPSSLKPEKIPSKSLKSARPIAPA-IP-PQQIYTFQTA
190 200 210 220 230 240
780 790 800 810 820 830
KIAA12 TFTTTTTGTIPGLPSLTTTVVQATPKSPPLKPIQPKPTIMGEPITVNPALVSLKDKKKKE
:::... :. :: :.::.:: :.:: :::::::::.::::.::::::. ::::::.
KIAA02 TFTAASPGSSSGL---TATVAQAMPNSPQLKPIQPKPTVMGEPFTVNPALTPAKDKKKKD
250 260 270 280 290 300
840 850 860 870 880 890
KIAA12 KRKLKDKEGKETGSPKMDAKLGKLEDSKGASKDLPGHFLKDHLNKNEGLANGLSESQESR
:.: . .:: :: .:. . :..:. .. :. .: ::: :: :. ..::
KIAA02 KKK--KESSKELESPLTPGKVCRAEEGKSPFRESSGNGMK-----MEGLLNGSSDPHQSR
310 320 330 340 350
900 910 920 930 940 950
KIAA12 MASIKAEADKVYTFTDNAPSPSIGSASRLECSTLVNGQAPMAPLHVLTQNGAESSAAKTS
.:::::::::.:.:::::::::::..:::: .: :..::::.::::::.:..::.
KIAA02 LASIKAEADKIYSFTDNAPSPSIGGSSRLENTT---PTQPLTPLHVVTQNGAEASSVKTN
360 370 380 390 400 410
960 970 980 990 1000 1010
KIAA12 SPAYSDISDAADDGGSDSRSEGMRSKASSPSDIISSKDS--VVKGHSSTTAQSSQLKESH
::::::::::..:: :: : ..:::. .:: .. : : . .
KIAA02 SPAYSDISDAGEDG------EG-------KVDSVKSKDAEQLVKEGAKKTLFPPQPQSKD
420 430 440 450
1020 1030 1040 1050 1060 1070
KIAA12 SPYYHSYDPYYSPSYMH--PGQVGAPAAGNSGSTQGMKIKKESE-EDAEKKDKAEQLDSK
::::.... :::::: . :: .. :.. . .:..: :.. : :. : : : . . :
KIAA02 SPYYQGFESYYSPSYAQSSPGALN-PSSQAGVESQALKTKRDEEPESIEGKVKNDICEEK
460 470 480 490 500 510
1080 1090 1100 1110 1120
KIAA12 KVDHNSASLQPQHQSVITQRHPALAQSLYYGQYAY----GLYMDQK---SLMATSPAYRQ
: . .:.: :: ::: :: :::::.:::: : : ::. :..:. ::::
KIAA02 KPELSSSSQQP---SVIQQRPNMYMQSLYYNQYAYVPPYG-YSDQSYHTHLLSTNTAYRQ
520 530 540 550 560 570
1130 1140 1150 1160 1170 1180
KIAA12 QYEKYYEDQRLAEQKMAQTGRGDCERKSELPLKELG---KEETKQKNMPSATISKAPSTP
::: :.:. .:.. : :: ..:.:. ::: ::: ::: :..::::
KIAA02 QYE---EQQK--RQSLEQQQRG-VDKKAEMGLKEREAALKEEWKQKPSIPPTLTKAPSL-
580 590 600 610 620
1190 1200 1210 1220 1230
KIAA12 EPNKNHSKLGPSVPNKTEETG----KSQLLS--NHQQQL--QA-DSFKAKQMENHQLIKE
. : : :.:..: : :: .. . ...: :: ...:.: . .: ::
KIAA02 ------TDLVKSGPGKAKEPGADPAKSVIIPKLDDSSKLPGQAPEGLKVKLSDASHLSKE
630 640 650 660 670 680
1240 1250 1260 1270 1280 1290
KIAA12 AVEMKSVMDSMKQTGVDPTSRFKQDPDSRTWHHYVYQPKYLDQQKSEEL---DREKKLKE
: : :. . .:. .:: ..:. . : : ::: :: : .. .: .:..::::
KIAA02 ASEAKTGAECGRQAEMDPILWYRQEAEPRMWT-YVYPAKYSDIKSEDERWKEERDRKLKE
690 700 710 720 730
1300 1310 1320 1330 1340
KIAA12 DSPRKTPNKESGVPSLPVSLTSIKEEPKEAKHPDSQ--SMEESKLKNDDRKTPVNWKDSR
. : .:.: :: ::. ::. : . . :::.: . . . :.
KIAA02 ERSR---SKDS-VP---------KEDGKESTSSDCKLPTSEESRLGSKEPRPSVH-----
740 750 760 770 780
1350 1360 1370 1380 1390 1400
KIAA12 GTRVAVSSPMSQHQSYIQYLHAYPYPQMYDPSHPAYRAVSPVLMHSYPGAYLSPGFHYPV
: ::::..:::::: :.:.: : : :::.::.::.. :.:..:::.:: .. .
KIAA02 ---VPVSSPLTQHQSYIPYMHGYSYSQSYDPNHPSYRSMPAVMMQNYPGSYLPSSYSFSP
790 800 810 820 830
1410 1420 1430 1440 1450 1460
KIAA12 YG-KMSGREETEKVNTSPSVNTKTTTESKALDLLQQHANQYRSKSPAPVEKATAEREREA
:: :.:: :...:. .::::. :...::::::.:::::..:.::::. .:.. ::.: .
KIAA02 YGSKVSGGEDADKARASPSVTCKSSSESKALDILQQHASHYKSKSPTISDKTSQERDRGG
840 850 860 870 880 890
1470 1480 1490 1500
KIAA12 -------------------ER--ERDRHSPFGQRHLHTHHHTHVGMGYPLIPGQYD-PFQ
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KIAA02 CGVVGGGGSCSSVGGASGGERSVDRPRTSP-SQRLMSTHHHHH-HLGYSLLPAQYNLPYA
900 910 920 930 940 950
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KIAA12 -GLTSAALVASQQVAAQASASGMFPGQRRE
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KIAA02 AGLSSTAIVASQQ----GSTPSLYPPPRR
960 970 980
1534 residues in 1 query sequences
1985971 residues in 2037 library sequences
Scomplib [34.26]
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Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]