# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fj11251.fasta.huge -Q ../query/KIAA1277.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1277, 1039 aa vs ./tmplib.24314 library 1986466 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.0009+/-0.00797; mu= -7.7515+/- 0.537 mean_var=294.1103+/-70.177, 0's: 0 Z-trim: 6 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.074786 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1608 ( 872 res) fj20142 ( 872) 344 51.3 6.8e-07 KIAA0476 ( 1626 res) ah04654 (1626) 289 45.6 6.6e-05 KIAA1091 ( 1359 res) hk04373 (1359) 267 43.1 0.0003 KIAA1766 ( 1123 res) fj16085(revised) (1123) 254 41.6 0.00069 KIAA0870 ( 1019 res) hk06970(revised) (1019) 218 37.7 0.0095 >>KIAA1608 ( 872 res) fj20142 (872 aa) initn: 303 init1: 303 opt: 344 Z-score: 215.6 bits: 51.3 E(): 6.8e-07 Smith-Waterman score: 344; 31.609% identity (66.092% similar) in 174 aa overlap (728-901:29-197) 700 710 720 730 740 750 KIAA12 VSRLGCFSLFSRILDEVEKRRGISPALVQPLMRSVMEAPFPALGKTILVKNFLPGSGTEV :.... . :.: : .. : . . 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KIAA16 TPFDDLQS-LPNDVISSLKNRLKKVSTTTGDGVARAFLKAQAAFFGSYRNALKIEPKGSG 180 190 200 210 220 230 >>KIAA0476 ( 1626 res) ah04654 (1626 aa) initn: 161 init1: 116 opt: 289 Z-score: 179.9 bits: 45.6 E(): 6.6e-05 Smith-Waterman score: 330; 24.664% identity (53.587% similar) in 446 aa overlap (612-991:341-765) 590 600 610 620 630 640 KIAA12 LARELIEYQERQLFEYFVVVSLHKKQAGAAYVPELTQQFPLKLERSFKFMREAEDQLKAI : :: ..: . ...: . ... 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KIAA04 ELAITLLLAVLTEHKLLVHSLRPDLLTSVCEALVSMIFPLHWQCPYIPLCPLVLADVLSA 540 550 560 570 580 590 850 860 870 880 890 KIAA12 PTPFLIGLLSSSLPLLRELPLEEVLVVDLVNSRFLRQMDDEDSILPRKL-----QVVLEH :.::..:. :: . : . : .:. ::: .. : : ... . :: : .:.: KIAA04 PVPFIVGIHSSYFDL--HDPPADVICVDL-DTNTLFQTEEKKLLSPRTLPRRPYKVLLAT 600 610 620 630 640 650 900 910 920 930 940 KIAA12 ILEQRNEL----ACEQDEGPLD----------GRHGPESSPLNEVVSEAFVRFFVEIVGH . . ..: . ..:. :. ::. . :.. :. ::.::.. .. 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KIAA10 EDGEDTPVTKLQRFNSYDISRDTLYVSKCICLITPMSFMKACRSVLQQLHQAVTSPQP-P 250 260 270 280 290 300 730 740 750 760 770 KIAA12 PALVQPLMRSVM-EAPFPALGKTILVKNFLPGSGTEVIELC-RPLDSRLEHVDF--ESLF : .. . .:. :.:.: :... .: ::. .: :: ..: :: . .: KIAA10 PLPLESYIYNVLYEVPLPPPGRSL---KF---SGVYGPIICQRPSTNELPLFDFPVKEVF 310 320 330 340 350 360 780 790 800 810 820 830 KIAA12 SSLSVRHLVCVFASLLLERRVIFIADKLSILSKCCHAMVALIYPFAWQHTYIPVLPPAMV :.:... .:. ::: .... ... . : ....::..:: :::.:.:.:: ... KIAA10 ELLGVENVFQLFTCALLEFQILLYSQHYQRLMTVAETITALMFPFQWQHVYVPILPASLL 370 380 390 400 410 420 840 850 860 870 880 890 KIAA12 DIVCSPTPFLIGLLSSSLPLLR--ELPLEEVLVVDLVNSRFLRQMDDEDSILPRKLQVVL .. .:.:.:.:: :..: ::: : : ....:.. .: . .: ::. : KIAA10 HFLDAPVPYLMGLHSNGLDDRSKLELPQEANLCFVDIDNHFIELPEDLPQ-FPNKLEFVQ 430 440 450 460 470 480 900 910 920 930 940 950 KIAA12 EHILEQRNELACEQDEGPLDGRHGPESSPLNEVVSEAFVRFFVEIVGHYSLFLTSGEREE : KIAA10 EVSEILMAFGIPPEGNLHCSESASKLKRLRASELVSDKRNGNIAGSPLHSYELLKENETI 490 500 510 520 530 540 >>KIAA1766 ( 1123 res) fj16085(revised) (1123 aa) initn: 189 init1: 157 opt: 254 Z-score: 161.7 bits: 41.6 E(): 0.00069 Smith-Waterman score: 257; 24.872% identity (52.564% similar) in 390 aa overlap (639-992:14-391) 610 620 630 640 650 660 KIAA12 GAAYVPELTQQFPLKLERSFKFMREAEDQLKAIPQFCFPDAKDWVPVQQFTSETF-SFVL ..: :: : . : .. . :: :: KIAA17 RFPQKDWDDTPFPQGIELFCQPGG--WQLSRERKQPTFFVVVL 10 20 30 40 670 680 690 700 KIAA12 TGEDGSRRFGYCRRL------LPGGKGKRL-----------------PEVYCIVSRLGCF : :..:.. : . : : : ... :. .:::: KIAA17 TDIDSDRHYCSCLTFYEAEINLQGTKKEEIEGEAKVSGLIQPAEVFAPKSLVLVSRLYYP 50 60 70 80 90 100 710 720 730 740 750 760 KIAA12 SLFSRILDEVEKRRGISPAL-VQPLMRSVMEAPFPALGKTILVKNFLPGSGTEVIELCRP .: : . : . .. :. .. :: : . : : :.: . . . : KIAA17 EIFRACLGLIYTVYVDSLNVSLESLIANLCACLVPAAGGS--QKLFSLGAGDRQL-IQTP 110 120 130 140 150 770 780 790 800 810 820 KIAA12 LDSRLE--HVDFESLFSSLSVRHLVCVFASLLLERRVIFIADKLSILSKCCHAMVALIYP : . : .. ::..:...... .: ..: : .:.: . ... :: :.:. .:..: KIAA17 LHDSLPITGTSVALLFQQLGIQNVLSLFCAVLTENKVLFHSASFQRLSDACRALESLMFP 160 170 180 190 200 210 830 840 850 860 870 880 KIAA12 FAWQHTYIPVLPPAMVDIVCSPTPFLIGLLSSSLPLLRELPLEEVLVVDLVNSRFLRQMD . ... :::.:: ..... :::::.::. : ..:: .:...:: .. . KIAA17 LKYSYPYIPILPAQLLEVLSSPTPFIIGVHSVFKTDVHEL--LDVIIADLDGGTIKIPEC 220 230 240 250 260 270 890 900 910 920 930 KIAA12 DEDSILPRKL----QVVLEHILEQRNELACEQDEGPLDGRHGPESSPLNEVVSEAFVRFF . : ::. : : .: ::. :.: . : . .:. :.. : .:.:.: KIAA17 IHLSSLPEPLLHQTQSALSLILHPDLEVADHAFPPPRTAL--SHSKMLDKEVRAVFLRLF 280 290 300 310 320 330 940 950 960 970 980 990 KIAA12 VEIV-GHYSLFLTSGEREERTLQ--REAFRKAVSSKSL--RHFLEVFMETQMFRGFIQER ... :. : . . : ... . :: .....: :: . . : ::..:: KIAA17 AQLFQGYRSCLQLIRIHAEPVIHFHKTAF---LGQRGLVENDFLTKVLSGMAFAGFVSER 340 350 360 370 380 390 1000 1010 1020 1030 KIAA12 ELRRQDAKGLFEVRAQEYLETLPSGEHSGVNKFLKGLGNKMKFLHKK KIAA17 GPPYRSCDLFDELVAFEVERIKVEENNPVKMIKHVRELAEQLFKNENPNPHMAFQKVPRP 400 410 420 430 440 450 >>KIAA0870 ( 1019 res) hk06970(revised) (1019 aa) initn: 190 init1: 137 opt: 218 Z-score: 141.2 bits: 37.7 E(): 0.0095 Smith-Waterman score: 235; 24.681% identity (59.574% similar) in 235 aa overlap (788-1008:27-254) 760 770 780 790 800 810 KIAA12 IELCRPLDSRLEHVDFESLFSSLSVRHLVCVFASLLLERRVIFIADKLSILSKCCHAMVA ... .: :.:..:... ..:. . ..: KIAA08 ADPESPILDLDLHLPLLCFRPEKVLQILTCILTEQRIVFFSSDWALLTLVTECFMA 10 20 30 40 50 820 830 840 850 860 870 KIAA12 LIYPFAWQHTYIPVLPPAMVDIVCSPTPFLIGLLSSSLPLLRELPLEE---VLV-VDLVN .::. ::: ..:.: :.:.: .:: ::.: : ..:. : ::. .: . 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KIAA08 ITYSKSTDDNVDIPDVPLLAAQTFIQRVQSLQLHHELHAAHLLSSTDLKEGRAHRRSWQQ 120 130 140 150 160 170 930 940 950 960 970 980 KIAA12 PLNEVVSEAFVRFFVEIVGHYSLFLTSGEREERTLQREAFRKAVSSKSLRHFLEVFMETQ :: .... ....: : . :. :.:... : : :. . . ..: . ..: KIAA08 KLNCQIQQTTLQLLVSIFRDVKNHLN---YEHRVFNSEEFLKT-RAPGDHQFYKQVLDTY 180 190 200 210 220 990 1000 1010 1020 1030 KIAA12 MFRGFIQERELRRQDAKGLFEVRAQEYLETLPSGEHSGVNKFLKGLGNKMKFLHKK ::..:.. : ::.:: . ... .: KIAA08 MFHSFLKARLNRRMDAFAQMDLDTQSEEDRINGMLLSPRRPTVEKRASRKSSHLHVTHRR 230 240 250 260 270 280 1039 residues in 1 query sequences 1986466 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:15:51 2008 done: Thu Dec 18 15:15:52 2008 Total Scan time: 0.710 Total Display time: 0.140 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]