# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh14633s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1255.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1255, 1232 aa vs ./tmplib.24314 library 1986273 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 3.8132+/-0.00676; mu= 26.5142+/- 0.466 mean_var=188.7626+/-46.281, 0's: 0 Z-trim: 35 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.093350 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1223 ( 1089 res) pg00513 (1089) 371 64.0 1.5e-10 KIAA0229 ( 1180 res) ha02570 (1180) 256 48.6 7e-06 KIAA0957 ( 693 res) hj05670 ( 693) 246 46.7 1.5e-05 KIAA0697 ( 2486 res) hk04486s1 (2486) 240 47.1 4.1e-05 KIAA0993 ( 1556 res) bf03014 (1556) 233 45.7 6.7e-05 KIAA1643 ( 993 res) hh10131(revised) ( 993) 228 44.6 9e-05 KIAA1981 ( 862 res) fk03148(revised) ( 862) 218 43.2 0.00022 KIAA1362 ( 699 res) fj02381 ( 699) 207 41.5 0.00057 KIAA0371 ( 1203 res) hh00252 (1203) 208 42.1 0.00063 KIAA1537 ( 619 res) fj02581s1 ( 619) 203 40.8 0.00079 KIAA1490 ( 749 res) fj08103 ( 749) 200 40.6 0.0011 KIAA0647 ( 1195 res) hj03819s1 (1195) 198 40.8 0.0016 KIAA0865 ( 1900 res) hk06640y1 (1900) 199 41.3 0.0017 KIAA1378 ( 628 res) fj04831s1 ( 628) 191 39.2 0.0024 KIAA1785 ( 617 res) fh12727 ( 617) 190 39.1 0.0027 KIAA1876 ( 803 res) pf01162s1 ( 803) 191 39.5 0.0027 KIAA0823 ( 578 res) hh02763s1 ( 578) 188 38.8 0.0031 KIAA0379 ( 1059 res) hh00505s1 (1059) 190 39.6 0.0032 KIAA0305 ( 1547 res) hg00042 (1547) 191 40.1 0.0034 KIAA1334 ( 989 res) fh15842 ( 989) 188 39.3 0.0038 KIAA0850 ( 644 res) hk05995 ( 644) 184 38.3 0.0047 KIAA0946 ( 667 res) hj04787 ( 667) 184 38.4 0.0048 KIAA1435 ( 415 res) hh13841 ( 415) 178 37.1 0.0071 KIAA0321 ( 1542 res) hg00426 (1542) 183 39.0 0.0071 KIAA1139 ( 1124 res) hk00330 (1124) 181 38.4 0.0076 >>KIAA1223 ( 1089 res) pg00513 (1089 aa) initn: 361 init1: 147 opt: 371 Z-score: 281.3 bits: 64.0 E(): 1.5e-10 Smith-Waterman score: 568; 27.188% identity (55.938% similar) in 640 aa overlap (472-1078:156-778) 450 460 470 480 490 500 KIAA12 NEYVFSQLLQCKQLDLELKDHEGSTALWLAVQHITVSSDQSVNPFED-VPVVNGTSFDEN : .. :.. :: .: . . ..... 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KIAA12 MVQVLIAYHADVNA--ADNEKRSALQSAAWQGHVKVVQLLIEHGAVVDHTCNQGATALCI 660 670 680 690 700 710 1010 1020 1030 1040 1050 1060 KIAA12 AAQQDLPTICSVLLENGVDFAAVDENGNNALHLAVMHGRLNNIRVLLTECTVDAEAFNLR :::. . .::::.:.: .:. : .:...:. .:. . :..: : ..: KIAA12 AAQEGHIDVVQVLLEHGADPNHADQFGRTAMRVAAKNGHSQIIKLLEK---YGASSLNGC 720 730 740 750 760 1070 1080 1090 1100 1110 1120 KIAA12 GQSPLHILGQYGKENAAAIFDLFLECMPGYPLDKPDADGSTVLLLAYMKGNANLCRAIVR . ::.: . : KIAA12 SPSPVHTMEQKPLQSLSSKVQSLTIKSNSSGSTGGGDMQPSLRGLPNGPTHAFSSPSESP 770 780 790 800 810 820 >>KIAA0229 ( 1180 res) ha02570 (1180 aa) initn: 249 init1: 123 opt: 256 Z-score: 197.4 bits: 48.6 E(): 7e-06 Smith-Waterman score: 285; 31.100% identity (62.201% similar) in 209 aa overlap (833-1039:126-330) 810 820 830 840 850 860 KIAA12 TACFLIRSGCDVNSPRQPGANGEGEEEARDGQTPLHLAASWGLEETVQCLLEFGANVNAQ : :::: :: : ...:. ::. : .:. 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KIAA09 LSERLLVAAYKGQTENVVQLINKGARVAVTKHGRTPLHLAANKGHLPVVQILLKAGCDLD 20 30 40 50 60 70 870 880 890 900 910 920 KIAA12 AQDAEGRTPIHVAISSQHGVIIQLLVSHPDIHLNVRDRQGLTPFACAMTFKNNKSAEAIL .:: .: .: : . :: :. : :. .:..: : . : ..::. .. KIAA09 VQDDGDQTALHRATVVGNTEIIAALI-HEGCALDRQDKDGNTALHEASWHGFSQSAKLLV 80 90 100 110 120 930 940 950 960 970 KIAA12 KRESGAAEQVDNK-GRNFLHVAVQNSDIES--VLFLISVHANVNSRVQDASKLTPLHLAV : .:: . :: : . ::.: ::: .: ::.: . .:.... . : : ::.:. KIAA09 K--AGANVLAKNKAGNTALHLACQNSHSQSTRVLLLAGSRADLKNNAGD----TCLHVAA 130 140 150 160 170 180 980 990 1000 1010 1020 1030 KIAA12 QAGSEIIVRNLLLAGAKVNELTKHRQTALHLAAQQDLPTICSVLLENGVDFAAVDENGNN . . :.: :: : .:.: .. .::::.:: . . ..::: :.: . :.. :.. KIAA09 RYNHLSIIRLLLTAFCSVHEKNQAGDTALHVAAALNHKKVAKILLEAGADTTIVNNAGQT 190 200 210 220 230 240 1040 1050 1060 1070 1080 1090 KIAA12 ALHLAVMHGRLNNIRVLLTECTVDAEAFNLRGQSPLHILGQYGKENAAAIFDLFLECMPG :. : .:. .. .:::. KIAA09 PLETARYHNN-PEVALLLTKAPQGSVSAGDTPSSEQAVARKEEAREEFLSASPEPRAKDD 250 260 270 280 290 300 >>KIAA0697 ( 2486 res) hk04486s1 (2486 aa) initn: 294 init1: 135 opt: 240 Z-score: 183.7 bits: 47.1 E(): 4.1e-05 Smith-Waterman score: 409; 24.138% identity (53.059% similar) in 899 aa overlap (319-1153:481-1351) 290 300 310 320 330 340 KIAA12 IKVEREDVVFLYLIEMDSQLPGKLNEADHNGDLALDLALSRRLESIATTLVSHKADVDMV :: :: : ..: .:.. ::.. KIAA06 PLMEAAQEGHLELVKYLLAAGANVHATTATGDTALTYACENGHTDVADVLLQAGADLEHE 460 470 480 490 500 510 350 360 370 380 390 400 KIAA12 DKSGWSLLHKGIQRGDLFAATFLIKNGAFVNAATLGAQETPLHLVALYSSKKHSADVMSE ...: . : :. . : . .. :::..:: :: .: . ..: : :. . : : KIAA06 SEGGRTPLMKAARAGHVCTVQFLISKGANVNRTTANNDHTVLSLA---CAGGHLA----- 520 530 540 550 560 410 420 430 440 450 KIAA12 MAQIAEALLQAGANPNMQDSKGRTPLHVSIMAGNEYVFSQLLQCKQ----------LDLE ..: :: ::.:. . . : : : . .:. : ::. . .: KIAA06 ---VVELLLAHGADPTHRLKDGSTMLIEAAKGGHTSVVCYLLDYPNNLLSAPPPDVTQLT 570 580 590 600 610 460 470 480 490 500 KIAA12 LKDHEGSTALWLAVQHI--TVSSDQSVNPFEDV----PVVNGTSFDENSFA-----ARLI .:. . : . :: . .: .. .: .: :. : .. ..: . .. . KIAA06 PPSHDLNRAPRVPVQALPMVVPPQEPDKPPANVATTLPIRNKAASKQKSSSHLPANSQDV 620 630 640 650 660 670 510 520 530 540 550 560 KIAA12 QRGSHTDAPDT----ATGNC--LLQRAAGAGNEAAALFLATNGAHVNHRNKWGETPLHTA : ...:.. : :. : :: : : : . . . ::... .: :. . KIAA06 QGYITNQSPESIVEEAQGKLTELEQRIKEA-IEKNAQLQSLELAHADQLTKEKIEELNKT 680 690 700 710 720 730 570 580 590 600 610 KIAA12 CRHGLANLTAELLQ--QGANPNLQTEEALPLPKEAASLTSLADSVHLQTPLHMAIAYNHP :. . ..:. : .. .:: . : :. : :. ..:: ... .: KIAA06 -REEQIQKKQKILEELQKVERELQLKTQQQLKKQY--LEVKAQRIQLQQQQQQSC--QHL 740 750 760 770 780 790 620 630 640 650 660 670 KIAA12 DVVSVIL--EQKANALHATNNLQIIPDFSLKDSRDQTV--LGLALWTGMHT-----IAAQ ... . :: ... .: :: . ::: .::. .:.: . .:: KIAA06 GLLTPVGVGEQLSEGDYAR--LQQVDPVLLKDEPQQTAAQMGFAPIQPLAMPQALPLAAG 800 810 820 830 840 850 680 690 700 710 720 KIAA12 LLGSGAAINDTMSDGQTLLHMAIQRQDSKSAL---FLLEHQADINVRT--QDGETALQ-- : :. : : .: ... . . : . ..: .: : : . : . : . .:. KIAA06 PLPPGSIANLTELQG-VIVGQPVLGQAQLAGLGQGILTETQQGLMVASPAQTLNDTLDDI 860 870 880 890 900 910 730 740 750 760 770 KIAA12 LAIRNQLPLVVDAIC-TRGADMSVPDEKGNPPL-----WLALANNLEDIASTLVRHGCDA .:. .. . .. . .:..: :. :. : . .. :.: : KIAA06 MAVSGRASAMSNTPTHSIAASISQPQTPTPSPIISPSAMLPIYPAIDIDAQTESNHDTAL 920 930 940 950 960 970 780 790 800 810 820 KIAA12 T--CWGPGPGGCLQTLLHR--AIDENNEP--TACFLIRSGCDVNSPR---QPGANGEGEE : : : : .::::.: .:.. .. : .: .. :. . . ::. :.. KIAA06 TLACAG-GHEELVQTLLERGASIEHRDKKGFTPLILAATAGHVGVVEILLDNGADIEAQS 980 990 1000 1010 1020 830 840 850 860 870 880 KIAA12 EARDGQTPLHLAASWGLEETVQCLLEFGANVNAQDAEGRTPIHVAISSQHGVIIQLLVSH : : .::: :: : : .:.:. :: ::: . ... ::. .: :. . ::..:.. KIAA06 E-RTKDTPLSLACSGGRQEVVELLLARGANKEHRNVSDYTPLSLAASGGYVNIIKILLNA 1030 1040 1050 1060 1070 1080 890 900 910 920 930 940 KIAA12 -PDIHLNVRDRQGLTPFACAMTFKNNKSAEAILKRESGAAEQVDNKGRNFLHVAVQNSDI .:. . .. :..:. : .. ... .: : :.... . : .: .. KIAA06 GAEINSRTGSKLGISPLMLAAMNGHTAAVKLLLDMGSDINAQIETNRNTALTLACFQGRT 1090 1100 1110 1120 1130 1140 950 960 970 980 990 1000 KIAA12 ESVLFLISVHANVNSRVQDASKLTPLHLAVQAGSEIIVRNLLLAGAKVNE--LTKHRQTA : : .:.. .:::. :.. . :::: :...: . : :: :: :: . . :.:: KIAA06 EVVSLLLDRKANVEHRAK--TGLTPLMEAASGGYAEVGRVLLDKGADVNAPPVPSSRDTA 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1010 1020 1030 1040 1050 1060 KIAA12 LHLAAQQDLPTICSVLLENGVDFAAVDENGNNALHLAVMHGRLNNIRVLLTECTVDAEAF : .::.. .: .:. :. . . ...::. : ::. :.:. .. ::.. .:..: KIAA06 LTIAADKGHYKFCELLIGRGAHIDVRNKKGNTPLWLAANGGHLDVVQ-LLVQAGADVDAA 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1070 1080 1090 1100 1110 1120 KIAA12 NLRGQSPLHILGQYGKENAAAIFDLFLECMPGYPLDKPDADGSTVLLLAYMKGNANLC-R . : .:: .. . : .. .. : : . .: :. ... : . .:: . KIAA06 DNRKITPL--MAAFRKGHVKVVRYLVKE-VNQFPSDSECMRYIATITDKEMLKKCHLCME 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1130 1140 1150 1160 1170 1180 KIAA12 AIVRSGARLGVNNNQGVNIFNYQVATKQLLFRLLDMLSKEPPWCDGSYCYECTARFGVTT .::.. : ... :....:. .. ..: KIAA06 SIVQAKDRQAAEANKNASILLEELDLEKLREESRRLALAAKREKRKEKRRKKKEEQRRKL 1330 1340 1350 1360 1370 1380 >>KIAA0993 ( 1556 res) bf03014 (1556 aa) initn: 220 init1: 192 opt: 233 Z-score: 179.9 bits: 45.7 E(): 6.7e-05 Smith-Waterman score: 233; 29.012% identity (58.642% similar) in 162 aa overlap (1069-1223:1384-1540) 1040 1050 1060 1070 1080 1090 KIAA12 LHLAVMHGRLNNIRVLLTECTVDAEAFNLRGQSPLHILGQYGKENAAAI-FDLFLECMPG ::. :. : .. . : . . :: KIAA09 TDSGSDDSRRWSDQLSLDEKDGFIFVNYSEGQTRAHLQGPLSHPHPNPIEVRNYSRLKPG 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1100 1110 1120 1130 1140 1150 KIAA12 YPLDKPDADGSTVLL-LAY-MKGNANLCRA----IVRSGARLGVNNNQGVNIFNYQVATK : .. . : . . :. : ::. .. : .. .:. :....: .:...: . KIAA09 YRWERQLVFRSKLTMHTAFDRKDNAHPAEVTALGISKDHSRILVGDSRG-RVFSWSV-SD 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1160 1170 1180 1190 1200 1210 KIAA12 QLLFRLLDMLSKEPPWCDGSYCYECTARFGVTTRKHHCRHCGRLLCHKCSTKEIPIIKFD : : :. :. : :..::..: :.::::.::.:.:.::: . : .. KIAA09 QPGRSAADHWVKDE---GGDSCSGCSVRFSLTERRHHCRNCGQLFCQKCSRFQSEIKRLK 1480 1490 1500 1510 1520 1220 1230 KIAA12 LNKPVRVCNICFDVLTLGGVS ...:::::. :. KIAA09 ISSPVRVCQNCYYNLQHERGSEDGPRNC 1530 1540 1550 >>KIAA1643 ( 993 res) hh10131(revised) (993 aa) initn: 237 init1: 181 opt: 228 Z-score: 177.5 bits: 44.6 E(): 9e-05 Smith-Waterman score: 228; 36.250% identity (62.500% similar) in 80 aa overlap (1148-1223:900-979) 1120 1130 1140 1150 1160 1170 KIAA12 GNANLCRAIVRSGARLGVNNNQGVNIFNYQVATKQLLFRLLDMLSKEPP-WCDG---SYC .....: . : ..:: : ..: KIAA16 PETDDKEKLRKVTQTLRSAALEDCALCQETLSSSELAAKTRDGDFEDPPEWVPDEACGFC 870 880 890 900 910 920 1180 1190 1200 1210 1220 1230 KIAA12 YECTARFGVTTRKHHCRHCGRLLCHKCSTKEIPIIKFDLNKPVRVCNICFDVLTLGGVS : : : : :::::: ::...: .::.. :. .. ::::::. :. KIAA16 TACKAPFTVIRRKHHCRSCGKIFCSRCSSHSAPLPRYGQVKPVRVCTHCYMFHVTPFYSD 930 940 950 960 970 980 KIAA16 KAGL 990 >>KIAA1981 ( 862 res) fk03148(revised) (862 aa) initn: 184 init1: 111 opt: 218 Z-score: 170.6 bits: 43.2 E(): 0.00022 Smith-Waterman score: 218; 26.860% identity (57.438% similar) in 242 aa overlap (927-1165:32-264) 900 910 920 930 940 950 KIAA12 DRQGLTPFACAMTFKNNKSAEAILKRESGAAEQVDNKGRNFLHVAVQNSDIESVLFLISV : : .:. . : ::.:.: : ::. KIAA19 RRLLLEPRAPPAPRAPDAMKQLCLCAAASFASQDWGKSDERLLQAVENNDAPRVAALIAR 10 20 30 40 50 60 960 970 980 990 1000 1010 KIAA12 HANVNSRVQDASKLTPLHLAVQAGSEIIVRNLLLAGAKVNELTKHRQTALHLAAQQDLPT .. : .... .: . .:::.. :. .. .. :..: .::::::. : KIAA19 KGLVPTKLDPEGK-SAFHLAAMRGAASCLEVMIAHGSNVMSTDGAGYNALHLAAKYGHPQ 70 80 90 100 110 120 1020 1030 1040 1050 1060 1070 KIAA12 ICSVLLENGVDFAAVDENGNNALHLAVMHGRLNNIRVLLTECTVDAE--AFNLRGQSPLH . ::. . .:: .: .::: :. : :. .:: :. :. . : .:: KIAA19 CLKQLLQASCVVDVVDSSGWTALHHAAAGGCLSCSEVL---CSFKAHLNPQDRSGATPLI 130 140 150 160 170 1080 1090 1100 1110 1120 1130 KIAA12 ILGQYGKENAAAIFDLFLECMPGYPLDKPDADGSTVLLLAYMKGNANLCRAIVRSGARLG : .:. . . . :.:. : . : .: :.:.:: .. . ......::. : KIAA19 IAAQMCHTD---LCRLLLQ--QGAAANDQDLQGRTALMLACEGASPETVEVLLQGGAQPG 180 190 200 210 220 230 1140 1150 1160 1170 1180 1190 KIAA12 VNNNQGVNIFNY-QVATKQLLFRLLDMLSKEPPWCDGSYCYECTARFGVTTRKHHCRHCG ... : . .: .: .:...::. ...: KIAA19 ITDALGQDAAHYGALAGDKLILHLLQEAAQRPSPPSALTEDDSGEASSQNSMSSHGKQGA 240 250 260 270 280 290 1200 1210 1220 1230 KIAA12 RLLCHKCSTKEIPIIKFDLNKPVRVCNICFDVLTLGGVS KIAA19 PKKRKAPPPPASIPMPDDRDAYEEIVRLRQERGRLLQKIRGLEQHKEQRQQESPEASSLH 300 310 320 330 340 350 >>KIAA1362 ( 699 res) fj02381 (699 aa) initn: 196 init1: 137 opt: 207 Z-score: 163.2 bits: 41.5 E(): 0.00057 Smith-Waterman score: 207; 39.706% identity (70.588% similar) in 68 aa overlap (1162-1226:546-612) 1140 1150 1160 1170 1180 KIAA12 RLGVNNNQGVNIFNYQVATKQLLFRLLDMLSKEPPWCD---GSYCYECTARFGVTTRKHH :: : : ...:. ::..: .: :.:: KIAA13 EYAKKRITFCPSRSLDEADSENKEEVSPLGSKAPIWIPDTRATMCMICTSEFTLTWRRHH 520 530 540 550 560 570 1190 1200 1210 1220 1230 KIAA12 CRHCGRLLCHKCSTKEIPIIKFDLNKPVRVCNICFDVLTLGGVS :: ::...:. ::... . . :.:.:::. ::. : KIAA13 CRACGKIVCQACSSNKYGL-DYLKNQPARVCEHCFQELQKLDHQHSPRIGSPGNHKSPSS 580 590 600 610 620 630 KIAA13 ALSSVLHSIPSGRKQKKIPAALKEVSANTEDSSMSGYLYRSKGNKKPWKHFWFVIKNKVL 640 650 660 670 680 690 >>KIAA0371 ( 1203 res) hh00252 (1203 aa) initn: 240 init1: 205 opt: 208 Z-score: 162.4 bits: 42.1 E(): 0.00063 Smith-Waterman score: 208; 39.286% identity (76.786% similar) in 56 aa overlap (1171-1226:1128-1183) 1150 1160 1170 1180 1190 1200 KIAA12 VNIFNYQVATKQLLFRLLDMLSKEPPWCDGSYCYECTARFGVTTRKHHCRHCGRLLCHKC ..:: : . : ...::::::.:: ..: .: KIAA03 CSTEIFSEASWEQVDKQDTEMTRWLPDHLAAHCYACDSAFWLASRKHHCRNCGNVFCSSC 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1210 1220 1230 KIAA12 STKEIPIIKFDLNKPVRVCNICFDVLTLGGVS ....:. . .: .: :::. :.. : KIAA03 CNQKVPVPSQQLFEPSRVCKSCYSSLHPTSSSIDLELDKPIAATSN 1160 1170 1180 1190 1200 >>KIAA1537 ( 619 res) fj02581s1 (619 aa) initn: 205 init1: 128 opt: 203 Z-score: 160.6 bits: 40.8 E(): 0.00079 Smith-Waterman score: 203; 41.379% identity (74.138% similar) in 58 aa overlap (1169-1226:555-610) 1140 1150 1160 1170 1180 1190 KIAA12 QGVNIFNYQVATKQLLFRLLDMLSKEPPWCDGSYCYECTARFGVTTRKHHCRHCGRLLCH ....: : .:... ::::::.::...:. KIAA15 GNKLSESKLKIEDIKEANKALQGLVWLKDKEATHCKLCEKEFSLSKRKHHCRNCGEIFCN 530 540 550 560 570 580 1200 1210 1220 1230 KIAA12 KCSTKEIPIIKFDLNKPVRVCNICFDVLTLGGVS :: .:.:. . ::::::. : .: KIAA15 ACSDNELPLPSSP--KPVRVCDSCHALLIQRCSSNLP 590 600 610 1232 residues in 1 query sequences 1986273 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:14:58 2008 done: Thu Dec 18 15:14:59 2008 Total Scan time: 0.750 Total Display time: 0.340 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]