# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/pj01452.fasta.huge -Q ../query/KIAA1247.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1247, 885 aa vs ./tmplib.24314 library 1986620 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1700+/-0.00462; mu= 15.0030+/- 0.316 mean_var=100.7669+/-23.847, 0's: 0 Z-trim: 3 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.127766 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1077 ( 818 res) hj06803 ( 818) 2625 495.0 1.4e-140 KIAA1001 ( 551 res) hk09652 ( 551) 168 41.9 0.00024 >>KIAA1077 ( 818 res) hj06803 (818 aa) initn: 3810 init1: 2506 opt: 2625 Z-score: 2615.5 bits: 495.0 E(): 1.4e-140 Smith-Waterman score: 3916; 65.830% identity (85.066% similar) in 837 aa overlap (70-885:1-818) 40 50 60 70 80 90 KIAA12 FLSHHRLKGRFQRDRRNIRPNIILVLTDDQDVELGSMQVMNKTRRIMEQGGTHFINAFVT ::::::.:::::::.:::.::. ::::::: KIAA10 DVELGSLQVMNKTRKIMEHGGATFINAFVT 10 20 30 100 110 120 130 140 150 KIAA12 TPMCCPSRSSILTGKYVHNHNTYTNNENCSSPSWQAQHESRTFAVYLNSTGYRTAFFGKY ::::::::::.::::::::::.::::::::::::::.:: ::::::::.::::::::::: KIAA10 TPMCCPSRSSMLTGKYVHNHNVYTNNENCSSPSWQAMHEPRTFAVYLNNTGYRTAFFGKY 40 50 60 70 80 90 160 170 180 190 200 210 KIAA12 LNEYNGSYVPPGWKEWVGLLKNSRFYNYTLCRNGVKEKHGSDYSKDYLTDLITNDSVSFF ::::::::.::::.::.::.:::::::::.::::.::::: ::.:::.::::::.:...: KIAA10 LNEYNGSYIPPGWREWLGLIKNSRFYNYTVCRNGIKEKHGFDYAKDYFTDLITNESINYF 100 110 120 130 140 150 220 230 240 250 260 270 KIAA12 RTSKKMYPHRPVLMVISHAAPHGPEDSAPQYSRLFPNASQHITPSYNYAPNPDKHWIMRY . ::.:::::::.:::::::::::::::::.:.:.:::::::::::::::: ::::::.: KIAA10 KMSKRMYPHRPVMMVISHAAPHGPEDSAPQFSKLYPNASQHITPSYNYAPNMDKHWIMQY 160 170 180 190 200 210 280 290 300 310 320 330 KIAA12 TGPMKPIHMEFTNMLQRKRLQTLMSVDDSMETIYNMLVETGELDNTYIVYTADHGYHIGQ :::: ::::::::.:::::::::::::::.: .::::::::::.::::.::::::::::: KIAA10 TGPMLPIHMEFTNILQRKRLQTLMSVDDSVERLYNMLVETGELENTYIIYTADHGYHIGQ 220 230 240 250 260 270 340 350 360 370 380 390 KIAA12 FGLVKGKSMPYEFDIRVPFYVRGPNVEAGCLNPHIVLNIDLAPTILDIAGLDIPADMDGK :::::::::::.:::::::..:::.:: : . :.:::::::::::::::::: : :.::: KIAA10 FGLVKGKSMPYDFDIRVPFFIRGPSVEPGSIVPQIVLNIDLAPTILDIAGLDTPPDVDGK 280 290 300 310 320 330 400 410 420 430 440 450 KIAA12 SILKLLDTERPVNRFHLKKKMRVWRDSFLVERGKLLHKRDNDKVDAQEENFLPKYQRVKD :.::::: :.: :::. .:: ..:::.:::::::.:.:..... . :. : ::::.:::. 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