# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh00149a.fasta.huge -Q ../query/KIAA1246.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1246, 832 aa vs ./tmplib.24314 library 1986673 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.5239+/-0.00815; mu= 6.4074+/- 0.554 mean_var=275.5058+/-68.986, 0's: 0 Z-trim: 23 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.077270 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1484 ( 700 res) fj06928 ( 700) 1401 170.0 8.2e-43 KIAA0416 ( 529 res) hh00236 ( 529) 307 47.8 3.6e-06 KIAA0644 ( 887 res) hj03618 ( 887) 307 48.1 4.8e-06 KIAA0918 ( 966 res) hk09360(revised) ( 966) 273 44.4 7e-05 KIAA0806 ( 1073 res) hk04165(revised) (1073) 264 43.5 0.00015 KIAA1854 ( 572 res) fg02232 ( 572) 259 42.5 0.00015 KIAA0813 ( 1618 res) pf00581 (1618) 250 42.2 0.00056 KIAA0814 ( 1559 res) fh16048 (1559) 246 41.7 0.00075 KIAA1580 ( 640 res) fj04979 ( 640) 239 40.4 0.00077 KIAA1910 ( 760 res) fh21867 ( 760) 236 40.1 0.0011 KIAA0230 ( 1496 res) ha02538 (1496) 240 41.0 0.0012 KIAA1469 ( 662 res) fj01881 ( 662) 233 39.7 0.0012 KIAA1568 ( 1380 res) fh22308 (1380) 238 40.7 0.0013 KIAA1851 ( 523 res) hg04492 ( 523) 228 39.0 0.0016 KIAA1465 ( 785 res) fh13187 ( 785) 230 39.5 0.0017 KIAA1497 ( 730 res) hg01608 ( 730) 227 39.1 0.0021 KIAA0405 ( 706 res) hg01274 ( 706) 211 37.3 0.0071 >>KIAA1484 ( 700 res) fj06928 (700 aa) initn: 1623 init1: 670 opt: 1401 Z-score: 860.5 bits: 170.0 E(): 8.2e-43 Smith-Waterman score: 2002; 47.733% identity (70.667% similar) in 750 aa overlap (102-832:1-700) 80 90 100 110 120 130 KIAA12 NLSESLGTLCPSKGLLFVPPDIDRRTVELRLGGNFIIHISRQDFANMTGLVDLTLSRNTI : ::: . :.::::::.:: :::::::: KIAA14 LTDNFIAAVRRRDFANMTSLVHLTLSRNTI 10 20 30 140 150 160 170 180 190 KIAA12 SHIQPFSFLDLESLRSLHLDSNRLPSLGEDTLRGLVNLQHLIVNNNQLGGIADEAFEDFL ... .: ::..::.:::::::: . : :::: ::.:::..:::. . . ::. :: KIAA14 GQVAAGAFADLRALRALHLDSNRLAEVRGDQLRGLGNLRHLILGNNQIRRVESAAFDAFL 40 50 60 70 80 90 200 210 220 230 240 250 KIAA12 LTLEDLDLSYNNLHGLPWDSVRRMVNLHQLSLDHNLLDHIAEGTFADLQKLARLDLTSNR :.::::::::::..:::..: .::::. :.:::::.::::::::..:.::.:::.:::: KIAA14 STVEDLDLSYNNLEALPWEAVGQMVNLNTLTLDHNLIDHIAEGTFVQLHKLVRLDMTSNR 100 110 120 130 140 150 260 270 280 290 300 310 KIAA12 LQKLPPDPIFARSQASALTATPFAP-PLSFSFGGNPLHCNCELLWLRRLERDDDLETCGS :.::::: .: :::... : : ::. ::::::::::::::::::: :.::::::.. 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KIAA14 A--APPP--LTE-PGSSDIATPGR-PGAND---SAAERRLVAAELTSNSVLIRWPAQRPV 330 340 350 360 370 490 500 510 520 530 540 KIAA12 PRVKMYQLQYNCSDDEVLIYRMIPASNKAFVVNNLVSGTGYDLCVLAMWDDTATTLTATN : ..:::.::: : :. :.:::::.....:.::.:..: .:::::::..:: ::.: :: KIAA14 PGIRMYQVQYNSSVDDSLVYRMIPSTSQTFLVNDLAAGRAYDLCVLAVYDDGATALPATR 380 390 400 410 420 430 550 560 570 580 590 600 KIAA12 IVGCAQFFTKADYPQCQSMHSQILGGTMILVIGGIIVATLLVFIVILMVRYKVCNHEAPS .:::.:: : .: :. .....::::::..:::.:::..:::::.::.:::: . KIAA14 VVGCVQFTTAGDPAPCRPLRAHFLGGTMIIAIGGVIVASVLVFIVLLMIRYKVYGDGDSR 440 450 460 470 480 490 610 620 630 640 650 660 KIAA12 KMAAA-----VSNVYSQTNGAQPPPPSSAPAGAPPQGPPKVVVRNELLDFTASLARASDS .. .. ::.: :::::: ..::: : : : .: : .: KIAA14 RVKGSRSLPRVSHVCSQTNGAGTGA-AQAPA-LPAQ------------DHYEAL-REVES 500 510 520 530 540 670 680 690 700 710 720 KIAA12 SSSSSLGSGEAAGLGRAPWRIPPSAPRPKPSLDRLMGAFASLDLKSQRKEELLDSRTPAG ... ... :: .. . .. .:. : : .:. :. . :: :. .: KIAA14 QAAPAVAV-EAKAM-----EAETASAEPEVVLGRSLGGSAT-------SLCLLPSEETSG 550 560 570 580 730 740 750 760 770 KIAA12 RGAGTSARGHHSDREPLLGPPAARARSLLPLPLEGKAKRS-----HSFDMGDFAAAAAGG . . .: : . .: : ::.. .: .: : : : .::: ::. : KIAA14 E-ESRAAVGPRRSRSGALEPPTSAPPTLALVP-GGAAARPRPQQRYSFD-GDY------G 590 600 610 620 630 640 780 790 800 810 820 830 KIAA12 VVPGGYSPPRKVSNIWTKRS---LSVNGMLLPFEESDL-VG-ARG--TFGSSEWVMESTV .. ..: ::.. .:: :. : :..:: .: ::. .: :.::..:::: KIAA14 ALFQSHSYPRRARRTKRHRSTPHLDGAGGGAAGEDGDLGLGSARACLAFTSTEWMLESTV 650 660 670 680 690 700 >>KIAA0416 ( 529 res) hh00236 (529 aa) initn: 307 init1: 172 opt: 307 Z-score: 202.7 bits: 47.8 E(): 3.6e-06 Smith-Waterman score: 309; 35.185% identity (57.870% similar) in 216 aa overlap (44-255:33-233) 20 30 40 50 60 70 KIAA12 PGSPGAPRSRPRCHPAGGRCCLAQALSDQTMETLLGGLLAFGMAFAVVDACPKYCVCQNL : .: : :.:: ::: : : KIAA04 RLNAASNVLRRMGLHFKWPLGAPMLAAIYAMSMVLKMLPALGM------ACPPKCRC--- 10 20 30 40 50 80 90 100 110 120 130 KIAA12 SESLGTLCPSKGLLFVPPDIDRRTVELRLGGNFIIHISRQDFANMTGLVDLTLSRNTISH :.: : :.:. :: :. .. : : : : .. :..::... :. : :..: :: KIAA04 -EKLLFYCDSQGFHSVPNATDKGSLGLSLRHNHITELERDQFASFSQLTWLHLDHNQIST 60 70 80 90 100 110 140 150 160 170 180 190 KIAA12 IQPFSFLDLESLRSLHLDSNRLPSLGEDTLRGLVNLQHLIVNNNQLGGIADEAFEDFLLT .. .: : .:. : :.::.. : . :. :.:::.: .. :::... : : : KIAA04 VKEDAFQGLYKLKELILSSNKIFYLPNTTFTQLINLQNLDLSFNQLSSLHPELFYG-LRK 120 130 140 150 160 170 200 210 220 230 240 KIAA12 LEDLDLSYNNLHGLP----WDSVRRMVNLHQLSLDHNLLDHIAEGTFADLQKLARLDLTS :. : : :.:. .: :: .:. :.:. : : .:.. :: : :: .: : KIAA04 LQTLHLRSNSLRTIPVRLFWDC----RSLEFLDLSTNRLRSLARNGFAGLIKLRELHLEH 180 190 200 210 220 250 260 270 280 290 300 KIAA12 NRLQKLPPDPIFARSQASALTATPFAPPLSFSFGGNPLHCNCELLWLRRLERDDDLETCG :.: :. KIAA04 NQLTKINFAHFLRLSSLHTLFLQWNKISNLTCGMEWTWGTLEKLDLTGNEIKAIDLTVFE 230 240 250 260 270 280 >>KIAA0644 ( 887 res) hj03618 (887 aa) initn: 277 init1: 159 opt: 307 Z-score: 200.3 bits: 48.1 E(): 4.8e-06 Smith-Waterman score: 310; 32.622% identity (54.573% similar) in 328 aa overlap (3-306:46-361) 10 20 30 KIAA12 LESVSG-GEGCVAEPGSPGAPRS-RPRCHPAG : :: ..: . : : : :. :: : . KIAA06 RSPPAETRAGLRTKDGGGAGRRCEVRKRPFSDSGQAKGNAEETQSRRAKRTIRP-LH--A 20 30 40 50 60 70 40 50 60 70 80 90 KIAA12 GRCCLAQALSDQTMETLLGGLLAFGMAFAVVDACPKYCVCQNLSESLGTLCPSKGLLFVP :: . : . . . .. : : .: : ::. : ::. .. :: ..:: :: KIAA06 GREAMEAARALRLLLVVCGCLALPPLAEPV---CPERCDCQHPQH---LLCTNRGLRVVP 80 90 100 110 120 100 110 120 130 140 KIAA12 -----PDIDRRTVELRLGGNFIIHISRQDFANMTGLVDLTLSRNTISHIQPFSFLDLESL :. . .. :::::: .:. :: . : : :. : : ..: .: : : KIAA06 KTSSLPS-PHDVLTYSLGGNFITNITAFDFHRLGQLRRLDLQYNQIRSLHPKTFEKLSRL 130 140 150 160 170 180 150 160 170 180 190 200 KIAA12 RSLHLDSNRLPSLGEDTLRGLVNLQHLIVNNNQLGGIADEAFEDFLLTLEDLDLSYNNLH . :.: .: : .:. :: : .:. : .:.:... .. .:: : .: : :. : : KIAA06 EELYLGNNLLQALAPGTLAPLRKLRILYANGNEISRLSRGSFEG-LESLVKLRLDGNALG 190 200 210 220 230 240 210 220 230 240 250 260 KIAA12 GLPWDSVRR-MVNLHQLSLDHNLLDHIAEGTFADLQKLARLDLTSNRLQ-KLPPDPIFA- .:: :.: . :: : :. : . .....::.: :: :.:..:.:: .: :: KIAA06 ALP-DAVFAPLGNLLYLHLESNRIRFLGKNAFAQLGKLRFLNLSANELQPSLRHAATFAP 250 260 270 280 290 300 270 280 290 300 KIAA12 -RSQAS-ALTATPFA----------PPLSF-SFGGNPL-HCNCELLWLRRLERDDDLETC :: .: :.:. . : :.. :. :: : : : .: . :. :: KIAA06 LRSLSSLILSANSLQHLGPRIFQHLPRLGLLSLRGNQLTHLAPEAFWGLEALRELRLEGN 310 320 330 340 350 360 310 320 330 340 350 360 KIAA12 GSPGGLKGRYFWHVREEEFVCEPPLITQHTHKLLVLEGQAATLKCKAIGDPSPLIHWVAP KIAA06 RLSQLPTALLEPLHSLEALDLSGNELSALHPATFGHLGRLRELSLRNNALSALSGDIFAA 370 380 390 400 410 420 >>KIAA0918 ( 966 res) hk09360(revised) (966 aa) initn: 318 init1: 184 opt: 273 Z-score: 179.5 bits: 44.4 E(): 7e-05 Smith-Waterman score: 280; 26.586% identity (54.079% similar) in 331 aa overlap (26-340:13-303) 10 20 30 40 50 KIAA12 LESVSGGEGCVAEPGSPGAPRSRPRCHPAGGRCCLAQALSDQTMETLLGGLLAFGMAFA- : :. . : . . . ..:: .. .. .. : KIAA09 RRGAQGGKMHTCCPPVTLEQDLHRKMHSWMLQTLAFAVTSLVLSCAE 10 20 30 40 60 70 80 90 100 110 KIAA12 VVD----ACPKYCVCQNLSESLGTLCPSKGLLFV----PPDIDRRTVELRLGGNFIIHIS ..: : . : :.. . : . : ..:.. . :: . .: :.::.. .. KIAA09 TIDYYGEICDNACPCEEKDGILTVSCENRGIISLSEISPPRFP--IYHLLLSGNLLNRLY 50 60 70 80 90 100 120 130 140 150 160 170 KIAA12 RQDFANMTGLVDLTLSRNTISHIQPFSFLDLESLRSLHLDSNRLPSLGEDTLRGLVNLQH ..:.:.:: : :. :.:. :. .: :..:: :::..:.: : .::. :: ::.. KIAA09 PNEFVNYTGASILHLGSNVIQDIETGAFHGLRGLRRLHLNNNKLELLRDDTFLGLENLEY 110 120 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 KIAA12 LIVNNNQLGGIADEAFEDFLLTLEDLDLSYNNLHGLPWDSVRRMVNLHQLSLDHNLLDHI : :. : .. : .:: . : :. : :. : : .:: .::. . KIAA09 LQVDYNYISVIEPNAFGKLHL-LQVLILNDNLLSSLP----------------NNLFRFV 170 180 190 200 240 250 260 270 280 290 KIAA12 AEGTFADLQKLARLDLTSNRLQKLPPDPIFARSQASALTATPFAPPLSFSFGGNPLHCNC :..::: .:::. :: .. . . . ... :: .:.: KIAA09 P---------LTHLDLRGNRLKLLPYVGLLQHMDKV----------VELQLEENPWNCSC 210 220 230 240 300 310 320 330 340 KIAA12 ELL----WLRRLERD---DDLETCGSPGGLKGRYFWHVREEEFVCEPPLITQHTHKLLVL ::. :: . . :. .: .: :.:: . .: ..:. : ::... . KIAA09 ELISLKDWLDSISYSALVGDV-VCETPFRLHGRDLDEVSKQEL-CPRRLISDYEMRPQTP 250 260 270 280 290 300 350 360 370 380 390 400 KIAA12 EGQAATLKCKAIGDPSPLIHWVAPDDRLVGNSSRTAVYDNGTLDIFITTSQDSGAFTCIA KIAA09 LSTTGYLHTTPASVNSVATSSSAVYKPPLKPPKGTRQPNKPRVRPTSRQPSKDLGYSNYG 310 320 330 340 350 360 >>KIAA0806 ( 1073 res) hk04165(revised) (1073 aa) initn: 246 init1: 125 opt: 264 Z-score: 173.6 bits: 43.5 E(): 0.00015 Smith-Waterman score: 348; 25.837% identity (53.349% similar) in 418 aa overlap (70-423:194-610) 40 50 60 70 80 90 KIAA12 SDQTMETLLGGLLAFGMAFAVVDACPKYCVC-QNLSESLGTLCPSKGLL-FVPPDIDR-- : .::: :: .. ... . ..:: : . KIAA08 ISEIKTSSFPRMQLKYLNLSNNRITTLEAGCFDNLSSSLLVVKLNRNRMSMIPPKIFKLP 170 180 190 200 210 220 100 110 120 130 140 150 KIAA12 RTVELRLGGNFIIHISRQDFANMTGLVDLTLSRNTISHIQPFSFLDLESLRSLHLDSNRL . :.: : : . : .. .: .: ..:: ::... .:. :.... :.:. : : KIAA08 HLQFLELKRNRIKIVEGLTFQGLDSLRSLKMQRNGISKLKDGAFFGLNNMEELELEHNNL 230 240 250 260 270 280 160 170 180 190 200 210 KIAA12 PSLGEDTLRGLVNLQHLIVNNNQLGGIADEAFEDFLLTLEDLDLSYNNLHGLPWDSVRRM ... : :: ::.: :..: . :. .:.: : : .::::::.: : .. . KIAA08 TRVNKGWLYGLRMLQQLYVSQNAIERISPDAWE-FCQRLSELDLSYNQLTRLDESAFVGL 290 300 310 320 330 340 220 230 240 250 260 KIAA12 VNLHQLSLDHNLLDHIAEGTFADLQKLARLDLTSNRLQKLPPDP-------------IFA :..:.: : . :::.:.: :..: ::: .:... : :. KIAA08 SLLERLNLGDNRVTHIADGVFRFLSNLQTLDLRNNEISWAIEDASEAFAGLTSLTKLILQ 350 360 370 380 390 400 270 280 290 KIAA12 RSQASALTATPFAPPLS------------------FS--------FGGNPLHCNCELLWL .: ...: : : :: .. . : :.:.: :: KIAA08 GNQIKSITKKAFIGLESLEHLDLNNNAIMSIQENAFSQTHLKELILNTSSLLCDCHLKWL 410 420 430 440 450 460 300 310 320 330 340 KIAA12 RRLERDDDLE-----TCGSPGGLKGRYFWHVREEEFVCEP---PLITQHTHKLLVLEGQA . :.... .:. : : :. . .: ..:::. : : : . ...:.:. KIAA08 LQWLVDNNFQHSVNVSCAHPEWLAGQSILNVDLKDFVCDDFLKPQIRTHPETIIALRGMN 470 480 490 500 510 520 350 360 370 380 390 KIAA12 ATLKCKAIGDP-SPLIH-WVAPDDRLVGNSSRT----------AVYDNGTLDIFITTSQD .:: : :... ::. : .. : .... :. .. : .: .. : KIAA08 VTLTCTAVSSSDSPMSTVWRKDSEILYDVDTENFVRYWQQAGEALEYTSILHLFNVNFTD 530 540 550 560 570 580 400 410 420 430 440 450 KIAA12 SGAFTCIAANAAGEATAM-VEVSIVQLPHLSNSTSRTAPPKSRLSDITGSSKTSRGGGGS : . ::..: : .. ..... ..: KIAA08 EGKYQCIVTNHFGSNYSQKAKLTVNEMPSFLKTPMDLTIRTGAMARLECAAEGHPAPQIS 590 600 610 620 630 640 >>KIAA1854 ( 572 res) fg02232 (572 aa) initn: 141 init1: 135 opt: 259 Z-score: 173.4 bits: 42.5 E(): 0.00015 Smith-Waterman score: 274; 28.378% identity (54.054% similar) in 296 aa overlap (32-317:2-258) 10 20 30 40 50 KIAA12 ESVSGGEGCVAEPGSPGAPRSRPRCHPAGGRCCLAQALSDQTMETLL--GGLLAFGMAFA : :: . :: . ..: .:.: . KIAA18 HRRCL-KMLSGVWFLSVLTVAGILQTESRKT 10 20 30 60 70 80 90 100 110 KIAA12 VVDACPKYCVCQNLSESLGTLCPSKGL----LFVPPDIDRRTVELRLGGNFIIHISRQDF . : : :.:.. . :. : .::. :. ::. : .: :.::.. .. ..: KIAA18 AKDICKIRCLCEEKENVLNINCENKGFTTVSLLQPPQY--RIYQLFLNGNLLTRLYPNEF 40 50 60 70 80 120 130 140 150 160 170 KIAA12 ANMTGLVDLTLSRNTISHIQPFSFLDLESLRSLHLDSNRLPSLGEDTLRGLVNLQHLIVN .:... : : :. : ...:. .: :..:. :::..:.: : :::. :: .:..: .. KIAA18 VNYSNAVTLHLGNNGLQEIRTGAFSGLKTLKRLHLNNNKLEILREDTFLGLESLEYLQAD 90 100 110 120 130 140 180 190 200 210 220 230 KIAA12 NNQLGGIADEAFEDFLLTLEDLDLSYNNLHGLPWDSVRRMVNLHQLSLDHNLLDHIAEGT : ...: :: : :. : :. : : .:: ..: :.: :: : KIAA18 YNYISAIEAGAFSK-LNKLKVLILNDNLLLSLP-SNVFRFV----------LLTH----- 150 160 170 180 190 240 250 260 270 280 290 KIAA12 FADLQKLARLDLTSNRLQKLPPDPIFARSQASALTATPFAPPLSFSFGGNPLHCNCELL- ::: .:::. .: .. . .. . ... :: .:.:.:: KIAA18 ---------LDLRGNRLKVMPFAGVLEH----------IGGIMEIQLEENPWNCTCDLLP 200 210 220 230 300 310 320 330 340 350 KIAA12 ---WLRRLERDDDLETCGSPGGLKGRYFWHVREEEFVCEPPLITQHTHKLLVLEGQAATL :: . .: .: :.:. KIAA18 LKAWLDTITVFVGEIVCETPFRLHGKDVTQLTRQDLCPRKSASDSSQRGSHADTHVQRLS 240 250 260 270 280 290 >>KIAA0813 ( 1618 res) pf00581 (1618 aa) initn: 333 init1: 198 opt: 250 Z-score: 163.3 bits: 42.2 E(): 0.00056 Smith-Waterman score: 350; 29.375% identity (53.750% similar) in 320 aa overlap (25-329:70-347) 10 20 30 40 KIAA12 LESVSGGEGCVAEPGSPGAPRSRPRCHPAG---GRCCLAQAL------SDQTME : :.: ::: ..:: : .. 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