# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh10406.fasta.huge -Q ../query/KIAA1242.ptfa ./tmplib.24314 2
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007
Please cite:
 W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

 KIAA1242, 504 aa
 vs ./tmplib.24314 library

1987001 residues in  2037 sequences
  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7622+/-0.00617; mu= 10.1180+/- 0.421
 mean_var=127.3731+/-30.456, 0's: 0 Z-trim: 13  B-trim: 135 in 1/39
 Lambda= 0.113641

FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width:  16
The best scores are:                                      opt bits E(2037)
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KIAA1708  ( 1657 res)   fj17878y1                  (1657)  199 44.5   7e-05
KIAA0696  ( 550 res)   hk04053                     ( 550)  181 41.0 0.00026
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KIAA0449  ( 1628 res)   ff06247                    (1628)  157 37.6  0.0082


>>KIAA1942  ( 445 res)   fg00781                          (445 aa)
 initn: 129 init1:  75 opt: 218  Z-score: 203.1  bits: 46.9 E(): 3.4e-06
Smith-Waterman score: 235;  26.180% identity (55.794% similar) in 233 aa overlap (245-458:218-443)

          220       230       240       250         260       270  
KIAA12 GLGTCVYLWSACTSQVTRLCDLSVEGDSVTSVGWSER--GNLVAVGTHKGFVQIWDAAAG
                                     .. :: :  : :..   .:. ...:  . :
KIAA19 EPQALAAFLRDEQAQMKPIFSFAGHMGEGFALDWSPRVTGRLLTGDCQKN-IHLWTPTDG
       190       200       210       220       230        240      

                280       290          300       310         320   
KIAA12 KKLSMLE----GHTARVGALAWNAEQ---LSSGSRDRMILQRDIRTPPLQSE--RRLQGH
        .  . .    :::  :  : :.  .   ..: : :  :   :::. : ..       .:
KIAA19 GSWHVDQRPFVGHTRSVEDLQWSPTENTVFASCSADASIRIWDIRAAPSKACMLTTATAH
        250       260       270       280       290       300      

           330       340       350          360       370       380
KIAA12 RQEVCGLKWSTDHQLLASGGNDNKLLVWN---HSSLSPVQQYTEHLAAVKAIAWSPHQHG
         .:  ..:: .. .: :::.:. : .:.    .: :::  . .:.: : .. : :.. :
KIAA19 DGDVNVISWSRQEPFLLSGGDDGALKIWDLRQFKSGSPVATFKQHVAPVTSVEWHPQDSG
        310       320       330       340       350       360      

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KIAA12 LLASGGGTADRCIRFWN-TLTGQPLQCIDTGSQVCNLAWSKHANELVSTH-GYSQNQILV
       ..:..:  ::. :  :. ..  .:    ..:.   . . .   ..:. .: : .. . : 
KIAA19 VFAASG--ADHQITQWDLAVERDP----EAGDVEADPGLADLPQQLLFVHQGETELKELH
        370         380           390       400       410       420

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KIAA12 W--KYPSLTQVAKLTGHS-YRVLYLAMSPDGEAIVTGAGDETLRFWNVFSKTRSTKESVS
       :  . :.:   . :.: . .:..                                     
KIAA19 WHPQCPGLLVSTALSGFTIFRTISV                                   
              430       440                                        

>>KIAA0893  ( 974 res)   hk08702                          (974 aa)
 initn: 177 init1:  90 opt: 208  Z-score: 190.2  bits: 45.7 E(): 1.8e-05
Smith-Waterman score: 208;  24.121% identity (57.286% similar) in 199 aa overlap (250-441:776-972)

     220       230       240       250       260         270       
KIAA12 VYLWSACTSQVTRLCDLSVEGDSVTSVGWSERGNLVAVGTHKGFVQIW--DAAAGKKLSM
                                     : :. . ...  :  .:.  :   :. :  
KIAA08 NAETCNATGPDLEFSMHDGTIRDLAFMEGPESGGAILISAGAGDCNIYTTDCQRGQGLHA
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KIAA12 LEGHTARVGAL-AWNAEQLSSGSRDRMILQRDIRTPPLQSE--RRLQGHRQEVCGLKWST
       : :::... :: .:.. ...:::.:. .   :.:.:         ..:  . : ..  . 
KIAA08 LSGHTGHILALYTWSGWMIASGSQDKTVRFWDLRVPSCVRVVGTTFHGTGSAVASVAVDP
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KIAA12 DHQLLASGGNDNKLLVWNHSSLSPVQQYTEHLAAVKAIAWSPHQHGLLASGGGTADRCIR
       . .:::.: .:.. ....  .   ::.:  : . :... .::  : ::...     .   
KIAA08 SGRLLATGQEDSSCMLYDIRGGRMVQSYHPHSSDVRSVRFSPGAHYLLTGSYDMKIKVTD
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KIAA12 FWNTLTGQ-PLQCI-DTGSQVCNLAWSKHANELVSTHGYSQNQILVWKYPSLTQVAKLTG
       . . :: : :.. . .  ..: .  :  :...:    . ..  . .: :           
KIAA08 LQGDLTKQLPIMVVGEHKDKVIQCRW--HTQDLSFLSSSADRTVTLWTYNG         
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            460       470       480       490       500    
KIAA12 HSYRVLYLAMSPDGEAIVTGAGDETLRFWNVFSKTRSTKESVSVLNLFTRIR

>>KIAA1708  ( 1657 res)   fj17878y1                       (1657 aa)
 initn: 190 init1: 111 opt: 199  Z-score: 179.5  bits: 44.5 E(): 7e-05
Smith-Waterman score: 200;  25.455% identity (52.273% similar) in 220 aa overlap (202-410:1435-1648)

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KIAA12 LRSPRKPTRKISKIPFKVLDAPELQDDFYLNLVDWSSLN----VLSVGLGTCVYLWSACT
                                     : ..  .::     : .. :. : .:.   
KIAA17 IRTLTSSGQVTLGDACSASTSRTVAIPSGENQINQIALNPTGTFLYAASGNAVRMWDLKR
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KIAA12 SQVTRLCDLSVEGDSVTSVGWSERG-NLVAVGTHKGFVQIWDAAAGKKLSMLEGHTAR--
        : :      .      .:     : .:. .:..  .....:.. :   ..   :. .  
KIAA17 FQSTGKLTGHLGPVMCLTVDQISSGQDLIITGSKDHYIKMFDVTEGALGTVSPTHNFEPP
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              290       300       310       320       330       340
KIAA12 ----VGALAWNAEQLSSGSRDRMILQRDIRTPPLQSERRLQGHRQEVCGLKWSTDHQLLA
           . ::. ....: :::::  : . :.    :  ..  ..:.. ::.:    :: .: 
KIAA17 HYDGIEALTIQGDNLFSGSRDNGIKKWDLTQKDLL-QQVPNAHKDWVCALGVVPDHPVLL
         1530      1540      1550       1560      1570      1580   

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KIAA12 SGGNDNKLLVWNHSSLSPVQQYTEHLAAVKAIAWSPHQHGLLASGGGTADRCIRFWNTLT
       ::   . : ::: ... :: ..  : . ..::  .   : . :.     :: .:.:.. .
KIAA17 SGCRGGILKVWNMDTFMPVGEMKGHDSPINAICVNS-THIFTAAD----DRTVRIWKARN
          1590      1600      1610       1620          1630        

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KIAA12 GQPLQCIDTGSQVCNLAWSKHANELVSTHGYSQNQILVWKYPSLTQVAKLTGHSYRVLYL
        :  :  :::                                                  
KIAA17 LQDGQISDTGDLGEDIASN                                         
     1640      1650                                                

>>KIAA0696  ( 550 res)   hk04053                          (550 aa)
 initn: 168 init1: 100 opt: 181  Z-score: 169.2  bits: 41.0 E(): 0.00026
Smith-Waterman score: 234;  23.077% identity (53.077% similar) in 390 aa overlap (128-503:185-548)

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KIAA12 DGLAYSALLKNELLGAGIEKVQDPQTEDRRLQPSTPEKKGLFTYSLSTKRSSPDDGNDVS
                                     :  .  :..:   : ....   : ::   :
KIAA06 AELVCKEWQRVISEGMLWKKLIERMVRTDPLWKGLSERRGWDQYLFKNR---PTDGPPNS
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        160       170       180        190       200       210     
KIAA12 PY-SLSPVSNKSQKLLRSPRKPTRK-ISKIPFKVLDAPELQDDFYLNLVDWSSLNVLSVG
        : :: :   .. . ..:  .  :. ...:  .     : .   :   ..... ...: :
KIAA06 FYRSLYPKIIQDIETIESNWRCGRHNLQRIQCR----SENSKGVYC--LQYDDEKIIS-G
             220       230       240           250         260     

          220       230       240       250       260       270    
KIAA12 L-GTCVYLWSACTSQVTRLCDLSVEGDSVTSVGWSERGNLVAVGTHKGFVQIWDAAAGKK
       :  . . .:.  . .  ..  :. .  ::  . ..::  ....:.  . :..::. .:. 
KIAA06 LRDNSIKIWDKTSLECLKV--LTGHTGSVLCLQYDER--VIVTGSSDSTVRVWDVNTGEV
          270       280         290         300       310       320

          280       290       300       310        320       330   
KIAA12 LSMLEGHTARVGALAWNAEQLSSGSRDRMILQRDIRTPPLQSERR-LQGHRQEVCGLKWS
       :. :  :.  :  : ..   . . :.:: :   :. .    . :: : :::  :  . . 
KIAA06 LNTLIHHNEAVLHLRFSNGLMVTCSKDRSIAVWDMASATDITLRRVLVGHRAAVNVVDF-
              330       340       350       360       370          

           340       350       360       370       380       390   
KIAA12 TDHQLLASGGNDNKLLVWNHSSLSPVQQYTEHLAAVKAIAWSPHQHGLLASGGGTADRCI
        : . ..:...:  . ::. :.   :.  . :    ..::   ..  :..::  ..:  :
KIAA06 -DDKYIVSASGDRTIKVWSTSTCEFVRTLNGHK---RGIACLQYRDRLVVSG--SSDNTI
      380       390       400       410          420         430   

           400       410       420       430               440     
KIAA12 RFWNTLTGQPLQCIDTGSQVCNLAWSKHANELVSTHGYSQNQILVW--------KYPSLT
       :.:.   :  :. ..   ..      .  :. . . .:. ..: ::        . :. :
KIAA06 RLWDIECGACLRVLEGHEELVRCI--RFDNKRIVSGAYD-GKIKVWDLQAALDPRAPAST
           440       450         460       470        480       490

          450       460       470       480       490        500   
KIAA12 QVAK-LTGHSYRVLYLAMSPDGEAIVTGAGDETLRFWNVFSKTRSTK-ESVSVLNLFTRI
          . :. :: ::. : .  :   :.... :.:. .:. ..   :.. :. :    .: :
KIAA06 LCLRTLVEHSGRVFRLQF--DEFQIISSSHDDTILIWDFLNVPPSAQNETRSPSRTYTYI
              500         510       520       530       540        

         
KIAA12 R 
         
KIAA06 SR
      550

>>KIAA1449  ( 680 res)   fk04105                          (680 aa)
 initn: 205 init1: 113 opt: 161  Z-score: 150.4  bits: 37.8 E(): 0.0029
Smith-Waterman score: 198;  23.774% identity (53.208% similar) in 265 aa overlap (180-432:16-272)

     150       160       170       180       190       200         
KIAA12 PDDGNDVSPYSLSPVSNKSQKLLRSPRKPTRKISKIPFKVLDAPELQDDFYLNLVDWS-S
                                     ::. .. . . :  :  .   .: .. . .
KIAA14                TCKMAAHHRQNTAGRRKV-QVSYVIRDEVEKYNRNGVNALQLDPA
                              10         20        30        40    

      210        220        230       240       250       260      
KIAA12 LNVL-SVGLGTCVYLWSACT-SQVTRLCDLSVEGDSVTSVGWSERGNLVAVGTHKGFVQI
       :: : ..:  . . .::.   .:   . ..  . : :...     :. .  ..    :..
KIAA14 LNRLFTAGRDSIIRIWSVNQHKQDPYIASMEHHTDWVNDIVLCCNGKTLISASSDTTVKV
           50        60        70        80        90       100    

        270       280       290         300       310              
KIAA12 WDAAAGKKLSMLEGHTARVGALAW--NAEQLSSGSRDRMILQRDIRT-PPLQ------SE
       :.:  :  .: :. :   : :::.  . : ..:.. ::.:.  :. :   :       . 
KIAA14 WNAHKGFCMSTLRTHKDYVKALAYAKDKELVASAGLDRQIFLWDVNTLTALTASNNTVTT
          110       120       130       140       150       160    

       320       330       340       350       360       370       
KIAA12 RRLQGHRQEVCGLKWSTDHQLLASGGNDNKLLVWNHSSLSPVQQYTEHLAAVKAIAWSPH
         :.:... . .:  .    ...::.... : ::.  . . ...   :   :::.  .  
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