# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh10406.fasta.huge -Q ../query/KIAA1242.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1242, 504 aa vs ./tmplib.24314 library 1987001 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7622+/-0.00617; mu= 10.1180+/- 0.421 mean_var=127.3731+/-30.456, 0's: 0 Z-trim: 13 B-trim: 135 in 1/39 Lambda= 0.113641 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1942 ( 445 res) fg00781 ( 445) 218 46.9 3.4e-06 KIAA0893 ( 974 res) hk08702 ( 974) 208 45.7 1.8e-05 KIAA1708 ( 1657 res) fj17878y1 (1657) 199 44.5 7e-05 KIAA0696 ( 550 res) hk04053 ( 550) 181 41.0 0.00026 KIAA1449 ( 680 res) fk04105 ( 680) 161 37.8 0.0029 KIAA0449 ( 1628 res) ff06247 (1628) 157 37.6 0.0082 >>KIAA1942 ( 445 res) fg00781 (445 aa) initn: 129 init1: 75 opt: 218 Z-score: 203.1 bits: 46.9 E(): 3.4e-06 Smith-Waterman score: 235; 26.180% identity (55.794% similar) in 233 aa overlap (245-458:218-443) 220 230 240 250 260 270 KIAA12 GLGTCVYLWSACTSQVTRLCDLSVEGDSVTSVGWSER--GNLVAVGTHKGFVQIWDAAAG .. :: : : :.. .:. ...: . : KIAA19 EPQALAAFLRDEQAQMKPIFSFAGHMGEGFALDWSPRVTGRLLTGDCQKN-IHLWTPTDG 190 200 210 220 230 240 280 290 300 310 320 KIAA12 KKLSMLE----GHTARVGALAWNAEQ---LSSGSRDRMILQRDIRTPPLQSE--RRLQGH . . . ::: : : :. . ..: : : : :::. : .. .: KIAA19 GSWHVDQRPFVGHTRSVEDLQWSPTENTVFASCSADASIRIWDIRAAPSKACMLTTATAH 250 260 270 280 290 300 330 340 350 360 370 380 KIAA12 RQEVCGLKWSTDHQLLASGGNDNKLLVWN---HSSLSPVQQYTEHLAAVKAIAWSPHQHG .: ..:: .. .: :::.:. : .:. .: ::: . .:.: : .. : :.. : KIAA19 DGDVNVISWSRQEPFLLSGGDDGALKIWDLRQFKSGSPVATFKQHVAPVTSVEWHPQDSG 310 320 330 340 350 360 390 400 410 420 430 KIAA12 LLASGGGTADRCIRFWN-TLTGQPLQCIDTGSQVCNLAWSKHANELVSTH-GYSQNQILV ..:..: ::. : :. .. .: ..:. . . . ..:. .: : .. . : KIAA19 VFAASG--ADHQITQWDLAVERDP----EAGDVEADPGLADLPQQLLFVHQGETELKELH 370 380 390 400 410 420 440 450 460 470 480 490 KIAA12 W--KYPSLTQVAKLTGHS-YRVLYLAMSPDGEAIVTGAGDETLRFWNVFSKTRSTKESVS : . :.: . :.: . .:.. KIAA19 WHPQCPGLLVSTALSGFTIFRTISV 430 440 >>KIAA0893 ( 974 res) hk08702 (974 aa) initn: 177 init1: 90 opt: 208 Z-score: 190.2 bits: 45.7 E(): 1.8e-05 Smith-Waterman score: 208; 24.121% identity (57.286% similar) in 199 aa overlap (250-441:776-972) 220 230 240 250 260 270 KIAA12 VYLWSACTSQVTRLCDLSVEGDSVTSVGWSERGNLVAVGTHKGFVQIW--DAAAGKKLSM : :. . ... : .:. : :. : KIAA08 NAETCNATGPDLEFSMHDGTIRDLAFMEGPESGGAILISAGAGDCNIYTTDCQRGQGLHA 750 760 770 780 790 800 280 290 300 310 320 330 KIAA12 LEGHTARVGAL-AWNAEQLSSGSRDRMILQRDIRTPPLQSE--RRLQGHRQEVCGLKWST : :::... :: .:.. ...:::.:. . :.:.: ..: . : .. . KIAA08 LSGHTGHILALYTWSGWMIASGSQDKTVRFWDLRVPSCVRVVGTTFHGTGSAVASVAVDP 810 820 830 840 850 860 340 350 360 370 380 390 KIAA12 DHQLLASGGNDNKLLVWNHSSLSPVQQYTEHLAAVKAIAWSPHQHGLLASGGGTADRCIR . .:::.: .:.. .... . ::.: : . :... .:: : ::... . KIAA08 SGRLLATGQEDSSCMLYDIRGGRMVQSYHPHSSDVRSVRFSPGAHYLLTGSYDMKIKVTD 870 880 890 900 910 920 400 410 420 430 440 450 KIAA12 FWNTLTGQ-PLQCI-DTGSQVCNLAWSKHANELVSTHGYSQNQILVWKYPSLTQVAKLTG . . :: : :.. . . ..: . : :...: . .. . .: : KIAA08 LQGDLTKQLPIMVVGEHKDKVIQCRW--HTQDLSFLSSSADRTVTLWTYNG 930 940 950 960 970 460 470 480 490 500 KIAA12 HSYRVLYLAMSPDGEAIVTGAGDETLRFWNVFSKTRSTKESVSVLNLFTRIR >>KIAA1708 ( 1657 res) fj17878y1 (1657 aa) initn: 190 init1: 111 opt: 199 Z-score: 179.5 bits: 44.5 E(): 7e-05 Smith-Waterman score: 200; 25.455% identity (52.273% similar) in 220 aa overlap (202-410:1435-1648) 180 190 200 210 220 KIAA12 LRSPRKPTRKISKIPFKVLDAPELQDDFYLNLVDWSSLN----VLSVGLGTCVYLWSACT : .. .:: : .. :. : .:. KIAA17 IRTLTSSGQVTLGDACSASTSRTVAIPSGENQINQIALNPTGTFLYAASGNAVRMWDLKR 1410 1420 1430 1440 1450 1460 230 240 250 260 270 280 KIAA12 SQVTRLCDLSVEGDSVTSVGWSERG-NLVAVGTHKGFVQIWDAAAGKKLSMLEGHTAR-- : : . .: : .:. .:.. .....:.. : .. :. . KIAA17 FQSTGKLTGHLGPVMCLTVDQISSGQDLIITGSKDHYIKMFDVTEGALGTVSPTHNFEPP 1470 1480 1490 1500 1510 1520 290 300 310 320 330 340 KIAA12 ----VGALAWNAEQLSSGSRDRMILQRDIRTPPLQSERRLQGHRQEVCGLKWSTDHQLLA . ::. ....: ::::: : . :. : .. ..:.. ::.: :: .: KIAA17 HYDGIEALTIQGDNLFSGSRDNGIKKWDLTQKDLL-QQVPNAHKDWVCALGVVPDHPVLL 1530 1540 1550 1560 1570 1580 350 360 370 380 390 400 KIAA12 SGGNDNKLLVWNHSSLSPVQQYTEHLAAVKAIAWSPHQHGLLASGGGTADRCIRFWNTLT :: . : ::: ... :: .. : . ..:: . : . :. :: .:.:.. . KIAA17 SGCRGGILKVWNMDTFMPVGEMKGHDSPINAICVNS-THIFTAAD----DRTVRIWKARN 1590 1600 1610 1620 1630 410 420 430 440 450 460 KIAA12 GQPLQCIDTGSQVCNLAWSKHANELVSTHGYSQNQILVWKYPSLTQVAKLTGHSYRVLYL : : ::: KIAA17 LQDGQISDTGDLGEDIASN 1640 1650 >>KIAA0696 ( 550 res) hk04053 (550 aa) initn: 168 init1: 100 opt: 181 Z-score: 169.2 bits: 41.0 E(): 0.00026 Smith-Waterman score: 234; 23.077% identity (53.077% similar) in 390 aa overlap (128-503:185-548) 100 110 120 130 140 150 KIAA12 DGLAYSALLKNELLGAGIEKVQDPQTEDRRLQPSTPEKKGLFTYSLSTKRSSPDDGNDVS : . :..: : .... : :: : KIAA06 AELVCKEWQRVISEGMLWKKLIERMVRTDPLWKGLSERRGWDQYLFKNR---PTDGPPNS 160 170 180 190 200 210 160 170 180 190 200 210 KIAA12 PY-SLSPVSNKSQKLLRSPRKPTRK-ISKIPFKVLDAPELQDDFYLNLVDWSSLNVLSVG : :: : .. . ..: . :. ...: . : . : ..... ...: : KIAA06 FYRSLYPKIIQDIETIESNWRCGRHNLQRIQCR----SENSKGVYC--LQYDDEKIIS-G 220 230 240 250 260 220 230 240 250 260 270 KIAA12 L-GTCVYLWSACTSQVTRLCDLSVEGDSVTSVGWSERGNLVAVGTHKGFVQIWDAAAGKK : . . .:. . . .. :. . :: . ..:: ....:. . :..::. .:. 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KIAA14 TCKMAAHHRQNTAGRRKV-QVSYVIRDEVEKYNRNGVNALQLDPA 10 20 30 40 210 220 230 240 250 260 KIAA12 LNVL-SVGLGTCVYLWSACT-SQVTRLCDLSVEGDSVTSVGWSERGNLVAVGTHKGFVQI :: : ..: . . .::. .: . .. . : :... :. . .. :.. KIAA14 LNRLFTAGRDSIIRIWSVNQHKQDPYIASMEHHTDWVNDIVLCCNGKTLISASSDTTVKV 50 60 70 80 90 100 270 280 290 300 310 KIAA12 WDAAAGKKLSMLEGHTARVGALAW--NAEQLSSGSRDRMILQRDIRT-PPLQ------SE :.: : .: :. : : :::. . : ..:.. ::.:. :. : : . KIAA14 WNAHKGFCMSTLRTHKDYVKALAYAKDKELVASAGLDRQIFLWDVNTLTALTASNNTVTT 110 120 130 140 150 160 320 330 340 350 360 370 KIAA12 RRLQGHRQEVCGLKWSTDHQLLASGGNDNKLLVWNHSSLSPVQQYTEHLAAVKAIAWSPH :.:... . .: . ...::.... : ::. . . ... : :::. . KIAA14 SSLSGNKDSIYSLAMNQLGTIIVSGSTEKVLRVWDPRTCAKLMKLKGHTDNVKALLLNRD 170 180 190 200 210 220 380 390 400 410 420 430 KIAA12 QHGLLASGGGTADRCIRFWNTLTGQPLQCIDTGSQVCNLAWSKHANELVSTHGYSQNQIL :. :..: ::.:. :: .:: : . .:. ..:. :: :: KIAA14 GTQCLS---GSSDGTIRLWSL--GQQ-RCIATYRVHDEGVWALQVNDAF-THVYSGGRDR 230 240 250 260 270 440 450 460 470 480 490 KIAA12 VWKYPSLTQVAKLTGHSYRVLYLAMSPDGEAIVTGAGDETLRFWNVFSKTRSTKESVSVL KIAA14 KIYCTDLRNPDIRVLICEEKAPVLKMELDRSADPPPAIWVATTKSTVNKWTLKGIHNFRA 280 290 300 310 320 330 >>KIAA0449 ( 1628 res) ff06247 (1628 aa) initn: 206 init1: 84 opt: 157 Z-score: 142.4 bits: 37.6 E(): 0.0082 Smith-Waterman score: 165; 25.628% identity (53.266% similar) in 199 aa overlap (307-483:1282-1476) 280 290 300 310 320 330 KIAA12 MLEGHTARVGALAWNAEQLSSGSRDRMILQRDIRTPPLQSERRLQGHRQEVCGLKWSTDH . :: ::: .:: . . : .:: KIAA04 NDRNVFSRLTSNQSQGSALDKGIISPVGGAKGARTAPLQCVSMAEGHTKPILCLD-ATD- 1260 1270 1280 1290 1300 340 350 360 370 380 KIAA12 QLLASGGNDNKLLVWNHSSLSPVQQYTEHLAAVKAIAWSPHQHGLLASGGGT-------- .:: .:..: . .:: . . . : : .: . :. ::. : . . 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