# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh10384.fasta.nr -Q ../query/KIAA1241.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1241, 863 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7817882 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.2766+/-0.000196; mu= 6.8312+/- 0.011 mean_var=113.1512+/-21.358, 0's: 42 Z-trim: 78 B-trim: 36 in 1/67 Lambda= 0.120571 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|11096171|gb|AAG30220.1|AF298151_1 RNA polymeras (1388) 5326 938.4 0 gi|11096173|gb|AAG30221.1|AF298152_1 RNA polymeras (1372) 5209 918.0 0 gi|189081673|sp|A6H8Y1.2|BDP1_HUMAN RecName: Full= (2624) 5153 908.5 0 gi|171847279|gb|AAI61615.1| BDP1 protein [Homo sap (2621) 5145 907.1 0 gi|148922149|gb|AAI46793.1| B double prime 1, subu (2624) 5145 907.1 0 gi|119616094|gb|EAW95688.1| B double prime 1, subu (2254) 5132 904.8 0 gi|119616095|gb|EAW95689.1| B double prime 1, subu (2624) 5132 904.9 0 gi|109637791|ref|NP_060899.2| transcription factor (2624) 5125 903.6 0 gi|9886705|emb|CAC04245.1| putative transcription (2254) 5122 903.1 0 gi|12232589|emb|CAC21448.1| TFNR [Homo sapiens] (2187) 5113 901.5 0 gi|109077609|ref|XP_001093653.1| PREDICTED: simila (2664) 4590 810.6 0 gi|114599776|ref|XP_001155555.1| PREDICTED: simila (2147) 3528 625.8 6.1e-176 gi|114599774|ref|XP_517718.2| PREDICTED: transcrip (2497) 3528 625.8 6.8e-176 gi|114599772|ref|XP_001155748.1| PREDICTED: transc (2517) 3528 625.8 6.9e-176 gi|194220159|ref|XP_001504088.2| PREDICTED: simila (2410) 2325 416.6 6.5e-113 gi|194676474|ref|XP_001790683.1| PREDICTED: B doub (2635) 2049 368.6 2e-98 gi|9957213|gb|AAG09268.1|AF176695_1 transcription ( 846) 1877 338.3 8.5e-90 gi|73950137|ref|XP_535267.2| PREDICTED: similar to (2493) 1465 267.0 7.2e-68 gi|189081674|sp|Q571C7.2|BDP1_MOUSE RecName: Full= (2467) 1333 244.0 5.9e-61 gi|148668506|gb|EDL00825.1| mCG116166 [Mus musculu (2467) 1323 242.3 2e-60 gi|16553841|dbj|BAB71602.1| unnamed protein produc ( 635) 688 131.3 1.2e-27 gi|126320598|ref|XP_001365571.1| PREDICTED: simila (2500) 573 111.8 3.7e-21 gi|149059180|gb|EDM10187.1| B double prime 1, subu (1815) 426 86.1 1.4e-13 gi|193809553|emb|CAQ40255.1| hypothetical protein, (1130) 402 81.8 1.8e-12 gi|110758074|ref|XP_001121015.1| PREDICTED: simila (6323) 372 77.2 2.5e-10 gi|121898208|gb|EAY03306.1| DNA-directed RNA polym (5185) 367 76.2 3.9e-10 gi|210099867|gb|EEA47955.1| hypothetical protein B (5485) 352 73.6 2.5e-09 gi|121900914|gb|EAY05939.1| viral A-type inclusion (5296) 348 72.9 3.9e-09 gi|157017970|gb|EAA07771.4| AGAP002737-PA [Anophel (6668) 346 72.7 6e-09 gi|193811366|emb|CAQ42094.1| hypothetical protein, (1652) 337 70.6 6.2e-09 gi|196968479|gb|ACG80813.1| hypothetical protein [ ( 321) 322 67.4 1.1e-08 gi|196968481|gb|ACG80814.1| hypothetical protein [ ( 301) 321 67.2 1.2e-08 gi|189240488|ref|XP_968002.2| PREDICTED: similar t (1796) 332 69.8 1.2e-08 gi|210124072|gb|EEA71770.1| hypothetical protein B (1615) 331 69.6 1.2e-08 gi|210131782|gb|EEA79449.1| hypothetical protein B (5785) 336 70.9 1.8e-08 gi|189235953|ref|XP_001809215.1| PREDICTED: simila (5206) 334 70.5 2.1e-08 gi|121915383|gb|EAY20172.1| hypothetical protein T (6274) 334 70.6 2.4e-08 gi|124430075|emb|CAK94864.1| unnamed protein produ (2950) 327 69.1 3.2e-08 gi|212001102|gb|EEB06762.1| V-type ATPase subunit ( 681) 314 66.3 5e-08 gi|196968473|gb|ACG80810.1| hypothetical protein [ ( 351) 308 65.0 6.3e-08 gi|121888096|gb|EAX93587.1| variable membrane prot (2191) 312 66.4 1.6e-07 gi|121898609|gb|EAY03695.1| erythrocyte binding pr (1185) 308 65.5 1.6e-07 gi|196968471|gb|ACG80809.1| hypothetical protein [ ( 336) 299 63.4 1.8e-07 gi|121916711|gb|EAY21490.1| hypothetical protein T (1625) 306 65.2 2.6e-07 gi|121889307|gb|EAX94735.1| hypothetical protein T (1014) 303 64.5 2.6e-07 gi|89089507|gb|EAR68614.1| hypothetical protein B1 ( 700) 300 63.9 2.8e-07 gi|70876484|gb|EAN89929.1| hypothetical protein, c (1148) 301 64.2 3.6e-07 gi|56474542|gb|EAL51907.1| Viral A-type inclusion (1387) 300 64.1 4.7e-07 gi|121911253|gb|EAY16089.1| hypothetical protein T (2711) 303 64.9 5.4e-07 gi|210116559|gb|EEA64303.1| hypothetical protein B ( 567) 293 62.6 5.5e-07 >>gi|11096171|gb|AAG30220.1|AF298151_1 RNA polymerase II (1388 aa) initn: 5326 init1: 5326 opt: 5326 Z-score: 5007.8 bits: 938.4 E(): 0 Smith-Waterman score: 5326; 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