# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/pg00641.fasta.huge -Q ../query/KIAA1236.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1236, 1840 aa vs ./tmplib.24314 library 1985665 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.7338+/-0.0101; mu= -12.3347+/- 0.680 mean_var=508.1324+/-124.936, 0's: 0 Z-trim: 11 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.056897 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 42, opt: 30, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0042 ( 1652 res) ha00930 (1652) 324 42.8 0.00079 KIAA0639 ( 1835 res) fg02716y2 (1835) 295 40.5 0.0044 KIAA0706 ( 1123 res) pj01355 (1123) 286 39.5 0.0053 KIAA1590 ( 1393 res) fj09048y1 (1393) 285 39.6 0.0065 KIAA1448 ( 1179 res) fh12320y1 (1179) 279 39.0 0.0081 >>KIAA0042 ( 1652 res) ha00930 (1652 aa) initn: 153 init1: 65 opt: 324 Z-score: 160.6 bits: 42.8 E(): 0.00079 Smith-Waterman score: 351; 29.745% identity (56.374% similar) in 353 aa overlap (388-730:412-748) 360 370 380 390 400 410 KIAA12 KKQVILYDPAAGPPGSAGPRRAATAAVPKMFAFDAVFPQDSEQAEVCSGTVADVLQSVVS ..:: :. . :. : .: .:. . 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KIAA14 AVTSYTDIADLMDAGNKARTVAATNMNETSSRS-HAVFTIVFTQKKHD--NETNLSTEKV 220 230 240 250 260 590 600 610 620 630 KIAA12 SRLHLIDLGSCEAA--AGRAGE--AAGGPLCLSLSALGSVILALVNGAKH------VPYR :.. :.::.. : : .: : :. . ::..::.:: ::.. .:. .::: KIAA14 SKISLVDLAGSERADSTGAKGTRLKEGANINKSLTTLGKVISALAEVSKKKKKTDFIPYR 270 280 290 300 310 320 640 650 660 670 680 690 KIAA12 DHRLTMLLRESLATAGCRTTMIAHVSDAPAQHAETLSTVQLAARIHRLRRKKAKYASSSS : :: ::::.:. .. ::.:.: .: : .. :::::.. : : .... KIAA14 DSVLTWLLRENLG-GNSRTAMVAALSPADINYDETLSTLRYADRAKQIKCNAVINEDPNA 330 340 350 360 370 380 700 710 720 730 740 750 KIAA12 GGESSCEEGRARRPPHLRPFHPRTVALDPDRTPPCLPGDPDYSSSSEQSCDTVIYVGPGG KIAA14 KLVRELKEEVTRLKDLLRAQGLGDIIDTSMGSLTSSPSSCSLSSQVGLTSVTSIQERIMS 390 400 410 420 430 440 1840 residues in 1 query sequences 1985665 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:14:14 2008 done: Thu Dec 18 15:14:16 2008 Total Scan time: 0.990 Total Display time: 0.280 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]