# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh08611.fasta.huge -Q ../query/KIAA1233.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1233, 1023 aa vs ./tmplib.24314 library 1986482 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.0988+/-0.00612; mu= 25.0843+/- 0.417 mean_var=148.9614+/-34.608, 0's: 0 Z-trim: 22 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.105084 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0605 ( 1031 res) hg03238a (1031) 513 90.5 1.2e-18 KIAA2029 ( 1021 res) pj01256 (1021) 307 59.3 3.1e-09 KIAA0366 ( 1201 res) hh00124 (1201) 284 55.9 3.7e-08 KIAA0762 ( 724 res) hk04668s1 ( 724) 280 54.9 4.5e-08 KIAA1312 ( 1471 res) fh11767 (1471) 269 53.8 2e-07 KIAA1445 ( 1202 res) fg03469b (1202) 227 47.3 1.5e-05 KIAA0550 ( 1524 res) hh15909 (1524) 198 43.1 0.00035 KIAA0960 ( 1502 res) hj05779s1 (1502) 196 42.8 0.00042 KIAA0756 ( 1222 res) ff01911 (1222) 187 41.2 0.001 KIAA1346 ( 999 res) fj00671 ( 999) 182 40.3 0.0015 KIAA1061 ( 693 res) hj00491 ( 693) 179 39.5 0.0018 KIAA1514 ( 1598 res) fh00815(revised) (1598) 174 39.5 0.0044 KIAA2036 ( 1322 res) pf06513 (1322) 172 39.0 0.005 KIAA1484 ( 700 res) fj06928 ( 700) 165 37.4 0.0079 KIAA1263 ( 850 res) hj00608 ( 850) 164 37.4 0.0096 >>KIAA0605 ( 1031 res) hg03238a (1031 aa) initn: 636 init1: 225 opt: 513 Z-score: 426.5 bits: 90.5 E(): 1.2e-18 Smith-Waterman score: 514; 32.374% identity (53.957% similar) in 278 aa overlap (751-1023:639-893) 730 740 750 760 770 780 KIAA12 WPESRIVFLQGHKKYILQATNTRTNSNDPTGEPPPQEPFWEPGNWSHCSATCGHLGARIQ : : . :. .. ::::: :. 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