# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh06860s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1230.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1230, 932 aa vs ./tmplib.24314 library 1986573 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.9433+/-0.0072; mu= -9.5514+/- 0.482 mean_var=324.4865+/-80.190, 0's: 0 Z-trim: 9 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.071199 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0897 ( 419 res) hk09524 ( 419) 370 52.2 1.5e-07 KIAA0654 ( 1267 res) fh18335 (1267) 356 51.3 8.9e-07 >>KIAA0897 ( 419 res) hk09524 (419 aa) initn: 406 init1: 255 opt: 370 Z-score: 227.4 bits: 52.2 E(): 1.5e-07 Smith-Waterman score: 455; 31.511% identity (59.486% similar) in 311 aa overlap (530-795:24-333) 500 510 520 530 540 550 KIAA12 SPDSKKKSRGIMKLFGKLRRSQSTTFNPDDMSEPEFK-RGGTRATAGPRLGWSRDLGQSN :.:: . ::.: :: ...: .. 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