# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh04710.fasta.huge -Q ../query/KIAA1227.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1227, 1069 aa vs ./tmplib.24314 library 1986436 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.9321+/-0.0104; mu= 3.8349+/- 0.716 mean_var=515.9251+/-129.321, 0's: 0 Z-trim: 14 B-trim: 105 in 1/39 Lambda= 0.056465 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1141 ( 914 res) hk01833 ( 914) 279 38.2 0.0064 >>KIAA1141 ( 914 res) hk01833 (914 aa) initn: 272 init1: 134 opt: 279 Z-score: 144.3 bits: 38.2 E(): 0.0064 Smith-Waterman score: 374; 21.308% identity (49.051% similar) in 948 aa overlap (195-1069:19-908) 170 180 190 200 210 220 KIAA12 TVSQNQPDVSHTSRPSPSIAVKANTNKPHVPKPIEPL----HNLSLTEKSWPKDSSVVYA :.: .: . :: : . :. . . KIAA11 ISRSLEAGVASVDAADYNPEPCQPGTRRGRRRSLKEATEPQLAMAEEF 10 20 30 40 230 240 250 260 270 KIAA12 KSLEHSG---SLDDPNRISLVKRNAVLPSK--PLQDREAMDD-KPGVSGQLPKGKA-LE- .:. : .: : ....: . .. . :: .: .:..... : :. :: KIAA11 VTLKDVGMDFTLGDWEQLGLEQGDTFWDTALDNCQDLFLLDPPRPNLTSH-PDGSEDLEP 50 60 70 80 90 100 280 290 300 310 320 330 KIAA12 LALKRPRPPVLSVCSSSETPYLLKETNKGNGQGEDRNLLYYSKLGLVIPSSGSGSGNQS- :: :. .: ....: . ..: .: : ..: :: :. . : . ... KIAA11 LAGGSPEATSPDVTETKNSPLMEDFFEEGFSQ-EIIEML--SKDGFWNSNFGEACIEDTW 110 120 130 140 150 160 340 350 360 370 380 390 KIAA12 IDRSGPLVKSLLRRSLSMDSQVPVYSPSIDLKSSQGSSSVSSDAPGNVLCALSQKSSLKD .: .:::: ... ... :. : .:: .: : ::. . : . : ... KIAA11 LDSLLGDPESLLRSDIATNGESPTECKSHELK--RGLSPVSTVSTG-------EDSMVHN 170 180 190 200 210 400 410 420 430 440 450 KIAA12 CSEKTALDDRPQVLQPHRLRSFSASQSTDREGASPVTEVRIKTEPSSPLSDPSDIIRVTV :::: : . .: . :: :. ....... . .: .. .: :.: KIAA11 VSEKTLT---PAKSKEYRGEFFSYSDHSQQDSVQEGEKPYQCSECGKSFSGS---YRLT- 220 230 240 250 260 460 470 480 490 500 510 KIAA12 GDAATTAAASSSSVTRDLSLKTEDDQKDMSRLPAKRRFQADRRLPFKKLKVNEHGSPVSE . : . . .: .. . : . ..: : . .: ::.:. :. KIAA11 -QHWITHTREKPTVHQECE-QGFDRNASLSVYPKT-------HTGYKFYVCNEYGTTFSQ 270 280 290 300 310 520 530 540 550 560 KIAA12 DNF------EEGSSPTL-LDADFPDSDLNKDEFGELEGTRPNKK-FKCKHCLKIFRSTAG ... . : .: :.: : : . . :: . :. ..: ..:..: : : KIAA11 STYLWHQKTHTGEKPCKSQDSDHPPS--HDTQPGEHQKTHTDSKSYNCNECGKAFTRIFH 320 330 340 350 360 370 570 580 590 600 610 620 KIAA12 LHRHVNMYHNPEKPYACDICHKRFHTNFKVWTHCQTQHGIVKNPSPASSSHAVLDEKFQR : :: ... .: : :. :. :. .. : : :. .:. : . .. . . KIAA11 LTRHQKIH--TRKRYECSKCQATFNLRKHLIQH-QKTHA-AKTTSECQECGKIF--RHSS 380 390 400 410 420 430 630 640 650 660 670 680 KIAA12 KLIDIVREREIKKALIIKLRRGKPGFQGQSSSQAQQVIKRNLRSRAKGAYICTYCGKAYR ::. . .. . .::: .:. .:. . .: .. . . : :. ::::.. KIAA11 LLIEHQALHAGEEPYKCN-ERGK-SFRHNSTLKIHQRVHSGEK-----PYKCSECGKAFH 440 450 460 470 480 690 700 710 720 730 KIAA12 FLSQFKQHIKMHPGEKPLG----VNKVAKPKEHAPLASPVENKEV-YQCRLCNAKLSSLL .....: ..: : .: : . ..:. : . ... : :.: :. .:. KIAA11 RHTHLNEHRRIHTGYRPHKCQECVRSFSRPS-HLMRHQAIHTAEKPYSCAECKETFSDNN 490 500 510 520 530 540 740 750 760 770 KIAA12 EQGSHERL--CRNAAVCPYCSLRFFSPELKQEHES--------------------KCEYK . .:... .. : :. ::. . ::: . . : KIAA11 RLVQHQKMHTVKTPYECQECGERFICGSTLKCHESVHAREKQGFFVSGKILDQNPEQKEK 550 560 570 580 590 600 780 790 800 810 820 KIAA12 KLTCLECMRTFKSSFSIWRHQVEVHNQNNMAPTE------NFSLPV-LDHNGDVTGSSRP . : .: .::. : . .:. ..:... : : : :. . : :. . . : KIAA11 CFKCNKCEKTFSCSKYLTQHE-RIHTRG-MKPFECDQCGKAFGQSTRLIHHQRIHSRVRL 610 620 630 640 650 660 830 840 850 860 870 880 KIAA12 QSQPEPNKVNHIVTTKDDNVFSDSSEQVNFDSEDSSCLPEDLSLSKQLKIQVKEEPVEEA . : .:. .. . : . . . . : .. . .. :::. :.. :.: . . KIAA11 YKWGEQGKAISSASLIKLQSFHTKEHPFKCN-ECGKTFSHSAHLSKHQLIHAGENPFKCS 670 680 690 700 710 720 890 900 910 920 930 940 KIAA12 EEE---APEASTAPKEAGPSKEASLWPCEKCGKMFTVHKQLERHQELLCSVKPFICHVCN . . . . . .: ... : :..::: : . : .::.. . ::..: :. KIAA11 KCDRVFTQRNYLVQHERTHARKKPLV-CNECGKTFRQSSCLSKHQRIHSGEKPYVCDYCG 730 740 750 760 770 950 960 970 980 990 KIAA12 KAFRTNFRLWSHFQSH--------------MSQASEESAHKESEVCPVPTN-SPSPPPLP ::: . .: : . : ..:.: : :.. .. : . . KIAA11 KAFGLSAELVRHQRIHTGEKPYVCQECGKAFTQSSCLSIHRRVHTGEKPYRCGECGKAFA 780 790 800 810 820 830 1000 1010 1020 1030 1040 1050 KIAA12 PPPPLPKIQPLEPDSPTGLSENPTPATEKLFVPQESDTLFYHAPPLSAITFKRQFMCKLC : . : .. :: . . : :: : : : : . : . ..:. : KIAA11 QKANLTQHQRIH----TGEKPYSCNVCGKAFV--LSAHLNQH---LRVHTQETLYQCQRC 840 850 860 870 880 890 1060 KIAA12 HRTFKTAFSLWSHEQTHN ...:. :: :...:: KIAA11 QKAFRCHSSLSRHQRVHNKQQYCL 900 910 1069 residues in 1 query sequences 1986436 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:13:54 2008 done: Thu Dec 18 15:13:55 2008 Total Scan time: 0.680 Total Display time: 0.060 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]