# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh03522.fasta.huge -Q ../query/KIAA1221.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1221, 1282 aa vs ./tmplib.24314 library 1986223 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.6312+/-0.00701; mu= 16.5138+/- 0.481 mean_var=232.0882+/-56.673, 0's: 0 Z-trim: 27 B-trim: 11 in 1/39 Lambda= 0.084188 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0426 ( 613 res) hh01274 ( 613) 252 44.6 5.9e-05 KIAA1871 ( 821 res) hj05256s1 ( 821) 235 42.8 0.00028 KIAA0236 ( 1696 res) ha04654 (1696) 221 41.6 0.0013 KIAA1710 ( 515 res) fj18457 ( 515) 206 38.9 0.0026 KIAA1198 ( 553 res) fg01911 ( 553) 205 38.8 0.0029 KIAA2033 ( 766 res) ej00602s1 ( 766) 206 39.2 0.0031 KIAA2003 ( 460 res) ah02593 ( 460) 199 38.0 0.0045 KIAA1948 ( 487 res) fh24556 ( 487) 194 37.4 0.007 KIAA0335 ( 1484 res) pf00495 (1484) 198 38.7 0.0084 KIAA0628 ( 540 res) hh01433 ( 540) 191 37.1 0.0094 >>KIAA0426 ( 613 res) hh01274 (613 aa) initn: 352 init1: 124 opt: 252 Z-score: 180.9 bits: 44.6 E(): 5.9e-05 Smith-Waterman score: 290; 21.311% identity (49.590% similar) in 488 aa overlap (218-682:124-576) 190 200 210 220 230 240 KIAA12 VKDDCVNTVTGISSGTDGFRSENDTNWDPQKEFIQFLMTNEETVDKAPPHSKIGLEKKRK .: . : :. .:. . .. ... 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KIAA06 RPYVCNECGKRFSQTSNFTQHQRIHTGEK--LYECNECGKAFFLSSYLIRHQK-IHTGER 350 360 370 380 390 400 570 580 590 600 610 KIAA12 ------CVDSFGSPLGL-DKRKNDILEEPVD-SDSTKTLTKQQSTTFPK--NSALKQDVK : .: . : ...: ..: . .: :.. .... . . ... : : KIAA06 VYECKECGKAFLQKAHLTEHQKIHSGDRPFECKDCGKAFIQSSKLLLHQIIHTGEKPYVC 410 420 430 440 450 460 620 630 640 650 660 670 KIAA12 RTFGSTS-QSSSFSKIHKRPHRIQKARKSIAQSGVNMCNQNSSPHKNVTIKS---SVDQK :. : :.: . :.. : .: . .: : .. :.... ..: ... :... KIAA06 SYCGKGFIQRSNFLQ-HQKIHTEEKLYEC-SQYGRDF-NSTTNVKNNQRVHQEGLSLSKA 470 480 490 500 510 520 680 690 700 710 720 730 KIAA12 PKYFHQAAKEKSNAKANSHYLYRHKYENYRMIKKSGESYPVHFKKEEASSLNSLHLFSSS : .. . . .:.. .: KIAA06 PIHLGERSVDKGEHTGNL 530 540 1282 residues in 1 query sequences 1986223 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:13:39 2008 done: Thu Dec 18 15:13:40 2008 Total Scan time: 0.770 Total Display time: 0.270 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]