# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh03001s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1217.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1217, 1339 aa vs ./tmplib.24314 library 1986166 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.9138+/-0.00896; mu= -24.6256+/- 0.602 mean_var=551.1999+/-132.410, 0's: 0 Z-trim: 4 B-trim: 8 in 1/39 Lambda= 0.054629 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1684 ( 762 res) fh24594 ( 762) 929 88.7 4.2e-18 >>KIAA1684 ( 762 res) fh24594 (762 aa) initn: 1156 init1: 651 opt: 929 Z-score: 416.9 bits: 88.7 E(): 4.2e-18 Smith-Waterman score: 1320; 35.442% identity (61.575% similar) in 838 aa overlap (419-1211:6-760) 390 400 410 420 430 440 KIAA12 ADPYLYHEGRMSIASSHGGHPLDVPDHIIAYHRTAIRSASAYCNPSMQAEMHMEQSLYRQ :.: ..:: :.: ..:... :.:::. KIAA16 GAGGLYKRGSVRSLSTYSAAALQSDL--EDSLYKA 10 20 30 450 460 470 480 490 500 KIAA12 KSRKYPDSHLPTLGSKTPPASPHRVSDLRMIDMHAHYNAHGPPHTMQ---PDRASPSRQA . : . : . ::.::.... :. : .. :::. :.:.:: ::. KIAA16 AGGGGP-LYGDGYGFRLPPSSPQKLA-----DVAAPPGGPPPPHSPYSGPPSRGSPVRQS 40 50 60 70 80 510 520 530 540 550 KIAA12 FKKEPGTL-VYIEKP----RSAAGLSSL----VDLGPPLMEKQVFAYSTATIPKDRETRE :.:. :. :. :.: :::.. :. .: : :... ... . :: :::: KIAA16 FRKDSGSSSVFAESPGGKTRSAGSASTAGAPPSELFPGPGERSLVGFGPPVPAKDTETRE 90 100 110 120 130 140 560 570 580 590 600 610 KIAA12 RMQAMEKQIASLTGLVQSALFKG--PITSYSKDASSEKMMKTTA--NRNHTDSAGTPHVS ::.:::::::::::::::::..: : : : .:. .: . . .:..:: :: KIAA16 RMEAMEKQIASLTGLVQSALLRGSEPETPSEKIEGSNGAATPSAPCGSGGRSSGATP-VS 150 160 170 180 190 200 620 630 640 650 660 670 KIAA12 GGKMLSALESTVPPSQPPPVGTSAIHMSLLEMRRSVAELRLQLQQMRQLQLQNQELLRAM : :: :..: .:: :. ... : .. :...:: ::::.:.::::::: .::. KIAA16 GPPPPSA--SSTPAGQPTAVSRLQMQLHLRGLQNSASDLRGQLQQLRKLQLQNQESVRAL 210 220 230 240 250 260 680 690 700 710 720 730 KIAA12 MKKAELEISGKVMETMKRLEDPVQRQRVLVEQERQKYLHEEEKIVKKLCELEDFVEDLKK .:..: :.: .: :. .: :::.::::.:::.:: .::..:: :...: .:: :: ... KIAA16 LKRTEAELSMRVSEAARRQEDPLQRQRTLVEEERLRYLNDEELITQQLNDLEKSVEKIQR 270 280 290 300 310 320 740 750 760 770 780 790 KIAA12 DSTAASRLVTLKDVEDGAFLLRQVGEAVATLKGEFPTLQNKMRAILRIEVEAVRFLKEEP : . ::: ..:. :..:.:.::... ::..:: ::.:::..::.:::::.:::::: KIAA16 DVSHNHRLVPGPELEEKALVLKQLGETLTELKAHFPGLQSKMRVVLRVEVEAVKFLKEEP 330 340 350 360 370 380 800 810 820 830 840 850 KIAA12 HKLDSLLKRVRSMTDVLTMLRRHVTDGLLKGTDAAQAAQYMAMEKATAAEVLKSQEEAAH ..::.:::: :..::.:...::.: .:. . : :: KIAA16 QRLDGLLKRCRGVTDTLAQIRRQVDEGVWPPPNN-----------------LLSQSPKKV 390 400 410 420 860 870 880 890 900 910 KIAA12 TSGQPFHSTGAPGDAKSEVVPLSGMMVRHAQSSPVVIQPSQHSVALLNPAQNLPHVASSP :. :... . :. : :: : :: : :.: KIAA16 TAETDFNKS-----VDFEMPP-----------------PS--------PPLNL-HELSGP 430 440 450 920 930 940 950 960 970 KIAA12 AVPQEATSTLQMSQAPQSPQIPMNGSAMQSLFIEEIHSVSAKNRAVSIEKAEKKWEEKRQ : :..: : .:. ..: .:: ..:::.: ::. ::::: KIAA16 A---EGASLT-----------PKGGNPTKGLDTPGKRSV---DKAVSVEAAERDWEEKRA 460 470 480 490 980 990 1000 1010 1020 KIAA12 NLDHYNGKEFEKLLEEAQANIMKSIPNLE-----MP-PATGP------LPRGDAPVDKVE : .:..:....::::.::...:.::.:. : :: : :.:. . ..: KIAA16 ALTQYSAKDINRLLEETQAELLKAIPDLDCASKAHPGPAPTPDHKPPKAPHGQKAAPRTE 500 510 520 530 540 550 1030 1040 1050 1060 1070 KIAA12 LSEDSPNSEQDLEKLGGKSPP--PPPPPPRRSYLPGSGLTTTRSGDVVYTGRKEN-ITAK : ..: . . ..: :::::::::. . ::::::.:.:: :..:.. . : KIAA16 PSGRRGSDELTVPRYRTEKPSKSPPPPPPRRSFPSSHGLTTTRTGEVVVTSKKDSAFIKK 560 570 580 590 600 610 1080 1090 1100 1110 1120 1130 KIAA12 ASSEDAG-PSPQTRATKYPAEEPASAWTPSPPPVTTSSSKDEEEEEEEGDKIMAELQGSS : ::. .::.. . .: : : ::. .:. :::..: :.:.:::.... KIAA16 AESEELEVQKPQVKLRRAVSEVARPA---STPPIMASAIKDEDDE----DRIIAELESGG 620 630 640 650 660 670 1140 1150 1160 1170 1180 KIAA12 GAPQTSRMPVP-----MSAKNRPGTLDKP--GKQ-SKLQDPRQYRQANGSAKKSGGDFKP :. .. .: .:... :. :: ::: .. . . .::. .:. .:. . KIAA16 GSVPPMKVVTPGASRLKAAQGQAGSPDKSKHGKQRAEYMRIQAQQQATKPSKEMSGSNET 680 690 700 710 720 730 1190 1200 1210 1220 1230 1240 KIAA12 TSP-----SLPASKIPALSPSSGKSSSLPSSSGDSSNLPNPPATKPSIASNPLSPQTGPP .:: : ..::.:. ....::. KIAA16 SSPVSEKPSASRTSIPVLTSFGARNSSISF 740 750 760 1339 residues in 1 query sequences 1986166 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:13:30 2008 done: Thu Dec 18 15:13:31 2008 Total Scan time: 0.790 Total Display time: 0.050 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]