# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh01142.fasta.huge -Q ../query/KIAA1213.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1213, 484 aa vs ./tmplib.24314 library 1987021 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.5474+/-0.00937; mu= -18.2509+/- 0.633 mean_var=368.6261+/-89.758, 0's: 0 Z-trim: 3 B-trim: 154 in 1/39 Lambda= 0.066801 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1151 ( 1770 res) ff11693 (1770) 2906 294.0 5.3e-80 KIAA1419 ( 2464 res) ff01653 (2464) 574 69.4 3.1e-12 KIAA0938 ( 1257 res) hh04777s1 (1257) 523 64.3 5.6e-11 >>KIAA1151 ( 1770 res) ff11693 (1770 aa) initn: 2391 init1: 2391 opt: 2906 Z-score: 1528.1 bits: 294.0 E(): 5.3e-80 Smith-Waterman score: 2906; 95.082% identity (96.516% similar) in 488 aa overlap (1-480:600-1081) 10 20 30 KIAA12 QGGLTPSRLKEPTKVASGRTTPAPVNQTDR :::::::::::::::::::::::::::::: KIAA11 AKSSSMSVTGGRGGPRPVSSSIDPSLLSTKQGGLTPSRLKEPTKVASGRTTPAPVNQTDR 570 580 590 600 610 620 40 50 60 70 80 90 KIAA12 EKEKAKAKAVALDSDNISLKSIGSPESTPKNQASHPTATKLAELPPTPLRATAKSFVKPP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA11 EKEKAKAKAVALDSDNISLKSIGSPESTPKNQASHPTATKLAELPPTPLRATAKSFVKPP 630 640 650 660 670 680 100 110 120 130 140 150 KIAA12 SLANLDKVNSNSLDLPSSSDTTHASKVPDLHATSSASGGPLPSCFTPSPAPILNINSASF :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA11 SLANLDKVNSNSLDLPSSSDTTHASKVPDLHATSSASGGPLPSCFTPSPAPILNINSASF 690 700 710 720 730 740 160 170 180 190 200 210 KIAA12 SQGLELMSGFSVPKETRMYPKLSGLHRSMESLQMPMSLPSAFPSSTPVPTPPAPPAAPTE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA11 SQGLELMSGFSVPKETRMYPKLSGLHRSMESLQMPMSLPSAFPSSTPVPTPPAPPAAPTE 750 760 770 780 790 800 220 230 240 250 260 270 KIAA12 EETEELTWSGSPRAGQLDSNQRDRNTLPKKGLRYQLQSQEETKERRHSHTIGGLPESDDQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA11 EETEELTWSGSPRAGQLDSNQRDRNTLPKKGLRYQLQSQEETKERRHSHTIGGLPESDDQ 810 820 830 840 850 860 280 290 300 310 320 330 KIAA12 SELPSPPALPMSLSAKGQLTNIVSPTAATTPRITRSNSIPTHEAAFELYSGSQMGSTLSL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA11 SELPSPPALPMSLSAKGQLTNIVSPTAATTPRITRSNSIPTHEAAFELYSGSQMGSTLSL 870 880 890 900 910 920 340 350 360 370 380 KIAA12 AERPKGMIRSGSFRDPTDDVHGSVLSLASSASSTYSS--------QIRKLRRELESSQEK ::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::::::::: KIAA11 AERPKGMIRSGSFRDPTDDVHGSVLSLASSASSTYSSAEERMQSEQIRKLRRELESSQEK 930 940 950 960 970 980 390 400 410 420 430 440 KIAA12 VATLTSQLSANANLVAAFEQSLVNMTSRLRHLAETAEEKDTELLDLRETIDFLKKKNSEA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA11 VATLTSQLSANANLVAAFEQSLVNMTSRLRHLAETAEEKDTELLDLRETIDFLKKKNSEA 990 1000 1010 1020 1030 1040 450 460 470 480 KIAA12 QAVIQGALNASETTPKGRTSSHRLRGNREQESKSITDFYLGP :::::::::::::::: .:: .:.. : ::... 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KIAA09 PKD------LRIRRQHSSESVSSINSATSHSSIGSGNDADSKKKKKKNWVNSRGSELRSS 560 570 580 590 600 484 residues in 1 query sequences 1987021 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:13:22 2008 done: Thu Dec 18 15:13:22 2008 Total Scan time: 0.460 Total Display time: 0.070 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]