# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh00638s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1212.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1212, 802 aa vs ./tmplib.24314 library 1986703 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.5874+/-0.00816; mu= -0.6219+/- 0.548 mean_var=392.5862+/-96.108, 0's: 0 Z-trim: 13 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.064730 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1509 ( 1365 res) fh14721 (1365) 1519 157.0 1.2e-38 KIAA1537 ( 619 res) fj02581s1 ( 619) 252 38.2 0.0032 >>KIAA1509 ( 1365 res) fh14721 (1365 aa) initn: 1380 init1: 1289 opt: 1519 Z-score: 785.7 bits: 157.0 E(): 1.2e-38 Smith-Waterman score: 1529; 37.637% identity (66.991% similar) in 821 aa overlap (5-797:394-1197) 10 20 30 KIAA12 HASADAWVEVERNNATLQAEKQALKTQLKQLETQ : .:.:::::.:::::: :: ::..:::: KIAA15 PAGKTAASHQGKEAWGPGHKEATMELLRVKDRAIELERNNAALQAEKQLLKEQLQHLETQ 370 380 390 400 410 420 40 50 60 70 80 90 KIAA12 NNNLQAQILALQRQTVSLQEQNTTLQTQNAKLQVENSTLNSQSTSLMNQNAQLLIQQSSL : ....:::.::.:.. :::.:::::::.::::::::::.:::..: : . : .... 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KIAA15 LQTYKHSRQGLDEMYNEARRQLRDESQLRQDVENELAVQVSMKHEIELAMKLLE---KDI 300 310 320 330 340 350 160 170 180 190 200 KIAA12 EDRYNQLLKQKGQLEDLEKMLKVEQEKML------LENKNHETVAAEYK--KLCGENDRL ... . :. . :::.. : ...:. . : :..::. . : : :. . .: KIAA15 HEKQDTLIGLRQQLEEV-KAINIEMYQKLQGSEDGLKEKNEIIARLEEKTNKITAAMRQL 360 370 380 390 400 410 210 220 230 240 250 260 KIAA12 NHTYSQLLK-ETEVLQTDHKNLKSLLNNSKLEQTRLEAEFSKLKEQYQQLDITSTKLNNQ .. .: : . :. . :.: :. :..: :. ..:. ..: ::. : :. . KIAA15 EQRLQQAEKAQMEAEDEDEKYLQECLSKSD----SLQKQISQKEKQLVQLE---TDLKIE 420 430 440 450 460 270 280 290 300 310 320 KIAA12 CELLSQLKGNLEEEN---RHLLDQIQTLMLQNRTLL---EQNMESKDLFHVEQRQYIDKL : . :. .:..:. :: .. : .. .. .: ..:.. : ..: ::.: ...: KIAA15 KEWRQTLQEDLQKEKDALSHLRNETQQIISLKKEFLNLQDENQQLKKIYH-EQEQALQEL 470 480 490 500 510 520 330 340 350 360 370 380 KIAA12 -NELRRQKEKLEEKIMDQYKFYDPSPPRRRGNWITLKMRKLIKSKKDINRERQKSLTLTP :.: ..: :.:. KIAA15 GNKLSESKLKIEDIKEANKALQGLVWLKDKEATHCKLCEKEFSLSKRKHHCRNCGEIFCN 530 540 550 560 570 580 802 residues in 1 query sequences 1986703 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:13:19 2008 done: Thu Dec 18 15:13:20 2008 Total Scan time: 0.610 Total Display time: 0.070 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]