# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fg03353.fasta.nr -Q ../query/KIAA1202.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1202, 1502 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7812988 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1898+/-0.00021; mu= 11.7508+/- 0.012 mean_var=148.6843+/-27.698, 0's: 38 Z-trim: 75 B-trim: 36 in 1/64 Lambda= 0.105182 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|147733019|sp|Q9ULL8.2|SHRM4_HUMAN RecName: Full (1498) 10251 1568.8 0 gi|118600967|ref|NP_065768.2| shroom family member (1493) 10193 1560.0 0 gi|74007420|ref|XP_855411.1| PREDICTED: similar to (1714) 6470 995.1 0 gi|109130785|ref|XP_001083331.1| PREDICTED: simila (1400) 6234 959.2 0 gi|62666648|ref|XP_228786.3| PREDICTED: similar to (1487) 6206 955.0 0 gi|149744516|ref|XP_001496242.1| PREDICTED: shroom (1483) 5051 779.7 0 gi|15421201|gb|AAK95579.1| SHAP-A [Homo sapiens] ( 723) 4990 770.1 0 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1498 aa overlap (5-1502:1-1493) 10 20 30 40 50 60 KIAA12 AQPRMENRPGSFQYVPVQLQGGAPWGFTLKGGLEHCEPLTVSKIEDGGKAALSQKMRTGD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|118 MENRPGSFQYVPVQLQGGAPWGFTLKGGLEHCEPLTVSKIEDGGKAALSQKMRTGD 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 KIAA12 ELVNINGTPLYGSRQEALILIKGSFRILKLIVRRRNAPVSRPHSWHVAKLLEGCPEAATT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|118 ELVNINGTPLYGSRQEALILIKGSFRILKLIVRRRNAPVSRPHSWHVAKLLEGCPEAATT 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 KIAA12 MHFPSEAFSLSWHSGCNTSDVCVQWCPLSRHCSTEKSSSIGSMESLEQPGQATYESHLLP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|118 MHFPSEAFSLSWHSGCNTSDVCVQWCPLSRHCSTEKSSSIGSMESLEQPGQATYESHLLP 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 KIAA12 IDQNMYPNQRDSAYSSFSASSNASDCALSLRPEEPASTDCIMQGPGPTKAPSGRPNVAET :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|118 IDQNMYPNQRDSAYSSFSASSNASDCALSLRPEEPASTDCIMQGPGPTKAPSGRPNVAET 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 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