# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fg03153.fasta.huge -Q ../query/KIAA1201.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1201, 761 aa vs ./tmplib.24314 library 1986744 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.4725+/-0.00574; mu= 14.8424+/- 0.390 mean_var=140.5034+/-34.204, 0's: 0 Z-trim: 3 B-trim: 4 in 1/39 Lambda= 0.108201 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1533 ( 651 res) fh00910(revised) ( 651) 1710 278.8 1.2e-75 KIAA0882 ( 1291 res) hk07544s1 (1291) 223 47.1 1.3e-05 KIAA0676 ( 1262 res) hk02596 (1262) 189 41.8 0.00051 >>KIAA1533 ( 651 res) fh00910(revised) (651 aa) initn: 1879 init1: 1555 opt: 1710 Z-score: 1450.2 bits: 278.8 E(): 1.2e-75 Smith-Waterman score: 1987; 47.511% identity (74.962% similar) in 663 aa overlap (99-756:1-645) 70 80 90 100 110 120 KIAA12 SDHSSDKSPSTPEQGVQRSCSSQSGRSGGKNSKKSQSWYNVLSPTYKQRNEDFRKLFKQL :::: ::::..::::::::::::::::..: KIAA15 NSKKMQSWYSMLSPTYKQRNEDFRKLFSKL 10 20 30 130 140 150 160 170 180 KIAA12 PDTERLIVDYSCALQRDILLQGRLYLSENWICFYSNIFRWETLLTVRLKDICSMTKEKTA :..:::::::::::::.::::::::::::::::::::::::: ....::.. . ::::: KIAA15 PEAERLIVDYSCALQREILLQGRLYLSENWICFYSNIFRWETTISIQLKEVTCLKKEKTA 40 50 60 70 80 90 190 200 210 220 230 240 KIAA12 RLIPNAIQVCTDSEKHFFTSFGARDRTYMMMFRLWQNALLEKPLCPKELWHFVHQCYGNE .:::::::.::.:::::::::::::: ....::::::::::: : :.::::.::::::.: KIAA15 KLIPNAIQICTESEKHFFTSFGARDRCFLLIFRLWQNALLEKTLSPRELWHLVHQCYGSE 100 110 120 130 140 150 250 260 270 280 290 300 KIAA12 LGLTSDDEDYVPPDDDFNTMGYCEEIPVEENEVNDSSSKSSIETKPDASPQLPKKSITNS :::::.::::: : . .: .: .:. . ..: .:... . . . :: ... .. KIAA15 LGLTSEDEDYVSPLQ-LNGLGTPKEVG-DVIALSDITSSGAADRSQEPSPVGSRRGHVTP 160 170 180 190 200 310 320 330 340 350 360 KIAA12 TLTSTGSSEAPVSFDGLPLEEEALEGDGSLEKELA--IDNIMGEKIEMIAPVNSPSLDFN .: : .::.: . . :. . :.: . .. . : . .:.. ::. KIAA15 NL-SRASSDADHGAEEDKEEQVDSQPDASSSQTVTPVAEPPSTEPTQPDGPTTLGPLDLL 210 220 230 240 250 260 370 380 390 400 410 420 KIAA12 DNEDIPTELSDSSD-THDEGEVQAFYEDLSGRQYVNEVFNFSVDKLYDLLFTNSPFQRDF .:.. :. :.::. : .:... :. ::::: .: ::. ....: ..::..::: . : KIAA15 PSEELLTDTSNSSSSTGEEADLAALLPDLSGRLLINSVFHVGAERLQQMLFSDSPFLQGF 270 280 290 300 310 320 430 440 450 460 470 480 KIAA12 MEQRRFSDIIFHPWKKEENGNQSRVILYTITLTNPLAPKTATVRETQTMYKASQESECYV ..: .:.:. . ::. . . .: ::. ::: ..:::.::.:.: ::::... . .. : KIAA15 LQQCKFTDVTLSPWSGDSKCHQRRVLTYTIPISNPLGPKSASVVETQTLFRRGPQAGGCV 330 340 350 360 370 380 490 500 510 520 530 540 KIAA12 IDAEVLTHDVPYHDYFYTINRYTLTRVARNKSRLRVSTELRYRKQPWGLVKTFIEKNFWS .:.::::. .::.::::: .:: . .::::.:::::.:.:::::::.:::..:::: :: KIAA15 VDSEVLTQGIPYQDYFYTAHRYCILGLARNKARLRVSSEIRYRKQPWSLVKSLIEKNSWS 390 400 410 420 430 440 550 560 570 580 590 600 KIAA12 GLEDYFRHLESELAKTESTYLAEMHRQSPKEKASKTTTVRRRKRPHAHLRVPHLEEVMSP :.::::.::: ::::.:. : : . :. . . .:::::: . :. : . . : KIAA15 GIEDYFHHLERELAKAEKLSLEE----GGKDARGLLSGLRRRKRPLS-WRA-HGDGPQHP 450 460 470 480 490 500 610 620 630 640 650 660 KIAA12 VTTPTDEDVGHRIK-HVAGSTQTRHIPEDTPNGFHLQSVSKLLLVISCVICFSLVLLVIL : : : :..:: ..: .. .: .. . :..:: : ::..:. : KIAA15 -----DPDPCARAGIHTSGSLSSRFSEPSVDQGPG-AGIPSALVLISIV---SLIILIAL 510 520 530 540 550 670 680 690 700 710 720 KIAA12 NMMLFYKLWMLEYTTQTLTAWQGLRLQE-RLPQSQTEWAQLLESQQKYHDTELQKWREII :..:::.:: :: :..:. .:..: : . ..::. ::::..: :...:..:..:::.:. KIAA15 NVLLFYRLWSLERTAHTFESWHSLALAKGKFPQTATEWAEILALQKQFHSVEVHKWRQIL 560 570 580 590 600 610 730 740 750 760 KIAA12 KSSVMLLDQMKDSLINLQNGIRSRDYTSESEEKRNRYH ..:: :::.:: :: .:..:: : ... . KIAA15 RASVELLDEMKFSLEKLHQGITVSDPPFDTQPRPDDSFS 620 630 640 650 >>KIAA0882 ( 1291 res) hk07544s1 (1291 aa) initn: 158 init1: 99 opt: 223 Z-score: 192.5 bits: 47.1 E(): 1.3e-05 Smith-Waterman score: 223; 35.652% identity (65.217% similar) in 115 aa overlap (114-227:166-278) 90 100 110 120 130 140 KIAA12 VQRSCSSQSGRSGGKNSKKSQSWYNVLSPTYKQRNEDFRKLFKQLPDTERLIVDYSCALQ .:. :..:: .:. :.:. :::. KIAA08 ITTFVRGKIQGIIAEYNKINDVKEDDDTEKFKEAIVKFHRLFG-MPEEEKLVNYYSCSYW 140 150 160 170 180 190 150 160 170 180 190 200 KIAA12 RD-ILLQGRLYLSENWICFYSNIFRWETLLTVRLKDICSMTKEKTARLIPNAIQVCTDSE . . :: .::: : .:::: .. :. :..: :: .. :. : :.:..:.: : : KIAA08 KGKVPRQGWMYLSINHLCFYSFLMGREAKLVIRWVDITQLEKNATL-LLPDVIKVSTRSS 200 210 220 230 240 250 210 220 230 240 250 260 KIAA12 KHFFTSFGARDRTYMMMFRLWQNALLEKPLCPKELWHFVHQCYGNELGLTSDDEDYVPPD .:::. : ..:. .: .: . :. KIAA08 EHFFSVFLNINETFKLMEQLANIAMRQLLDNEGFEQDRSLPKLKRKSPKKVSALKRDLDA 260 270 280 290 300 310 >>KIAA0676 ( 1262 res) hk02596 (1262 aa) initn: 164 init1: 94 opt: 189 Z-score: 164.0 bits: 41.8 E(): 0.00051 Smith-Waterman score: 189; 33.913% identity (63.478% similar) in 115 aa overlap (114-227:149-261) 90 100 110 120 130 140 KIAA12 VQRSCSSQSGRSGGKNSKKSQSWYNVLSPTYKQRNEDFRKLFKQLPDTERLIVDYSCALQ .:. . .:: : .:. :.:. :::. KIAA06 ITTFVKGKIHGIIAEENKNLQPQGDEDPGKFKEAELKMRKQFG-MPEGEKLVNYYSCSYW 120 130 140 150 160 170 150 160 170 180 190 200 KIAA12 RD-ILLQGRLYLSENWICFYSNIFRWETLLTVRLKDICSMTKEKTARLIPNAIQVCTDSE . . :: :::. : .:::: .. :. :.:. :: . :. : :.:..:.: : .. KIAA06 KGRVPRQGWLYLTVNHLCFYSFLLGKEVSLVVQWVDITRLEKNATL-LFPESIRVDTRDQ 180 190 200 210 220 230 210 220 230 240 250 260 KIAA12 KHFFTSFGARDRTYMMMFRLWQNALLEKPLCPKELWHFVHQCYGNELGLTSDDEDYVPPD . ::. : .:. .: .: . :. KIAA06 ELFFSMFLNIGETFKLMEQLANLAMRQLLDSEGFLEDKALPRPIRPHRNISALKRDLDAR 240 250 260 270 280 290 761 residues in 1 query sequences 1986744 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:12:51 2008 done: Thu Dec 18 15:12:52 2008 Total Scan time: 0.580 Total Display time: 0.060 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]