# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fg02656.fasta.huge -Q ../query/KIAA1200.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1200, 1403 aa vs ./tmplib.24314 library 1986102 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.5721+/-0.00844; mu= 8.9176+/- 0.572 mean_var=308.1696+/-76.916, 0's: 0 Z-trim: 9 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.073060 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA2028 ( 1449 res) hg04183 (1449) 3973 433.8 1.1e-121 >>KIAA2028 ( 1449 res) hg04183 (1449 aa) initn: 3983 init1: 1488 opt: 3973 Z-score: 2276.7 bits: 433.8 E(): 1.1e-121 Smith-Waterman score: 4179; 48.433% identity (71.390% similar) in 1468 aa overlap (85-1403:1-1449) 60 70 80 90 100 110 KIAA12 KRCLTLETQLFRFRLQASKIRELLADKMQELEQRLLEAEQRAENAETQVGVMEEKVKLSN ::.....::..::.: :: :::.:.: .: KIAA20 LERQVIDAERQAEKAFQQVQVMEDKLKAAN 10 20 30 120 130 140 150 160 170 KIAA12 LKNVDSEGSLHRKYQELLKAIKGKDELISQLEAQLEKQKQMRAEEAKTVQEKAAKIKEWV ... .:: :. : :.: . :. ::..:..:: :::.:::.: .::: ..:::::::::: KIAA20 IQTSESETRLYNKCQDLESLIQEKDDVIQNLELQLEEQKQIRIQEAKIIEEKAAKIKEWV 40 50 60 70 80 90 180 190 200 210 220 KIAA12 TLKLAKLEMENQHLKSHNQRLVEQVGSLQDALEAIQ-----------IAPSRKLLVPPYG :.:: .::.:::.:. :: .:.. ..:. :. .: .. ...: .: KIAA20 TVKLNELELENQNLRLINQNQTEEIRTMQSKLQEVQGKKSSTVSTLKLSEGQRLSSLTFG 100 110 120 130 140 150 230 240 KIAA12 --------------AAEQDSVPS-EP------GIQPM----------------GQDS--- . :.... : :: .. : :: . 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