# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fg01973.fasta.huge -Q ../query/KIAA1199.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1199, 1013 aa vs ./tmplib.24314 library 1986492 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 3.4925+/-0.00446; mu= 24.2406+/- 0.304 mean_var=70.6907+/-16.258, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.152543 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1412 ( 1386 res) ha04795 (1386) 3076 687.3 3.6e-198 >>KIAA1412 ( 1386 res) ha04795 (1386 aa) initn: 1439 init1: 1300 opt: 3076 Z-score: 3649.6 bits: 687.3 E(): 3.6e-198 Smith-Waterman score: 3083; 48.773% identity (74.920% similar) in 937 aa overlap (71-990:416-1340) 50 60 70 80 90 100 KIAA11 DRGRACRSYRVRFLCGKPVRPKLTVTIDTNVNSTILNLEDNVQSWKPGDTLVIASTDYSM :... ::: :.:.:::::: .:.::::::: KIAA14 FYTVDGQKFSVTAYSEWIEGVSLSGFRVEVVDGVKLNLLDDVSSWKPGDQIVVASTDYSM 390 400 410 420 430 440 110 120 130 140 150 160 KIAA11 YQAEEFQVLPCRSCAPNQVKVAGKPMYLHIGEEIDGVDMRAEVGLLSRNIIVMGEMEDKC :::::: .::: :. :::: :..::.:: :::::::::::.:.:::...::.::.: KIAA14 YQAEEFTLLPCSECSHFQVKVKETPQFLHMGEIIDGVDMRAEVGILTRNIVIQGEVEDSC 450 460 470 480 490 500 170 180 190 200 210 220 KIAA11 YPYRNHICNFFDFDTFGGHIKFALGFKAAHLEGTELKHMGQQLVGQYPIHFHLAGDVDER : .:. :.:::.::::::: . .: ..:: .:::::::: .:.::.:::: :::: . 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KIAA14 ATDSKDISNCMAKAYPQYYRKPSVVKRMPAMLTGLCQGCGTRQVVFTSDPHKSYLPVQFQ 1160 1170 1180 1190 1200 1210 870 880 890 900 910 920 KIAA11 SSKQHFFHLWNDFAYIEVDGKKYPSSEDGIQVVVIDGNQG--RVVSHTSFRNSILQGIPW : . . .: . : :.: . :. ..:.: . :.. .: : : . KIAA14 SPDKAETQR-GDPSVISVNGTDFTFRSAGVLLLVVDPCSVPFRLTEKTVFP---LADVS- 1220 1230 1240 1250 1260 1270 930 940 950 960 970 980 KIAA11 QLFNYVAT-IPDNSIVLMASKGRYVSRGPWTRVLEKLGADRGLKL--KEQMAFVGFKGSF .. .:. : :: ::::....:. ... ...: :: . .: : . :.::.:.: KIAA14 RIEEYLKTGIPPRSIVLLSTRGE-IKQLNISHLLVPLGLAKPAHLYDKGSTIFLGFSGNF 1280 1290 1300 1310 1320 1330 990 1000 1010 KIAA11 RPIWVTLDTEDHKAKIFQVVPIPVVKKKKL .: :. : KIAA14 KPSWTKLFTSPAGQGLGVLEQFIPLQLDEYGCPRATTVRRRDLELLKQASKAH 1340 1350 1360 1370 1380 1013 residues in 1 query sequences 1986492 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:12:47 2008 done: Thu Dec 18 15:12:47 2008 Total Scan time: 0.650 Total Display time: 0.060 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]