# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg03443a.fasta.huge -Q ../query/KIAA1190.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1190, 174 aa vs ./tmplib.24314 library 1987331 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.1208+/-0.0103; mu= -19.5402+/- 0.700 mean_var=422.3451+/-101.862, 0's: 0 Z-trim: 63 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.062408 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 36, opt: 24, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0924 ( 617 res) hh02883 ( 617) 890 93.0 2.2e-20 KIAA1339 ( 409 res) fj00071 ( 409) 398 48.5 3.6e-07 KIAA1969 ( 595 res) fk06944 ( 595) 397 48.6 4.9e-07 KIAA1982 ( 599 res) fk06527(revised) ( 599) 396 48.5 5.3e-07 KIAA0065 ( 848 res) ha00946 ( 848) 399 48.9 5.6e-07 KIAA2033 ( 766 res) ej00602s1 ( 766) 394 48.4 7.1e-07 KIAA1431 ( 891 res) fj00022 ( 891) 394 48.5 7.9e-07 KIAA1473 ( 574 res) fj03262 ( 574) 380 47.1 1.4e-06 KIAA1979 ( 309 res) fj09511 ( 309) 373 46.1 1.4e-06 KIAA1806 ( 481 res) fk00438 ( 481) 377 46.7 1.5e-06 KIAA1396 ( 551 res) hj08221 ( 551) 377 46.8 1.6e-06 KIAA2003 ( 460 res) ah02593 ( 460) 373 46.3 1.8e-06 KIAA1611 ( 813 res) fj12627 ( 813) 379 47.1 1.9e-06 KIAA1141 ( 914 res) hk01833 ( 914) 380 47.3 1.9e-06 KIAA0557 ( 493 res) hh01334 ( 493) 373 46.4 1.9e-06 KIAA1710 ( 515 res) fj18457 ( 515) 373 46.4 2e-06 KIAA1962 ( 746 res) hm00158 ( 746) 377 46.9 2e-06 KIAA2007 ( 580 res) fj01689 ( 580) 374 46.5 2e-06 KIAA1829 ( 557 res) hj00069 ( 557) 373 46.4 2.1e-06 KIAA1349 ( 752 res) fj00940 ( 752) 376 46.8 2.2e-06 KIAA0798 ( 682 res) hk06584 ( 682) 374 46.6 2.3e-06 KIAA1615 ( 484 res) fj13419 ( 484) 370 46.1 2.3e-06 KIAA0972 ( 702 res) hj06859 ( 702) 374 46.6 2.3e-06 KIAA1827 ( 469 res) fk01409 ( 469) 367 45.8 2.7e-06 KIAA1198 ( 553 res) fg01911 ( 553) 366 45.8 3.3e-06 KIAA0412 ( 720 res) hg03242 ( 720) 368 46.1 3.4e-06 KIAA1954 ( 468 res) fk02322 ( 468) 361 45.3 4e-06 KIAA1588 ( 613 res) fj08823 ( 613) 364 45.6 4e-06 KIAA1874 ( 579 res) hk07257s1 ( 579) 361 45.3 4.6e-06 KIAA0426 ( 613 res) hh01274 ( 613) 361 45.4 4.8e-06 KIAA1871 ( 821 res) hj05256s1 ( 821) 364 45.8 4.8e-06 KIAA0326 ( 927 res) hg00579 ( 927) 365 45.9 5e-06 KIAA1508 ( 573 res) hk06576 ( 573) 359 45.2 5.2e-06 KIAA1852 ( 948 res) fj01514 ( 948) 362 45.7 6.1e-06 KIAA1559 ( 544 res) fh19195 ( 544) 355 44.8 6.4e-06 KIAA1948 ( 487 res) fh24556 ( 487) 350 44.3 8.1e-06 KIAA1956 ( 680 res) fk08713 ( 680) 350 44.4 1e-05 KIAA0628 ( 540 res) hh01433 ( 540) 346 44.0 1.1e-05 KIAA0961 ( 530 res) hj05830 ( 530) 345 43.9 1.2e-05 KIAA1015 ( 841 res) hk03609(revised) ( 841) 349 44.4 1.3e-05 KIAA1947 ( 608 res) fh23660 ( 608) 342 43.7 1.6e-05 KIAA0441 ( 702 res) hh00601s1 ( 702) 339 43.5 2.1e-05 KIAA1703 ( 1165 res) fj16891 (1165) 329 42.8 5.5e-05 KIAA1020 ( 638 res) fg00473s1 ( 638) 319 41.6 6.8e-05 KIAA1572 ( 492 res) fh23424 ( 492) 300 39.8 0.00018 KIAA1993 ( 532 res) bg00180 ( 532) 285 38.5 0.0005 KIAA0414 ( 492 res) hh00161 ( 492) 280 38.0 0.00064 KIAA1675 ( 1286 res) ae00102 (1286) 288 39.1 0.00076 KIAA1951 ( 679 res) fj05532 ( 679) 279 38.0 0.00086 KIAA0760 ( 1224 res) hk04642s1 (1224) 283 38.7 0.001 >>KIAA0924 ( 617 res) hh02883 (617 aa) initn: 1045 init1: 843 opt: 890 Z-score: 457.8 bits: 93.0 E(): 2.2e-20 Smith-Waterman score: 894; 68.020% identity (73.096% similar) in 197 aa overlap (1-162:394-590) 10 20 30 KIAA11 KPFRCENCNERFQYKYQLRSHMSIHIGHKQ ::::::::.::::::::::::::::::::: KIAA09 KDMPFTCETCGKSFKRSMSLKVHSLQHSGEKPFRCENCDERFQYKYQLRSHMSIHIGHKQ 370 380 390 400 410 420 40 50 60 70 80 90 KIAA11 FMCQWCGKDFNMKQYFDEHMKTHTGEKPYICEICGKSFTSRPNMKRHRRTHTGEKPYPCD ::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA09 FMCQWCGKDFNMKQYFDEHMKTHTGEKPFICEICGKSFTSRPNMKRHRRTHTGEKPYPCD 430 440 450 460 470 480 100 110 120 KIAA11 VCGQRFRFSNMLKAHKEKCFRVSH-------------TLAGDGVPAA------PGLP--- ::::::::::::::::::::::. : . ::.. : : KIAA09 VCGQRFRFSNMLKAHKEKCFRVTSPVNVPPAVQIPLTTSPATPVPSVVNTATTPTPPINM 490 500 510 520 530 540 130 140 150 160 170 KIAA11 ------PTQPQAHALPLL-----PGLPQTLP-PP-PHLPPPPPLFPTTASPGGRMNANN : .: : . : : :. :: :: ::::::: :: . 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KIAA14 ECGKAFSQTTHLIQHQRVHTGEKPYKCMECGKAFGDNSSCTQHQRLHTGQRPYECIECGK 700 710 720 730 740 750 >>KIAA1473 ( 574 res) fj03262 (574 aa) initn: 380 init1: 380 opt: 380 Z-score: 210.0 bits: 47.1 E(): 1.4e-06 Smith-Waterman score: 380; 45.283% identity (68.868% similar) in 106 aa overlap (1-106:210-315) 10 20 30 KIAA11 KPFRCENCNERFQYKYQLRSHMSIHIGHKQ ::..:..:.. .. .: .: :: :.: KIAA14 GKKSFKCKECEKSFCMLSHLAQHKRIHSGEKPYKCKECGKAYNETSNLSTHKRIHTGKKP 180 190 200 210 220 230 40 50 60 70 80 90 KIAA11 FMCQWCGKDFNMKQYFDEHMKTHTGEKPYICEICGKSFTSRPNMKRHRRTHTGEKPYPCD . :. ::: :: ... : :::.::: :: :::.:.. :. :.: ::::::: :. KIAA14 YKCEECGKAFNRLSHLTTHKIIHTGKKPYKCEECGKAFNQSANLTTHKRIHTGEKPYKCE 240 250 260 270 280 290 100 110 120 130 140 150 KIAA11 VCGQRFRFSNMLKAHKEKCFRVSHTLAGDGVPAAPGLPPTQPQAHALPLLPGLPQTLPPP ::. : :. : ::: KIAA14 ECGRAFSQSSTLTAHKIIHAGEKPYKCEECGKAFSQSSTLTTHKIIHTGEKFYKCEECGK 300 310 320 330 340 350 >>KIAA1979 ( 309 res) fj09511 (309 aa) initn: 902 init1: 356 opt: 373 Z-score: 210.0 bits: 46.1 E(): 1.4e-06 Smith-Waterman score: 373; 44.762% identity (68.571% similar) in 105 aa overlap (1-105:41-145) 10 20 30 KIAA11 KPFRCENCNERFQYKYQLRSHMSIHIGHKQ ::..::.:.: :..: .:. : :: :.: KIAA19 GEKCYKCNDCGKIFSHMSSIVYHHKFHSGEKPYKCEECDEAFSFKSNLERHRRIHTGEKP 20 30 40 50 60 70 40 50 60 70 80 90 KIAA11 FMCQWCGKDFNMKQYFDEHMKTHTGEKPYICEICGKSFTSRPNMKRHRRTHTGEKPYPCD . :. ::: :. . . : . ::::::: :: : ..: . :..:::: :.::::: :. KIAA19 YRCNRCGKTFSHTSSLTCHHRLHTGEKPYKCEECDETFRYKSNLERHRRIHNGEKPYKCN 80 90 100 110 120 130 100 110 120 130 140 150 KIAA11 VCGQRFRFSNMLKAHKEKCFRVSHTLAGDGVPAAPGLPPTQPQAHALPLLPGLPQTLPPP :. : .. : : KIAA19 EYGKTFSQKSCLTRHHRLHTGNKSYKCNECGKTFSKELTHAIIDVILERNLRSAMSVAKP 140 150 160 170 180 190 >>KIAA1806 ( 481 res) fk00438 (481 aa) initn: 1291 init1: 377 opt: 377 Z-score: 209.5 bits: 46.7 E(): 1.5e-06 Smith-Waterman score: 377; 46.667% identity (72.381% similar) in 105 aa overlap (1-105:208-312) 10 20 30 KIAA11 KPFRCENCNERFQYKYQLRSHMSIHIGHKQ : : :..:.. :.:. .:: :: : :.: KIAA18 GDKSYACNKCEKSFRYSSDLIRHEKTHTAEKCFDCQECGQAFKYSSNLRRHMRTHTGEKP 180 190 200 210 220 230 40 50 60 70 80 90 KIAA11 FMCQWCGKDFNMKQYFDEHMKTHTGEKPYICEICGKSFTSRPNMKRHRRTHTGEKPYPCD : :. ::: :. . . :...::::::: :. :::.:.. ... : ::::::::. :. KIAA18 FECSQCGKTFTRNFNLILHQRNHTGEKPYECKDCGKAFNQPSSLRSHVRTHTGEKPFECS 240 250 260 270 280 290 100 110 120 130 140 150 KIAA11 VCGQRFRFSNMLKAHKEKCFRVSHTLAGDGVPAAPGLPPTQPQAHALPLLPGLPQTLPPP ::. :: . ::.: KIAA18 QCGKAFREHSSLKTHLRTHTREKPYECNQCGKPFRTSTHLNVHKRIHTGEKLYECATCGQ 300 310 320 330 340 350 174 residues in 1 query sequences 1987331 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:12:28 2008 done: Thu Dec 18 15:12:29 2008 Total Scan time: 0.240 Total Display time: 0.030 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]