# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hg02720a.fasta.huge -Q ../query/KIAA1175.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1175, 641 aa vs ./tmplib.24314 library 1986864 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5785+/-0.00592; mu= 9.9170+/- 0.401 mean_var=170.9758+/-40.433, 0's: 0 Z-trim: 1 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.098086 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0602 ( 962 res) hg01082b ( 962) 1080 165.1 2.5e-41 >>KIAA0602 ( 962 res) hg01082b (962 aa) initn: 1815 init1: 754 opt: 1080 Z-score: 833.8 bits: 165.1 E(): 2.5e-41 Smith-Waterman score: 2270; 55.357% identity (78.423% similar) in 672 aa overlap (1-641:302-961) 10 20 30 KIAA11 AITRQPNIKQKFVALLKRFKVSDEVGFGLE ..::: :.::: ::::.:::::::: . : KIAA06 DDAVQGQDLDEDDFDVGKPKKQRRSIVRTTSMTRQQNFKQKVVALLRRFKVSDEV-LDSE 280 290 300 310 320 330 40 50 60 70 80 90 KIAA11 HVSREQIREVEEDLDELYDSLEMYNPSDSGPEMEETESILSTPKPKLKPFFEGMSQSSSQ . :.: :.::::: :::.:.: .::::::.::. .:.::::::::.:.:::.:.:::: KIAA06 QDPAEHIPEAEEDLDLLYDTLDMEHPSDSGPDMEDDDSVLSTPKPKLRPYFEGLSHSSSQ 340 350 360 370 380 390 100 110 120 130 140 KIAA11 TEIGSLNSKGSLGKDTTSPMELAALEKIKSTWIKNQDDSLTETDTLEIT---------DQ :::::..: : :. :: .. :: .: .. .::...: .: . .. KIAA06 TEIGSIHSARS-HKEPPSPADVP--EKTRSLGGRQPSDSVSDTVALGVPGPREHPGQPED 400 410 420 430 440 150 160 170 180 190 200 KIAA11 DMFGDASTSLVVPEKVKTPMKSSKTDLQGSASPS-KVEGVHTPRQKRSTPLKERQLSKPL . ..::: : :.. . .::. . . :: . :: .. :. ::: ::::: ..: KIAA06 SPEAEASTLDVFTERLPPSGRITKTE--SLVIPSTRSEGKQAGRRGRSTSLKERQAARPQ 450 460 470 480 490 500 210 220 230 240 250 KIAA11 SERTNSSDSERSPD----LGHSTQIPRKVVYDQLNQILVSDAALPENVILVNTTDWQGQY .::.:: :.:: :: : . :::::.::::::.::.:: ::::.:::::.:::::. KIAA06 NERANSLDNERCPDARSQLQVQLQIPRKTVYDQLNHILISDDQLPENIILVNTSDWQGQF 510 520 530 540 550 560 260 270 280 290 300 310 KIAA11 VAELLQDQRKPVVCTCSTVEVQAVLSALLTRIQRYCNCNSSMPRPVKVAAVGGQSYLSSI ....:: . ::::::: ..:::..:....::::::::::. : :::.:..:.: :::.: KIAA06 LSDVLQRHTLPVVCTCSPADVQAAFSTIVSRIQRYCNCNSQPPTPVKIAVAGAQHYLSAI 570 580 590 600 610 620 320 330 340 350 360 370 KIAA11 LRFFVKSLANKTSDWLGYMRFLIIPLGSHPVAKYLGSVDSKYSSSFLDSGWRDLFSRSEP ::.::..:..:: :::::::::.:::::::::.:::::: .:.. : : .:::::.. : KIAA06 LRLFVEQLSHKTPDWLGYMRFLVIPLGSHPVARYLGSVDYRYNNFFQDLAWRDLFNKLEA 630 640 650 660 670 680 380 390 400 410 420 KIAA11 P--VSEQLDVAGRVMQYVNGAATTHQLPVAEAMLTCRHK----F-------PDEDSYQKF :.. :...:. ::. :: .::::.:::::: ..: : :::.: ::: KIAA06 QSAVQDTPDIVSRITQYIAGANCAHQLPIAEAMLTYKQKRKKHFHFDFTLSPDEESSQKF 690 700 710 720 730 740 430 440 450 460 470 480 KIAA11 IPFIGVVKVGLVEDSPSTAGDGDDS-PVVSLTVPSTSPPSSSGLSRDATATPPSSPSMSS :::.::::::.:: : .:.::.::. : : :. :..:::.: ...:. :::::::.:. KIAA06 IPFVGVVKVGIVEPSSATSGDSDDAAPSGSGTL-SSTPPSASPAAKEASPTPPSSPSVSG 750 760 770 780 790 800 490 500 510 520 530 KIAA11 ALAIVGSPNSPYG-DVIGLQVDYWLG-HPGERRREGDKRDAS-SKNTLKSVFRSVQVSRL .:. ::.. : ...::::::: . .:..:.:...:.: .::::: .:::.::::: KIAA06 GLS---SPSQGVGAELMGLQVDYWTAAQPADRKRDAEKKDLPVTKNTLKCTFRSLQVSRL 810 820 830 840 850 860 540 550 560 570 580 590 KIAA11 PHSGEAQLSGTMAMTVVTKEKNKKVPTIFLSKKPREKEVDSKSQVIEGISRLICSAKQQQ : :::: . ::.:::::::::::: .:: :: ..:.:.:::: :::::::::.:.::: KIAA06 PSSGEAAATPTMSMTVVTKEKNKKV--MFLPKKAKDKDVESKSQCIEGISRLICTARQQQ 870 880 890 900 910 600 610 620 630 640 KIAA11 TMLRVSIDGVEWSDIKFFQLAAQWPTHVKHFPVGLFSGSKAT .:::: ::::: ::.::::::::: .::::::. .:. :::: KIAA06 NMLRVLIDGVECSDVKFFQLAAQWSSHVKHFPICIFGHSKATF 920 930 940 950 960 641 residues in 1 query sequences 1986864 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:12:00 2008 done: Thu Dec 18 15:12:00 2008 Total Scan time: 0.530 Total Display time: 0.030 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]