# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk10430.fasta.huge -Q ../query/KIAA1145.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1145, 467 aa vs ./tmplib.24314 library 1987038 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4311+/-0.00688; mu= 6.4082+/- 0.467 mean_var=179.2163+/-41.905, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.095804 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0481 ( 732 res) hm00132 ( 732) 1571 229.6 5.3e-61 KIAA0779 ( 320 res) hk05356 ( 320) 928 140.3 1.8e-34 >>KIAA0481 ( 732 res) hm00132 (732 aa) initn: 1522 init1: 516 opt: 1571 Z-score: 1187.0 bits: 229.6 E(): 5.3e-61 Smith-Waterman score: 1578; 55.699% identity (81.720% similar) in 465 aa overlap (17-466:273-731) 10 20 30 40 KIAA11 ASCRSCSAPGFAVWPLVERHDMNTLSLPLNIRRGGSDTNLNFDVPD :.. :. .:::: . .: .: ...:::: KIAA04 SSSTTDTALLLADGSNVYLLAEEAEGIGDKVDKGDLVALSLPAG--HGDTDGPISLDVPD 250 260 270 280 290 300 50 60 70 80 90 100 KIAA11 GILDFHKVKLTADSLKQKILKVTEQIKIEQTSRDGNVAEYLKLVNNADKQQAGRIKQVFE : : ...: . : :.:::::.:::::::: .:: ::::::::.:::::::..::::::: KIAA04 GAPDPQRTKAAIDHLHQKILKITEQIKIEQEARDDNVAEYLKLANNADKQQVSRIKQVFE 310 320 330 340 350 360 110 120 130 140 150 160 KIAA11 KKNQKSAHSIAQLQKKLEQYHRKLREIEQNGASRSSKDISKDHLKDIHRSLKD--AHVK- :::::::..::::.::::.:.:.:.:::::: ::. ::. :.:....::: :.:. KIAA04 KKNQKSAQTIAQLHKKLEHYRRRLKEIEQNGPSRQPKDV----LRDMQQGLKDVGANVRA 370 380 390 400 410 170 180 190 200 210 220 KIAA11 --SRTAPHCMESSKSGMPGVSLTPPVFVFNKSREFANLIRNKFGSADNIAHLKNSLEEFR : . .:. :... :.: . . : .: ::::.::::::::::::::::. ::. KIAA04 GISGFGGGVVEGVKGSLSGLSQATHTAVVSKPREFASLIRNKFGSADNIAHLKDPLEDGP 420 430 440 450 460 470 230 240 250 260 270 KIAA11 PEASARAYGGSATIVNKPKYGSDDECSSGTSGSADSNGNQSFGAGGA-------STLDSQ :: .::: .::::.:..:::::::::::....:: ...:.. : ::: . . KIAA04 PEEAARALSGSATLVSSPKYGSDDECSSASASSAGAGSNSGAGPGGALGSPKSNALYGAP 480 490 500 510 520 530 280 290 300 310 320 330 KIAA11 GKLAVILEELREIKDTQAQLAEDIEALKVQFKREYGFISQTLQEERYRYERLEDQLHDLT :.: ..::::::::. :..: ...: ::.:..:.: ...: ::::::::::::.::.::: KIAA04 GNLDALLEELREIKEGQSHLEDSMEDLKTQLQRDYTYMTQCLQEERYRYERLEEQLNDLT 540 550 560 570 580 590 340 350 360 370 380 390 KIAA11 DLHQHETANLKQELASIEEKVAYQAYERSRDIQEALESCQTRISKLELHQQEQQALQTDT .:::.: .::::::::.:::::::.:::.::::::.::: ::..::::.::.::..: . KIAA04 ELHQNEMTNLKQELASMEEKVAYQSYERARDIQEAVESCLTRVTKLELQQQQQQVVQLEG 600 610 620 630 640 650 400 410 420 430 440 450 KIAA11 V---NAKVLLGRCINVILAFMTVILVCVSTIAKFVSPMMKSRCHILGTFFAVTLLAIFCK : ::..:::. ::::::.:.:.:: :::::.:..:.::.: .: .: . : .: .. : KIAA04 VENANARALLGKFINVILALMAVLLVFVSTIANFITPLMKTRLRITSTTLLVLVLFLLWK 660 670 680 690 700 710 460 KIAA11 NWDHILCAIERMIIPR .:: . .:....: KIAA04 HWDSLTYLLEHVLLPS 720 730 >>KIAA0779 ( 320 res) hk05356 (320 aa) initn: 756 init1: 507 opt: 928 Z-score: 710.7 bits: 140.3 E(): 1.8e-34 Smith-Waterman score: 928; 53.287% identity (83.391% similar) in 289 aa overlap (189-467:32-320) 160 170 180 190 200 210 KIAA11 DAHVKSRTAPHCMESSKSGMPGVSLTPPVFVFNKSREFANLIRNKFGSADNIAHLKNSLE : .: ::.:.:::::::::::: .::.::: KIAA07 KVTGFSEGVVDSVKGGFSSFSQATHSAAGAVVSKPREIASLIRNKFGSADNIPNLKDSLE 10 20 30 40 50 60 220 230 240 250 260 270 KIAA11 EFRPEASARAYGGSATIVNKPKYGSDDECSSGTSGSADSNGNQSFGAGGAS-----TLDS : . . ...: : ... ..:::::...:::.::::. .:.. . : ::: ::: KIAA07 EGQVDDAGKALGVISNFQSSPKYGSEEDCSSATSGSVGANSTTGGIAVGASSSKTNTLDM 70 80 90 100 110 120 280 290 300 310 320 330 KIAA11 QGK-LAVILEELREIKDTQAQLAEDIEALKVQFKREYGFISQTLQEERYRYERLEDQLHD :.. . ..:.:..::..:::.: :..:.:: ...:.:..: ::::::::: ::::.::.: KIAA07 QSSGFDALLHEIQEIRETQARLEESFETLKEHYQRDYSLIMQTLQEERYRCERLEEQLND 130 140 150 160 170 180 340 350 360 370 380 390 KIAA11 LTDLHQHETANLKQELASIEEKVAYQAYERSRDIQEALESCQTRISKLELHQQEQQALQT ::.:::.: ::::::::.:::.:::.:::.::::::::.:::::::.::.::.::..: KIAA07 LTELHQNEILNLKQELASMEEKIAYQSYERARDIQEALEACQTRISKMELQQQQQQVVQL 190 200 210 220 230 240 400 410 420 430 440 KIAA11 D---TVNAKVLLGRCINVILAFMTVILVCVSTIAKFVSPMMKSRCHILGTFFAVTLLAIF . ...:. :::. ::..:: :.:.:: :::.:. : :.::.: . ..:.: :...:.. KIAA07 EGLENATARNLLGKLINILLAVMAVLLVFVSTVANCVVPLMKTRNRTFSTLFLVVFIAFL 250 260 270 280 290 300 450 460 KIAA11 CKNWDHILCAIERMII-PR :.:: .. .::.. :: KIAA07 WKHWDALFSYVERFFSSPR 310 320 467 residues in 1 query sequences 1987038 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:10:59 2008 done: Thu Dec 18 15:11:00 2008 Total Scan time: 0.430 Total Display time: 0.020 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]