# /hgtech/tools/fasta-34.26.5_v890/fasta34_t -T 8 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hj05928.fasta.nr -Q ../query/KIAA1138.ptfa /cdna2/lib/nr/nr 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1138, 1239 aa vs /cdna2/lib/nr/nr library 2693465022 residues in 7827732 sequences statistics sampled from 60000 to 7806294 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3429+/-0.00021; mu= 10.8642+/- 0.012 mean_var=159.3782+/-30.057, 0's: 36 Z-trim: 96 B-trim: 103 in 1/67 Lambda= 0.101592 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(7827732) gi|108861882|sp|Q8N1G1.2|REXO1_HUMAN RecName: Full (1221) 8256 1223.2 0 gi|21595518|gb|AAH32244.1| REX1, RNA exonuclease 1 (1221) 8251 1222.5 0 gi|145199237|ref|NP_065746.3| transcription elonga (1221) 8234 1220.0 0 gi|119589857|gb|EAW69451.1| REX1, RNA exonuclease (1220) 8223 1218.4 0 gi|119589856|gb|EAW69450.1| REX1, RNA exonuclease (1174) 7825 1160.0 0 gi|109122755|ref|XP_001096198.1| PREDICTED: simila (1215) 7524 1115.9 0 gi|148699588|gb|EDL31535.1| REX1, RNA exonuclease (1232) 6311 938.1 0 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7.1e-131 gi|29612639|gb|AAH49901.1| Rexo1 protein [Mus musc ( 535) 3132 471.8 4.9e-130 gi|109480188|ref|XP_001061328.1| PREDICTED: simila ( 529) 2931 442.3 3.6e-121 gi|12839213|dbj|BAB24471.1| unnamed protein produc ( 536) 2920 440.7 1.1e-120 gi|169154759|emb|CAQ14029.1| novel protein similar (1207) 2634 399.2 7.8e-108 gi|62185678|gb|AAH92303.1| LOC733188 protein [Xeno (1143) 2614 396.3 5.8e-107 gi|116283336|gb|AAH16923.1| REXO1 protein [Homo sa ( 337) 2263 344.2 8e-92 gi|148687028|gb|EDL18975.1| mCG119437 [Mus musculu ( 429) 2124 323.9 1.3e-85 gi|148699587|gb|EDL31534.1| REX1, RNA exonuclease ( 358) 1816 278.7 4.4e-72 gi|149034534|gb|EDL89271.1| REX1, RNA exonuclease ( 451) 1790 275.0 7.2e-71 gi|149034533|gb|EDL89270.1| REX1, RNA exonuclease ( 560) 1790 275.1 8.3e-71 gi|215499945|gb|EEC09439.1| RNAse H, putative [Ixo (1603) 1649 255.0 2.7e-64 gi|205831277|sp|A0PJM3.2|GORL_HUMAN RecName: Full= ( 583) 1640 253.2 3.5e-64 gi|205831276|sp|Q8IX06.2|GOR_HUMAN RecName: Full=E ( 675) 1640 253.2 3.9e-64 gi|89028183|ref|XP_376784.3| PREDICTED: similar to ( 675) 1638 252.9 4.7e-64 gi|89028177|ref|XP_496981.2| PREDICTED: similar to ( 675) 1636 252.6 5.8e-64 gi|25992022|gb|AAN77012.1| exonuclease GOR [Homo s ( 318) 1629 251.2 7.3e-64 gi|89028179|ref|XP_496983.2| PREDICTED: similar to ( 675) 1633 252.2 7.9e-64 gi|218572|dbj|BAA00906.1| prot GOR [Pan troglodyte ( 525) 1628 251.3 1.1e-63 gi|119934483|ref|XP_001255546.1| PREDICTED: simila ( 253) 1622 250.1 1.3e-63 gi|212286373|sp|P48778.3|GOR_PANTR RecName: Full=E ( 690) 1628 251.5 1.3e-63 gi|243898|gb|AAB21194.1| GOR [Pan] ( 427) 1623 250.5 1.6e-63 gi|114620780|ref|XP_001164123.1| PREDICTED: simila ( 737) 1560 241.5 1.4e-60 gi|210094984|gb|EEA43156.1| hypothetical protein B ( 437) 1484 230.1 2.2e-57 gi|109466671|ref|XP_001058314.1| PREDICTED: simila ( 604) 1399 217.8 1.5e-53 gi|149064781|gb|EDM14932.1| rCG49985 [Rattus norve ( 619) 1398 217.7 1.7e-53 gi|62643457|ref|XP_227148.3| PREDICTED: similar to ( 577) 1394 217.1 2.5e-53 gi|37194638|gb|AAH39623.1| Rexo1 protein [Mus musc ( 395) 1351 210.6 1.5e-51 gi|47124430|gb|AAH69964.1| Rexo1 protein [Mus musc ( 395) 1348 210.2 2.1e-51 gi|148703316|gb|EDL35263.1| mCG54294 [Mus musculus ( 624) 1350 210.7 2.3e-51 gi|74194972|dbj|BAE26057.1| unnamed protein produc ( 387) 1324 206.6 2.4e-50 >>gi|108861882|sp|Q8N1G1.2|REXO1_HUMAN RecName: Full=RNA (1221 aa) initn: 8256 init1: 8256 opt: 8256 Z-score: 6545.3 bits: 1223.2 E(): 0 Smith-Waterman score: 8256; 100.000% identity (100.000% similar) in 1221 aa overlap (19-1239:1-1221) 10 20 30 40 50 60 KIAA11 GGPGARAAPGRGPAAGRTMLRSTGFFRAIDCPYWSGAPGGPCRRPYCHFRHRGARGPGAP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|108 MLRSTGFFRAIDCPYWSGAPGGPCRRPYCHFRHRGARGPGAP 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 KIAA11 GDGGEAPPAAGLGYDPYNPELPKPPAQRENGTLGLGEEPRPDVLELELVNQAIEAVRSEV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|108 GDGGEAPPAAGLGYDPYNPELPKPPAQRENGTLGLGEEPRPDVLELELVNQAIEAVRSEV 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|215 MLRSTGFFRAIDCPYWSGAPGGPCRRPYCHFRHRGARGPGAP 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 KIAA11 GDGGEAPPAAGLGYDPYNPELPKPPAQRENGTLGLGEEPRPDVLELELVNQAIEAVRSEV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|215 GDGGEAPPAAGLGYDPYNPELPKPPAQRENGTLGLGEEPRPDVLELELVNQAIEAVRSEV 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 KIAA11 ELEQRRYRELLETTREHRSAEAPALAPRGPNASPTVGPDEDAFPLAFDYSPGSHGLLSPD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|215 ELEQRRYRELLETTREHRSAEAPALAPRGPNASPTVGPDEDAFPLAFDYSPGSHGLLSPD 110 120 130 140 150 160 190 200 210 220 230 240 KIAA11 AGYQPTPLAAPAEPGSKYSLASLDRGQGRGGGGGGALEYVPKAVSQPRRHSRPVPSGKYV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|215 AGYQPTPLAAPAEPGSKYSLASLDRGQGRGGGGGGALEYVPKAVSQPRRHSRPVPSGKYV 170 180 190 200 210 220 250 260 270 280 290 300 KIAA11 VDNSRPPTDLEYDPLSNYSARHLSRASSRDERAAKRPRGSRGSEPYTPAPKKLCDPFGSC :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: gi|215 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