# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hj05037.fasta.huge -Q ../query/KIAA1135.ptfa ./tmplib.24314 2
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007
Please cite:
 W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

 KIAA1135, 789 aa
 vs ./tmplib.24314 library

1986716 residues in  2037 sequences
  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5094+/-0.00737; mu= 12.9005+/- 0.502
 mean_var=203.6633+/-47.326, 0's: 0 Z-trim: 3  B-trim: 0 in 0/40
 Lambda= 0.089871

FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2
 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width:  16
The best scores are:                                      opt bits E(2037)
KIAA1832  ( 694 res)   fg02852(revised)            ( 694) 1516 209.3 1.1e-54


>>KIAA1832  ( 694 res)   fg02852(revised)                 (694 aa)
 initn: 1457 init1: 639 opt: 1516  Z-score: 1073.4  bits: 209.3 E(): 1.1e-54
Smith-Waterman score: 1554;  42.921% identity (66.319% similar) in 671 aa overlap (133-771:55-685)

            110       120       130       140       150       160  
KIAA11 RAAARRRQPRHRVRSAAQIRVWRDGAVTLAPAADDAGEPPPVAGKLGYSQCMETEVIESL
                                     ::: .  .:: :  .   ..    ....::
KIAA18 FIRSMSCLCLGLLWTDSCCLPGRVLGPLHPPAAFSPPHPPAVPPS---DRAPVPQTVQSL
           30        40        50        60           70        80 

            170       180       190       200       210       220  
KIAA11 GIIIYKALDYGLKENEERELSPPLEQLIDHMANTVEADGSNDEGYEAAEEGLGDEDEKRK
       :. ::.:::.:: :.::::::: ::.::: :::    . :.: :  ::.:: :  .:...
KIAA18 GFAIYRALDWGLDESEERELSPQLERLIDLMAN----NDSEDSGCGAADEGYGGPEEEEE
              90       100       110           120       130       

                230       240       250       260       270        
KIAA11 IS----AIRSYRDVMKLCAAHLPTESDAPNHYQAVCRALFAETMELHTFLTKIKSAKENL
             ..:.. ..:.::::.:     :  ::::::::::.::.::..::.... ::: :
KIAA18 AEGVPRSVRTFAQAMRLCAARLTDPRGAQAHYQAVCRALFVETLELRAFLARVREAKEML
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      280       290        300       310       320       330       
KIAA11 KKIQEMEKSDESS-TDLEELKNADWARFWVQVMRDLRNGVKLKKVQERQYNPLPIEYQLT
       .:..: :   :.  ..:. : ..::::.:::.::.:: :::::::::...:::: :.:::
KIAA18 QKLREDEPHLETPRAELDSLGHTDWARLWVQLMRELRRGVKLKKVQEQEFNPLPTEFQLT
       200       210       220       230       240       250       

       340       350       360       370       380       390       
KIAA11 PYEMLMDDIRCKRYTLRKVMVNGDIPPRLKKSAHEIILDFIRSRPPLNPVSARKLKPTPP
       :.::::.::: . : ::::::.::::::..:.:::.:::::::::::. :: :.:.: ::
KIAA18 PFEMLMQDIRARNYKLRKVMVDGDIPPRVEKDAHELILDFIRSRPPLKQVSERRLRPLPP
       260       270       280       290       300       310       

       400       410       420       430       440       450       
KIAA11 RPRSLHERILEEIKAERKLRPVSPEEIRRSRLAMRPLSMSYSFDLSDVTTPESTKNLVES
       . :::::.:::::: ::.::::  :       : : .. :    :.  .   .. . .. 
KIAA18 KQRSLHEKILEEIKQERRLRPVRGEG-----WAARGFG-SLPCILNACSGDAKSTSCINL
       320       330       340            350        360       370 

       460       470       480       490        500       510      
KIAA11 SMVNGGLTSQTKENGLSTSQQVPAQRKKLLRAPTLAELDS-SESEEETLHKSTSSSSVSP
       :....:        :   : : :  :  ::.::::::..  . ::::    .  . . . 
KIAA18 SVTDAG--------G---SAQRPRPRV-LLKAPTLAEMEEMNTSEEEESPCGEVTLKRDR
                        380        390       400       410         

        520       530       540       550                560       
KIAA11 SFPEEPVLEAVSTRKKPPKFLPISSTPQPERRQPPQRR----H-----SIEKET-PTNVR
       :: :. .   .. :..  . :  :.:  :   .::. :    :     : .. : :..: 
KIAA18 SFSEHDL---AQLRSEVASGLQ-SATHPPGGTEPPRPRAGSAHVWRPGSRDQGTCPASVS
     420          430        440       450       460       470     

        570               580               590       600       610
KIAA11 QFLPP---SRQSS-----RSLE--------EFCYPVECLALTVEEVMHIRQVLVKAELEK
       .   :   .: ::      :.         :: .::: ::::::::: .:.::::::.::
KIAA18 DPSHPLLSNRGSSGDRPEASMTPDAKHLWLEFSHPVESLALTVEEVMDVRRVLVKAEMEK
         480       490       500       510       520       530     

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KIAA11 YQQYKDIYTALKKGKLCFCCRTRRFSFFTWSYTCQFCKRPVCSQCCKKMRLPSKPYSTLP
       . : :.....:::::.: :::.. : .:.:  .: :::: ::..:  ::..::: .. .:
KIAA18 FLQNKELFSSLKKGKICCCCRAK-FPLFSWPPSCLFCKRAVCTSCSIKMKMPSKKFGHIP
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KIAA11 IFSLGPSALQRGESSMRSEKPSTAHHRPLRSIARFSSKSKSMDKSDEELQFPKELMEDWS
       ...::  . ::          :.:.  :..    :.: .  . .: ::  ::.   .   
KIAA18 VYTLGFESPQR---------VSAAKTAPIQRRDIFQSLQGPQWQSVEE-AFPHIYSHGCV
          600                610       620       630        640    

              740       750       760       770       780         
KIAA11 TMEVCVDCKKFISEIISSSRRSLVLANKRARLKRKTQSFYMSSPGPSEYCPSERTISEI
         .:: .: .:..... :::.:. . :   : .:.:::.:.                  
KIAA18 LKDVCSECTSFVADVVRSSRKSVDVLNTTPRRSRQTQSLYIPNTRTLDFK         
          650       660       670       680       690             




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Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]