# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/pf08614.fasta.huge -Q ../query/KIAA1131.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1131, 2168 aa vs ./tmplib.24314 library 1985337 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.7313+/-0.00696; mu= 11.6936+/- 0.473 mean_var=197.7879+/-47.675, 0's: 0 Z-trim: 14 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.091196 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 43, opt: 31, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0045 ( 2005 res) ha00941 (2005) 573 90.0 7.2e-18 KIAA1320 ( 567 res) fh13757 ( 567) 402 66.8 2e-11 KIAA0010 ( 1086 res) ha00408 (1086) 376 63.7 3.1e-10 KIAA0439 ( 995 res) hj00462 ( 995) 374 63.4 3.5e-10 KIAA0312 ( 3192 res) ff01724 (3192) 345 60.3 1e-08 KIAA0093 ( 927 res) ha00935 ( 927) 303 54.0 2.2e-07 KIAA0032 ( 1054 res) ha01920 (1054) 302 54.0 2.6e-07 KIAA0393 ( 1433 res) hg01266(revised) (1433) 299 53.8 4.1e-07 KIAA1625 ( 859 res) hh15184 ( 859) 295 53.0 4.4e-07 KIAA1301 ( 1581 res) fg06833 (1581) 288 52.4 1.2e-06 KIAA1593 ( 953 res) fj09260 ( 953) 283 51.4 1.4e-06 KIAA0317 ( 826 res) hg00276 ( 826) 277 50.6 2.2e-06 KIAA0322 ( 1614 res) hg00462s1 (1614) 268 49.8 7.5e-06 KIAA0896 ( 2820 res) hk08890s2 (2820) 253 48.1 4.2e-05 >>KIAA0045 ( 2005 res) ha00941 (2005 aa) initn: 1055 init1: 394 opt: 573 Z-score: 412.7 bits: 90.0 E(): 7.2e-18 Smith-Waterman score: 1012; 30.371% identity (57.958% similar) in 754 aa overlap (1430-2168:1379-2005) 1400 1410 1420 1430 1440 1450 KIAA11 TIFYYVQKLLQLSCNGNVKSDKLRRIWEPTYTIMYREMKDSDKEKEN--GKMGCWSIEHV ..:. .. ..: .. : :. : :. :. KIAA00 NSGNVRHRLQFYIGEHLLPYNMTVYQAVRQFSIQAEDERESTDDESNPLGRAGIWTKTHT 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1460 1470 1480 1490 1500 1510 KIAA11 EQY--LGTDELPKNDLITYLQKNADAAFLRHWKLTGTNKSIRKNRNCSQLIAAYKDFCEH : . :: ..: . . :..: :. : :. .. ..: ..: KIAA00 IWYKPVREDEESNKDCVGGKRGRAQTA--------PTKTSPRNAKKHDEL---WHD---- 1410 1420 1430 1440 1450 1520 1530 1540 1550 1560 1570 KIAA11 GTKSGLNQGAISTLQSSDILNLTKEQPQAKAGNGQNSCGVEDVLQLLRILYIVASDPYSR :. .... : . :.: :.:. ::. :::.:. .. : KIAA00 GVCPSVSNPLEVYLIPTPPENITFEDPSL------------DVILLLRVLHAISRYWYYL 1460 1470 1480 1490 1500 1580 1590 1600 1610 1620 1630 KIAA11 ISQEDGDEQPQFTFPPDEFTSKKITTKILQQIEEPLALASGALPDWCEQLTSKCPFLIPF .. : .: .:: ..:.:.: .:...::.. .: .: : .: . :::..:: KIAA00 YDNAMCKE----IIPTSEFINSKLTAKANRQLQDPLVIMTGNIPTWLTELGKTCPFFFPF 1510 1520 1530 1540 1550 1640 1650 1660 1670 1680 1690 KIAA11 ETRQLYFTCTAFGASRAIVWLQNRREATVERTRTTSSVRRDDPGEFRVG-RLKHERVKVP .:::. : ::: .::. : . :. . ..: . ::. :: ... : KIAA00 DTRQMLFYVTAFDRDRAMQRLLD----------TNPEINQSDSQDSRVAPRLDRKKRTVN 1560 1570 1580 1590 1600 1700 1710 1720 1730 1740 1750 KIAA11 RGESLMEWAENVMQIHADRKSVLEVEFLGEEGTGLGPTLEFYALVAAEFQRTDLGAWLCD : : :.. ::.::: .. ...::... .: ::::::::::::::. :.::.::: : KIAA00 R-EELLKQAESVMQDLGSSRAMLEIQYENEVGTGLGPTLEFYALVSQELQRADLGLW--- 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1760 1770 1780 1790 1800 1810 KIAA11 DNFPDDESRHVDLGG--GLKPPGYYVQRSCGLFTAPFPQDSD--ELERITKLFHFLGIFL ....: :.. : . :.: :::. :: . . .. .. :.::: .. KIAA00 ------RGEEVTLSNPKGSQEGTKYIQNLQGLFALPFGRTAKPAHIAKVKMKFRFLGKLM 1670 1680 1690 1700 1710 1820 1830 1840 1850 1860 1870 KIAA11 AKCIQDNRLVDLPISKPFFKLMCMGDIKSNMSKLIYESRGDRDLHCTESQSEASTEEGHD :: :.: ::::::.. ::.: : ..:.: KIAA00 AKAIMDFRLVDLPLGLPFYKWML--------------------------RQETS------ 1720 1730 1740 1880 1890 1900 1910 1920 1930 KIAA11 SLSVGSFEEDSKSEFILDPPKPKPPAWFNGILTWEDFELVNPHRARFLKEIKDLAIKRRQ :: .:. ..: :: . ...:.. .... KIAA00 -------------------------------LTSHDLFDIDPVVARSVYHLEDIVRQKKR 1750 1760 1770 1940 1950 1960 1970 1980 1990 KIAA11 ILSNKGLSEDEKNTKLQELVLKNPSGSGPPLSIEDLGLNFQFCPSSRIYGFTAVDLKPSG . ..:. ... . :. :.... :.:::::.: . : :: ..:: .: KIAA00 LEQDKSQTKESLQYALETLTMNG-------CSVEDLGLDFTL-P-----GFPNIELKKGG 1780 1790 1800 1810 1820 2000 2010 2020 2030 2040 2050 KIAA11 EDEMITMDNAEEYVDLMFDFCMHTGIQKQMEAFRDGFNKVFPMEKLSSFSHEEVQMILCG .: .:. : :::. :.. . .. :...:...:::::..:::. .:. : ::....::: KIAA00 KDIPVTIHNLEEYLRLVIFWALNEGVSRQFDSFRDGFESVFPLSHLQYFYPEELDQLLCG 1830 1840 1850 1860 1870 1880 2060 2070 2080 2090 2100 2110 KIAA11 NQSPSWAAEDIINYTEPKLGYTRDSPGFLRFVRVLCGMSSDERKAFLQFTTGCSTLPPGG ... .: :. ... .: :::.:: . . ..: ........ ::::.:: :: :: KIAA00 SKADTWDAKTLMECCRPDHGYTHDSRAVKFLFEILSSFDNEQQRLFLQFVTGSPRLPVGG 1890 1900 1910 1920 1930 1940 2120 2130 2140 2150 2160 KIAA11 LANLHPRLTVVRKV----DATDASYPSVNTCVHYLKLPEYSSEEIMRERLLAATME--KG . .:.: ::.:::. . : ::: :::.:::::.::: :::::.:: :. : .. KIAA00 FRSLNPPLTIVRKTFESTENPDDFLPSVMTCVNYLKLPDYSSIEIMREKLLIAAREGQQS 1950 1960 1970 1980 1990 2000 KIAA11 FHLN :::. KIAA00 FHLS >>KIAA1320 ( 567 res) fh13757 (567 aa) initn: 362 init1: 127 opt: 402 Z-score: 297.2 bits: 66.8 E(): 2e-11 Smith-Waterman score: 410; 32.946% identity (61.628% similar) in 258 aa overlap (1908-2159:314-556) 1880 1890 1900 1910 1920 1930 KIAA11 EEDSKSEFILDPPKPKPPAWFNGILTWEDFELVNPHRAR-FLKEIKDLAIKRRQILSNKG .::: . .: : :.: . .. ... : KIAA13 QPNSNSYVNPDHLNYFRFAGQILGLALNHRQLVNIYFTRSFYKHILGIPVNYQDVASI-- 290 300 310 320 330 340 1940 1950 1960 1970 1980 1990 KIAA11 LSEDEKNTKLQELVLKNPSGSGPPLSIEDLGLNFQFCPSSRIYG-FTAVDLKPSGEDEMI : . .: . .: : .: ::::.. : . ..: . : :::.: . .. KIAA13 ---DPEYAKNLQWILDN--------DISDLGLELTFSVETDVFGAMEEVPLKPGGGSILV 350 360 370 380 390 2000 2010 2020 2030 2040 2050 KIAA11 TMDNAEEYVDLMFDFCMHTGIQKQMEAFRDGFNKVFPMEKLSSFSHEEVQMILCGNQSPS :..: :::.:. .. : .:: :..:: .::. .: .. :.. :....: : : KIAA13 TQNNKAEYVQLVTELRMTRAIQPQINAFLQGFHMFIPPSLIQLFDEYELELLLSG--MPE 400 410 420 430 440 2060 2070 2080 2090 2100 2110 KIAA11 WAAEDIINYTEPKLGYTRDSPGFLRFVRVLCGMSSDERKAFLQFTTGCSTLPPGGLANLH . : :. :: :: :..: . : .:. ....:: .:::.:: : .: ::.::. KIAA13 IDVSDWIKNTEYTSGYEREDPVIQWFWEVVEDITQEERVLLLQFVTGSSRVPHGGFANIM 450 460 470 480 490 500 2120 2130 2140 2150 2160 KIAA11 P----RLTVVRKVDATDASYPSVNTCVHYLKLPEYSSEEIMRERLLAATMEKGFHLN . .. : : :. .::...:::::: :.::...:::.: KIAA13 GGSGLQNFTIAAVPYTPNLLPTSSTCINMLKLPEYPSKEILKDRLLVALHCGSYGYTMA 510 520 530 540 550 560 >>KIAA0010 ( 1086 res) ha00408 (1086 aa) initn: 282 init1: 116 opt: 376 Z-score: 275.6 bits: 63.7 E(): 3.1e-10 Smith-Waterman score: 376; 32.692% identity (65.385% similar) in 208 aa overlap (1963-2168:883-1086) 1940 1950 1960 1970 1980 1990 KIAA11 SNKGLSEDEKNTKLQELVLKNPSGSGPPLSIEDLGLNFQFCPSSRIYGFTAVDLKPSGED .:.::::: .. . .:.:: .:.: KIAA00 TSADVDIHHLASLDPEVYKNLLFLKSYEDDVEELGLNFTVV-NNDLGEAQVVELKFGGKD 860 870 880 890 900 910 2000 2010 2020 2030 2040 2050 KIAA11 EMITMDNAEEYVDLMFDFCMHTGIQKQMEAFRDGFNKVFPMEKLSSFSHEEVQMILCGNQ .: : :. :. :. .. :... :::.:. .: .: : :...:.:... : : KIAA00 IPVTSANRIAYIHLVADYRLNRQIRQHCLAFRQGLANVVSLEWLRMFDQQEIQVLISGAQ 920 930 940 950 960 970 2060 2070 2080 2090 2100 2110 KIAA11 SPSWAAEDIINYTEPKLGYTRDSPGFLRFVRVLCGMSSDERKAFLQFTTGCSTLPPGGLA : . ::. ..:. . ::. : : . : ::. :....:.. .:.:.:.:: : :. KIAA00 VPI-SLEDLKSFTNYSGGYSADHPVIKVFWRVVEGFTDEEKRKLLKFVTSCSRPPLLGFK 980 990 1000 1010 1020 1030 2120 2130 2140 2150 2160 KIAA11 NLHPRLTVVRKVDATD-ASYPSVNTCVHYLKLPEYSSEEIMRERLL-AATMEKGFHLN .:.: . . . ..: :...::.. :::::. .: ..: .:: : ::.:. KIAA00 ELYPAFCI--HNGGSDLERLPTASTCMNLLKLPEFYDETLLRSKLLYAIECAAGFELS 1040 1050 1060 1070 1080 >>KIAA0439 ( 995 res) hj00462 (995 aa) initn: 395 init1: 202 opt: 374 Z-score: 274.6 bits: 63.4 E(): 3.5e-10 Smith-Waterman score: 374; 32.353% identity (70.098% similar) in 204 aa overlap (1968-2165:791-991) 1940 1950 1960 1970 1980 1990 KIAA11 SEDEKNTKLQELVLKNPSGSGPPLSIEDLGLNFQFCPSSRIYGFT-AVDLKPSGEDEMIT :...:: . . .: : :::::.: . :.: KIAA04 GKQITLNDMESVDSEYYNSLKWILENDPTELDLMFCIDEENFGQTYQVDLKPNGSEIMVT 770 780 790 800 810 820 2000 2010 2020 2030 2040 2050 KIAA11 MDNAEEYVDLMFDFCMHTGIQKQMEAFRDGFNKVFPMEKLSSFSHEEVQMILCGNQSPSW .: .::.::.... . . .::::.:: .::....:.. .. :...:.....:: . . KIAA04 NENKREYIDLVIQWRFVNRVQKQMNAFLEGFTELLPIDLIKIFDENELELLMCGLGDVD- 830 840 850 860 870 2060 2070 2080 2090 2100 2110 KIAA11 AAEDIINYTEPKLGYTRDSPGFLRFVRVLCGMSSDERKAFLQFTTGCSTLPPGGLANLH- ..: ... : :: . : . : ... :....: .:::.:: : .: .:.:.:. KIAA04 -VNDWRQHSIYKNGYCPNHPVIQWFWKAVLLMDAEKRIRLLQFVTGTSRVPMNGFAELYG 880 890 900 910 920 930 2120 2130 2140 2150 2160 KIAA11 ---PRLTVVRKVDATDASYPSVNTCVHYLKLPEYSSEEIMRERLLAATME-KGFHLN :.: .... . . . : ..:: . : :: : . : .::.:: :. . .:: KIAA04 SNGPQLFTIEQWGSPE-KLPRAHTCFNRLDLPPYETFEDLREKLLMAVENAQGFEGVD 940 950 960 970 980 990 >>KIAA0312 ( 3192 res) ff01724 (3192 aa) initn: 335 init1: 137 opt: 345 Z-score: 248.4 bits: 60.3 E(): 1e-08 Smith-Waterman score: 345; 33.333% identity (61.033% similar) in 213 aa overlap (1963-2167:2983-3191) 1940 1950 1960 1970 1980 1990 KIAA11 SNKGLSEDEKNTKLQELVLKNPSGSGPPLSIEDLGLNFQFCPSSRIYGFTAV-DLKPSGE . :: .. : . .: : ::::.: KIAA03 HILGKSVRYTDMESEDYHFYQGLVYLLENDVSTLGYDLTFSTEVQEFGVCEVRDLKPNGA 2960 2970 2980 2990 3000 3010 2000 2010 2020 2030 2040 2050 KIAA11 DEMITMDNAEEYVDLMFDFCMHTGIQKQMEAFRDGFNKVFPMEKLSSFSHEEVQMILCGN . ..: .: .::: :. .. : .:.::. :: .:: ...: . .: :...:..... : KIAA03 NILVTEENKKEYVHLVCQMRMTGAIRKQLAAFLEGFYEIIPKRLISIFTEQELELLISG- 3020 3030 3040 3050 3060 3070 2060 2070 2080 2090 2100 2110 KIAA11 QSPSWAAEDIINYTEPKLGYTRDSPGFLRFVRVLCGMSSDERKAFLQFTTGCSTLPPGGL :. .:. . :: . : .: . : :.: .... .: ::::.:: : .: :. KIAA03 -LPTIDIDDLKSNTEYH-KYQSNSIQIQWFWRALRSFDQADRAKFLQFVTGTSKVPLQGF 3080 3090 3100 3110 3120 2120 2130 2140 2150 2160 KIAA11 ANLH-----PRLTVVRKVDATDASYPSVNTCVHYLKLPEYSSEEIMRERLLAATME--KG : :. .. . : .:: ::..:: . : :: : : : .:. :: : .: .: KIAA03 AALEGMNGIQKFQIHRDDRSTD-RLPSAHTCFNQLDLPAYESFEKLRHMLLLAIQECSEG 3130 3140 3150 3160 3170 3180 KIAA11 FHLN : : KIAA03 FGLA 3190 >>KIAA0093 ( 927 res) ha00935 (927 aa) initn: 206 init1: 158 opt: 303 Z-score: 224.4 bits: 54.0 E(): 2.2e-07 Smith-Waterman score: 303; 29.902% identity (66.176% similar) in 204 aa overlap (1968-2165:723-923) 1940 1950 1960 1970 1980 1990 KIAA11 SEDEKNTKLQELVLKNPSGSGPPLSIEDLGLNFQFCPSSRIYGFTAV-DLKPSGEDEMIT :...: . ...: : .:: .: . ..: KIAA00 HKPITLHDMESVDSEYYNSLRWILENDPTELDLRFIIDEELFGQTHQHELKNGGSEIVVT 700 710 720 730 740 750 2000 2010 2020 2030 2040 2050 KIAA11 MDNAEEYVDLMFDFCMHTGIQKQMEAFRDGFNKVFPMEKLSSFSHEEVQMILCGNQSPSW : .::. :.... . . ::::: ::..:: ...:.. .. :...:.....:: . . KIAA00 NKNKKEYIYLVIQWRFVNRIQKQMAAFKEGFFELIPQDLIKIFDENELELLMCGLGDVD- 760 770 780 790 800 810 2060 2070 2080 2090 2100 2110 KIAA11 AAEDIINYTEPKLGYTRDSPGFLRFVRVLCGMSSDERKAFLQFTTGCSTLPPGGLANLH- ..: ..:. : ::. . . : ... :.:..: .:::.:: : .: .:.:.:. KIAA00 -VNDWREHTKYKNGYSANHQVIQWFWKAVLMMDSEKRIRLLQFVTGTSRVPMNGFAELYG 820 830 840 850 860 870 2120 2130 2140 2150 2160 KIAA11 ---PRLTVVRKVDATDASYPSVNTCVHYLKLPEYSSEEIMRERL-LAATMEKGFHLN :. .:.. .: . : ..:: . : :: : : : . ..: .: .:: KIAA00 SNGPQSFTVEQW-GTPEKLPRAHTCFNRLDLPPYESFEELWDKLQMAIENTQGFDGVD 880 890 900 910 920 >>KIAA0032 ( 1054 res) ha01920 (1054 aa) initn: 222 init1: 116 opt: 302 Z-score: 223.1 bits: 54.0 E(): 2.6e-07 Smith-Waterman score: 302; 30.638% identity (57.021% similar) in 235 aa overlap (1935-2167:832-1053) 1910 1920 1930 1940 1950 1960 KIAA11 EDFELVNPHRARFLKEIKDLAIKRRQILSNKGLSEDEKNTKLQELVLKNPSGSGPPLSIE : :: : . :::: : : : . : KIAA00 AIYNSTVVDLHFPLALYKKLLNVKPGLEDLKELSPTEGRS-LQEL-LDYP---GEDVE-E 810 820 830 840 850 1970 1980 1990 2000 2010 2020 KIAA11 DLGLNFQFCPSSRIYG-FTAVDLKPSGEDEMITMDNAEEYVDLMFDFCMHTGIQKQMEAF . ::: .: : :: . : :.:.. . :: .:.:: . .. .. .... . :: KIAA00 TFCLNFTICRES--YGVIEQKKLIPGGDNVTVCKDNRQEFVDAYVNYVFQISVHEWYTAF 860 870 880 890 900 910 2030 2040 2050 2060 2070 2080 KIAA11 RDGFNKVFPMEKLSSFSHEEVQMILCGNQSPSWAAEDIINYTEPKLGYTRDSPGFLRFVR .:: :: . : :. :.. .. ::.. .: :.. . . : :. : : . KIAA00 SSGFLKVCGGKVLELFQPSELRAMMVGNSNYNW--EELEETAIYKGDYSATHPTVKLFWE 920 930 940 950 960 970 2090 2100 2110 2120 2130 2140 KIAA11 VLCGMSSDERKAFLQFTTGCSTLPPGGLANLHPRLTVVRKVDATDASYPSVNTCVHYLKL .. . ...: :: : :: . .: :.:.:. :.... . . : ..:: . : : KIAA00 TFHEFPLEKKKKFLLFLTGSDRIPIYGMASLQ---IVIQSTASGEEYLPVAHTCYNLLDL 980 990 1000 1010 1020 2150 2160 KIAA11 PEYSSEEIMRERLLAATME-KGFHLN :.:::.::. :: : . .:: : KIAA00 PKYSSKEILSARLTQALDNYEGFSLA 1030 1040 1050 >>KIAA0393 ( 1433 res) hg01266(revised) (1433 aa) initn: 339 init1: 159 opt: 299 Z-score: 219.5 bits: 53.8 E(): 4.1e-07 Smith-Waterman score: 308; 40.136% identity (61.905% similar) in 147 aa overlap (781-917:617-759) 760 770 780 790 800 810 KIAA11 GSTATWPLDPPKDEKQGWRHVRIKQMGKNASGQTHYLSLSGFELYGTVNGVCEDQLGKAA :: : :. ....: : :.... .: KIAA03 GTIPQAHFLLVMLSMLTLQHSANNLDLLLNSG-TLALAQTALRLIGPSCDSVEEDMNASA 590 600 610 620 630 640 820 830 840 850 860 KIAA11 KEAEANLRRQRRLVRSQV--------LKYMVP-GARVTRGLDWKWRDQDGSPQGEGTVTG . : :.. .. : . : : :. :.:: ::.:::: :::: : : : : : KIAA03 QGASATVLEETRKETAPVQLPVSGPELAAMMKIGTRVMRGVDWKWGDQDGPPPGLGRVIG 650 660 670 680 690 700 870 880 890 900 910 920 KIAA11 EL-HNGWIDVTWDAGGSNSYRMGAEGKFDLKLAPGYDPDTVASPKPVSSTVSGTTQSWSS :: ..::: : ::.:..:::::: :::.::::: : :.:. .: . ... 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