# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh03387s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1108.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1108, 763 aa vs ./tmplib.24314 library 1986742 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.9549+/-0.00672; mu= 8.0506+/- 0.458 mean_var=193.5443+/-45.920, 0's: 0 Z-trim: 10 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.092190 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0603 ( 1348 res) hg01488b (1348) 2169 301.5 3.5e-82 KIAA0019 ( 838 res) ha00537 ( 838) 440 71.3 4.3e-13 KIAA1055 ( 868 res) hh09512 ( 868) 380 63.4 1.1e-10 KIAA0882 ( 1291 res) hk07544s1 (1291) 377 63.2 1.9e-10 KIAA0676 ( 1262 res) hk02596 (1262) 339 58.1 6.3e-09 KIAA0608 ( 775 res) hh00889b ( 775) 320 55.3 2.6e-08 KIAA1322 ( 702 res) fh13826 ( 702) 307 53.6 8.2e-08 >>KIAA0603 ( 1348 res) hg01488b (1348 aa) initn: 2432 init1: 1661 opt: 2169 Z-score: 1567.3 bits: 301.5 E(): 3.5e-82 Smith-Waterman score: 2468; 52.270% identity (73.252% similar) in 815 aa overlap (4-755:524-1327) 10 20 30 KIAA11 NSSKTKLELQKHLTTLTNQEQATIFEEVQKLRP ..:: .:.::..::..::: :::.:::..: KIAA06 SAKTQIKLCEACPMHSLHKLCERIEGLYPPRAKLVIQRHLSSLTDNEQADIFERVQKMKP 500 510 520 530 540 550 40 50 60 70 80 90 KIAA11 RNEQRENELIISFLRCLYEEKQKEHIHIGEMKQTSQMAAENIGSELPPSAT---RFRLDM ..:.::::.: :: : : ::: :.:::: .: . .: .: .:: ::.::. KIAA06 VSDQEENELVILHLRQLCEAKQKTHVHIGEGPSTIS------NSTIPENATSSGRFKLDI 560 570 580 590 600 100 110 120 130 140 KIAA11 LKNKAKRSLTESLESILSRG-NKARGLQEHSISVDLDSSLSSTLSNTSKEPSVCEKEALP :::::::::: :::.:.::: :. :: : . ..::.: . . . : : KIAA06 LKNKAKRSLTSSLENIFSRGANRMRGRLGSVDSFERSNSLASEKDYSPGDSPPGTPPASP 610 620 630 640 650 660 150 160 170 180 KIAA11 ISESSFKLLGSSEDLSSD-------SESHLPEEP---------------APL----SPQQ : :... . :: .: . :: : .:: : .: KIAA06 PS-SAWQTF-PEEDSDSPQFRRRAHTFSHPPSSTKRKLNLQDGRAQGVRSPLLRQSSSEQ 670 680 690 700 710 720 190 200 210 220 KIAA11 -----AFRR---RANTLSHFPIECQEPPQPARGSPGV-------SQRKLMRYHS-VSTET . :: ..:. : .: :. .:. : : .:.. . .: KIAA06 CSNLSSVRRMYKESNSSSSLPSLHTSFSAPSFTAPSFLKSFYQNSGRLSPQYENEIRQDT 730 740 750 760 770 780 230 240 250 260 270 280 KIAA11 PHERKDFESK-------ANHLGDSGGTPVKTRRHSWRQQIFLRVATPQKACDSSSRYEDY : .: :.. .:. . ::: : :: ::::.::::::.:.. :. . .: KIAA06 ASESSDGEGRKRTSSTCSNESLSVGGTSVTPRRISWRQRIFLRVASPMNKSPSAMQQQDG 790 800 810 820 830 840 290 300 310 320 330 KIAA11 SELGELPPRSPLEPVCEDGPF--------GPPPEEKKRTSRELRELWQKAILQQILLLRM . .:: : ::: :. :. :. : :... :.::: ::.::: :::::::: KIAA06 LDRNELLPLSPLSPTMEEEPLVIFLSGEDDPEKIEERKKSKELRSLWRKAIHQQILLLRM 850 860 870 880 890 900 340 350 360 370 380 390 KIAA11 EKENQKLQ-ASENDLLNKRLKLDYEEITPCLKEVTTVWEKMLSTPGRSKIKFDMEKMHSA :::::::. ::...: ....::::::. : ::: .:.: : :.::. ::: .:. 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KIAA00 FSGPKHAMHGFFVQGFPKL--LRFQEHH-EKILNKFLSKLKQHLDSQEIYTSFYTMKWFF 230 240 250 260 270 570 580 590 600 610 620 KIAA11 TMFASQFPLGFVARVFDMIFLQGTEVIFKVALSLLGSHKPLILQHENLETIVDFIKSTLP : .. :. . :..:. ...: .:. .. ..: :: ... ..: .:.:.. :: KIAA00 QCFLDRTPFTLNLRIWDIYIFEGERVLTAMSYTILKLHKKHLMKL-SMEELVEFFQETLA 280 290 300 310 320 330 630 640 650 660 670 680 KIAA11 NLGLVQMEKTINQVFEMD-IAKQLQAYEVEYHVLQEELIDSSPLSDNQRMDK-LEKTNSS . . :: : . .::: .: . . .: . : .... : : . KIAA00 K----------DFFFEDDFVIEQLQISMTELKRAKLDLPE--PGKEDEYPKKPLGQLPPE 340 350 360 370 380 690 700 710 720 730 740 KIAA11 LRKQNLDLLEQLQVANGRIQSLEATIEKLLSSESKLKQAMLTLELERSALLQTVEELRRR :.. .. : . : . :: . : . .. :. . .. :.. . .. ::. KIAA00 LQSWGVHHLSNGQRSVGRPSPLASGRRE--SGAPHRRHEHSPHPQSRTGTPERAQPPRRK 390 400 410 420 430 440 750 760 KIAA11 SAEPSDR----EPECTQPEPTGD :.: .. : . . :.: KIAA00 SVEEESKKLKDEADFQRKLPSGPQDSSRQYNHAAANQNSNATSNIRKEFVPKWNKPSDVS 450 460 470 480 490 500 >>KIAA1055 ( 868 res) hh09512 (868 aa) initn: 345 init1: 318 opt: 380 Z-score: 283.5 bits: 63.4 E(): 1.1e-10 Smith-Waterman score: 380; 24.746% identity (62.034% similar) in 295 aa overlap (333-622:559-843) 310 320 330 340 350 360 KIAA11 PPPEEKKRTSRELRELWQKAILQQILLLRMEKENQKLQASENDLLNKRLKL-DYEEITPC . :..:: :. : : : : . .:.. KIAA10 VESQEQPEQAFVKPHLVSEYDIYGFRTVPEDDEEEKLVAKVRALDLKTLYLTENQEVSTG 530 540 550 560 570 580 370 380 390 400 410 420 KIAA11 LKEVTTVWEKMLSTPGRSKIKFDMEKMHSAVGQGVPRHHRGEIWKFLAEQFHLKHQFPSK .: ::..... .. . : ... . :.:..::...::. ... : . .: .. KIAA10 VK-----WENYFASTVNREMMCSPE-LKNLIRAGIPHEHRSKVWKWCVDR-HTR-KFKDN 590 600 610 620 630 640 430 440 450 460 470 KIAA11 QQPKDVPYKELLKQLTSQQHA----ILIDLGRTFPTHPYFSAQLGAGQLSLYNILKAYSL .: .. ::.. .:. : .:: ::.:.. ..: . : .: :.: :.: KIAA10 TEPGH--FQTLLQKALEKQNPASKQIELDLLRTLPNNKHYSCPTSEGIQKLRNVLLAFSW 650 660 670 680 690 480 490 500 510 520 530 KIAA11 LDQEVGYCQGLSFVAGILLLHMSEEEAFKMLKFLMFDMGLRKQYRPDMIILQIQMYQLSR . ..::::::. .... ::.. .:.:: : .. . : : .. :... . KIAA10 RNPDIGYCQGLNRLVAVALLYLEQEDAFWCLVTIVEVFMPRDYYTKTLLGSQVDQRVFRD 700 710 720 730 740 750 540 550 560 570 580 590 KIAA11 LLHDYHRDLYNHLEEHEIGPSLYAAPWFLTMFASQFPLGFVARVFDMIFLQGTEVIFKVA :. . :..:.:.... .: . :::..:... .. ...: .. .: .:::. : KIAA10 LMSEKLPRLHGHFEQYKVDYTLITFNWFLVVFVDSVVSDILFKIWDSFLYEGPKVIFRFA 760 770 780 790 800 810 600 610 620 630 640 650 KIAA11 LSLLGSHKPLILQHENLETIVDFIKSTLPNLGLVQMEKTINQVFEMDIAKQLQAYEVEYH :.:. .. ::. .. .: ... KIAA10 LALFKYKEEEILKLQDSMSIFKYLRYFTRTILDARSGTDAPTTWRKSGWS 820 830 840 850 860 >>KIAA0882 ( 1291 res) hk07544s1 (1291 aa) initn: 302 init1: 118 opt: 377 Z-score: 279.4 bits: 63.2 E(): 1.9e-10 Smith-Waterman score: 391; 27.350% identity (59.259% similar) in 351 aa overlap (356-690:498-837) 330 340 350 360 370 380 KIAA11 QILLLRMEKENQKLQASENDLLNKRLKLDYEEITPCL-KEVTT--VWEKMLSTPGRSKIK ::..: : :: .:. .. :.. KIAA08 ADGERQFNLNGNSVPTATQTLMTMYRRRSPEEFNPKLAKEFLKEQAWKIHFAEYGQGICM 470 480 490 500 510 520 390 400 410 420 430 440 KIAA11 FDMEKMHSAVGQGVPRHHRGEIWKFLAEQFHLKHQFPSKQQPKDVPYKELLK-QLTSQQH . :: . : .:.:. :::.: .:. .. : :. . :. : . : .:.... KIAA08 YRTEKTRELVLKGIPESMRGELWLLLSGAINEKATHPGYYE--DLVEKSMGKYNLATEE- 530 540 550 560 570 580 450 460 470 480 490 500 KIAA11 AILIDLGRTFPTHPYFSAQLGAGQLSLYNILKAYSLLDQEVGYCQGLSFVAGILLLHMSE : :: :..: :: :. ..: . .: .: ::.. . ..::::....:...:::. .: KIAA08 -IERDLHRSLPEHPAFQNEMGIA--ALRRVLTAYAFRNPNIGYCQAMNIVTSVLLLYAKE 590 600 610 620 630 640 510 520 530 540 550 560 KIAA11 EEAFKMLKFLMFDMGLRKQYRPDMIILQIQMYQLSRLLHDYHRDLYNHLEEHEIGPSLYA :::: .: : : : : .. ... . .: .:: .::. ... . : . KIAA08 EEAFWLLVALCERM-LPDYYNTRVVGALVDQGVFEELARDYVPQLYDCMQDLGV-ISTIS 650 660 670 680 690 570 580 590 600 610 KIAA11 APWFLTMFASQFPLGFVARVFDMIFLQGTEVIFKVALSLLGSHKPLILQHEN-------L ::::.: : .:. .. : : .: .: .:::..::..: .. .:. .. : KIAA08 LSWFLTLFLSVMPFESAVVVVDCFFYEGIKVIFQLALAVLDANVDKLLNCKDDGEAMTVL 700 710 720 730 740 750 620 630 640 650 660 KIAA11 ETIVDFIK---STLPNLGLVQ--MEKTINQVFEMDIAKQLQAYEVEYHVLQEELIDSSPL .: . :::: . .. . .. :.:: . ... .. ... .::.. . KIAA08 GRYLDSVTNKDSTLPPIPHLHSLLSDDVEPYPEVDIFRLIRTSYEKFGTIRADLIEQ--M 760 770 780 790 800 810 670 680 690 700 710 720 KIAA11 SDNQRMDKLEKTNSSLRKQNLDLLEQLQVANGRIQSLEATIEKLLSSESKLKQAMLTLEL .::. :. .: . :.:. KIAA08 RFKQRL-KVIQTLEDTTKRNVVRTIVTETSFTIDELEELYALFKAEHLTSCYWGGSSNAL 820 830 840 850 860 870 >>KIAA0676 ( 1262 res) hk02596 (1262 aa) initn: 327 init1: 120 opt: 339 Z-score: 252.2 bits: 58.1 E(): 6.3e-09 Smith-Waterman score: 354; 23.981% identity (54.916% similar) in 417 aa overlap (288-687:427-815) 260 270 280 290 300 310 KIAA11 QQIFLRVATPQKACDSSSRYEDYSELGELPPRSPLEPVCEDGPFGPPPEEKKRTSRELRE : . :. ..: : . .::. KIAA06 FLVQRISDFLQKTPSKQPGSIGSRKASVVDPSTESSPAPQEGSEQPASPASPLSSRQ-SF 400 410 420 430 440 450 320 330 340 350 360 370 KIAA11 LWQKAILQQILLLRMEKENQKLQASENDLLNKRLKLDYEEITPCLKEVTTVWEKMLSTPG :.: . ::.. ..:. .. :: : : :. .:: . :. . : KIAA06 CAQEAPTASQGLLKLFQKNSPME----DLGAKGAK---EK----MKEES--WHIHFFEYG 460 470 480 490 500 380 390 400 410 420 430 KIAA11 RSKIKFDMEKMHSAVGQGVPRHHRGEIWKFLAEQFHLKHQFPSKQQPKDVPYKELLKQLT :. . : .. : .:.:. :::.: ... .. :. : ::... : KIAA06 RGVCMYRTAKTRALVLKGIPESLRGELWLLFSGAWNEMVTHPGY-------YAELVEKST 510 520 530 540 550 440 450 460 470 480 490 KIAA11 SQQ----HAILIDLGRTFPTHPYFSAQLGAGQLSLYNILKAYSLLDQEVGYCQGLSFVAG .. . : :: :..: :: :. .:: . .: .: ::.. . .::::....:.. KIAA06 GKYSLATEEIERDLHRSMPEHPAFQNELGIA--ALRRVLTAYAFRNPTIGYCQAMNIVTS 560 570 580 590 600 610 500 510 520 530 540 550 KIAA11 ILLLHMSEEEAFKMLKFLMFDMGLRKQYRPDMIILQIQMYQLSRLLHDYHRDLYNHLEEH .:::. :::::: .: : : : : .. ... . .: .:. .: ..... KIAA06 VLLLYGSEEEAFWLLVALCERM-LPDYYNTRVVGALVDQGIFEELTRDFLPQLSEKMQDL 620 630 640 650 660 670 560 570 580 590 600 KIAA11 EIGPSLYAAPWFLTMFASQFPLGFVARVFDMIFLQGTEVIFKVALSLLGSH--------- . :. . ::::.: : .:. .. . : .: .: .::..:::..: .. KIAA06 GVISSI-SLSWFLTLFLSVMPFESAVVIVDCFFYEGIKVILQVALAVLDANMEQLLGCSD 680 690 700 710 720 730 610 620 630 640 650 660 KIAA11 --KPLILQHENLETIVD--FIKSTLPNLGLVQMEKTINQVFEMDIAKQLQAYEVEYHVLQ . . . . :...:. .. .:.: . . .. . :.:: . :.. .. :. KIAA06 EGEAMTMLGRYLDNVVNKQSVSPPIPHLRAL-LSSSDDPPAEVDIFELLKVSYEKFSSLR 740 750 760 770 780 790 670 680 690 700 710 720 KIAA11 EELIDSSPLSDNQRMDKLEKTNSSLRKQNLDLLEQLQVANGRIQSLEATIEKLLSSESKL : : . .::. ... ... .. 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