# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/bh00035.fasta.huge -Q ../query/KIAA1102.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1102, 1101 aa vs ./tmplib.24314 library 1986404 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.7942+/-0.00853; mu= 1.6665+/- 0.577 mean_var=285.0710+/-69.357, 0's: 0 Z-trim: 3 B-trim: 13 in 1/39 Lambda= 0.075962 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 39, opt: 27, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0858 ( 1557 res) hh02535 (1557) 803 102.3 5.7e-22 >>KIAA0858 ( 1557 res) hh02535 (1557 aa) initn: 1148 init1: 326 opt: 803 Z-score: 486.3 bits: 102.3 E(): 5.7e-22 Smith-Waterman score: 818; 28.934% identity (56.091% similar) in 788 aa overlap (98-861:10-715) 70 80 90 100 110 120 KIAA11 NGILLCELLNAIKPGLVKKINRLPTPIAGLDNIILFLRGCKELGLKESQLFDPSDLQDTS ::: .::..:...::::.::: :.:::: : KIAA08 AITFHFFSQDNINVFLKACEQIGLKEAQLFHPGDLQDLS 10 20 30 130 140 150 160 170 180 KIAA11 NRVTVKSLDYSRKLKNVLVTIYWLGKAANSCTSYSGTTLNLKEFEGLLAQ-MRKDTDDIE ::::::. . .:..::::.:.::::. :.: :.: :::: ::.::.: . : .: KIAA08 NRVTVKQEETDRRVKNVLITLYWLGRKAQSNPYYNGPHLNLKAFENLLGQALTKALEDSS 40 50 60 70 80 90 190 200 210 220 230 240 KIAA11 SPKRSIRDSGYIDCWDSERSDSLSPPRHG-RDDSFDSLDSFGSRSRQTPSPDVVLRGSSD ::: ::::: : : ::.. :.:::: :.:::.::::.:::: . : :..:::. . KIAA08 FLKRSGRDSGYGDIWCPERGEFLAPPRHHKREDSFESLDSLGSRSLTSCSSDITLRGGRE 100 110 120 130 140 150 250 260 270 280 290 300 KIAA11 GRGSDSESDLPHRKLPDVKKDDMSARRTSHGEPKSAVPFNQYLPNKSNQTAYVPAPLRKK : ::..:.. :. : .::::: :: : :::.:.:::..::::: : .::::::::: KIAA08 GFESDTDSEFTF-KMQDYNKDDMSYRRISAVEPKTALPFNRFLPNKSRQPSYVPAPLRKK 160 170 180 190 200 210 310 320 330 340 350 360 KIAA11 KAER-EEYRKSWSTATSPLGGERPFRYGPRTPVSDDAESTSMFDMRCEEEAAVQPHSRAR : .. :. :.::. ::. : .. ... .. :. .:: :.. KIAA08 KPDKHEDNRRSWA---SPVYTEADGTFS--------SNQRRIWGTNVENWPTVQGTSKS- 220 230 240 250 260 370 380 390 400 410 420 KIAA11 QEQLQLINNQLREEDDKWQDDLARWKSRRRSVSQDLIKKEEERKKMEKLLAGEDGTSERR . :.:: :.. ::. ...: . .:. .. . .. .. KIAA08 -------SCYLEEE-----------KAKTRSIP-NIVKDDLYVRKLSPVMPNPGNAFDQF 270 280 290 300 430 440 450 460 470 480 KIAA11 KSIKTYREIVQEKERRERELHEA-YKNARSQEEAEGILQQYIERFTISEAVLERLEMPKI : :. : : .:: .. ::. : .. .: : .. : :. .: :: KIAA08 LPKCWTPEDVNWK-RIKRETYKPWYKE--FQGFSQFLLLQALQ--TYSDDILSSETHTKI 310 320 330 340 350 360 490 500 510 520 530 540 KIAA11 LERSHSTEPNLSSFLNDPNPMKYLRQQSLPPPKFTATVETTIARASVLDTSMSAGSGSPS .:. . : . .. : : .: ..:: .. . KIAA08 -------DPT-----SGPRLITRRKNLSYAPGYRRDDLEM-----AALDPDLENDDFFVR 370 380 390 400 550 560 570 580 590 600 KIAA11 KTVTPKAVPMLTPKPYSQPKNSQDVLKTFKVDGKVSVNGETVHREE-EKERECPTVAPAH :: . .: .:: ::..:. : : . ..:.:. . :: : : KIAA08 KTGVFHA------NPY--------VLRAFEDFRKFSEQDDSVERDIILQCREGELVLP-- 410 420 430 440 610 620 630 640 650 KIAA11 SLTKSQMFEGVARVHGS----PLELKQDNGSIEINIKKPNSVPQELAA----TTEKTEPN .: :..:. : :. .. :: : . . .: ..: :. : . :.: : KIAA08 DLEKDDMI--VRRIPAQKKEVPLSGAPDRYH-PVPFPEPWTLPPEIQAKFLCVFERTCP- 450 460 470 480 490 500 660 670 680 690 700 KIAA11 SQEDKND------GGKSRKGNIELASSEPQHFTTTVTRCSPTVAFVEFPSSPQLKNDVSE :.: .:. . ...: .. . . .. ::: : ..:. : : . :... KIAA08 SKEKSNSCRILVPSYRQKKDDMLTRKIQSWKLGTTV----PPISFTPGPCS---EADLKR 510 520 530 540 550 710 720 730 740 750 760 KIAA11 EKDQKKPENEMSGKVELV--LSQKVVKPKSPEPEATLTFPFLDKMPEANQLHLPNLNSQV . .. : .: : ::. .. . . .. .... . .. ...::. KIAA08 WEAIREASRLRHKKRLMVERLFQKIYGENGSKSMSDVSAEDVQNLRQLRYEEMQKIKSQL 560 570 580 590 600 610 770 780 790 800 810 820 KIAA11 DSPSSE-KSPVTTPQFKFWAWDPEEERRRQEKWQQEQERLLQERYQKE--QDKLKEEWEK ... .. .. . . .. . .....:. . :.. : . . ... .. :... . KIAA08 KEQDQKWQDDLAKWKDRRKSYTSDLQKKKEEREEIEKQALEKSKRSSKTFKEMLQDRESQ 620 630 640 650 660 670 830 840 850 860 870 880 KIAA11 AQKEVEEEERRYYEEERKIIEDTVVPFTVSSSSADQLSTSSSMTEGSGTMNKIDLGNCQD :: . .::.: . ..:. : :.. : :. : KIAA08 NQKSTVPSRRRMYSFD-DVLEEGKRPPTMTVSEASYQSERVEEKGATYPSEIPKEDSTTF 680 690 700 710 720 730 890 900 910 920 930 940 KIAA11 EKQDRRWKKSFQGDDSDLLLKTRESDRLEEKGSLTEGALAHSGNPVSKGVHEDHQLDTEA KIAA08 AKREDRVTTEIQLPSQSPVEEQSPASLSSLRSRSTQMESTRVSASLPRSYRKTDTVRLTS 740 750 760 770 780 790 1101 residues in 1 query sequences 1986404 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:09:13 2008 done: Thu Dec 18 15:09:14 2008 Total Scan time: 0.710 Total Display time: 0.060 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]