# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hk03921a.fasta.huge -Q ../query/KIAA1090.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1090, 715 aa vs ./tmplib.24314 library 1986790 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0558+/-0.00587; mu= 17.3363+/- 0.401 mean_var=128.2214+/-30.952, 0's: 0 Z-trim: 14 B-trim: 37 in 2/38 Lambda= 0.113265 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1732 ( 1915 res) bg00050 (1915) 706 127.5 1.2e-29 KIAA0388 ( 751 res) hj00039 ( 751) 347 68.3 3.1e-12 KIAA1076 ( 804 res) hj06779 ( 804) 304 61.3 4.2e-10 KIAA0339 ( 1709 res) hg01304(revised) (1709) 272 56.5 2.4e-08 KIAA0304 ( 2415 res) af07172 (2415) 270 56.4 3.7e-08 KIAA1113 ( 1131 res) hj06379(revised) (1131) 209 46.0 2.4e-05 KIAA1125 ( 1205 res) hk07594 (1205) 182 41.6 0.00053 KIAA1506 ( 3309 res) ff04330 (3309) 183 42.4 0.00084 KIAA0383 ( 1781 res) hh00708s1 (1781) 176 40.9 0.0013 KIAA1757 ( 1409 res) fh19225(revised) (1409) 164 38.8 0.0044 KIAA1696 ( 635 res) fj12768 ( 635) 158 37.3 0.0055 KIAA1876 ( 803 res) pf01162s1 ( 803) 154 36.8 0.01 >>KIAA1732 ( 1915 res) bg00050 (1915 aa) initn: 703 init1: 604 opt: 706 Z-score: 624.4 bits: 127.5 E(): 1.2e-29 Smith-Waterman score: 706; 40.293% identity (69.231% similar) in 273 aa overlap (359-620:844-1108) 330 340 350 360 370 380 KIAA10 RETQESERKPPPYKHIKVNKPYGKVQIYTADISEIPKCNCKPTDENP-------CGFDSE ::... .:.: : ... :: : KIAA17 CAKQGKMPCYFDLIEENVYLTERKKNKSHRDIKRM-QCECTPLSKDERAQGEIACGED-- 820 830 840 850 860 870 390 400 410 420 430 440 KIAA10 CLNRMLMFECHPQVCPAGEFCQNQCFTKRQYPETKIIKTDGKGWGLVAKRDIRKGEFVNE ::::.::.:: . :: :..:.:. : ..:. ....: :. ::::: : .:. .. :: : KIAA17 CLNRLLMIECSSR-CPNGDYCSNRRFQRKQHADVEVILTEKKGWGLRAAKDLPSNTFVLE 880 890 900 910 920 450 460 470 480 490 500 KIAA10 YVGELIDEEECMARIKHAHENDITHFYMLTIDKDRIIDAGPKGNYSRFMNHSCQPNCETL : ::..:..: ::.:. .: :.:.... .:.:::: ::: ::::::::.::::: KIAA17 YCGEVLDHKEFKARVKEYARNKNIHYYFMALKNDEIIDATQKGNCSRFMNHSCEPNCETQ 930 940 950 960 970 980 510 520 530 540 550 560 KIAA10 KWTVNGDTRVGLFAVCDIPAGTELTFNYNLDCLGNEKTVCRCGASNCSGFLGDRPKTSTT ::::::. :::.:.. .:.:.::::.:... :.: : ::..:: :.:: . ..: KIAA17 KWTVNGQLRVGFFTTKLVPSGSELTFDYQFQRYGKEAQKCFCGSANCRGYLGGENRVSIR 990 1000 1010 1020 1030 1040 570 580 590 600 610 KIAA10 LSSEEKGKKTKKKTRRRRAKGEGKRQSEDECFR-CGDGGQLVLCDR---KFCTKAYHLSC . : : ::. :.. . .:. .. : . .: .:.. .: .. : .:.: KIAA17 AA----GGKMKKERSRKKDSVDGELEALMENGEGLSDKNQVLSLSRLMVRIETLEQKLTC 1050 1060 1070 1080 1090 1100 620 630 640 650 660 670 KIAA10 LGLGKRPFGKWECPWHHCDVCGKPSTSFCHLCPNSFCKEHQDGTAFSCTPDGRSYCCEHD : : KIAA17 LELIQNTHSQSCLKSFLERHGLSLLWIWMAELGDGRESNQKLQEEIIKTLEHLPIPTKNM 1110 1120 1130 1140 1150 1160 >>KIAA0388 ( 751 res) hj00039 (751 aa) initn: 333 init1: 171 opt: 347 Z-score: 311.6 bits: 68.3 E(): 3.1e-12 Smith-Waterman score: 362; 32.479% identity (58.120% similar) in 234 aa overlap (317-529:506-731) 290 300 310 320 330 340 KIAA10 FPYMEGDRGSRYQGVRGIGRVFKNALQEAEARFREIKLQREARETQESERKP--PPYKHI :. :.:.:... :: . .: : . KIAA03 AVKESLILKLPTDELMNPSQKKKRKHRLWAAHCRKIQLKKDNSSTQVYNYQPCDHPDRPC 480 490 500 510 520 530 350 360 370 380 390 KIAA10 KVNKPYGKVQIYTADISEIPKCNCKPTDEN--P-CGFDSECLNR-----MLMFECHPQVC . : :.: .. : :.:.: .: : : ..: .. . . :: :..: KIAA03 DSTCPC----IMTQNFCE-KFCQCNPDCQNRFPGCRCKTQCNTKQCPCYLAVRECDPDLC 540 550 560 570 580 590 400 410 420 430 440 KIAA10 ---PAGEF-------CQNQCFTKRQYPETKIIK-TDGKGWGLVAKRDIRKGEFVNEYVGE :.: :.: : .: . .. .: ::: :....:.::..:: :: KIAA03 LTCGASEHWDCKVVSCKN-CSIQRGLKKHLLLAPSDVAGWGTFIKESVQKNEFISEYCGE 600 610 620 630 640 450 460 470 480 490 500 KIAA10 LIDEEECMARIKHAHENDITHFYMLTIDKDRIIDAGPKGNYSRFMNHSCQPNCETLKWTV ::...: : : .... .. : ......: ..:: ::: :: ::: .::: . : KIAA03 LISQDEADRRGK-VYDKYMSSF-LFNLNNDFVVDATRKGNKIRFANHSVNPNCYAKVVMV 650 660 670 680 690 700 510 520 530 540 550 560 KIAA10 NGDTRVGLFAVCDIPAGTELTFNYNLDCLGNEKTVCRCGASNCSGFLGDRPKTSTTLSSE ::: :.:.:: : :: :: :.: KIAA03 NGDHRIGIFAKRAIQAGEELFFDYRYSQADALKYVGIERETDVL 710 720 730 740 750 >>KIAA1076 ( 804 res) hj06779 (804 aa) initn: 293 init1: 215 opt: 304 Z-score: 273.3 bits: 61.3 E(): 4.2e-10 Smith-Waterman score: 304; 34.810% identity (60.759% similar) in 158 aa overlap (396-552:650-803) 370 380 390 400 410 420 KIAA10 CNCKPTDENPCGFDSECLNRMLMFECHPQVCPAGEFCQNQC-FTKRQYPETKIIKTDGKG : . . :: : :.. :. :. . KIAA10 SIPAQPHASTRAGSERRSEQRRLLSSFTGSCDSDLLKFNQLKFRKKK---LKFCKSHIHD 620 630 640 650 660 670 430 440 450 460 470 480 KIAA10 WGLVAKRDIRKGEFVNEYVGELIDEEECMARIKHAHENDITHFYMLTIDKDRIIDAGPKG ::: : . : :.: ::::. : . : :. ... : ::. .:.: :::: : KIAA10 WGLFAMEPIAADEMVIEYVGQNIRQVIADMREKRYEDEGIGSSYMFRVDHDTIIDATKCG 680 690 700 710 720 730 490 500 510 520 530 540 KIAA10 NYSRFMNHSCQPNCETLKWTVNGDTRVGLFAVCDIPAGTELTFNYNLDCLGNEKTVCRCG :..::.::::.::: . ::... .. ... : .. :.:..:.. . . : : :: KIAA10 NFARFINHSCNPNCYAKVITVESQKKIVIYSKQHINVNEEITYDYKFP-IEDVKIPCLCG 740 750 760 770 780 790 550 560 570 580 590 600 KIAA10 ASNCSGFLGDRPKTSTTLSSEEKGKKTKKKTRRRRAKGEGKRQSEDECFRCGDGGQLVLC . :: : : KIAA10 SENCRGTLN 800 >>KIAA0339 ( 1709 res) hg01304(revised) (1709 aa) initn: 233 init1: 197 opt: 272 Z-score: 241.7 bits: 56.5 E(): 2.4e-08 Smith-Waterman score: 272; 35.156% identity (60.938% similar) in 128 aa overlap (425-552:1582-1708) 400 410 420 430 440 450 KIAA10 VCPAGEFCQNQCFTKRQYPETKIIKTDGKGWGLVAKRDIRKGEFVNEYVGELIDEEECMA ::: : . : :.: ::::. : . 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KIAA03 LRSTRRATSLELPMAMRFRHLKKTSKEAVGVYRSAIHGRGLFCKRNIDAGEMVIEYSGIV 2250 2260 2270 2280 2290 2300 450 460 470 480 490 500 KIAA10 IDEEECMARIKHAHENDITHFYMLTIDKDRIIDAGPKGNYSRFMNHSCQPNCETLKWTVN : : : ... ::. .: ..:: .:: .::.::::.::: . :. KIAA03 IRSVLTDKREKF-YDGKGIGCYMFRMDDFDVVDATMHGNAARFINHSCEPNCFSRVIHVE 2310 2320 2330 2340 2350 2360 510 520 530 540 550 560 KIAA10 GDTRVGLFAVCDIPAGTELTFNYNLDCL-GNEKTVCRCGASNCSGFLGDRPKTSTTLSSE :. .. .::. : : :::..:.. ...: : :::. : :: KIAA03 GQKHIVIFALRRILRGEELTYDYKFPIEDASNKLPCNCGAKRCRRFLN 2370 2380 2390 2400 2410 570 580 590 600 610 620 KIAA10 EKGKKTKKKTRRRRAKGEGKRQSEDECFRCGDGGQLVLCDRKFCTKAYHLSCLGLGKRPF >>KIAA1113 ( 1131 res) hj06379(revised) (1131 aa) initn: 178 init1: 153 opt: 209 Z-score: 187.9 bits: 46.0 E(): 2.4e-05 Smith-Waterman score: 210; 28.440% identity (52.294% similar) in 218 aa overlap (16-226:750-940) 10 20 30 40 KIAA10 SLMAGSFCWRMLGLVSKVGNRARCFSSVAASEEELLDFSGSELQF :..:.:. : :: ..:. . :.: KIAA11 TMNPSPGPSALSPGSSGLSNSHTPVRPPSTSSTGSRGSCGSSGRTAEK-------TSLSF 720 730 740 750 760 770 50 60 70 80 90 100 KIAA10 NSCSLHLSLHPFFNFLLGIHSCFVCKESKTDVKRCVVTQCGKFYHEACVKKYPLTVFESR .: ..... .: . . : : .:. : .: . : :. . ::.. KIAA11 KSDQVKVKQEPGTEDEICSFSGGVKQEKTEDGRR---SACMLSSPESSLTP-PLST---- 780 790 800 810 820 110 120 130 140 150 160 KIAA10 GFRCPLHSCVSCHASNPSNPRPSKGKMMRCVRCPVAYHSGDACLAAGCSVIASNSIICTA :.: .. :: .. . . : . : .:: . :. : : : : KIAA11 --NLHLESELDALASLENHVKTEPADMNE--SCK---QSGLSSLVNGKSPIRS-----LM 830 840 850 860 870 170 180 190 200 210 KIAA10 HFTAR---KGKRHHAHVNVSWCFVCSKGGSLLCCESCPAAFHPDC---LNIEMPDGSWFC : .:: :. . : .:: ::..::.:::::.:: .:: : . .:.:.:.: KIAA11 HRSARIGGDGNNKDDDPNEDWCAVCQNGGDLLCCEKCPKVFHLTCHVPTLLSFPSGDWIC 880 890 900 910 920 930 220 230 240 250 260 270 KIAA10 NDCR-AGKKLHFQDIIWVKLGNYRWWPAEVCHPKNVPPNIQKMKHEIGEFPVFFFGSKDY . :: :: KIAA11 TFCRDIGKPEVEYDCDNLQHSKKGKTAQGLSPVDQRKCERLLLYLYCHELSIEFQEPVPA 940 950 960 970 980 990 >>KIAA1125 ( 1205 res) hk07594 (1205 aa) initn: 276 init1: 128 opt: 182 Z-score: 163.7 bits: 41.6 E(): 0.00053 Smith-Waterman score: 182; 46.341% identity (73.171% similar) in 41 aa overlap (183-222:109-149) 160 170 180 190 200 210 KIAA10 CSVIASNSIICTAHFTARKGKRHHAHVNVSWCFVCSKGGSLLCCESCPAAFHPDCLNIEM .:.:: . :..:::: :: ..: :: . KIAA11 ELRHGPFYYMKQPLTTDPVDVVPQDGRNDFYCWVCHREGQVLCCELCPRVYHAKCLRLTS 80 90 100 110 120 130 220 230 240 250 260 270 KIAA10 -PDGSWFCNDCRAGKKLHFQDIIWVKLGNYRWWPAEVCHPKNVPPNIQKMKHEIGEFPVF :.:.::: .: KIAA11 EPEGDWFCPECEKITVAECIETQSKAMTMLTIEQLSYLLKFAIQKMKQPGTDAFQKPVPL 140 150 160 170 180 190 >>KIAA1506 ( 3309 res) ff04330 (3309 aa) initn: 164 init1: 91 opt: 183 Z-score: 160.1 bits: 42.4 E(): 0.00084 Smith-Waterman score: 187; 24.352% identity (48.187% similar) in 193 aa overlap (60-223:398-582) 30 40 50 60 70 80 KIAA10 ASEEELLDFSGSELQFNSCSLHLSLHPFFNFLLGIHSCFVCKE--SKTDVKRCVVTQCGK : :. : :: . .. . . .:::. KIAA15 GVSTADISSNKDDEENSMHNTVVLFSSSDKFTLNQDMCVVCGSFGQGAEGRLLACSQCGQ 370 380 390 400 410 420 90 100 110 120 130 140 KIAA10 FYHEACVKKYPLTVFESRGFRCPLHSCVSCHA-SNPSNPRPSKGKMMRCVRCPVAYHSGD :: ::. : :.:.:: :. :.: .. ..: :... : : ..::. KIAA15 CYHPYCVSIKITKVVLSKGWRC--LECTVCEACGKATDP----GRLLLCDDCDISYHT-- 430 440 450 460 470 150 160 170 180 190 KIAA10 ACLAAGCSVIASNSIICT-----AHFTARK-GKRHHAHVNVSWCFVCSKGGS-------- :: ... ... : : : . : : . . : . : :.. .: KIAA15 YCLDPPLQTVPKGGWKCKWCVWCRHCGATSAGLRCEWQNNYTQCAPCASLSSCPVCYRNY 480 490 500 510 520 530 200 210 220 230 240 KIAA10 -----LLCCESCPAAFHPDCLNIE-------MPDGSWFCNDCRAGKKLHFQDIIWVKLGN .: :..: .: : :.. . : .. :. :: KIAA15 REEDLILQCRQCDRWMHAVCQNLNTEEEVENVADIGFDCSMCRPYMPASNVPSSDCCESS 540 550 560 570 580 590 250 260 270 280 290 300 KIAA10 YRWWPAEVCHPKNVPPNIQKMKHEIGEFPVFFFGSKDYYWTHQARVFPYMEGDRGSRYQG KIAA15 LVAQIVTKVKELDPPKTYTQDGVCLTESGMTQLQSLTVTVPRRKRSKPKLKLKIINQNSV 600 610 620 630 640 650 >>KIAA0383 ( 1781 res) hh00708s1 (1781 aa) initn: 167 init1: 75 opt: 176 Z-score: 156.7 bits: 40.9 E(): 0.0013 Smith-Waterman score: 178; 21.964% identity (42.636% similar) in 387 aa overlap (110-455:212-560) 80 90 100 110 120 130 KIAA10 CVVTQCGKFYHEACVKKYPLTVFESRGFRCPLHSCVSCHASNPSNPRPSKGKMMRCVRCP :. : : ... :: . . ... :. : KIAA03 KGAPQYPSAFPSSLPPVSLLPHEKDQPRADPIPICSFCLGTKESNREKKPEELLSCADCG 190 200 210 220 230 240 140 150 160 170 180 190 KIAA10 VAYHSGDACLAAGCSVIASNSIICTAHFTARKGKRHHAHVNVSWCFVCSKGG----SLLC . : .:: .: : :. : . .. . : .: : ..: KIAA03 SSGH--PSCLK-----------FCPELTTNVKALRWQC-IECKTCSACRVQGRNADNMLF 250 260 270 280 200 210 220 230 240 KIAA10 CESCPAAFHPDCLNI---EMPDGSWFCNDCRA---GKKLHFQDIIWVKLGNYRWWPAEVC :.:: .:: .: . .:: : :.:. :: :.:: . .: : . . 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