# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hj07690.fasta.huge -Q ../query/KIAA1085.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1085, 584 aa vs ./tmplib.24314 library 1986921 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 12.4942+/-0.0104; mu= -21.8689+/- 0.698 mean_var=520.3375+/-124.240, 0's: 0 Z-trim: 7 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.056225 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0697 ( 2486 res) hk04486s1 (2486) 1166 109.7 2.7e-24 >>KIAA0697 ( 2486 res) hk04486s1 (2486 aa) initn: 824 init1: 412 opt: 1166 Z-score: 527.9 bits: 109.7 E(): 2.7e-24 Smith-Waterman score: 1166; 36.215% identity (63.622% similar) in 613 aa overlap (1-583:1880-2469) 10 20 KIAA10 QLFACVPKTS-PPATVISSVTSTCSSLPSV :::. : ::: .:......:. .. :. KIAA06 SSPTTTTSSSASTVPGTSTNGSPSSPSVRRQLFVTVVKTSNATTTTVTTTASNNNTAPTN 1850 1860 1870 1880 1890 1900 30 40 50 60 70 KIAA10 SSAPITSGQ------APTTFLPASTSQAQLSSQKMESFSAVPPTKEKVSTQDQ---PMA- .. :. ... .:.. : . . .. .. :: : . : :. :.. KIAA06 ATYPMPTAKEHYPVSSPSSPSPPAQPGGVSRNSPLDCGSASPNKVASSSEQEAGSPPVVE 1910 1920 1930 1940 1950 1960 80 90 100 110 120 130 KIAA10 --NLCTPSSTANSCSSSASNTPGAPETHPSSSPTPTSSNTQEEAQPSSVSDLSPMSMPFA : :.:...: :::: .. : :. : : ...: . : : : :.: KIAA06 TTNTRPPNSSSSSGSSSAHSNQQQPPGSVSQEPRPPLQQSQ--VPPPEVRMTVP---PLA 1970 1980 1990 2000 2010 2020 140 150 160 170 180 190 KIAA10 SNSEPAPLTLTSPRMVAADNQDTSNLPQLAVPAPRVSH---RMQPRGSFYSMVPNATIHQ ..: :. . :.: .. : . :: :.:.. : :.:. .:.... KIAA06 TSSAPVAVPSTAP-VTYPMPQTPMGCPQ---PTPKMETPAIRPPPHGTTAPHKNSASVQN 2030 2040 2050 2060 2070 2080 200 210 220 230 240 250 KIAA10 DPQSIFVTNPVTLTPPQGPPAAVQLSSAVNIMNGSQMHINPANKSLPPTFGPATLFNHFS . ... .: . :.. :..::: :... ... : ..:::: . :.:. :. :: KIAA06 SSVAVLSVNHIK--RPHSVPSSVQLPSTLSTQSACQNSVHPANKPIAPNFSAPLPFGPFS 2090 2100 2110 2120 2130 260 270 280 290 300 310 KIAA10 SLFDSSQVPANQGWGDGPLSSRVATDASFTVQSAFLGNSVLGHLENMHP-DNSKAPGFRP .::..: . :. :: . .::. . .. .. .:..: :: . .: :.:::::::: KIAA06 TLFENSPTSAHAFWGGSVVSSQSTPESMLSGKSSYLPNS-----DPLHQSDTSKAPGFRP 2140 2150 2160 2170 2180 2190 320 330 340 350 360 KIAA10 PSQRVSTSPVGLPSIDPSGSSPSSSSAPLASF-SGIPGTRVFLQGP-APVG-TPS---FN : :: . :: :. ..: .: . ::. :..: :.: : ... :: ::.: .:. :: KIAA06 PLQRPAPSPSGIVNMDSPYGSVTPSSTHLGNFASNISGGQMY--GPGAPLGGAPAAANFN 2200 2210 2220 2230 2240 2250 370 380 390 400 410 420 KIAA10 RQHFSP----HPWTSASNSCDSPIPSVSSGSSSPLSATSAPPTLGQPKGVSASQDRKIPP :::::: : .:::: :: ::::: .: : :. : ::. : ..:::::.: KIAA06 RQHFSPLSLLTPCSSASN--DSSAQSVSSGVRAPSPAPSSVP-LGSEKPSNVSQDRKVPV 2260 2270 2280 2290 2300 430 440 450 460 470 480 KIAA10 PIGTERLARIRQGGSVAQAPAGTSFVAPVGHSGIWSF-GVNAVSEGLSGWSQSVMGNHPM :::::: ::::: :. : . :... . ::::::::: :... .. .. : . ::: . KIAA06 PIGTERSARIRQTGTSAPSVIGSNLSTSVGHSGIWSFEGIGGNQDKVD-WCNPGMGNPMI 2310 2320 2330 2340 2350 2360 490 500 510 520 530 540 KIAA10 HQQLSDPSTFSQHQPMERDDSGMVAPSNIFHQPMASGFVDFSK--GLPISMYGGTIIPSH :. .:::..::::: ::::..:.:.::. ::: . .:..:: : :.:.:.::...:: KIAA06 HRPMSDPGVFSQHQAMERDSTGIVTPSGTFHQHVPAGYMDFPKVGGMPFSVYGNAMIPPV 2370 2380 2390 2400 2410 2420 550 560 570 580 KIAA10 PQLADVPGGPLFNGLHNPDPAWNPMIKVIQNSTECTDAQQVKWA . : :::.::: : ::.:: .::....::: . : : : KIAA06 APIPDGAGGPIFNGPHAADPSWNSLIKMVSSSTENNGPQTV-WTGPWAPHMNSVHMNQLG 2430 2440 2450 2460 2470 2480 584 residues in 1 query sequences 1986921 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:08:33 2008 done: Thu Dec 18 15:08:34 2008 Total Scan time: 0.490 Total Display time: 0.050 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]