# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fg04938.fasta.huge -Q ../query/KIAA1078.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1078, 1365 aa vs ./tmplib.24314 library 1986140 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.2773+/-0.00969; mu= -12.9994+/- 0.654 mean_var=394.3203+/-97.002, 0's: 0 Z-trim: 1 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.064588 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1543 ( 917 res) hh05613a ( 917) 838 93.2 2.2e-19 >>KIAA1543 ( 917 res) hh05613a (917 aa) initn: 1657 init1: 763 opt: 838 Z-score: 439.8 bits: 93.2 E(): 2.2e-19 Smith-Waterman score: 1586; 35.396% identity (55.505% similar) in 1099 aa overlap (304-1359:10-911) 280 290 300 310 320 330 KIAA10 YSRPQAHSSASGGIRRSSSMSYVDGFIGTWPKEKRSSVHGVSFDISFDKEDSVQRSTPNR : .. :. . : . .: ..: : KIAA15 ASPRGTEASPPQNNSGSSSPVFTFRHPLLSSGGPQSPLR 10 20 30 340 350 360 370 380 390 KIAA10 GITRSISNEGLTLNNSHVSKHIRKNLSFKPINGEEEAESIEEELNIDSHSDLKSCVPLNT : : :... . ..: ..:: .:.. .: :. ...:: :. :. 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