# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hj06779.fasta.huge -Q ../query/KIAA1076.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1076, 804 aa vs ./tmplib.24314 library 1986701 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 15.1519+/-0.0134; mu= -30.2781+/- 0.904 mean_var=830.4718+/-200.113, 0's: 0 Z-trim: 23 B-trim: 8 in 1/39 Lambda= 0.044505 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0339 ( 1709 res) hg01304(revised) (1709) 1527 114.0 1.4e-25 KIAA0304 ( 2415 res) af07172 (2415) 612 55.4 8.4e-08 KIAA0458 ( 1552 res) ef01252 (1552) 425 43.2 0.00026 KIAA1029 ( 1015 res) fh00363 (1015) 354 38.4 0.0046 KIAA0388 ( 751 res) hj00039 ( 751) 333 36.9 0.0095 >>KIAA0339 ( 1709 res) hg01304(revised) (1709 aa) initn: 1494 init1: 919 opt: 1527 Z-score: 551.2 bits: 114.0 E(): 1.4e-25 Smith-Waterman score: 1638; 40.753% identity (55.708% similar) in 876 aa overlap (3-804:907-1709) 10 20 30 KIAA10 EFESSSESSPSSSEDEEEVVAREEEEEEEEEE :.: :. : : :: .:.. :.:.: KIAA03 IEAFAFGSGLRGALRLPSFKVKRKEPSEISEASEEKRPRPSTPAEE----DEDDPEQEKE 880 890 900 910 920 930 40 50 60 70 80 KIAA10 MVAEESMASAGPEDFEQDGEEAALAPGAPAVDSLGME----------EEVDIETEAVAPE .. :. :. :. . . :.:: : : :: : : : : KIAA03 AGEPGRPGTKPPKRDEERGKTQGKHRKSFALDSEGEEASQESSSEKDEEDDEEDE--EDE 940 950 960 970 980 990 90 100 110 120 KIAA10 ERPSMLD----EPPLPVGVEEPADSREP--------PEEPGLSQ-EGAMLLSPEPPAKEV .: .: : . : .: .:: :. . :. :.. : .. 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