# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hj06716s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1075.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1075, 1505 aa vs ./tmplib.24314 library 1986000 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 13.5486+/-0.0118; mu= -21.4721+/- 0.798 mean_var=645.6980+/-155.170, 0's: 0 Z-trim: 6 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.050473 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0473 ( 937 res) hh00220 ( 937) 413 46.1 3.7e-05 >>KIAA0473 ( 937 res) hh00220 (937 aa) initn: 351 init1: 261 opt: 413 Z-score: 184.5 bits: 46.1 E(): 3.7e-05 Smith-Waterman score: 461; 25.180% identity (51.079% similar) in 556 aa overlap (226-710:87-616) 200 210 220 230 240 250 KIAA10 LGSTKSLNHSKQRSTLPRSFSLDPLMERRWDLDLTYVTERILAAAFPARPDEQRHRGHLR :::.:::: ::.. .:: . :... KIAA04 LFSNLKDNLKDTLKDTSSRVIQSVTSYTKGDLDFTYVTSRIIVMSFPLDNVDIGFRNQVD 60 70 80 90 100 110 260 270 280 290 300 310 KIAA10 ELAHVLQSKHRDKYLLFNLSEKRHDLTRLNPKVQDFGWPELHAPPLDKLCSICKAMETWL .. :.:.: :.: ..::: : . .... .:.. .:: .:: : .: ..:. : .:: KIAA04 DIRSFLDSRHLDHYTVYNLSPKSYRTAKFHSRVSECSWPIRQAPSLHNLFAVCRNMYNWL 120 130 140 150 160 170 320 330 340 350 360 370 KIAA10 SADPQHVVVLYCKGNKGKLGVIVSAYMHYSKISAGADQALATLTMRKFCEDKVATELQPS .:..: :..: ... ...:.:.. . .. . :. : .. . :.:: KIAA04 LQNPKNVCVVHCLDGRAASSILVGAMFIFCNLYSTPGPAIRLLYAKR-----PGIGLSPS 180 190 200 210 220 230 380 390 400 410 420 430 KIAA10 QRRYISYFSGLLSGS-IRMNSSPLFLHYVLIPMLPAFEPG-TGFQPFLKIYQSMQLVYTS .:::..:. ::. . : . .:: .. . . .: :. .: .:. . . .:.. KIAA04 HRRYLGYMCDLLADKPYRPHFKPLTIKSITVSPIPFFNKQRNGCRPYCDVLIGETKIYST 240 250 260 270 280 290 440 450 460 470 480 KIAA10 --GVYHIAGPGPQQLCISLEPALLLKGDVMVTCYHK----GGRGTDR---TLVFRVQFHT .. :. : . . ..:::.:. :: :.: . : .:..:::: KIAA04 CTDFERMKEYRVQDGKIFIPLNITVQGDVVVSMYHLRSTIGSRLQAKVTNTQIFQLQFHT 300 310 320 330 340 350 490 500 510 520 530 KIAA10 CTI--HGPQLTFPKDQLDEAWTDERFP--FQASVEFVFSSSPEKIKGSTPRN-------D : : : : .:: . :..: ::.... .. . : . : . . KIAA04 GFIPLDTTVLKFTKPELDACDVPEKYPQLFQVTLDVELQPHDKVIDLTPPWEHYCTKDVN 360 370 380 390 400 410 540 550 KIAA10 PSV------------------SVDYNTTEP----------AVRWD---SYENF------- ::. .: .: .. :. : ..: KIAA04 PSILFSSHQEHQDTLALGGQAPIDIPPDNPRHYGQSGFFASLCWQDQKSEKSFCEEDHAA 420 430 440 450 460 470 560 570 580 590 600 KIAA10 --NQHHEDSVDG--SLTHTRGPLDGSPYAQVQRPPR--QTPPAPSPEPPPPPMLSVSSDS ::. :.: : .:. .: .:. :..: . : : :: ::: . .. .. KIAA04 LVNQESEQSDDELLTLSSPHGNANGDKPHGVKKPSKKQQEPAAP---PPPEDVDLLGLEG 480 490 500 510 520 610 620 630 640 650 660 KIAA10 GHSSTLTTEPAAESPGRPPPTAAERQELDRLLGGCGVASGGRGAGRETAILDDEEQPTVG . :. . ::: ::: .: :. :.:: : :.: ::. ..: .:. KIAA04 SAMSNSFSPPAA------PPTNSE--LLSDLFGGGG-AAGPTQAGQSG--VEDVFHPS-- 530 540 550 560 570 670 680 690 700 710 720 KIAA10 GGPHLGVYPGHRPGLSRHCS--CRQGYR---EPCGVPNGGYYRPEGTLERRRLAYGGYEG :: .: . : : : : .: :.:. .: : KIAA04 -GPASTQSTPRRSATSTSASPTLRVGEGATFDPFGAPS----KPSGQDLLGSFLNTSSAS 580 590 600 610 620 630 730 740 750 760 770 780 KIAA10 SPQGYAEASMEKRRLCRSLSEGLYPYPPEMGKPATGDFGYRAPGYREVVILEDPGLPALY KIAA04 SDPFLQPTRSPSPTVHASSTPAVNIQPDVSGGWDWHAKPGGFGMGSKSAATSPTGSSHGT 640 650 660 670 680 690 1505 residues in 1 query sequences 1986000 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:08:09 2008 done: Thu Dec 18 15:08:10 2008 Total Scan time: 0.870 Total Display time: 0.040 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]