# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hj05664s2.fasta.huge -Q ../query/KIAA1071.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1071, 675 aa vs ./tmplib.24314 library 1986830 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 15.7945+/-0.0124; mu= -39.1043+/- 0.835 mean_var=722.2601+/-173.667, 0's: 0 Z-trim: 6 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.047723 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0989 ( 859 res) hk05377 ( 859) 1261 102.1 2.1e-22 KIAA0613 ( 734 res) hg01088b ( 734) 313 36.8 0.0083 >>KIAA0989 ( 859 res) hk05377 (859 aa) initn: 1278 init1: 787 opt: 1261 Z-score: 494.1 bits: 102.1 E(): 2.1e-22 Smith-Waterman score: 1314; 50.641% identity (75.641% similar) in 468 aa overlap (4-466:378-819) 10 20 30 KIAA10 MPRAQPSSASYQPVPADPFAIVSRAQQMVEILS :: :::. . . : : . :. KIAA09 QEHPPPPHPAALGHGPLSSLSPPAVEGPVSAQASSATSGSAHLAQMEAVLRENAR---LQ 350 360 370 380 390 400 40 50 60 70 80 90 KIAA10 DENRNLRQELEGCYEKVARLQKVETEIQRVSEAYENLVKSSSKREALEKAMRNKLEGEIR .:. :..:::. ::..:..:.:.::::.:::.:.:...:::::::::.::::...:.: KIAA09 RDNERLQRELESSAEKAGRIEKLESEIQRLSEAHESLTRASSKREALEKTMRNKMDSEMR 410 420 430 440 450 460 100 110 120 130 140 150 KIAA10 RMHDFNRDLRERLETANKQLAEKEYEGSEDTRKTISQLFAKNKESQREKEKLEAELATAR :..:::::::::::.::..:: : :.. .. ...:.:.. :.:.:.:::: :.: : KIAA09 RLQDFNRDLRERLESANRRLASKTQEAQAGSQDMVAKLLAQSYEQQQEQEKLEREMALLR 470 480 490 500 510 520 160 170 180 190 200 210 KIAA10 STNEDQRRHIEIRDQALSNAQAKVVKLEEELKKKQVYVDKVEKMQQALVQLQAACEKREQ .. :::::. :. .:::.:::..... ::::.:::.::.:::..:::: ::::::::::: KIAA09 GAIEDQRRRAELLEQALGNAQGRAARAEEELRKKQAYVEKVERLQQALGQLQAACEKREQ 530 540 550 560 570 580 220 230 240 250 260 KIAA10 LEHRLRTRLERELESLRIQQRQ-----GNCQPTNVSEYNAAALMELLREKEERILALEAD :: :::::::.::..:: :::: :. . : .: : : ::::::.::::::: KIAA09 LELRLRTRLEQELKALRAQQRQAGAPGGSSGSGGSPELSALRLSEQLREKEEQILALEAD 590 600 610 620 630 640 270 280 290 300 310 320 KIAA10 MTKWEQKYLEENVMRHFALDAAATVAAQRDTTVISHSPNTSYDTALEARIQKEEEEILMA ::::::::::: .::.::.:::::.:::::::.: :::. : .... .: .: . KIAA09 MTKWEQKYLEERAMRQFAMDAAATAAAQRDTTLIRHSPQPSPSSSF-------NEGLLTG 650 660 670 680 690 330 340 350 360 370 380 KIAA10 NKRCLDMEGRIKTLHAQIIEKDAMIKVLQQRSRKEPSKTEQLSCMRPAKSLMSISNAGSG ..: .::.:.:.:::::.::::.:::::::::..:.:. : : .:::::. :. :... KIAA09 GHRHQEMESRLKVLHAQILEKDAVIKVLQQRSRRDPGKAIQGS-LRPAKSVPSVFAAAAA 700 710 720 730 740 750 390 400 410 420 430 440 KIAA10 LLSHSSTLTGSPIMEEKRDDKSWKGSLGILLGGDYRAEYVPSTPSPVPPSTPLLSAHSKT . . :..: :.. : . . :. .: : :: . : .::.: KIAA09 GTQGWQGLSSS---ERQTADAPARLTT---------ADRAP-TEEPVVTAPP--AAHAKH 760 770 780 790 800 450 460 470 480 490 500 KIAA10 GSRDCSTQTERGTESNKTAAVAPISVPAPVAAAATAAAITATAATITTTMVAAAPVAVAA :::: ::::. .:..: KIAA09 GSRDGSTQTDGPPDSTSTCLPPEPDSLLGCSSSQRAASLDSVATSRVQDLSDMVEILI 810 820 830 840 850 >>KIAA0613 ( 734 res) hg01088b (734 aa) initn: 541 init1: 211 opt: 313 Z-score: 142.2 bits: 36.8 E(): 0.0083 Smith-Waterman score: 313; 31.163% identity (62.326% similar) in 215 aa overlap (453-658:315-526) 430 440 450 460 470 KIAA10 YRAEYVPSTPSPVPPSTPLLSAHSKTGSRDCSTQTERG---TESNKTAAVAPISVPAPVA :..:. . .. ::..: .. :.: KIAA06 LAQMTGTEFMQDPDEEALRRSSTPIEHAPVCTSQATTPLLPASAQPPAAASPSAASPPLA 290 300 310 320 330 340 480 490 500 510 520 530 KIAA10 AAATAAAITATAATITTTMVAAAPVAVAAAAAPAAAAAPSPATAAATAAAVSPAAAGQIP .::. .::.....: .. : .: :.. .::.::. .::: :. . .::: . : KIAA06 TAAAHTAIASASTTAPASSPADSPRPQASSYSPAVAASSAPATH--TSYSEGPAAPAPKP 350 360 370 380 390 400 540 550 560 570 580 590 KIAA10 AAASVASAAAVAPSAAAAAAVQVAPAA---PAP-VPAPALVPVPAPAAAQASAPAQTQAP ....:: . . . :.. . .:.: :.: .:.:: . .:.:: : . .:. : .: KIAA06 RVVTTASIRPSVYQPVPASTYSPSPGANYSPTPYTPSPAPAYTPSPAPAYTPSPVPTYTP 410 420 430 440 450 460 600 610 620 630 640 650 KIAA10 TSAPAVAPTPAPT--PTPAVAQAEVPASPATGPGPHRLSIPSLTCNPDKTDGPVFHSNTL . ::: .:.:::. :.:.:: . :: ::. : . : : :. . ..:: KIAA06 SPAPAYTPSPAPNYNPAPSVAYSGGPAEPASRPPWVTDDSFSQKFAPGKSTTSI-SKQTL 470 480 490 500 510 520 660 670 KIAA10 ERKTPIQILGQEPDAEMVEYLI : : KIAA06 PRGGPAYTPAGPQVPPLARGTVQRAERFPASSRTPLCGHCNNVIRGPFLVAMGRSWHPEE 530 540 550 560 570 580 675 residues in 1 query sequences 1986830 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:07:59 2008 done: Thu Dec 18 15:08:00 2008 Total Scan time: 0.530 Total Display time: 0.040 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]