# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hj05602.fasta.huge -Q ../query/KIAA1070.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1070, 826 aa vs ./tmplib.24314 library 1986679 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0809+/-0.00542; mu= 16.8700+/- 0.371 mean_var=105.9342+/-24.382, 0's: 0 Z-trim: 5 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.124611 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1366 ( 550 res) fj02695 ( 550) 2149 397.2 2.6e-111 KIAA1260 ( 817 res) hh15752 ( 817) 2134 394.7 2.1e-110 KIAA0951 ( 679 res) hj05306 ( 679) 2133 394.4 2.1e-110 KIAA1480 ( 682 res) fj05645 ( 682) 2081 385.1 1.4e-107 >>KIAA1366 ( 550 res) fj02695 (550 aa) initn: 2151 init1: 1912 opt: 2149 Z-score: 2090.4 bits: 397.2 E(): 2.6e-111 Smith-Waterman score: 2364; 63.016% identity (79.892% similar) in 557 aa overlap (294-826:1-550) 270 280 290 300 310 320 KIAA10 GAGGSCVNLLTLSHYSEGNRWSNSTKGLFQRAIAQSGTALSSWAVSFQPAKYARMLATKV .::::::::.:::.:..:: ::.:.::.:: KIAA13 KAIAQSGTAISSWSVNYQPLKYTRLLAAKV 10 20 30 330 340 350 360 370 380 KIAA10 GCNVSDTVELVECLQKKPYKELVDQDIQPARYHIAFGPVIDGDVIPDDPQILMEQGEFLN ::. :..: ::::..:: .::::::.::::::::::::.::::.::::.:::.:::::: KIAA13 GCDREDSAEAVECLRRKPSRELVDQDVQPARYHIAFGPVVDGDVVPDDPEILMQQGEFLN 40 50 60 70 80 90 390 400 410 420 430 440 KIAA10 YDIMLGVNQGEGLKFVENIVDSDDGISASDFDFAVSNFVDNLYGYPEGKDVLRETIKFMY ::...::::::::::::. ..:.::.::: :::.:::::::::::::::::::::::::: KIAA13 YDMLIGVNQGEGLKFVEDSAESEDGVSASAFDFTVSNFVDNLYGYPEGKDVLRETIKFMY 100 110 120 130 140 150 450 460 470 480 490 500 KIAA10 TDWADRHNPETRRKTLLALFTDHQWVAPAVATADLHSNFGSPTYFYAFYHHCQTDQVPAW :::::: : : :::::::::::::::::::::: ::... ::.:::.::::::.. : : KIAA13 TDWADRDNGEMRRKTLLALFTDHQWVAPAVATAKLHADYQSPVYFYTFYHHCQAEGRPEW 160 170 180 190 200 210 510 520 530 540 550 560 KIAA10 ADAAHGDEVPYVLGIPMIGPTELFPCNFSKNDVMLSAVVMTYWTNFAKTGDPNQPVPQDT ::::::::.:::.:.::.: :.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA13 ADAAHGDELPYVFGVPMVGATDLFPCNFSKNDVMLSAVVMTYWTNFAKTGDPNQPVPQDT 220 230 240 250 260 270 570 580 590 600 610 620 KIAA10 KFIHTKPNRFEEVAWTRYSQKDQLYLHIGLKPRVKEHYRANKVNLWLELVPHLHNLNDIS :::::::::::::.:.....:.. ::::::::::...:::::: .:::::::::::. . KIAA13 KFIHTKPNRFEEVVWSKFNSKEKQYLHIGLKPRVRDNYRANKVAFWLELVPHLHNLH--T 280 290 300 310 320 630 640 650 660 670 KIAA10 QYTSTTTKVPSTDITFRPTRKNSVPVTSAFPTAKQDDPKQQPSP-------FSVDQRDYS . .:::..: . : ..: : : :. .: : : :.:::: KIAA13 ELFTTTTRLPPYATRWPPRPPAGAPGTRRPPPPATLPPEPEPEPGPRAYDRFPGDSRDYS 330 340 350 360 370 380 680 690 700 710 720 KIAA10 TELSVTIAVGASLLFLNILAFAALYYKKDKRRHDVHRRCSPQRTTTNDLTHA-------- ::::::.::::::::::::::::::::.:.:.. :: :: . . . . KIAA13 TELSVTVAVGASLLFLNILAFAALYYKRDRRQELRCRRLSPPGGSGSGVPGGGPLLPAAG 390 400 410 420 430 440 730 740 750 760 770 780 KIAA10 ----QEEEIMSLQMKHTDLDHECESIHPHEVVLRTACPPDYTLAMRRSPDDVPLMTPNTI :::..:::.:. . : :. :: :::::::::.::.::::::..:... KIAA13 RELPPEEELVSLQLKRGG----GVGADPAEA-LRPACPPDYTLALRRAPDDVPLLAPGAL 450 460 470 480 490 500 790 800 810 820 KIAA10 TMIPNTI-PGIQP----LHTFNTFTGGQNNTLPHPHPHPHSHSTTRV :..:. . : : :: :. : .. : . :: :::::: KIAA13 TLLPSGLGPPPPPPPPSLHPFGPFPPPPPTATSHNNTLPHPHSTTRV 510 520 530 540 550 >>KIAA1260 ( 817 res) hh15752 (817 aa) initn: 2831 init1: 2088 opt: 2134 Z-score: 2073.9 bits: 394.7 E(): 2.1e-110 Smith-Waterman score: 4052; 74.936% identity (88.804% similar) in 786 aa overlap (56-826:47-817) 30 40 50 60 70 80 KIAA10 RGLGAPLTLCMLGCLLQAGHVLSQKLDDVDPLVATNFGKIRGIKKELNNEILGPVIQFLG :.: ::.:::::.. : ::::::: :.:: KIAA12 PVCVMLNSNVLLWLTALAIKFTLIDSQAQYPVVNTNYGKIRGLRTPLPNEILGPVEQYLG 20 30 40 50 60 70 90 100 110 120 130 140 KIAA10 VPYAAPPTGERRFQPPEPPSPWSDIRNATQFAPVCPQNIIDGRLPEVMLPVWFTNNLDVV ::::.::::::::::::::: :. :::.:::: ::::.. . : . :::.::: :::.. KIAA12 VPYASPPTGERRFQPPEPPSSWTGIRNTTQFAAVCPQHLDERSLLHDMLPIWFTANLDTL 80 90 100 110 120 130 150 160 170 180 190 200 KIAA10 SSYVQDQSEDCLYLNIYVPTEDDIRDSGGPKPVMVYIHGGSYMEGTGNLYDGSVLASYGN .:::::.::::::::::::::::.:... ::::::::::::::::::. :::.:::::: KIAA12 MTYVQDQNEDCLYLNIYVPTEDDIHDQNSKKPVMVYIHGGSYMEGTGNMIDGSILASYGN 140 150 160 170 180 190 210 220 230 240 250 260 KIAA10 VIVITVNYRLGVLGFLSTGDQAAKGNYGLLDLIQALRWTSENIGFFGGDPLRITVFGSGA :::::.:::::.::::::::::::::::::: :::::: ::.: ::::: :.:.::::: KIAA12 VIVITINYRLGILGFLSTGDQAAKGNYGLLDQIQALRWIEENVGAFGGDPKRVTIFGSGA 200 210 220 230 240 250 270 280 290 300 310 320 KIAA10 GGSCVNLLTLSHYSEGNRWSNSTKGLFQRAIAQSGTALSSWAVSFQPAKYARMLATKVGC :.:::.:::::::::: :::.:: :::::::::::..:::::.:.:: :::: KIAA12 GASCVSLLTLSHYSEG---------LFQKAIIQSGTALSSWAVNYQPAKYTRILADKVGC 260 270 280 290 300 330 340 350 360 370 380 KIAA10 NVSDTVELVECLQKKPYKELVDQDIQPARYHIAFGPVIDGDVIPDDPQILMEQGEFLNYD :. ::...::::..: ::::..: : :: ::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA12 NMLDTTDMVECLRNKNYKELIQQTITPATYHIAFGPVIDGDVIPDDPQILMEQGEFLNYD 310 320 330 340 350 360 390 400 410 420 430 440 KIAA10 IMLGVNQGEGLKFVENIVDSDDGISASDFDFAVSNFVDNLYGYPEGKDVLRETIKFMYTD ::::::::::::::..:::..::.. .::::.::::::::::::::::.::::::::::: KIAA12 IMLGVNQGEGLKFVDGIVDNEDGVTPNDFDFSVSNFVDNLYGYPEGKDTLRETIKFMYTD 370 380 390 400 410 420 450 460 470 480 490 500 KIAA10 WADRHNPETRRKTLLALFTDHQWVAPAVATADLHSNFGSPTYFYAFYHHCQTDQVPAWAD :::..:::::::::.:::::::::::::::::::...::::::::::::::... :.::: KIAA12 WADKENPETRRKTLVALFTDHQWVAPAVATADLHAQYGSPTYFYAFYHHCQSEMKPSWAD 430 440 450 460 470 480 510 520 530 540 550 560 KIAA10 AAHGDEVPYVLGIPMIGPTELFPCNFSKNDVMLSAVVMTYWTNFAKTGDPNQPVPQDTKF .:::::::::.::::::::::: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA12 SAHGDEVPYVFGIPMIGPTELFSCNFSKNDVMLSAVVMTYWTNFAKTGDPNQPVPQDTKF 490 500 510 520 530 540 570 580 590 600 610 620 KIAA10 IHTKPNRFEEVAWTRYSQKDQLYLHIGLKPRVKEHYRANKVNLWLELVPHLHNLNDISQY :::::::::::::..:. ::::::::::::::..::::.:: .::::::::::::.: :: KIAA12 IHTKPNRFEEVAWSKYNPKDQLYLHIGLKPRVRDHYRATKVAFWLELVPHLHNLNEIFQY 550 560 570 580 590 600 630 640 650 660 670 KIAA10 TSTTTKVPSTDITFRP--TRKNSV---PVTSAFPTAKQDDPKQQPSPFSVD--------- .::::::: :.: : ::.. . :.:. . ..::.. .: .. KIAA12 VSTTTKVPPPDMTSFPYGTRRSPAKIWPTTKRPAITPANNPKHSKDPHKTGPEDTTVLIE 610 620 630 640 650 660 680 690 700 710 720 730 KIAA10 -QRDYSTELSVTIAVGASLLFLNILAFAALYYKKDKRRHDVHRRCSPQRTTTNDLTHAQE .:::::::::::::::::::::::::::::::::::::..::: ::::.::::..: :. KIAA12 TKRDYSTELSVTIAVGASLLFLNILAFAALYYKKDKRRHETHRRPSPQRNTTNDIAHIQN 670 680 690 700 710 720 740 750 760 770 780 790 KIAA10 EEIMSLQMKHTDLDHECESIHPHEVVLRTACPPDYTLAMRRSPDDVPLMTPNTITMIPNT :::::::::. . ::::::.. :.. :: .:::::::..::::::.:::::::::::::: KIAA12 EEIMSLQMKQLEHDHECESLQAHDT-LRLTCPPDYTLTLRRSPDDIPLMTPNTITMIPNT 730 740 750 760 770 780 800 810 820 KIAA10 IPGIQPLHTFNTFTGGQNNTLPHPHPHPHSHSTTRV . :.:::::::::.::::.: ::.:::::: KIAA12 LTGMQPLHTFNTFSGGQNST-----NLPHGHSTTRV 790 800 810 >>KIAA0951 ( 679 res) hj05306 (679 aa) initn: 2817 init1: 2089 opt: 2133 Z-score: 2073.8 bits: 394.4 E(): 2.1e-110 Smith-Waterman score: 3453; 75.037% identity (89.069% similar) in 677 aa overlap (166-826:18-679) 140 150 160 170 180 190 KIAA10 VWFTNNLDVVSSYVQDQSEDCLYLNIYVPTED-DIRDSGGPKPVMVYIHGGSYMEGTGNL :: ::..... ::::::::::::::::::. KIAA09 GTNIKRNADDITSNDHGEDKDIHEQNSKKPVMVYIHGGSYMEGTGNM 10 20 30 40 200 210 220 230 240 250 KIAA10 YDGSVLASYGNVIVITVNYRLGVLGFLSTGDQAAKGNYGLLDLIQALRWTSENIGFFGGD :::.:::::::::::.:::::.::::::::::::::::::: :::::: ::.: :::: KIAA09 IDGSILASYGNVIVITINYRLGILGFLSTGDQAAKGNYGLLDQIQALRWIEENVGAFGGD 50 60 70 80 90 100 260 270 280 290 300 310 KIAA10 PLRITVFGSGAGGSCVNLLTLSHYSEGNRWSNSTKGLFQRAIAQSGTALSSWAVSFQPAK : :.:.::::::.:::.:::::::::: :::.:: :::::::::::..:::: KIAA09 PKRVTIFGSGAGASCVSLLTLSHYSEG---------LFQKAIIQSGTALSSWAVNYQPAK 110 120 130 140 150 320 330 340 350 360 370 KIAA10 YARMLATKVGCNVSDTVELVECLQKKPYKELVDQDIQPARYHIAFGPVIDGDVIPDDPQI :.:.:: :::::. ::...::::..: ::::..: : :: :::::::::::::::::::: KIAA09 YTRILADKVGCNMLDTTDMVECLKNKNYKELIQQTITPATYHIAFGPVIDGDVIPDDPQI 160 170 180 190 200 210 380 390 400 410 420 430 KIAA10 LMEQGEFLNYDIMLGVNQGEGLKFVENIVDSDDGISASDFDFAVSNFVDNLYGYPEGKDV :::::::::::::::::::::::::..:::..::.. .::::.::::::::::::::::. KIAA09 LMEQGEFLNYDIMLGVNQGEGLKFVDGIVDNEDGVTPNDFDFSVSNFVDNLYGYPEGKDT 220 230 240 250 260 270 440 450 460 470 480 490 KIAA10 LRETIKFMYTDWADRHNPETRRKTLLALFTDHQWVAPAVATADLHSNFGSPTYFYAFYHH ::::::::::::::..:::::::::.:::::::::::::::::::...:::::::::::: KIAA09 LRETIKFMYTDWADKENPETRRKTLVALFTDHQWVAPAVATADLHAQYGSPTYFYAFYHH 280 290 300 310 320 330 500 510 520 530 540 550 KIAA10 CQTDQVPAWADAAHGDEVPYVLGIPMIGPTELFPCNFSKNDVMLSAVVMTYWTNFAKTGD ::... :.:::.:::::::::.::::::::::: :::::::::::::::::::::::::: KIAA09 CQSEMKPSWADSAHGDEVPYVFGIPMIGPTELFSCNFSKNDVMLSAVVMTYWTNFAKTGD 340 350 360 370 380 390 560 570 580 590 600 610 KIAA10 PNQPVPQDTKFIHTKPNRFEEVAWTRYSQKDQLYLHIGLKPRVKEHYRANKVNLWLELVP ::::::::::::::::::::::::..:. ::::::::::::::..::::.:: .:::::: KIAA09 PNQPVPQDTKFIHTKPNRFEEVAWSKYNPKDQLYLHIGLKPRVRDHYRATKVAFWLELVP 400 410 420 430 440 450 620 630 640 650 660 KIAA10 HLHNLNDISQYTSTTTKVPSTDITFRP--TRKNSV---PVTSAFPTAKQDDPKQQPSPFS ::::::.: ::.::::::: :.: : ::.. . :.:. . ..::.. .: . KIAA09 HLHNLNEIFQYVSTTTKVPPPDMTSFPYGTRRSPAKIWPTTKRPAITPANNPKHSKDPHK 460 470 480 490 500 510 670 680 690 700 710 KIAA10 VD----------QRDYSTELSVTIAVGASLLFLNILAFAALYYKKDKRRHDVHRRCSPQR . .:::::::::::::::::::::::::::::::::::::..::. :::: KIAA09 TGPEDTTVLIETKRDYSTELSVTIAVGASLLFLNILAFAALYYKKDKRRHETHRHPSPQR 520 530 540 550 560 570 720 730 740 750 760 770 KIAA10 TTTNDLTHAQEEEIMSLQMKHTDLDHECESIHPHEVVLRTACPPDYTLAMRRSPDDVPLM .::::.:: :.:::::::::. . ::::::.. :.. :: .:::::::..::::::.:.: KIAA09 NTTNDITHIQNEEIMSLQMKQLEHDHECESLQAHDT-LRLTCPPDYTLTLRRSPDDIPFM 580 590 600 610 620 630 780 790 800 810 820 KIAA10 TPNTITMIPNTIPGIQPLHTFNTFTGGQNNTLPHPHPHPHSHSTTRV :::::::::::. :.::::::.::.::::.: ::.:::::: KIAA09 TPNTITMIPNTLMGMQPLHTFKTFSGGQNST-----NLPHGHSTTRV 640 650 660 670 >>KIAA1480 ( 682 res) fj05645 (682 aa) initn: 3227 init1: 2030 opt: 2081 Z-score: 2023.3 bits: 385.1 E(): 1.4e-107 Smith-Waterman score: 3225; 71.746% identity (86.686% similar) in 676 aa overlap (166-826:25-682) 140 150 160 170 180 190 KIAA10 VWFTNNLDVVSSYVQDQSEDCLYLNIYVPTEDDIRDSGGPKPVMVYIHGGSYMEGTGNLY ..::::::. ::::::::::::::::::. KIAA14 PRVWSPGSGAKKQGEDLADNDGDEDEDIRDSGA-KPVMVYIHGGSYMEGTGNMI 10 20 30 40 50 200 210 220 230 240 250 KIAA10 DGSVLASYGNVIVITVNYRLGVLGFLSTGDQAAKGNYGLLDLIQALRWTSENIGFFGGDP :::.:::::::::::.:::.::::::::::::::::::::: ::::::.::::.:::::: KIAA14 DGSILASYGNVIVITLNYRVGVLGFLSTGDQAAKGNYGLLDQIQALRWVSENIAFFGGDP 60 70 80 90 100 110 260 270 280 290 300 310 KIAA10 LRITVFGSGAGGSCVNLLTLSHYSEGNRWSNSTKGLFQRAIAQSGTALSSWAVSFQPAKY :::::::: :.:::.::::::.::: :::::: :::.:::::::..::.:: KIAA14 RRITVFGSGIGASCVSLLTLSHHSEG---------LFQRAIIQSGSALSSWAVNYQPVKY 120 130 140 150 160 320 330 340 350 360 370 KIAA10 ARMLATKVGCNVSDTVELVECLQKKPYKELVDQDIQPARYHIAFGPVIDGDVIPDDPQIL . .:: :::::: :::..:.::..: ::::.:::::::::.:::::::::::::::.:: KIAA14 TSLLADKVGCNVLDTVDMVDCLRQKSAKELVEQDIQPARYHVAFGPVIDGDVIPDDPEIL 170 180 190 200 210 220 380 390 400 410 420 430 KIAA10 MEQGEFLNYDIMLGVNQGEGLKFVENIVDSDDGISASDFDFAVSNFVDNLYGYPEGKDVL :::::::::::::::::::::::::..:: .::.:..:::..::::::::::::::::.: KIAA14 MEQGEFLNYDIMLGVNQGEGLKFVEGVVDPEDGVSGTDFDYSVSNFVDNLYGYPEGKDTL 230 240 250 260 270 280 440 450 460 470 480 490 KIAA10 RETIKFMYTDWADRHNPETRRKTLLALFTDHQWVAPAVATADLHSNFGSPTYFYAFYHHC :::::::::::::: :::::::::.::::::::: :.:.:::::. .::::::::::::: KIAA14 RETIKFMYTDWADRDNPETRRKTLVALFTDHQWVEPSVVTADLHARYGSPTYFYAFYHHC 290 300 310 320 330 340 500 510 520 530 540 550 KIAA10 QTDQVPAWADAAHGDEVPYVLGIPMIGPTELFPCNFSKNDVMLSAVVMTYWTNFAKTGDP :. . :::.:::::::::::.:.::.:::.:::::::::::::::::::::::::::::: KIAA14 QSLMKPAWSDAAHGDEVPYVFGVPMVGPTDLFPCNFSKNDVMLSAVVMTYWTNFAKTGDP 350 360 370 380 390 400 560 570 580 590 600 610 KIAA10 NQPVPQDTKFIHTKPNRFEEVAWTRYSQKDQLYLHIGLKPRVKEHYRANKVNLWLELVPH :.:::::::::::: ::::::::..:. .:::::::::::::..::::.:: .: .:::: KIAA14 NKPVPQDTKFIHTKANRFEEVAWSKYNPRDQLYLHIGLKPRVRDHYRATKVAFWKHLVPH 410 420 430 440 450 460 620 630 640 650 660 KIAA10 LHNLNDISQYTSTTTKVPSTD------ITFRPTRKN-SVPVTSAFPTAKQDDPK------ :.::.:. .::::::::: : :: ::. :. :. . :. .... . KIAA14 LYNLHDMFHYTSTTTKVPPPDTTHSSHITRRPNGKTWSTKRPAISPAYSNENAQGSWNGD 470 480 490 500 510 520 670 680 690 700 710 720 KIAA10 QQPSPFSVDQ-RDYSTELSVTIAVGASLLFLNILAFAALYYKKDKRRHDVHRRCSPQRTT :. .:. :.. :::::::::::::::::::::.::::::::.:::::.. :. :::: . KIAA14 QDAGPLLVENPRDYSTELSVTIAVGASLLFLNVLAFAALYYRKDKRRQEPLRQPSPQRGA 530 540 550 560 570 580 730 740 750 760 770 780 KIAA10 -TNDLTHAQEEEIMSLQMKHTDLDHECESIHPHEVVLRTACPPDYTLAMRRSPDDVPLMT . .: : :::. .::. : ::::. ::.. :: . :::::..::::::.:::: KIAA14 GAPELGAAPEEELAALQLGPT--HHECEAGPPHDT-LRLTALPDYTLTLRRSPDDIPLMT 590 600 610 620 630 640 790 800 810 820 KIAA10 PNTITMIPNTIPGIQPLHTFNTFTGGQNNTLPHPHPHPHSHSTTRV :::::::::.. :.: :: .:::..: :.: ::::::::: KIAA14 PNTITMIPNSLVGLQTLHPYNTFAAGFNST-----GLPHSHSTTRV 650 660 670 680 826 residues in 1 query sequences 1986679 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:07:57 2008 done: Thu Dec 18 15:07:58 2008 Total Scan time: 0.580 Total Display time: 0.120 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]