# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hj05008s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1064.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1064, 1315 aa vs ./tmplib.24314 library 1986190 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 15.5126+/-0.0138; mu= -30.6718+/- 0.933 mean_var=747.5581+/-175.826, 0's: 0 Z-trim: 14 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.046909 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA2035 ( 1135 res) ff09201 (1135) 1062 87.9 1.1e-17 KIAA1172 ( 929 res) hj03919(revised) ( 929) 374 41.3 0.00094 >>KIAA2035 ( 1135 res) ff09201 (1135 aa) initn: 1758 init1: 680 opt: 1062 Z-score: 409.7 bits: 87.9 E(): 1.1e-17 Smith-Waterman score: 1992; 33.958% identity (56.831% similar) in 1281 aa overlap (123-1314:1-1135) 100 110 120 130 140 150 KIAA10 RSRKEKGEKHHSDSDEEKSHRRLKRKRKKEREKEKRRSKKRRKSKHKRHASSSDDFSDFS .:.::..::.:.. :::... :::: ::.: KIAA20 KEREKKKSKRRKREKHKHNSPSSDDSSDYS 10 20 30 160 170 180 190 200 KIAA10 DDSDFSPSEKGHRK----YREYSPPYAPSHQQYPPSHATPLPKKAYSKMDSKSYGMYEDY ::: .:..:.: ::.:. :.. .. . :. : . .:. :: : : : KIAA20 LDSDVEHTESSHKKRTGFYRDYDIPFT-QRGHISGSYITSKKGQHNKKFKSKEYDEYSTY 40 50 60 70 80 210 220 230 240 250 260 KIAA10 ENEQYGEYEGDEEEDMGKEDYDDFTKELNQYRRAKEGSSRGRGSRGRGRGYRGRGSRGGS ....:.: :. ..:.: .::...:.:::.::: :. . :: : KIAA20 SDDNFGNYSDDNFGNYGQETEEDFANQLKQYRQAKETSNIALGS---------------S 90 100 110 120 130 270 280 290 300 310 320 KIAA10 RGRGMGRGSRGRGRGSMGGDHPEDEEDFYEEEMDYGESEEPMGDDDYDEYSKELNQYRRS .. :. .: .: ... 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