# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hj03579s1.fasta.huge -Q ../query/KIAA1062.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1062, 1771 aa vs ./tmplib.24314 library 1985734 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.2756+/-0.00656; mu= 8.0613+/- 0.445 mean_var=192.3149+/-47.426, 0's: 0 Z-trim: 3 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.092484 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 41, opt: 29, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1888 ( 737 res) fk02242 ( 737) 750 113.7 1.5e-25 KIAA0822 ( 1591 res) hh02681 (1591) 301 54.2 2.8e-07 KIAA1520 ( 810 res) ah05473 ( 810) 186 38.5 0.0074 >>KIAA1888 ( 737 res) fk02242 (737 aa) initn: 773 init1: 273 opt: 750 Z-score: 550.4 bits: 113.7 E(): 1.5e-25 Smith-Waterman score: 840; 28.866% identity (58.468% similar) in 679 aa overlap (1063-1702:64-713) 1040 1050 1060 1070 1080 1090 KIAA10 ITFGNVLKSIPASFGTRAPPMVRKIAVRRAAQVFYNNKGYHSMPTYLNSLNNAIL-RANL : :: :. .:.: .: ..: : . :. 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KIAA08 LLYAGFIFIMALFLAL--VIRSTQFIILSGFMVVFSLFLLYGLSLVALAFLMSILVKKSF 290 300 310 320 330 150 160 170 180 190 200 KIAA10 LASACGGIIYFLSYVPYMYVAIREEVAHDKITAFEKCIASLMSTTAFGLGSKYFALYEVA :. :.. :: : . ... : . : . : ::.: :: :: . . KIAA08 LT----GLVVFLLTVFWGCLGFTSLYRH--LPASLEWILSLLSPFAFMLGMAQLLHLDY- 340 350 360 370 380 390 210 220 230 240 250 260 KIAA10 GVGIQWHTFSQSPVEGDDFNLLLAVT-MLMVDAVVYGILTWYIEAVHPGMYGLPRPWYFP .. ..: : .: ::..:.. :: :. .: :. :.: . :. :: :: : KIAA08 --DLNSNAF---PHPSDGSNLIVATNFMLAFDTCLYLALAIYFEKILPNEYGHRRPPLFF 400 410 420 430 440 270 280 290 300 310 320 KIAA10 LQKSYWLGSGRTEAWEWSWPWARTPRLSVMEEDQACAMESRRFEETRGMEEEPTHLP--L :..:.: . .:. : ::. : : :... .:. : .. 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KIAA08 SVTIYNNKLSEMADLENLSKLTGVCPQSNVQFDFLTVRENLRLFAKIKGILPQEVDKEI- 550 560 570 580 590 600 450 460 470 480 490 500 KIAA10 KMIEDLELSNKRHSLVQTLSGGMKRKLSVAIAFVGGSRAIILDEPTAGVDPYARRAIWDL ..:::::::.::..:. .:.: KIAA08 ---------------------------------------FLLDEPTAGLDPFSRHQVWNL 610 620 510 520 530 540 550 560 KIAA10 ILKYKPGRTILLSTHHMDEADLLGDRIAIISHGKLKCCGSPLFLKGTYGDGYRLTLVKRP . . : :.::.::. :::::.:.:: ...:.::::: :: :::: .: ::.:.: KIAA08 LKERKTDRVILFSTQFMDEADILADRKVFLSQGKLKCAGSSLFLKKKWGIGYHLSLQLNE 630 640 650 660 670 680 570 580 590 600 610 620 KIAA10 AEPGGPQEPGLASSPPGRAPLSSCSELQVSQFIRKHVASCLLVSDTSTELSYILPSEAAK : : ........:. . : . . .: : :: : .. 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KIAA08 -----VALWRQQICAIARV-----RL----LKLKH--------------ERKALLALLLI 810 820 830 800 810 820 830 840 850 KIAA10 PAFFVCVAMTVALSVPEIGDLPPLVLSPSQYHNYTQPRGNFIPYANEERREYRLRLSPDA : ::.. .::. . : : : .::: KIAA08 LMAGFC----------------PLLV------EYTMVK----IYQNS----YTWELSPH- 840 850 860 860 870 880 890 900 910 KIAA10 SPQQLVSTFRLPSGVGATCVLKSPANGSLGPTLNLSSGESRLLAARFFDSMCLESFTQGL . : : ..: . : .: :. . : KIAA08 -------LYFLAPG-------QQPHD----PLTQL------LIINK-----------TGA 870 880 890 920 930 940 950 960 970 KIAA10 PLSNFVPPPPSPAPSDSPASPDEDLQAWNVSLPPTA-GPEMWTSAPSLPRLVREPVRCTC ...:. .... :..: : : . :. :: . . : : KIAA08 SIDDFI----------------QSVEHQNIALEVDAFGTRNGTDDPSYNGAI---TVC-C 900 910 920 930 980 990 1000 1010 1020 1030 KIAA10 SAQGTGFSCPSSVGGHPPQMRVVTGDILTDITGHNVSEYLLFTSDRFRLHRYGAITFGNV . .. .:: .. :. .: :: ::. :: KIAA08 NEKNYSFSLACNAK------RLNCFPVLMDI----VSNGLL------------------- 940 950 960 1040 1050 1060 1070 1080 1090 KIAA10 LKSIPASFGTRAPPMVRKIAVRRAAQVFYNNKGYHSMPTYLNSLNNAILRANLPKSKGNP : : .. .: ..: .: .. :: KIAA08 --------GMVKP----SVHIRTERSTFLEN------------------------GQDNP 970 980 1100 1110 1120 1130 1140 1150 KIAA10 AAYGITVTNHPMNKTSASLSLDYLLQGTDVVIAIFIIVAMSFVPASFVVFLVAEKSTKAK .. : :.. : .: : : ... . . ...:. 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KIAA15 FSLSPGKVTALVGPSGSGKSSCVNILENFYPLEGGRVLLDGKPISAYDHKYLHRVISLVS 580 590 600 610 620 630 410 420 430 440 450 KIAA10 QHNVLFDRLTVEEHLWFYSRLKSMAQEEIRREMDK-----MIEDLE--LSNKRHSLVQTL :. ::: : .. ... . : .. : . . .: .: .:. :.. : KIAA15 QEPVLFAR-SITDNISYG--LPTVPFEMVVEAAQKANAHGFIMELQDGYSTETGEKGAQL 640 650 660 670 680 460 470 480 490 500 510 KIAA10 SGGMKRKLSVAIAFVGGSRAIILDEPTAGVDPYARRAIWDLILKYKPGRTILLSTHHMDE :::.:.....: :.: . ..:::: :...: .. : . : .:.:. .:... KIAA15 SGGQKQRVAMARALVRNPPVLILDEATSALDAESEYLIQQAIHGNLQKHTVLIIAHRLST 690 700 710 720 730 740 520 530 540 550 560 570 KIAA10 ADLLGDRIAIISHGKLKCCGS--PLFLKGTYGDGYRLTLVKRPAEPGGPQEPGLASSPPG .. . :.....:.. :. :. .: : ::.: KIAA15 VEH-AHLIVVLDKGRVVQQGTHQQLLAQG----GLYAKLVQRQMLGLQPAADFTAGHNEP 750 760 770 780 790 800 580 590 600 610 620 630 KIAA10 RAPLSSCSELQVSQFIRKHVASCLLVSDTSTELSYILPSEAAKKGAFERLFQHLERSLDA KIAA15 VANGSHKA 810 1771 residues in 1 query sequences 1985734 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:07:38 2008 done: Thu Dec 18 15:07:40 2008 Total Scan time: 0.950 Total Display time: 0.230 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]