# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hj00491.fasta.huge -Q ../query/KIAA1061.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1061, 693 aa vs ./tmplib.24314 library 1986812 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.7826+/-0.00489; mu= 15.6912+/- 0.334 mean_var=86.4726+/-20.285, 0's: 0 Z-trim: 20 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.137922 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1263 ( 850 res) hj00608 ( 850) 2925 592.5 5.3e-170 KIAA0230 ( 1496 res) ha02538 (1496) 267 63.9 1.3e-10 KIAA0806 ( 1073 res) hk04165(revised) (1073) 232 56.7 1.3e-08 KIAA0343 ( 1187 res) hg01457 (1187) 227 55.8 2.7e-08 KIAA1355 ( 1189 res) fj01564 (1189) 224 55.2 4.1e-08 KIAA1514 ( 1598 res) fh00815(revised) (1598) 218 54.1 1.1e-07 KIAA1568 ( 1380 res) fh22308 (1380) 204 51.3 7.1e-07 KIAA1233 ( 1023 res) fh08611 (1023) 179 46.2 1.8e-05 KIAA1496 ( 920 res) fj09513 ( 920) 175 45.3 3e-05 KIAA1132 ( 2092 res) hh01132s1 (2092) 177 46.1 3.9e-05 KIAA1297 ( 2242 res) fg03883 (2242) 172 45.2 8e-05 KIAA0657 ( 1237 res) hk01859s1 (1237) 168 44.1 9.4e-05 KIAA1497 ( 730 res) hg01608 ( 730) 163 42.8 0.00013 KIAA1628 ( 980 res) fh14247(revised) ( 980) 159 42.2 0.00028 KIAA0992 ( 772 res) hk07554 ( 772) 155 41.3 0.00042 KIAA1246 ( 832 res) hh00149a ( 832) 151 40.5 0.00076 KIAA1639 ( 2584 res) af14886 (2584) 155 41.8 0.00092 KIAA1580 ( 640 res) fj04979 ( 640) 146 39.4 0.0013 KIAA0626 ( 433 res) hh00753 ( 433) 139 37.8 0.0026 KIAA1777 ( 954 res) fh19201x1 ( 954) 133 37.0 0.0099 >>KIAA1263 ( 850 res) hj00608 (850 aa) initn: 2839 init1: 1856 opt: 2925 Z-score: 3143.9 bits: 592.5 E(): 5.3e-170 Smith-Waterman score: 2925; 60.515% identity (85.980% similar) in 699 aa overlap (1-692:153-849) 10 20 KIAA10 NVLLALQTRLQPLQEGDSRQ-DPASQKRLL :.:: ::.. .::... . : :.:.:: KIAA12 LKKQKITIVHNEDCFFKGDKCKTTEYSKMKNMLLDLQNQKYIMQENENPNGDDISRKKLL 130 140 150 160 170 180 30 40 50 60 70 80 KIAA10 VESLFRDLDADGNGHLSSSELAQHVLKKQDLDEDLLGCSPGDLLRFDDYNSDSSLTLREF :...:. .:::.:: .. .::.: :.:...: .::. :. ::..::.:.:. :.:.:: KIAA12 VDQMFKYFDADSNGLVDINELTQ-VIKQEELGKDLFDCTLYVLLKYDDFNADKHLALEEF 190 200 210 220 230 240 90 100 110 120 130 140 KIAA10 YMAFQVVQLSLAPED-RVSVTTVTVGLSTVLTCAVHGDLRPPIIWKRNGLTLNFLDLEDI : ::::.:::: ::: ..:.:..::: :.::.::..: ::::::::::.. :: :::::: KIAA12 YRAFQVIQLSL-PEDQKLSITAATVGQSAVLSCAIQGTLRPPIIWKRNNIILNNLDLEDI 250 260 270 280 290 300 150 160 170 180 190 200 KIAA10 NDFGEDDSLYITKVTTIHMGNYTCHASGHEQLFQTHVLQVNVPPVIRVYPESQAQEPGVA ::::.: ::::::::: :.:::::.:.:.::..:::..::::::::::::::::.::::. 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KIAA02 DPRVNITPSGGLYIQNVVQGDSGEYACSATNNIDSVHATAFIIVQALPQFTVTPQDRVVI 410 420 430 440 450 460 110 120 130 140 150 160 KIAA10 TTVTVGLSTVLTCAVHGDLRPPIIWKRNGLTLNFLDLEDINDFGEDDSLYITKVTTIHMG :: .. : ..:. : : : ..: :. . . . : .: :. :. .: KIAA02 EGQTVDFQ----CEAKGNPPPVIAWTKGGSQLSVDRRHLVLSSG---TLRISGVALHDQG 470 480 490 500 510 170 180 190 200 210 220 KIAA10 NYTCHAS---GHEQLFQTHVLQVNVPPVIRVYPESQAQEPGVAASLRCHAEGIPMPRITW .: :.: : ... ..: : ::. : . . : :. ..: : ..: : : ::: KIAA02 QYECQAVNIIGSQKVVAHLTVQPRVTPVFASIPSDTTVEVGANVQLPCSSQGEPEPAITW 520 530 540 550 560 570 230 240 250 260 270 280 KIAA10 LKNGVDVSTQMSKQLSLLANGSELHISSVRYEDTGAYTCIAKNEVGVDEDISSLFIEDSA :.::.:. : .. . .: : :..: :.: : :.:.: .: KIAA02 NKDGVQVTE--SGKFHISPEGF-LTINDVGPADAGRYECVARNTIGSASVSMVLSVNVPD 580 590 600 610 620 630 290 300 310 320 330 340 KIAA10 RKTLANILWREEGLSVGNMFYVFSDDGIIVIHPVDCEIQRHLKPTEKIFMSYEEICPQRE KIAA02 VSRNGDPFVATSIVEAIATVDRAINSTRTHLFDSRPRSPNDLLALFRYPRDPYTVEQARA 640 650 660 670 680 690 >>KIAA0806 ( 1073 res) hk04165(revised) (1073 aa) initn: 172 init1: 68 opt: 232 Z-score: 246.7 bits: 56.7 E(): 1.3e-08 Smith-Waterman score: 251; 25.668% identity (58.289% similar) in 187 aa overlap (100-271:504-690) 70 80 90 100 110 120 KIAA10 GDLLRFDDYNSDSSLTLREFYMAFQVVQLSLAPEDRVSVTTVTV--GLSTVLTCAVHGDL : :. :. :. . :....:::.. .. KIAA08 SVNVSCAHPEWLAGQSILNVDLKDFVCDDFLKPQIRTHPETIIALRGMNVTLTCTAVSSS 480 490 500 510 520 530 130 140 150 160 170 KIAA10 RPPI--IWKRNGLTLNFLDLEDINDFGEDDSLYITKVTTIHM--------GNYTCHASGH :. .:.... : .: :.. . .. . . .. .:. :.: : ...: KIAA08 DSPMSTVWRKDSEILYDVDTENFVRYWQQAGEALEYTSILHLFNVNFTDEGKYQCIVTNH 540 550 560 570 580 590 180 190 200 210 220 230 KIAA10 --EQLFQTHVLQVNVPPVIRVYPESQAQEPGVAASLRCHAEGIPMPRITWLKNG-VDVST . : : :: : . : . . . :. : :.: ::: : :.:.: :.: .: . KIAA08 FGSNYSQKAKLTVNEMPSFLKTPMDLTIRTGAMARLECAAEGHPAPQISWQKDGGTDFPA 600 610 620 630 640 650 240 250 260 270 280 290 KIAA10 QMSKQLSLLANGSELHISSVRYEDTGAYTCIAKNEVGVDEDISSLFIEDSARKTLANILW ... .. . . . :..:. :: : :.:.:.: .: KIAA08 ARERRMHVMPEDDVFFIANVKIEDMGIYSCMAQNTAGGLSANASLTVLETPSFIRPLEDK 660 670 680 690 700 710 300 310 320 330 340 350 KIAA10 REEGLSVGNMFYVFSDDGIIVIHPVDCEIQRHLKPTEKIFMSYEEICPQREKNATQPCQW KIAA08 TVTRGETAVLQCIAGGSPAPRLNWTKDDGPLLVTERHFFAAANQLLIIVDAGLEDAGKYT 720 730 740 750 760 770 >>KIAA0343 ( 1187 res) hg01457 (1187 aa) initn: 198 init1: 113 opt: 227 Z-score: 240.8 bits: 55.8 E(): 2.7e-08 Smith-Waterman score: 227; 29.310% identity (55.747% similar) in 174 aa overlap (100-271:259-427) 70 80 90 100 110 120 KIAA10 GDLLRFDDYNSDSSLTLREFYMAFQVVQLSLAPEDRVSVTTVTVGLSTVLTCAVHGDLRP :.:: .: : : : ..: : KIAA03 FNHTQTIQQKQPISVKVISAKSSRERPPTFLTPEGNASNKEELRGNVLSLECIAEGLPTP 230 240 250 260 270 280 130 140 150 160 170 180 KIAA10 PIIW-KRNGLTLNFLDLEDINDFGEDDSLYITKVTTIHMGNYTCHASGHE-QLFQTHVLQ : : :..:. . . ..: . .: : .:. ::: : :.. . .: .. KIAA03 IIYWAKEDGMLPK--NRTVYKNF--EKTLQIIHVSEADSGNYQCIAKNALGAIHHTISVR 290 300 310 320 330 340 190 200 210 220 230 240 KIAA10 VNVPPVIRVYPESQAQEPGVAASLRCHAEGIPMPRITWLKNGVDVSTQMSKQLSLLANGS :.. : . :.. . :: ..: :.:.: : :::.:: ::: . . : .:. KIAA03 VKAAPYWITAPQNLVLSPGEDGTLICRANGNPKPRISWLTNGVPIEIAPDDP-SRKIDGD 350 360 370 380 390 400 250 260 270 280 290 300 KIAA10 ELHISSVRYEDTGAYTCIAKNEVGVDEDISSLFIEDSARKTLANILWREEGLSVGNMFYV . .:.:. .....: : :.:: : KIAA03 TIIFSNVQERSSAVYQCNASNEYGYLLANAFVNVLAEPPRILTPANTLYQVIANRPALLD 410 420 430 440 450 460 >>KIAA1355 ( 1189 res) fj01564 (1189 aa) initn: 184 init1: 83 opt: 224 Z-score: 237.6 bits: 55.2 E(): 4.1e-08 Smith-Waterman score: 224; 30.323% identity (62.581% similar) in 155 aa overlap (119-268:166-315) 90 100 110 120 130 140 KIAA10 FYMAFQVVQLSLAPEDRVSVTTVTVGLSTVLTCAVHGDLRPPIIWKRNGLTLNFLDLEDI : :...:. : . :: : :. .. KIAA13 SWVHLTVNSPPQFQETPPAVLEVQELEPVTLRCVARGSPLPHVTWKLRGKDLG-QGQGQV 140 150 160 170 180 190 150 160 170 180 190 200 KIAA10 NDFGEDDSLYITKVTTIHMGNYTCHASGHEQLFQTHVLQVNV--PPVIRVYPESQAQEPG . .. .: : .: : :::.::. : ::. :. : :::: : :.... . . KIAA13 QV--QNGTLRIRRVERGSSGVYTCQASSTEGS-ATHATQLLVLGPPVIVVPPKNSTVNAS 200 210 220 230 240 250 210 220 230 240 250 260 KIAA10 VAASLRCHAEGIPMP-RITWLKNGVDVS--TQMSKQLSLLANGSELHISSVRYEDTGAYT .:: ::::. : .:......: .... .. .:..:: :.. ... .:.: :: KIAA13 QDVSLACHAEAYPANLTYSWFQDNINVFHISRLQPRVRILVDGS-LRLLATQPDDAGCYT 260 270 280 290 300 310 270 280 290 300 310 320 KIAA10 CIAKNEVGVDEDISSLFIEDSARKTLANILWREEGLSVGNMFYVFSDDGIIVIHPVDCEI :. .: KIAA13 CVPSNGLLHPPSASAYLTVLYPAQVTAMPPETPLPIGMPGVIRCPVRANPPLLFVSWTKD 320 330 340 350 360 370 >>KIAA1514 ( 1598 res) fh00815(revised) (1598 aa) initn: 118 init1: 87 opt: 218 Z-score: 229.6 bits: 54.1 E(): 1.1e-07 Smith-Waterman score: 227; 27.948% identity (55.895% similar) in 229 aa overlap (56-273:36-255) 30 40 50 60 70 80 KIAA10 KRLLVESLFRDLDADGNGHLSSSELAQHVLKKQDLDEDLLGCSPGDLLRFDDYNSDSSLT ...: .. : : : :. . ... KIAA15 PCQAKGVPPPSITWYKDAAVVEVEKLTRFRQRNDGGLQISGLVPDDTGMFQCFARNAAGE 10 20 30 40 50 60 90 100 110 120 130 140 KIAA10 LRE-FYMAFQVV--QLSLAPEDRVSVTTVTVGLSTVLTCAVHGDLRPPIIWKRNG--LTL .. :.: . ... .: : .:: :.:.::.: . : :: : :... :. KIAA15 VQTSTYLAVTSIAPNITRGPLD----STVIDGMSVVLACETSGAPRPAITWQKGERILAS 70 80 90 100 110 120 150 160 170 180 190 KIAA10 NFLDLEDINDFGEDDSLYITKVTTIHMGNYTCHASGHEQLFQTHV-LQVNVPPVIRVYPE . ..: .. . :. :: :. . :.::: :.. . . .. . : : . : :. KIAA15 GSVQLPRFTPL-ESGSLLISPTHISDAGTYTCLATNSRGVDEASADLVVWARTRITKPPQ 130 140 150 160 170 180 200 210 220 230 240 250 KIAA10 SQAQEPGVAASLRCHAEGIPM-PRIT----WLKNGVDVSTQMSKQLSLLANGSELHISSV .:. :. ::. : :. ::.: : :.:. ..:. .. : ::: ::::.. KIAA15 DQSVIKGTQASMVC---GVTHDPRVTIRYIWEKDGATLGTESHPRIRLDRNGS-LHISQT 190 200 210 220 230 260 270 280 290 300 310 KIAA10 RYEDTGAYTCIAKNEVGVDEDISSLFIEDSARKTLANILWREEGLSVGNMFYVFSDDGII : :.::: . . : : KIAA15 WSGDIGTYTCRVISAGGNDSRSAHLRVRQLPHAPEHPVATLSTVERRAINLTWTKPFDGN 240 250 260 270 280 290 >>KIAA1568 ( 1380 res) fh22308 (1380 aa) initn: 176 init1: 129 opt: 204 Z-score: 215.3 bits: 51.3 E(): 7.1e-07 Smith-Waterman score: 254; 27.273% identity (55.844% similar) in 231 aa overlap (54-271:282-497) 30 40 50 60 70 80 KIAA10 SQKRLLVESLFRDLDADGNGHLSSSELAQHVLKKQDLDEDLLGCSPGDLLRFDDYNSDSS . : .. :: : . : ...... KIAA15 GDPQPTVRWKKDDADLPRGRYDIKDDYTLRIKKTMSTDEGTYMCIAEN--RVGKMEASAT 260 270 280 290 300 90 100 110 120 130 140 KIAA10 LTLREFYMAFQVVQLSLAPEDRVSVTTVTVGLSTVLTCAVHGDLRPPIIWKRNGLTLNFL ::.: :. . :.:.. :. : .... : ..:. .: ..:...: . :.: KIAA15 LTVRA------PPQFVVRPRDQI----VAQGRTVTFPCETKGNPQPAVFWQKEG-SQNLL 310 320 330 340 350 150 160 170 180 190 KIAA10 ---DLEDIND---FGEDDSLYITKVTTIHMGNYTCHA---SG----HEQLFQTHVLQVNV . .. :. . .: ::.. : : :.: .: . :: : :: KIAA15 FPNQPQQPNSRCSVSPTGDLTITNIQRSDAGYYICQALTVAGSILAKAQLEVTDVLTDRP 360 370 380 390 400 410 200 210 220 230 240 250 KIAA10 PPVIRVYPESQAQEPGVAASLRCHAEGIPMPRITWLKNGVDVSTQMSKQLSLLANGSELH ::.: : .:. .: :.:.: : :.: :.:::.: . . . .. .:. :. 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