# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh13580.fasta.huge -Q ../query/KIAA1060.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1060, 887 aa vs ./tmplib.24314 library 1986618 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.4096+/-0.00509; mu= 17.3557+/- 0.349 mean_var=83.9566+/-19.252, 0's: 0 Z-trim: 4 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.139974 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0037 ( 1088 res) ha00929 (1088) 3335 684.5 1.8e-197 KIAA0511 ( 933 res) he00818 ( 933) 1405 294.6 3.4e-80 KIAA0422 ( 1160 res) hh01205s1 (1160) 872 187.1 9.9e-48 KIAA0520 ( 1364 res) hg02989s1 (1364) 580 128.2 6.2e-30 >>KIAA0037 ( 1088 res) ha00929 (1088 aa) initn: 3038 init1: 1328 opt: 3335 Z-score: 3637.1 bits: 684.5 E(): 1.8e-197 Smith-Waterman score: 3335; 58.705% identity (80.022% similar) in 896 aa overlap (1-878:202-1081) 10 20 30 KIAA10 GAYHKHLMELALQQTYQDTCNCIKSRIKLE ::.::: :. : .. . : .::. : ::. KIAA00 SLMGGFTTPSVRVGLQLLANAVIFLCGNLTGAFHKHQMQDASRDLFTYTVKCIQIRRKLR 180 190 200 210 220 230 40 50 60 70 80 90 KIAA10 FEKRQQERLLLSLLPAHIAMEMKAEIIQRLQGPKAGQMENTNNFHNLYVKRHTNVSILYA .:::::: ::::.:::::.: :: ::.::. . ::::.:::::: ::::::: KIAA00 IEKRQQENLLLSVLPAHISMGMKLAIIERLKEHGDRRCMPDNNFHSLYVKRHQNVSILYA 240 250 260 270 280 290 100 110 120 130 140 150 KIAA10 DIVGFTRLASDCSPGELVHMLNELFGKFDQIAKENECMRIKILGDCYYCVSGLPISLPNH ::::::.::::::: ::: .::::::::::::: ::::::::::::::::::::.:::.: KIAA00 DIVGFTQLASDCSPKELVVVLNELFGKFDQIAKANECMRIKILGDCYYCVSGLPVSLPTH 300 310 320 330 340 350 160 170 180 190 200 210 KIAA10 AKNCVKMGLDMCEAIKKVRDATGVDINMRVGVHSGNVLCGVIGLQKWQYDVWSHDVTLAN :.::::::::::.:::.::.:::::::::::.::::::::::::.:::::::::::.::: KIAA00 ARNCVKMGLDMCQAIKQVREATGVDINMRVGIHSGNVLCGVIGLRKWQYDVWSHDVSLAN 360 370 380 390 400 410 220 230 240 250 260 KIAA10 HMEAGGVPGRVHISSVTLEHLNGAYKVEEGDGDIRDPYLKQHLVKTYFVINPKGERRSP- .:::.::::::::. .::.::. ::.::.: :. ::::::. ..::.::.:.... : KIAA00 RMEAAGVPGRVHITEATLKHLDKAYEVEDGHGQQRDPYLKEMNIRTYLVIDPRSQQPPPP 420 430 440 450 460 470 270 280 290 300 310 320 KIAA10 -QHLFRPRHTLDGA-KMRASVRMTRYLESWGAAKPFAHLHHRDSMTTENGKISTTDVPMG ::: ::. :.: ::::::::::::::::::.:::::.::.:... . .. . : . KIAA00 SQHLPRPKG--DAALKMRASVRMTRYLESWGAARPFAHLNHRESVSSGETHVPNGRRPKS 480 490 500 510 520 330 340 350 360 370 380 KIAA10 QHNFQNRTL-RTKSQKKRFEEE-LNERMIQAIDGINAQKQWL-KSEDIQRISLLFYNKVL . . :: :. : : : :.. ...:..::.:... . ::.:. .. .: .: . KIAA00 VPQRHRRTPDRSMSPKGRSEDDSYDDEMLSAIEGLSSTRPCCSKSDDFYTFGSIFLEKGF 530 540 550 560 570 580 390 400 410 420 430 440 KIAA10 EKEYRATALPAFKYYVTCACLIFFCIFIVQILVLPKTSVLGISFGAAFLLLAFILFVCFA :.::: . .: .. .:: ::: ::..:..:..:.:..::.::: . .:...: .::: KIAA00 EREYRLAPIPRARHDFACASLIFVCILLVHVLLMPRTAALGVSFGLVACVLGLVLGLCFA 590 600 610 620 630 640 450 460 470 480 490 500 KIAA10 GQLLQCSKKASPLLMWLLKSSGIIANRPWPRISLTIITTAIILMMAVFNMFFLSDSEETI .. .: : : : . ..: :..:...: . .: .:..:. .. . . KIAA00 TKFSRCC----PARGTLCTISERVETQPLLRLTLAVLTIGSLLTVAIINLPLMPFQVPEL 650 660 670 680 690 700 510 520 530 540 550 560 KIAA10 PPTANTTNTSFSASNNQVAILRAQNLFFLPYFIYSCILGLISCSVFLRVNYELKMLIMMV : ..: :. ..::.. :. . :::. ::.::.:.::::::.. : :.... : KIAA00 P-VGNETGL-LAASSKTRALCEP-----LPYYTCSCVLGFIACSVFLRMSLEPKVVLLTV 710 720 730 740 750 570 580 590 600 610 KIAA10 ALVGYNTILLHTH--------AHVLGDYSQVLFERPGI----WKDLKTMGSVSLSIFFIT :::.: .:.. .. ::. .. : ::::::: . : .:.:: KIAA00 ALVAY-LVLFNLSPCWQWDCCGQGLGNLTKPNGTTSGTPSCSWKDLKTMTNFYLVLFYIT 760 770 780 790 800 810 620 630 640 650 660 670 KIAA10 LLVLGRQNEYYCRLDFLWKNKFKKEREEIETMENLNRVLLENVLPAHVAEHFLARSLKNE ::.:.:: .:::::: :::.:::::.::.:::::.::.::::::::::: ::.. .: :: KIAA00 LLTLSRQIDYYCRLDCLWKKKFKKEHEEFETMENVNRLLLENVLPAHVAAHFIGDKL-NE 820 830 840 850 860 870 680 690 700 710 720 730 KIAA10 ELYHQSYDCVCVMFASIPDFKEFYTESDVNKEGLECLRLLNEIIADFDDLLSKPKFSGVE . ::::::::::::::.:::: :::: :::::::::::::::::::::.:: :::::::: KIAA00 DWYHQSYDCVCVMFASVPDFKVFYTECDVNKEGLECLRLLNEIIADFDELLLKPKFSGVE 880 890 900 910 920 930 740 750 760 770 780 790 KIAA10 KIKTIGSTYMAATGLSAVPSQEHSQEPERQYMHIGTMVEFAFALVGKLDAINKHSFNDFK ::::::::::::.::: : : ...:: :::. :::.::::..::..:::.::.::::.:. KIAA00 KIKTIGSTYMAAAGLS-VASGHENQELERQHAHIGVMVEFSIALMSKLDGINRHSFNSFR 940 950 960 970 980 990 800 810 820 830 840 850 KIAA10 LRVGINHGPVIAGVIGAQKPQYDIWGNTVNVASRMDSTGVLDKIQVTEETSLVLQTLGYT :::::::::::::::::.:::::::::::::::::.::: : :::::::: .:: :::. KIAA00 LRVGINHGPVIAGVIGARKPQYDIWGNTVNVASRMESTGELGKIQVTEETCTILQGLGYS 1000 1010 1020 1030 1040 1050 860 870 880 KIAA10 CTCRGIINVKGKGDLKTYFVNTEMSRSLSQSNVAS : :::.:::::::.:.:::: :. .. KIAA00 CECRGLINVKGKGELRTYFVCTDTAKFQGLGLN 1060 1070 1080 >>KIAA0511 ( 933 res) he00818 (933 aa) initn: 1676 init1: 751 opt: 1405 Z-score: 1531.5 bits: 294.6 E(): 3.4e-80 Smith-Waterman score: 1842; 37.281% identity (64.583% similar) in 912 aa overlap (1-872:29-908) 10 20 30 KIAA10 GAYHKHLMELALQQTYQDTCNCIKSRIKLEFE : . .. . .... .. . .. ...:: . KIAA05 QQQEELKGMQLLREILANVFLYLCAIAVGIMSYYMADRKHRKAFLEARQSLEVKMNLEEQ 10 20 30 40 50 60 40 50 60 70 80 90 KIAA10 KRQQERLLLSLLPAHIAMEMKAEIIQRLQGPKAGQMENTNNFHNLYVKRHTNVSILYADI ..::: :.::.:: :.: :: .. : .... ..:...:. :: :::::.::: KIAA05 SQQQENLMLSILPKHVADEMLKDM------KKDESQKDQQQFNTMYMYRHENVSILFADI 70 80 90 100 110 100 110 120 130 140 150 KIAA10 VGFTRLASDCSPGELVHMLNELFGKFDQIAKENECMRIKILGDCYYCVSGLPISLPNHAK ::::.:.: :: :::..:::::..::..: . . .:::::::::::. ::: .:: KIAA05 VGFTQLSSACSAQELVKLLNELFARFDKLAAKYHQLRIKILGDCYYCICGLPDYREDHAV 120 130 140 150 160 170 160 170 180 190 200 210 KIAA10 NCVKMGLDMCEAIKKVRDATGVDINMRVGVHSGNVLCGVIGLQKWQYDVWSHDVTLANHM . ::: : :::. ::. : . ..::::::.:.:: ::.: ..::::::: :::.::.: KIAA05 CSILMGLAMVEAISYVREKTKTGVDMRVGVHTGTVLGGVLGQKRWQYDVWSTDVTVANKM 180 190 200 210 220 230 220 230 240 250 260 270 KIAA10 EAGGVPGRVHISSVTLEHLNGAYKVEEGDGDIRDPYLKQHLVKTYFVINPKGE--RRSPQ ::::.:::::::. :.. :.: . :: ::: : ::... ..::..: : : . . : KIAA05 EAGGIPGRVHISQSTMDCLKGEFDVEPGDGGSRCDYLEEKGIETYLIIASKPEVKKTATQ 240 250 260 270 280 290 280 290 300 310 320 330 KIAA10 HLFRPRHTLDGAKMRASVRMTRYLESWGAAKPFAHLHHRDSMTTENGKISTTDVPMGQHN . . .:: .. .:. .: . : : :.: : :. . . KIAA05 NGLNGSALPNGAPASSKSSSPALIET---KEPNGSAHSSGS-TSE--KPEEQDAQADNPS 300 310 320 330 340 340 350 360 370 380 KIAA10 FQN--RTLRTKSQKKRF------EEELNERMIQAIDGINAQKQWLKSEDIQRISLLFYNK : : : :: .. : :.:::. . .:. . : .:... .:. :.. KIAA05 FPNPRRRLRLQDLADRVVDASEDEHELNQLLNEALLE-RESAQVVKKRNTFLLSMRFMDP 350 360 370 380 390 400 390 400 410 420 430 440 KIAA10 VLEKEYRATALPAFKYYVTCACLIFFCIFIVQILVLPKTSVLGISFGAAFLLLAFILFVC .: .: . .:.:....: .:.::. : . ..: .. .:: .:: .: KIAA05 EMETRYSVEKEKQSGAAFSCSCVVLLCTALVEILIDPWLMTNYVTFMVGEILL-LILTIC 410 420 430 440 450 460 450 460 470 480 490 500 KIAA10 FAGQLLQCSKKASPLLMWLLKSSGIIANRPWPRISLTIITTAIILMMAVFNMFFLSDSEE . .. .: : :. : : : : . .... :..: : .: :: . KIAA05 SLAAIFP---RAFP--KKLVAFSTWIDRTRWARNTWAMLAIFILVMANVVDM--LSCLQY 470 480 490 500 510 510 520 530 540 550 560 KIAA10 TIPPTANTTNTSFSASNNQVAILRAQNLFFLPYFIYSCILGLISCSVFLRVNYELKMLIM :. :.. .: : :. : .:.::. ....:.. .:. .: KIAA05 YTGPSNATAGMETEGSC----------LENPKYYNYVAVLSLIATIMLVQVSHMVKLTLM 520 530 540 550 560 570 580 590 600 KIAA10 MVALVGYNTILLHTHAHVLGDYSQVLFER---------------PGI-WKD----LKTMG ... . :: :.. :. .:.. :.. ::. : . . KIAA05 LLVAGAVATINLYAWRPVFDEYDHKRFREHDLPMVALEQMQGFNPGLNGTDRLPLVPSKY 570 580 590 600 610 620 610 620 630 640 650 660 KIAA10 SVSLSIFFITL--LVLGRQNEYYCRLDFLWKNKFKKEREEIETMENLNRVLLENVLPAHV :... .:.. : ..:. : : :::: . . ..:.. :. :..:. :.:: :: KIAA05 SMTVMVFLMMLSFYYFSRHVEKLARTLFLWKIEVHDQKERVYEMRRWNEALVTNMLPEHV 630 640 650 660 670 680 670 680 690 700 710 720 KIAA10 AEHFLARSLKNEELYHQSYDCVCVMFASIPDFKEFYTESDVNKEGLECLRLLNEIIADFD :.:::. . ..:::: :.:: . :::::.:.: .:::: ..:. :.::::.:::::.::: KIAA05 ARHFLGSKKRDEELYSQTYDEIGVMFASLPNFADFYTEESINNGGIECLRFLNEIISDFD 690 700 710 720 730 740 730 740 750 760 770 KIAA10 DLLSKPKFSGVEKIKTIGSTYMAATGLS--------AVPSQEHSQEPERQYMHIGTMVEF .::..::: . ::::::::::::.:.. : ..: ..: :: ..:.. ...: KIAA05 SLLDNPKFRVITKIKTIGSTYMAASGVTPDVNTNGFASSNKEDKSERER-WQHLADLADF 750 760 770 780 790 800 780 790 800 810 820 830 KIAA10 AFALVGKLDAINKHSFNDFKLRVGINHGPVIAGVIGAQKPQYDIWGNTVNVASRMDSTGV :.:. : ::..:::.: ::.:.:.: :.::::::.::.::::::::::::::.:::: KIAA05 ALAMKDTLTNINNQSFNNFMLRIGMNKGGVLAGVIGARKPHYDIWGNTVNVASRMESTGV 810 820 830 840 850 860 840 850 860 870 880 KIAA10 LDKIQVTEETSLVLQTLGYTCTCRGIINVKGKGDLKTYFVNTEMSRSLSQSNVAS . .:::.:::...:. :. . :: : :::::.: :.:. KIAA05 MGNIQVVEETQVILREYGFRFVRRGPIFVKGKGELLTFFLKGRDKLATFPNGPSVTLPHQ 870 880 890 900 910 920 KIAA05 VVDNS 930 >>KIAA0422 ( 1160 res) hh01205s1 (1160 aa) initn: 2098 init1: 864 opt: 872 Z-score: 948.8 bits: 187.1 E(): 9.9e-48 Smith-Waterman score: 2154; 42.445% identity (69.435% similar) in 867 aa overlap (9-873:356-1155) 10 20 30 KIAA10 GAYHKHLMELALQQTYQDTCNCIKSRIKLEFEKRQQER :.. .:..:.: . :..:..:. :.::::: KIAA04 GDAFLWKQLGANVLLFLCTNVIGICTHYPAEVSQRQAFQETRGYIQARLHLQHENRQQER 330 340 350 360 370 380 40 50 60 70 80 90 KIAA10 LLLSLLPAHIAMEMKAEIIQRLQGPKAGQMENTNNFHNLYVKRHTNVSILYADIVGFTRL ::::.:: :.::::: .: . : .: ::..:...: :::::.::: ::: : KIAA04 LLLSVLPQHVAMEMKEDINTK----KEDMM-----FHKIYIQKHDNVSILFADIEGFTSL 390 400 410 420 430 100 110 120 130 140 150 KIAA10 ASDCSPGELVHMLNELFGKFDQIAKENECMRIKILGDCYYCVSGLPISLPNHAKNCVKMG ::.:. ::: :::::..::..: ::.:.:::::::::::::::: . .::. ::.:: KIAA04 ASQCTAQELVMTLNELFARFDKLAAENHCLRIKILGDCYYCVSGLPEARADHAHCCVEMG 440 450 460 470 480 490 160 170 180 190 200 210 KIAA10 LDMCEAIKKVRDATGVDINMRVGVHSGNVLCGVIGLQKWQYDVWSHDVTLANHMEAGGVP .:: :::. ::..:::..:::::.::: : :::.::.:::.::::.:::::::::::: KIAA04 VDMIEAISLVREVTGVNVNMRVGIHSGRVHCGVLGLRKWQFDVWSNDVTLANHMEAGGRA 500 510 520 530 540 550 220 230 240 250 260 270 KIAA10 GRVHISSVTLEHLNGAYKVEEGDGDIRDPYLKQHLVKTYFVINPKGERRSPQHLFRPRHT ::.::. .::..::: :.:: : : :. :::.. ..:..... . .:. . .. . KIAA04 GRIHITRATLQYLNGDYEVEPGRGGERNAYLKEQHIETFLILGASQKRKEEKAMLAKLQ- 560 570 580 590 600 610 280 290 300 310 320 330 KIAA10 LDGAKMRASVRMTRYLESWGAAKPFAHLHHRDSMTTENGKISTTDVPMGQHNFQNRTLRT . ::. : . : . :.. .:: . .. :: . ... : KIAA04 ----RTRAN-SMEGLMPRWVPDRAFSRT--KDSKAFRQ---------MGIDD-SSKDNRG 620 630 640 650 340 350 360 370 380 390 KIAA10 KSQKKRFEEELNERMIQAIDGINAQKQWLKSEDIQRISLLFYNKVLEKEYRATALPAFKY .. :.:..: . .:::. . .. :... ..:. : : . :::.: . : : KIAA04 TQDALNPEDEVDEFLSRAIDARSIDQ--LRKDHVRRFLLTFQREDLEKKYSRKVDPRFGA 660 670 680 690 700 710 400 410 420 430 440 450 KIAA10 YVTCACLIFFCIFIVQILVLPKTSV-LGISFGAAFLLLAFILFVCFAGQLLQCSKKASPL ::.:: :.: : ..:.:..:.... ::: ... :::: . ...: . .:.. KIAA04 YVACALLVFCFICFIQLLIFPHSTLMLGI-YASIFLLLLITVLIC---AVYSCGSLFPKA 720 730 740 750 760 770 460 470 480 490 500 510 KIAA10 LMWLLKSSGIIANRPWPRISLTIITTAIILMMAVFNMFFLSDSEETIPPTANTTNTSFSA :. : .: :. .: .. :... ... :. ::.:... .. .. . : KIAA04 LQRLSRS--IVRSRA-HSTAVGIFSVLLVFTSAIANMYFIGNMLLSLLASSVFLHIS--- 780 790 800 810 820 520 530 540 550 560 570 KIAA10 SNNQVAILRAQNLFFLPYFIYSCILGLISCSVFLRVNYELKMLIMMVALVGYNTILLHTH : ...:.. . .:..: .: :.. . . ::.: :: .: KIAA04 SIGKLAMIFVLGLIYL-------VLLLLGPPATIFDNYDL---------------LLGVH 830 840 850 860 580 590 600 610 620 630 KIAA10 AHVLGDYSQVLFERPGIWK-DLKTMGSVSLSIFFITLLVLGRQNEYYCRLDFLWKNKFKK . . .. . .. :. . :: : : : .: ..: . ..: : ::::::: . KIAA04 GLASSNETFDGLDCPAAGRVALKYMTPVILLVFALALYLHAQQVESTARLDFLWKLQATG 870 880 890 900 910 920 640 650 660 670 680 690 KIAA10 EREEIETMENLNRVLLENVLPAHVAEHFLARSLKNEELYHQSYDCVCVMFASIPDFKEFY :.::.: .. :: ::.:.:: :: ::::: .:.:::.:: .:: :::::: .:.::: KIAA04 EKEEMEELQAYNRRLLHNILPKDVAAHFLARERRNDELYYQSCECVAVMFASIANFSEFY 930 940 950 960 970 980 700 710 720 730 740 750 KIAA10 TESDVNKEGLECLRLLNEIIADFDDLLSKPKFSGVEKIKTIGSTYMAATGLSAVPSQEHS .: ..:.::.::::::::::::::...:. .: .:::::::::::::.::.: : KIAA04 VELEANNEGVECLRLLNEIIADFDEIISEERFRQLEKIKTIGSTYMAASGLNA------S 990 1000 1010 1020 1030 760 770 780 790 800 810 KIAA10 QEPERQYMHIGTMVEFAFALVGKLDAINKHSFNDFKLRVGINHGPVIAGVIGAQKPQYDI . :: .....:. :. .. ::.::::.:....:.: :::.::::::.:::::: KIAA04 TYDQVGRSHITALADYAMRLMEQMKHINEHSFNNFQMKIGLNMGPVVAGVIGARKPQYDI 1040 1050 1060 1070 1080 1090 820 830 840 850 860 870 KIAA10 WGNTVNVASRMDSTGVLDKIQVTEETSLVLQTLGYTCTCRGIINVKGKGDLKTYFVNTEM :::::::.:::::::: :.:::: . :: . :: :::...:::::.. :::.: KIAA04 WGNTVNVSSRMDSTGVPDRIQVTTDLYQVLAAKGYQLECRGVVKVKGKGEMTTYFLNGGP 1100 1110 1120 1130 1140 1150 880 KIAA10 SRSLSQSNVAS KIAA04 SS 1160 >>KIAA0520 ( 1364 res) hg02989s1 (1364 aa) initn: 1234 init1: 572 opt: 580 Z-score: 629.3 bits: 128.2 E(): 6.2e-30 Smith-Waterman score: 1288; 32.083% identity (57.812% similar) in 960 aa overlap (29-871:334-1252) 10 20 30 40 50 KIAA10 GAYHKHLMELALQQTYQDTCNCIKSRIKLEFEKRQQERLLLSLLPAHIAMEMKAE--- :: :: .::.. :..: :: .. . KIAA05 AIGVHLFVMSQVRSRSTFLKVGQSIMHGKDLEVEKALKERMIHSVMPRIIADDLMKQGDE 310 320 330 340 350 360 60 70 80 90 100 KIAA10 ----IIQR--LQGPKAGQMENTNN-----FHNLYVKRHTNVSILYADIVGFTRLASDCSP ..: ..:: . ... . :. . ... .::::.:::::::..... : KIAA05 ESENSVKRHATSSPKNRKKKSSIQKAPIAFRPFKMQQIEEVSILFADIVGFTKMSANKSA 370 380 390 400 410 420 110 120 130 140 150 160 KIAA10 GELVHMLNELFGKFDQIAKENECMRIKILGDCYYCVSGLPISLPNHAKNCVKMGLDMCEA :: .::.:::.::.. .:..: .:. ::::::::.: : .:: :..::: : .: KIAA05 HALVGLLNDLFGRFDRLCEETKCEKISTLGDCYYCVAGCPEPRADHAYCCIEMGLGMIKA 430 440 450 460 470 480 170 180 190 200 210 220 KIAA10 IKKVRDATGVDINMRVGVHSGNVLCGVIGLQKWQYDVWSHDVTLANHMEAGGVPGRVHIS :.. . .:::::::.:.::::..:......::::.::.::: :: :: :.:::: KIAA05 IEQFCQEKKEMVNMRVGVHTGTVLCGILGMRRFKFDVWSNDVNLANLMEQLGVAGKVHIS 490 500 510 520 530 540 230 240 250 KIAA10 SVTLEHLNGAYKVEEGD-----GD--IRDPY--LKQHLVKT-----------------YF .: ..:. :..:.: :. . : :: .:.. . 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