# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh12158.fasta.huge -Q ../query/KIAA1059.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1059, 1297 aa vs ./tmplib.24314 library 1986208 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5997+/-0.00821; mu= 12.3797+/- 0.557 mean_var=266.0397+/-64.159, 0's: 0 Z-trim: 3 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.078632 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 40, opt: 28, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA1329 ( 907 res) fh14788 ( 907) 2753 326.8 1e-89 >>KIAA1329 ( 907 res) fh14788 (907 aa) initn: 2686 init1: 1553 opt: 2753 Z-score: 1702.7 bits: 326.8 E(): 1e-89 Smith-Waterman score: 2753; 45.045% identity (75.225% similar) in 888 aa overlap (375-1251:1-880) 350 360 370 380 390 400 KIAA10 SDPEMESSILISSDEGATYQKYRLTFYIQSLLFHPKQEDWVLAYSLDQKLYSSMDFGRRW :.::::.:: ::::. ..::: : :.:..: KIAA13 LIFHPKEEDKVLAYTKESKLYVSSDLGKKW 10 20 30 410 420 430 440 450 460 KIAA10 QLMHERITPNRFYWSVAGLDKEADLVHMEVRTTDGYAHYLTCRIQECAETTRSGPFARSI :..::.: .. .:::.:.: . ::::.:.. : .:.:: :..:.: ..::: : KIAA13 TLLQERVTKDHVFWSVSGVDADPDLVHVEAQDLGGDFRYVTCAIHNCSEKMLTAPFAGPI 40 50 60 70 80 90 470 480 490 500 510 520 KIAA10 DISSLVVQDEYIFIQVTTSGRASYYVSYRREAFAQIKLPKYSLPKDMHIISTDENQVFAA : .::.:::.:::...:......:::::::. :. .:::::.::::..::::::.:::.: KIAA13 DHGSLTVQDDYIFFKATSANQTKYYVSYRRNEFVLMKLPKYALPKDLQIISTDESQVFVA 100 110 120 130 140 150 530 540 550 560 570 580 KIAA10 VQEWNQNDTYNLYISDTRGIYFTLAMENIKSSRGLMGNIIIELYEVAGIKGIFLANKKVD :::: : :::::: :: ::. ..:......::: ...:.. :: :.::.::::.:.: KIAA13 VQEWYQMDTYNLYQSDPRGVRYALVLQDVRSSRQAEESVLIDILEVRGVKGVFLANQKID 160 170 180 190 200 210 590 600 610 620 630 640 KIAA10 DQVKTYITYNKGRDWRLLQAPDVDLRGSPVHCLLPFCSLHLHLQLSENPYSSGRISSKET .: : ::::::::: :. :..:. :.:..: : : :::::. ..::: :: . .:.: KIAA13 GKVMTLITYNKGRDWDYLRPPSMDMNGKPTNCKPPDCHLHLHLRWADNPYVSGTVHTKDT 220 230 240 250 260 270 650 660 670 680 690 700 KIAA10 APGLVVATGNIGPELSYTDIGVFISSDGGNTWRQIFDEEYNVWFLDWGGALVAMKHTPLP ::::....::.: .: ..:.:: :.::::.:.::... .:: ::..::.: : .: KIAA13 APGLIMGAGNLGSQLVEYKEEMYITSDCGHTWRQVFEEEHHILYLDHGGVIVAIKDTSIP 280 290 300 310 320 330 710 720 730 740 750 760 KIAA10 VRHLWVSFDEGHSWDKYGFTSVPLFVDGALVEAGMETHIMTVFGHFSLRSEWQLVKVDYK .. : : ::: .:. ..:::. .:::: : : : :: .::::::.:.::.:.:::::.. KIAA13 LKILKFSVDEGLTWSTHNFTSTSVFVDGLLSEPGDETLVMTVFGHISFRSDWELVKVDFR 340 350 360 370 380 390 770 780 790 800 810 820 KIAA10 SIFSRHCTKEDYQTWHLLN-QGEPCVMGERKIFKKRKPGAQCALGRDHSGSVVSEPCVCA :::.: .:::..:.: : ::. :.::... :.::: . : ::. .....:. : : KIAA13 PSFSRQCGEEDYSSWELSNLQGDRCIMGQQRSFRKRKSTSWCIKGRSFTSALTSRVCECR 400 410 420 430 440 450 830 840 850 860 870 KIAA10 NWDFECDYGYERHGESQ-----CVPAFWYNPASPSKDCSLGQSYLNSTGYRRIVSNNCTD . :: ::::.:: :. : ::.:: :: ::.:::.: .: :::..::: : KIAA13 DSDFLCDYGFERSPSSESSTNKCSANFWFNPLSPPDDCALGQTYTSSLGYRKVVSNVCEG 460 470 480 490 500 510 880 890 900 910 920 930 KIAA10 GLREKYTAKAQMCPGKAPRGLHVVTTDGRLVA-EQGHNATFIILMEEGDLQRTNIQLDFG :. . . .:: ::::.: . .:. :: . :... :.. .:.::. :. :.:.: KIAA13 GVDMQQSQVQLQCPLTPPRGLQV-SIQGEAVAVRPGEDVLFVVRQEQGDVLTTKYQVDLG 520 530 540 550 560 940 950 960 970 980 990 KIAA10 DGIAVSYANFSPIEDGIKHVYKSAGIFQVTAYAENNLGSDTAVLFLHVVCPVEHVHLRV- ::. . :.:.. . :.: :.: ::..:.. :::. : : ::::..: :.. ..:.: KIAA13 DGFKAMYVNLTLTGEPIRHRYESPGIYRVSVRAENTAGHDEAVLFVQVNSPLQALYLEVV 570 580 590 600 610 620 1000 1010 1020 1030 1040 1050 KIAA10 PFVAIRNKEVNISAVVWPSQLGTLTYFWWFGNSTKPLITLDSSISFTFLAEGTDTITVQV : ... :.:::..::. : . . ...::.:.: .::..::.:.. : : .:::. KIAA13 PVIGL-NQEVNLTAVLLPLNPNLTVFYWWIGHSLQPLLSLDNSVTTRFSDTGDVRVTVQA 630 640 650 660 670 680 1060 1070 1080 1090 1100 1110 KIAA10 AAGNALIQDTKEIAVHEYFQSQLLSFSPNLDYHNPDIPEWRKDIGNVIKRALVKVTSVPE : ::...::.. . : . :: . :.:: .:: .::. ::::.:.: :. : : : ::::. KIAA13 ACGNSVLQDSRVLRVLDQFQVMPLQFSKELDAYNPNTPEWREDVGLVVTRLLSKETSVPQ 690 700 710 720 730 740 1120 1130 1140 1150 1160 1170 KIAA10 DQILIAVFPGLPTSAELFIL--PPKNLTERRKGNEGDLEQIVETLFNALNQNLVQFELKP . .. .: ::::: :.:..: ::. .: ... : : . .:: . ..: :. KIAA13 ELLVTVVKPGLPTLADLYVLLPPPRPTRKRSLSSDKRLAAIQQ----VLNAQKISFLLRG 750 760 770 780 790 800 1180 1190 1200 1210 1220 1230 KIAA10 GVQVIVYVTQL-TLAPLVDSSAGHSSSAMLMLLSVVFVGLAVFLIYKFKRKIPWINIYAQ ::.:.: . . : : . ...:. . ..:..... .: .:..:::::: : ..::: KIAA13 GVRVLVALRDTGTGAEQLGGGGGYWAVVVLFVIGLFAAG--AFILYKFKRKRPGRTVYAQ 810 820 830 840 850 860 1240 1250 1260 1270 1280 1290 KIAA10 VQHDKEQEMIGSVSQSENAPKITLSDFTEPEELLDKELDTRVIGGIATIANSESTKEIPN ....::::: . ::.::. KIAA13 MHNEKEQEMTSPVSHSEDVQGAVQGNHSGVVLSINSREMHSYLVS 870 880 890 900 1297 residues in 1 query sequences 1986208 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:07:31 2008 done: Thu Dec 18 15:07:32 2008 Total Scan time: 0.750 Total Display time: 0.060 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]