# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh05240.fasta.huge -Q ../query/KIAA1054.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1054, 480 aa vs ./tmplib.24314 library 1987025 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 2.3618+/-0.00425; mu= 26.5132+/- 0.292 mean_var=59.5814+/-13.765, 0's: 0 Z-trim: 2 B-trim: 52 in 1/39 Lambda= 0.166157 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0736 ( 748 res) hk03846 ( 748) 2125 518.6 5.7e-148 KIAA0735 ( 707 res) hj00943 ( 707) 2100 512.5 3.6e-146 >>KIAA0736 ( 748 res) hk03846 (748 aa) initn: 2216 init1: 1485 opt: 2125 Z-score: 2748.4 bits: 518.6 E(): 5.7e-148 Smith-Waterman score: 2125; 64.167% identity (84.167% similar) in 480 aa overlap (1-479:268-747) 10 20 30 KIAA10 RLLSGFGIGGAIPTVFSYFAEVLAREKRGE ::::: ::::.:: :::::.: ::.::::: KIAA07 RQCLLISLSVNSVFAFFSSFVQGYGTFLFCRLLSGVGIGGSIPIVFSYFSEFLAQEKRGE 240 250 260 270 280 290 40 50 60 70 80 90 KIAA10 HLSWLCMFWMIGGIYASAMAWAIIPHYGWSFSMGSAYQFHSWRVFVIVCALPCVSSVVAL :::::::::::::.::.::::::::::::::.::::::::::::::.:::.: : .. :: KIAA07 HLSWLCMFWMIGGVYAAAMAWAIIPHYGWSFQMGSAYQFHSWRVFVLVCAFPSVFAIGAL 300 310 320 330 340 350 100 110 120 130 140 150 KIAA10 TFMPESPRFLLEVGKHDEAWMILKLIHDTNMRARGQPEKVFTVNKIKTPKQIDELIEIES : .::::::.:: ::::::::.:: .:::::::.:.::.::.:..::: .: ::::::.: KIAA07 TTQPESPRFFLENGKHDEAWMVLKQVHDTNMRAKGHPERVFSVTHIKTIHQEDELIEIQS 360 370 380 390 400 410 160 170 180 190 200 210 KIAA10 DTGTWYRRCFVRIRTELYGIWLTFMRCFNYPVRDNTIKLTIVWFTLSFGYYGLSVWFPDV ::::::.: :: . .: .:. ::. : :. . ::::.::.::::.:::::. 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KIAA07 STGTWYQRWLVRFKTIFKQVWDNALYCVMGPYRMNTLILAVVWFAMAFSYYGLTVWFPDM 380 390 400 410 420 430 220 230 240 250 260 270 KIAA10 IKPLQSDEYALLTRNVERDKYANFTINFTMENQIHTGMEYDNGRFIGVKFKSVTFKDSVF :. .:..:: . .. . ::::::::::: . : .: . :: : :.:. : KIAA07 IRYFQDEEYKSKMKVFFGEHVYGATINFTMENQIHQHGKLVNDKFTRMYFKHVLFEDTFF 440 450 460 470 480 490 280 290 300 310 320 330 KIAA10 KSCTFEDVTSVNTYFKNCTFIDTVFDNTDFEPYKFIDSEFKNCSFFHNKTGCQITFDDDY : ::::::..:::::::. .:.: :::. .:::. .: : .:...: ::.. ...: KIAA07 DECYFEDVTSTDTYFKNCTIESTIFYNTDLYEHKFINCRFINSTFLEQKEGCHMDLEQD- 500 510 520 530 540 550 340 350 360 370 380 390 KIAA10 SAYWIYFVNFLGTLAVLPGNIVSALLMDRIGRLTMLGGSMVLSGISCFFLWFGTSESMMI . . ::.:.:::.:.::::::.::::::::::: :.::::..:.. ::::.::.::: :: KIAA07 NDFLIYLVSFLGSLSVLPGNIISALLMDRIGRLKMIGGSMLISAVCCFFLFFGNSESAMI 560 570 580 590 600 610 400 410 420 430 440 450 KIAA10 GMLCLYNGLTISAWNSLDVVTVELYPTDRRATGFGFLNALCKAAAVLGNLIFGSLVSITK : ::. : .:.:::.:::.:::::::..:::.::.::.::: .:.::: ::.:.:.::: KIAA07 GWQCLFCGTSIAAWNALDVITVELYPTNQRATAFGILNGLCKFGAILGNTIFASFVGITK 620 630 640 650 660 670 460 470 480 KIAA10 SIPILLASTVLVCGGLVGLCLPDTRTQVLM .:::::.. :: :::..: ::.:: :::: KIAA07 VVPILLAAASLVGGGLIALRLPETREQVLM 680 690 700 480 residues in 1 query sequences 1987025 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:07:19 2008 done: Thu Dec 18 15:07:20 2008 Total Scan time: 0.430 Total Display time: 0.030 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]