# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/hh03308.fasta.huge -Q ../query/KIAA1050.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1050, 829 aa vs ./tmplib.24314 library 1986676 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.6147+/-0.0057; mu= -6.7197+/- 0.382 mean_var=248.3858+/-59.175, 0's: 0 Z-trim: 4 B-trim: 8 in 1/39 Lambda= 0.081379 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 38, opt: 26, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0835 ( 1167 res) hj05861 (1167) 5593 670.2 3.6e-193 KIAA1106 ( 1154 res) fg01888 (1154) 2644 323.9 5.9e-89 KIAA0535 ( 1047 res) hg03847 (1047) 2468 303.3 9.1e-83 >>KIAA0835 ( 1167 res) hj05861 (1167 aa) initn: 5593 init1: 5593 opt: 5593 Z-score: 3560.0 bits: 670.2 E(): 3.6e-193 Smith-Waterman score: 5593; 100.000% identity (100.000% similar) in 829 aa overlap (1-829:339-1167) 10 20 30 KIAA10 EEEEEEEEEEEEEEAAPDVIFQEDTSHTSA :::::::::::::::::::::::::::::: KIAA08 EEEEEEEEEEEDEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEAAPDVIFQEDTSHTSA 310 320 330 340 350 360 40 50 60 70 80 90 KIAA10 QKAPELRGPESPSPKPEYSVIVEVRSDDDKDEDTHSRKSTVTDESEMQDMMTRGNLGLLE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA08 QKAPELRGPESPSPKPEYSVIVEVRSDDDKDEDTHSRKSTVTDESEMQDMMTRGNLGLLE 370 380 390 400 410 420 100 110 120 130 140 150 KIAA10 QAIALKAEQVRTVCEPGCPPAEQSQLGLGEPGKAAKPLDTVRKSYYSKDPSRAEKREIKC :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA08 QAIALKAEQVRTVCEPGCPPAEQSQLGLGEPGKAAKPLDTVRKSYYSKDPSRAEKREIKC 430 440 450 460 470 480 160 170 180 190 200 210 KIAA10 PTPGCDGTGHVTGLYPHHRSLSGCPHKDRIPPEILAMHENVLKCPTPGCTGQGHVNSNRN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA08 PTPGCDGTGHVTGLYPHHRSLSGCPHKDRIPPEILAMHENVLKCPTPGCTGQGHVNSNRN 490 500 510 520 530 540 220 230 240 250 260 270 KIAA10 THRSLSGCPIAAAEKLAKSHEKQQPQTGDPSKSSSNSDRILRPMCFVKQLEVPPYGSYRP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA08 THRSLSGCPIAAAEKLAKSHEKQQPQTGDPSKSSSNSDRILRPMCFVKQLEVPPYGSYRP 550 560 570 580 590 600 280 290 300 310 320 330 KIAA10 NVAPATPRANLAKELEKFSKVTFDYASFDAQVFGKRMLAPKIQTSETSPKAFQCFDYSQD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA08 NVAPATPRANLAKELEKFSKVTFDYASFDAQVFGKRMLAPKIQTSETSPKAFQCFDYSQD 610 620 630 640 650 660 340 350 360 370 380 390 KIAA10 AEAAHMAATAILNLSTRCWEMPENLSTKPQDLPSKSVDIEVDENGTLDLSMHKHRKRENA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA08 AEAAHMAATAILNLSTRCWEMPENLSTKPQDLPSKSVDIEVDENGTLDLSMHKHRKRENA 670 680 690 700 710 720 400 410 420 430 440 450 KIAA10 FPSSSSCSSSPGVKSPDASQRHSSTSAPSSSMTSPQSSQASRQDEWDRPLDYTKPSRLRE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA08 FPSSSSCSSSPGVKSPDASQRHSSTSAPSSSMTSPQSSQASRQDEWDRPLDYTKPSRLRE 730 740 750 760 770 780 460 470 480 490 500 510 KIAA10 EEPEESEPAAHSFASSEADDQEVSEENFEERKYPGEVTLTNFKLKFLSKDIKKELLTCPT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA08 EEPEESEPAAHSFASSEADDQEVSEENFEERKYPGEVTLTNFKLKFLSKDIKKELLTCPT 790 800 810 820 830 840 520 530 540 550 560 570 KIAA10 PGCDGSGHITGNYASHRSLSGCPLADKSLRNLMAAHSADLKCPTPGCDGSGHITGNYASH :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA08 PGCDGSGHITGNYASHRSLSGCPLADKSLRNLMAAHSADLKCPTPGCDGSGHITGNYASH 850 860 870 880 890 900 580 590 600 610 620 630 KIAA10 RSLSGCPRAKKSGVKVAPTKDDKEDPELMKCPVPGCVGLGHISGKYASHRSASGCPLAAR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA08 RSLSGCPRAKKSGVKVAPTKDDKEDPELMKCPVPGCVGLGHISGKYASHRSASGCPLAAR 910 920 930 940 950 960 640 650 660 670 680 690 KIAA10 RQKEGSLNGSSFSWKSLKNEGPTCPTPGCDGSGHANGSFLTHRSLSGCPRATFAGKKGKL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA08 RQKEGSLNGSSFSWKSLKNEGPTCPTPGCDGSGHANGSFLTHRSLSGCPRATFAGKKGKL 970 980 990 1000 1010 1020 700 710 720 730 740 750 KIAA10 SGDEVLSPKFKTSDVLENDEEIKQLNQEIRDLNESNSEMEAAMVQLQSQISSMEKNLKNI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA08 SGDEVLSPKFKTSDVLENDEEIKQLNQEIRDLNESNSEMEAAMVQLQSQISSMEKNLKNI 1030 1040 1050 1060 1070 1080 760 770 780 790 800 810 KIAA10 EEENKLIEEQNEALFLELSGLSQALIQSLANIRLPHMEPICEQNFDAYVSTLTDMYSNQD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: KIAA08 EEENKLIEEQNEALFLELSGLSQALIQSLANIRLPHMEPICEQNFDAYVSTLTDMYSNQD 1090 1100 1110 1120 1130 1140 820 KIAA10 PENKDLLESIKQAVRGIQV ::::::::::::::::::: KIAA08 PENKDLLESIKQAVRGIQV 1150 1160 >>KIAA1106 ( 1154 res) fg01888 (1154 aa) initn: 2207 init1: 1572 opt: 2644 Z-score: 1688.9 bits: 323.9 E(): 5.9e-89 Smith-Waterman score: 2981; 57.209% identity (74.767% similar) in 860 aa overlap (36-829:353-1154) 10 20 30 40 50 60 KIAA10 EEEEEEEEEAAPDVIFQEDTSHTSAQKAPELRGPESPSPKPEYSVIVEVRSDD---DKDE .: :. ::. . :.. ..: ..:. KIAA11 QNMNIRQHVRPEEDFPGRTPDRNYSDMLNLMRLEEQLSPRSR--VFASCAKEDGCHERDD 330 340 350 360 370 380 70 80 90 100 110 KIAA10 DTHSRKSTVTDESEMQDMMTRGNLGLLEQAIALKAEQVRTVCEPGCPPA----------E :: : .: :.:: ::.::: :::.::::..:..... : : . KIAA11 DTTSVNS---DRSEEVFDMTKGNLTLLEKAIALETERAKAMREKMAMEAGRRDNMRSYED 390 400 410 420 430 120 130 140 150 160 KIAA10 QSQLGLGEPGKAAKPLDT---VRKSYYSKDPSRAEKREIKCPTPGCDGTGHVTGLYPHHR :: : ::. :: .. :.: :: ::::.::.: ::::::::::::::::::::: KIAA11 QSPRQL--PGEDRKPKSSDSHVKKPYY--DPSRTEKKESKCPTPGCDGTGHVTGLYPHHR 440 450 460 470 480 490 170 180 190 200 210 220 KIAA10 SLSGCPHKDRIPPEILAMHENVLKCPTPGCTGQGHVNSNRNTHRSLSGCPIAAAEKLAKS ::::::::::.:::::::::.:::::::::::.::::::::.:::::::::::::::::. KIAA11 SLSGCPHKDRVPPEILAMHESVLKCPTPGCTGRGHVNSNRNSHRSLSGCPIAAAEKLAKA 500 510 520 530 540 550 230 240 250 260 270 280 KIAA10 HEKQQPQTGDPSKSSSNSDRILRPMCFVKQLEVPPYGSYRPNVAPATPRANLAKELEKFS .::.: . : ::::. :::.:::::::::::.: :: :: :: .:::.::::::::.: KIAA11 QEKHQ--SCDVSKSSQASDRVLRPMCFVKQLEIPQYG-YRNNVPTTTPRSNLAKELEKYS 560 570 580 590 600 610 290 300 310 320 KIAA10 KVTFDYASFDAQVFGKRMLAPKIQTSETSPKAFQ-----C-------------------- :..:.: :.: ...::: .:::.:: . :::... : KIAA11 KTSFEYNSYDNHTYGKRAIAPKVQTRDISPKGYDDAKRYCKDPSPSSSSTSSYAPSSSSN 620 630 640 650 660 670 330 340 350 360 KIAA10 -----------------FDYSQDAEAAHMAATAILNLSTRCWEMPENLSTKPQDL-PSKS :::..: ::::::::::::::::: :::.::::::::: ... KIAA11 LSCGGGSSASSTCSKSSFDYTHDMEAAHMAATAILNLSTRCREMPQNLSTKPQDLCATRN 680 690 700 710 720 730 370 380 390 400 410 420 KIAA10 VDIEVDENGTLDLSMHKHRKRENAFPSSSSCSSSPGVKSPDASQRHSSTSAPSSSMTSPQ :.::::::::::::.:.: : .: : : . .: . : .... . . KIAA11 PDMEVDENGTLDLSMNKQR------PRDSCC---P-ILTPLEPM-----SPQQQAVMNNR 740 750 760 770 430 440 450 460 470 480 KIAA10 SSQASRQDEWDRPLDYTK--PSRLREEEPEESEPAAHSFASSEADDQEVSEENFEERKYP : .. : :: :.:::: : :. :.: .. : .: . .: .:::.:: KIAA11 CFQLGEGDCWDLPVDYTKMKPRRIDEDESKDITP----------EDLDPFQEALEERRYP 780 790 800 810 820 490 500 510 520 530 540 KIAA10 GEVTLTNFKLKF-LSKDIKKELLTCPTPGCDGSGHITGNYASHRSLSGCPLADKSLRNLM ::::. . : :. :. ::.:.: ::::::::::.:... KIAA11 GEVTIPSPKPKYPQCKESKKDLIT---------------------LSGCPLADKSIRSML 830 840 850 860 550 560 570 580 590 600 KIAA10 AAHSADLKCPTPGCDGSGHITGNYASHRSLSGCPRAKKSGVKVAPTKDDKEDPELMKCPV :. : .::::::::::::::::::::::::::::::::::...: .:.:::: : ..::: KIAA11 ATSSQELKCPTPGCDGSGHITGNYASHRSLSGCPRAKKSGIRIAQSKEDKEDQEPIRCPV 870 880 890 900 910 920 610 620 630 640 650 660 KIAA10 PGCVGLGHISGKYASHRSASGCPLAARRQKEGSLNGSSFSWKSLKNEGPTCPTPGCDGSG ::: : :::.::::::::::::::::.:::.: ::::.:::::.:.:: .:::::::::: KIAA11 PGCDGQGHITGKYASHRSASGCPLAAKRQKDGYLNGSQFSWKSVKTEGMSCPTPGCDGSG 930 940 950 960 970 980 670 680 690 700 710 720 KIAA10 HANGSFLTHRSLSGCPRATFAGKKGKLSGDEVLSPKFKTSDVLENDEEIKQLNQEIRDLN :..:::::::::::::::: : ::.::::...:. : ..:. .:::::::::..::..:: KIAA11 HVSGSFLTHRSLSGCPRATSAMKKAKLSGEQMLTIKQRASNGIENDEEIKQLDEEIKELN 990 1000 1010 1020 1030 1040 730 740 750 760 770 780 KIAA10 ESNSEMEAAMVQLQSQISSMEKNLKNIEEENKLIEEQNEALFLELSGLSQALIQSLANIR ::::.::: :..:..::..::.:::.::::::.::.:::.:. ::..:::.::.:::::. KIAA11 ESNSQMEADMIKLRTQITTMESNLKTIEEENKVIEQQNESLLHELANLSQSLIHSLANIQ 1050 1060 1070 1080 1090 1100 790 800 810 820 KIAA10 LPHMEPICEQNFDAYVSTLTDMYSNQD----PENKDLLESIKQAVRGIQV ::::.:: ::::::::.:::.::.::: :::: :::.:::::::::: KIAA11 LPHMDPINEQNFDAYVTTLTEMYTNQDRYQSPENKALLENIKQAVRGIQV 1110 1120 1130 1140 1150 >>KIAA0535 ( 1047 res) hg03847 (1047 aa) initn: 1953 init1: 699 opt: 2468 Z-score: 1577.8 bits: 303.3 E(): 9.1e-83 Smith-Waterman score: 2740; 55.897% identity (75.921% similar) in 814 aa overlap (58-829:277-1047) 30 40 50 60 70 80 KIAA10 TSAQKAPELRGPESPSPKPEYSVIVEVRSDDDKDEDTHSRKSTVTDESEMQDMMTRGNLG : ..::..: . . :... ..:::. KIAA05 ENRCDSETERKDPQNALAEPLDGNAQPSFPDVEEEDSESLAVMTEEGSDLEK--AKGNLS 250 260 270 280 290 300 90 100 110 120 130 140 KIAA10 LLEQAIALKAEQVRTVCEPGCPPAEQSQLGL----GEPGKAAKPLDTV-RKSYYSKDPSR ::::::::.::. : : ... : :: . .: .: :. . .: : KIAA05 LLEQAIALQAER---GCVFHNTYKELDRFLLEHLAGER-RQTKVIDMGGRQIFNNKHSPR 310 320 330 340 350 360 150 160 170 180 190 200 KIAA10 AEKREIKCPTPGCDGTGHVTGLYPHHRSLSGCPHKDRIPPEILAMHENVLKCPTPGCTGQ :::: ::: ::::::::::::::::::::::::: :.: :::::::::::::::::::. KIAA05 PEKRETKCPIPGCDGTGHVTGLYPHHRSLSGCPHKVRVPLEILAMHENVLKCPTPGCTGR 370 380 390 400 410 420 210 220 230 240 250 KIAA10 GHVNSNRNTHRSLSGCPIAAAEKLAKSHEKQQ---PQTGD-PSKSSSNSDRILRPMCFVK ::::::::::::::::::::::::: :..:.: ::::. :... .: .:: KIAA05 GHVNSNRNTHRSLSGCPIAAAEKLAMSQDKNQLDSPQTGQCPDQAHRTS--------LVK 430 440 450 460 470 260 270 280 290 300 310 KIAA10 QLEVPPYGSYRPNVAPATPRANLAKELEKFSKVTFDYASFDAQVFGKRMLAPKIQTSETS :.: :. : ..:::...:: :::.:: :::::::::::::: : .: .: KIAA05 QIEFN-----FPSQAITSPRATVSKEQEKFGKVPFDYASFDAQVFGKRPLIQTVQGRKTP 480 490 500 510 520 320 330 340 350 KIAA10 P----KAF-----------------------QCFDYSQDAEAAHMAATA-ILNLSTRCWE : : : . ..:.: .: .:.::.: :::::::: : KIAA05 PFPESKHFPNPVKFPNRLPSAGAHTQSPGRASSYSYGQCSEDTHIAAAAAILNLSTRCRE 530 540 550 560 570 580 360 370 380 390 400 410 KIAA10 MPENLSTKPQDLPSKSVDIEVDENGTLDLSMHKHRKRENAFPSSSSCSSSPGVKSPDASQ . ::.:::.: .:...:::::::::::::.:.: ... : .:: .: : .:..: KIAA05 ATDILSNKPQSLHAKGAEIEVDENGTLDLSMKKNRILDKSAPLTSSNTSIP---TPSSSP 590 600 610 620 630 640 420 430 440 450 460 KIAA10 RHSSTSAPSSSMTSPQSSQA-SRQDEWDRPLDYTKPSRLREEEPEESEPAAHSFASSEAD ..: : ... :: :. :: :..:.: .. . :: .:..:.. KIAA05 FKTS-----SILVNAAFYQALCDQEGWDTPINYSK-THGKTEEEKEKDPVS--------- 650 660 670 680 470 480 490 500 510 520 KIAA10 DQEVSEENFEERKYPGEVTLTNFKLKFLSKDIKKELLTCPTPGCDGSGHITGNYASHRSL : ::.::.:.:::... . : :. ..:.::::.::::::::::::.:::::::::. KIAA05 ----SLENLEEKKFPGEASIPSPKPKLHARDLKKELITCPTPGCDGSGHVTGNYASHRSV 690 700 710 720 730 740 530 540 550 560 570 580 KIAA10 SGCPLADKSLRNLMAAHSADLKCPTPGCDGSGHITGNYASHRSLSGCPRAKKSGVKVAPT ::::::::.:..::::.: .:::::::::::::.::::::::::::::::.:.:::..:: KIAA05 SGCPLADKTLKSLMAANSQELKCPTPGCDGSGHVTGNYASHRSLSGCPRARKGGVKMTPT 750 760 770 780 790 800 590 600 610 620 630 640 KIAA10 KDDKEDPELMKCPVPGCVGLGHISGKYASHRSASGCPLAARRQKEGSLNGSSFSWKSLKN :..:::::: :::: :: : :::::::.:::.::::::::.::::. :::.:.::: :. KIAA05 KEEKEDPEL-KCPVIGCDGQGHISGKYTSHRTASGCPLAAKRQKENPLNGASLSWKLNKQ 810 820 830 840 850 860 650 660 670 680 690 700 KIAA10 EGPTCPTPGCDGSGHANGSFLTHRSLSGCPRATFAGKKGKLSGDEVLSPKFKTSDVLEND : : :: :::.: ::.:. :.::::::::: . . ::::.: .:... :.:.. .:.: KIAA05 ELPHCPLPGCNGLGHVNNVFVTHRSLSGCPLNAQVIKKGKVS-EELMTIKLKATGGIESD 870 880 890 900 910 920 710 720 730 740 750 760 KIAA10 EEIKQLNQEIRDLNESNSEMEAAMVQLQSQISSMEKNLKNIEEENKLIEEQNEALFLELS :::..:..::..::::: ..:: :..::.::.:::.:::.:::::::::..::.:. ::. KIAA05 EEIRHLDEEIKELNESNLKIEADMMKLQTQITSMESNLKTIEEENKLIEQNNESLLKELA 930 940 950 960 970 980 770 780 790 800 810 820 KIAA10 GLSQALIQSLANIRLPHMEPICEQNFDAYVSTLTDMYSNQD----PENKDLLESIKQAVR :::::::.:::.:.::.: :: ::::.:::.:::::::: . :: : :::::::::. KIAA05 GLSQALISSLADIQLPQMGPISEQNFEAYVNTLTDMYSNLERDYSPECKALLESIKQAVK 990 1000 1010 1020 1030 1040 KIAA10 GIQV ::.: KIAA05 GIHV 829 residues in 1 query sequences 1986676 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:07:10 2008 done: Thu Dec 18 15:07:11 2008 Total Scan time: 0.610 Total Display time: 0.130 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]