# /usr/local/bin/fasta34 -b50 -d10 -E0.01 -H -O./tmp/fh02337.fasta.huge -Q ../query/KIAA1039.ptfa ./tmplib.24314 2 FASTA searches a protein or DNA sequence data bank version 34.26.5 April 26, 2007 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 KIAA1039, 444 aa vs ./tmplib.24314 library 1987061 residues in 2037 sequences Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.3619+/-0.00685; mu= -2.7847+/- 0.463 mean_var=207.8383+/-50.519, 0's: 0 Z-trim: 6 B-trim: 0 in 0/40 Lambda= 0.088963 FASTA (3.5 Sept 2006) function [optimized, BL50 matrix (15:-5)] ktup: 2 join: 37, opt: 25, open/ext: -10/-2, width: 16 The best scores are: opt bits E(2037) KIAA0474 ( 782 res) fj12051 ( 782) 1217 168.6 1.2e-42 KIAA0440 ( 1817 res) ah05029 (1817) 604 90.3 1.1e-18 KIAA1389 ( 1514 res) hh03860 (1514) 598 89.4 1.6e-18 KIAA0545 ( 1368 res) hh00165s1 (1368) 595 89.0 2e-18 KIAA1272 ( 1023 res) hk07611 (1023) 228 41.8 0.00024 >>KIAA0474 ( 782 res) fj12051 (782 aa) initn: 1233 init1: 1083 opt: 1217 Z-score: 857.5 bits: 168.6 E(): 1.2e-42 Smith-Waterman score: 1373; 55.396% identity (76.499% similar) in 417 aa overlap (1-392:321-737) 10 20 30 KIAA10 FKEFLDLLGDTITLQDFKGFRGGLDVTHGQ : :::..::. . ::::::::::::::::: KIAA04 SNNFKFGVIYQKLGQTSEEELFSTNEESPAFVEFLEFLGQKVKLQDFKGFRGGLDVTHGQ 300 310 320 330 340 350 40 50 60 70 80 90 KIAA10 TGVESVYTTFRDREIMFHVSTKLPFTDGDAQQLQRKRHIGNDIVAIIFQEENTPFVPDMI ::.:::: .::..:::::::::::.:.::::::::::::::::::..::.:::::::::: KIAA04 TGTESVYCNFRNKEIMFHVSTKLPYTEGDAQQLQRKRHIGNDIVAVVFQDENTPFVPDMI 360 370 380 390 400 410 100 110 120 130 140 150 KIAA10 ASNFLHAYIVVQVETPGTETPSYKVSVTAREDVPTFGPPLPSPPVFQKGPEFREFLLTKL ::::::::.:::.: : . : ::::::::.::: ::::::.: ::.:::::.::::::: KIAA04 ASNFLHAYVVVQAEGGGPDGPLYKVSVTARDDVPFFGPPLPDPAVFRKGPEFQEFLLTKL 420 430 440 450 460 470 160 170 180 190 200 KIAA10 TNAENACCKSDKFAKLEDRTRAALLDNLHDELHAHTQAMLGLGPEEDKFENG-GHGGFLE ::: :: :..::::::.:::::::..:..::: :.:.:.::: .:::.::: : :::.: KIAA04 INAEYACYKAEKFAKLEERTRAALLETLYEELHIHSQSMMGLGGDEDKMENGSGGGGFFE 480 490 500 510 520 530 210 220 230 240 250 KIAA10 SFKRAIRVRSHSMETMVGGQKK------SHSGGI-PGS----LSGGISHNSMEVTKTTFS ::::.:: ::.::..: ..:: ::::.. :.. ..::: . . :. KIAA04 SFKRVIRSRSQSMDAMGLSNKKPNTVSTSHSGSFAPNNPDLAKAAGISLLIPGKSASRFG 540 550 560 570 580 590 260 270 280 290 300 KIAA10 ---PPVVAATVKNQ----SRSPIKRRSGLFPRLHT---GSEGQGDSRARCDSTSSTPKTP . .::... ..:: ...:: : .. : :. . . . .: . ::: KIAA04 RRGSAIGIGTVEESLIVPGKSPTRKKSGPFGSRRSSAIGIENIQEVQEKRESPPAGQKTP 600 610 620 630 640 650 310 320 330 340 350 360 KIAA10 DGGHSSQEIKSETSSNPSSPEI--CPNKEKPFMKLKENGRAISRSSSSTSSVSSTAGEGE :.:: ::: :::.::. ::::. :. . . : . .::::::.:: .:.. : : KIAA04 DSGHVSQEPKSENSSTQSSPEMPTTKNRAETAAQRAEALKDFSRSSSSASSFASVVEETE 660 670 680 690 700 710 370 380 390 400 410 420 KIAA10 AMEEGDSG-GSQPSTTSPFKQEVFVYSPSPSSESPSLGAAATPIIMSRSPTDAKSRNSPR ... :.: : :. .: :.. :.:: KIAA04 GVDGEDTGLESVSSSGTPHKRDSFIYSTWLEDSVSTTSGGSSPDAGKLGDPACPEIKIQL 720 730 740 750 760 770 >>KIAA0440 ( 1817 res) ah05029 (1817 aa) initn: 691 init1: 320 opt: 604 Z-score: 427.4 bits: 90.3 E(): 1.1e-18 Smith-Waterman score: 604; 50.000% identity (76.923% similar) in 182 aa overlap (1-181:652-833) 10 20 30 KIAA10 FKEFLDLLGDTITLQDFKGFRGGLDVTHGQ :.:::.:::. . :. :. .:. ::. . KIAA04 NYQQKVGIMYCKAGQSTEEEMYNNESAGPAFEEFLQLLGERVRLKGFEKYRAQLDTKTDS 630 640 650 660 670 680 40 50 60 70 80 KIAA10 TGVESVYTTFRDREIMFHVSTKLPFTDGDAQQLQRKRHIGNDIVAIIFQEENT-PFVPDM ::..:.:::..: :::::::: ::.: .. ::: ::::::::::.:.::: .. :: : KIAA04 TGTHSLYTTYKDYEIMFHVSTMLPYTPNNKQQLLRKRHIGNDIVTIVFQEPGAQPFSPKN 690 700 710 720 730 740 90 100 110 120 130 140 KIAA10 IASNFLHAYIVVQVETPGTETPSYKVSVTAREDVPTFGPPLPSPPVFQKGPEFREFLLTK : :.: :....:.:..: ... :.:.:: .:::.::::.:. .: :. ::.:::.: KIAA04 IRSHFQHVFVIVRVHNPCSDSVCYSVAVTRSRDVPSFGPPIPKGVTFPKSNVFRDFLLAK 750 760 770 780 790 800 150 160 170 180 190 200 KIAA10 LTNAENACCKSDKFAKLEDRTRAALLDNLHDELHAHTQAMLGLGPEEDKFENGGHGGFLE . ::::: ::.:: . ::: : .: .. KIAA04 VINAENAAHKSEKFRAMATRTRQEYLKDLAEKNVTNTPIDPSGKFPFISLASKKKEKSKP 810 820 830 840 850 860 210 220 230 240 250 260 KIAA10 SFKRAIRVRSHSMETMVGGQKKSHSGGIPGSLSGGISHNSMEVTKTTFSPPVVAATVKNQ KIAA04 YPGAELSSMGAIVWAVRAEDYNKAMELDCLLGISNEFIVLIEQETKSVVFNCSCRDVIGW 870 880 890 900 910 920 >>KIAA1389 ( 1514 res) hh03860 (1514 aa) initn: 630 init1: 311 opt: 598 Z-score: 424.3 bits: 89.4 E(): 1.6e-18 Smith-Waterman score: 598; 49.727% identity (75.956% similar) in 183 aa overlap (1-182:426-608) 10 20 30 KIAA10 FKEFLDLLGDTITLQDFKGFRGGLDVTHGQ :.:::::::. . :. :. .:. :: . KIAA13 SFQHKIGILYCKAGQSTEEEMYNNETAGPAFEEFLDLLGQRVRLKGFSKYRAQLDNKTDS 400 410 420 430 440 450 40 50 60 70 80 KIAA10 TGVESVYTTFRDREIMFHVSTKLPFTDGDAQQLQRKRHIGNDIVAIIFQEENT-PFVPDM ::..:.:::..: :.:::::: ::. .. ::: ::::::::::.:.::: .. ::.: KIAA13 TGTHSLYTTYKDYELMFHVSTLLPYMPNNRQQLLRKRHIGNDIVTIVFQEPGALPFTPKS 460 470 480 490 500 510 90 100 110 120 130 140 KIAA10 IASNFLHAYIVVQVETPGTETPSYKVSVTAREDVPTFGPPLPSPPVFQKGPEFREFLLTK : :.: :....:.:..: ::. :.:.:. .::: ::::.:. .: :. ::.:::.: KIAA13 IRSHFQHVFVIVKVHNPCTENVCYSVGVSRSKDVPPFGPPIPKGVTFPKSAVFRDFLLAK 520 530 540 550 560 570 150 160 170 180 190 200 KIAA10 LTNAENACCKSDKFAKLEDRTRAALLDNLHDELHAHTQAMLGLGPEEDKFENGGHGGFLE . ::::: ::.:: . ::: : .: ... KIAA13 VINAENAAHKSEKFRAMATRTRQEYLKDLAENFVTTATVDTSVKFSFITLGAKKKEKVKP 580 590 600 610 620 630 210 220 230 240 250 260 KIAA10 SFKRAIRVRSHSMETMVGGQKKSHSGGIPGSLSGGISHNSMEVTKTTFSPPVVAATVKNQ KIAA13 RKDAHLFSIGAIMWHVIARDFGQSADIECLLGISNEFIMLIEKDSKNVVFNCSCRDVIGW 640 650 660 670 680 690 >>KIAA0545 ( 1368 res) hh00165s1 (1368 aa) initn: 681 init1: 306 opt: 595 Z-score: 422.8 bits: 89.0 E(): 2e-18 Smith-Waterman score: 595; 49.733% identity (75.401% similar) in 187 aa overlap (1-186:237-423) 10 20 30 KIAA10 FKEFLDLLGDTITLQDFKGFRGGLDVTHGQ :.:::.:.:. . :. : . . ::: . KIAA05 CRKHKVGILYCKAGQSSEEEMYNNEEAGPAFEEFLSLIGEKVCLKGFTKYAAQLDVKTDS 210 220 230 240 250 260 40 50 60 70 80 KIAA10 TGVESVYTTFRDREIMFHVSTKLPFTDGDAQQLQRKRHIGNDIVAIIFQEENT-PFVPDM ::..:.:: ..: :::::::: ::.: .. ::: ::::::::::.::::: .. ::.: KIAA05 TGTHSLYTMYQDYEIMFHVSTLLPYTPNNRQQLLRKRHIGNDIVTIIFQEPGALPFTPKN 270 280 290 300 310 320 90 100 110 120 130 140 KIAA10 IASNFLHAYIVVQVETPGTETPSYKVSVTAREDVPTFGPPLPSPPVFQKGPEFREFLLTK : :.: :..:.:.:..: :.. :...:: .:.: ::::.:: .:.:. ::.:::.: KIAA05 IRSHFQHVFIIVRVHNPCTDNVCYSMAVTRSKDAPPFGPPIPSGTTFRKSDVFRDFLLAK 330 340 350 360 370 380 150 160 170 180 190 200 KIAA10 LTNAENACCKSDKFAKLEDRTRAALLDNLHDELHAHTQAMLGLGPEEDKFENGGHGGFLE . ::::: ::::: . ::: : .: .. ..: KIAA05 VINAENAAHKSDKFHTMATRTRQEYLKDLAENCVSNTPIDSTGKFNLISLTSKKKEKTKA 390 400 410 420 430 440 210 220 230 240 250 260 KIAA10 SFKRAIRVRSHSMETMVGGQKKSHSGGIPGSLSGGISHNSMEVTKTTFSPPVVAATVKNQ KIAA05 RAGAEQHSAGAIAWRVVAQDYAQGVEIDCILGISNEFVVLLDLRTKEVVFNCYCGDVIGW 450 460 470 480 490 500 >>KIAA1272 ( 1023 res) hk07611 (1023 aa) initn: 186 init1: 67 opt: 228 Z-score: 169.9 bits: 41.8 E(): 0.00024 Smith-Waterman score: 228; 31.250% identity (62.500% similar) in 128 aa overlap (1-128:862-983) 10 20 30 KIAA10 FKEFLDLLGDTITLQDFKGFRGGLDVTHGQ ...:. :: . :. :: :::. .:. KIAA12 RETHKIAVFYIAEGQEDKCSILSNERGSQAYEDFVAGLGWEVDLSTHCGFMGGLQ-RNGS 840 850 860 870 880 890 40 50 60 70 80 90 KIAA10 TGVESVYTTFRDREIMFHVSTKLPFTDGDAQQLQRKRHIGNDIVAIIFQEENTPFVPDMI :: . : . :..:::::..: .:.: . .. ::.::: : :...:.. . .: KIAA12 TGQTAPYYATSTVEVIFHVSTRMP-SDSDDSLTKKLRHLGNDEVHIVWSEHSRDYRRGII 900 910 920 930 940 100 110 120 130 140 150 KIAA10 ASNFLHAYIVVQVETPGTETPSYKVSVTAREDVPTFGPPLPSPPVFQKGPEFREFLLTKL . : . :.. : .. . ...: . .:: ::: KIAA12 PTAFGDVSIIIY---P-MKNHMFFIAITKKPEVPFFGPLFDGAIVSGKLLPSLVCATCIN 950 960 970 980 990 1000 160 170 180 190 200 210 KIAA10 TNAENACCKSDKFAKLEDRTRAALLDNLHDELHAHTQAMLGLGPEEDKFENGGHGGFLES KIAA12 ASRAVKCLIPLYQSPRVR 1010 1020 444 residues in 1 query sequences 1987061 residues in 2037 library sequences Scomplib [34.26] start: Thu Dec 18 15:06:46 2008 done: Thu Dec 18 15:06:47 2008 Total Scan time: 0.420 Total Display time: 0.070 Function used was FASTA [version 34.26.5 April 26, 2007]